5'-3' Экзорибонуклеаза 2 (XRN2), также известная как Dhm1-подобный белок, представляет собой фермент экзорибонуклеазу , который у людей кодируется геном XRN2 . [5]
Человеческий ген, кодирующий XRN2, имеет сходство с мышиным Dhm1 и генами дрожжей Dhp1 ( Schizosaccharomyces pombe ) или RAT1 ( Saccharomyces ). Ген дрожжей участвует в гомологичной рекомбинации и метаболизме РНК , таких как синтез РНК, транспортировка и терминация РНК. [6] Исследования комплементации показывают, что Dhm1 имеет у мыши такую же функцию, как Dhp1.
Функция
Человеческий XRN2 участвует в торпедной модели терминации транскрипции. [7]
Гомолог C. elegans , XRN-2, участвует в деградации некоторых зрелых miRNA и их вытеснении из miRNA miRISC . [8]
В дрожжах было показано, что белок Rat1 также участвует в модели терминации транскрипции торпеды. Когда на зарождающейся РНК обнаруживается сайт полиаденилирования и расщепляется РНК-полимеразой II , фактор Rtt103 рекрутирует Rat1 и присоединяет его к свободному концу. Экзонуклеазная активность Rat1 разрушает цепь РНК и останавливает транскрипцию, догоняя полимеразу. [6]
^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000088930 – Ensembl , май 2017 г.
^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000027433 – Ensembl , май 2017 г.
^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
^ Zhang M, Yu L, Xin Y, Hu P, Fu Q, Yu C, Zhao S (июль 1999). «Клонирование и картирование гена XRN2 на хромосоме человека 20p11.1-p11.2». Genomics . 59 (2): 252– 4. doi :10.1006/geno.1999.5866. PMID 10409438.
^ ab Дэвид Толлерви (ноябрь 2004 г.). «Прекращение действия торпеды». Nature . 432 (7016): 456– 457. doi :10.1038/432456a. PMID 15565140. S2CID 6823163.
^ West S, Gromak N, Proudfoot NJ (ноябрь 2004 г.). "Человеческая 5' --> 3' экзонуклеаза Xrn2 способствует терминации транскрипции в сайтах котранскрипционного расщепления". Nature . 432 (7016): 522– 5. Bibcode :2004Natur.432..522W. doi : 10.1038/nature03035 . PMID 15565158. S2CID 4365304.
^ Чаттерджи С., Гроссханс Х. (сентябрь 2009 г.). «Активный оборот модулирует активность зрелой микроРНК у Caenorhabditis elegans». Nature . 461 (7263): 546– 9. Bibcode :2009Natur.461..546C. doi :10.1038/nature08349. PMID 19734881. S2CID 4414841.
Внешние ссылки
Расположение генома человека XRN2 и страница с подробностями гена XRN2 в браузере геномов UCSC .
Дальнейшее чтение
Lehner B, Sanderson CM (2004). «Структура взаимодействия белков для деградации мРНК человека». Genome Res . 14 (7): 1315– 23. doi :10.1101/gr.2122004. PMC 442147. PMID 15231747 .
Deloukas P, Matthews LH, Ashurst J, et al. (2001). «Последовательность ДНК и сравнительный анализ человеческой хромосомы 20». Nature . 414 (6866): 865–71 . Bibcode :2001Natur.414..865D. doi : 10.1038/414865a . PMID 11780052.
Босолей СА, Виллен ДЖ, Гербер СА и др. (2006). «Вероятностный подход к высокопроизводительному анализу фосфорилирования белков и локализации участков». Nat. Biotechnol . 24 (10): 1285– 92. doi :10.1038/nbt1240. PMID 16964243. S2CID 14294292.
Lu Y, Liu P, James M и др. (2010). «Генетические варианты цис-регуляции экспрессии Xrn2 способствуют риску спонтанной опухоли легких». Oncogene . 29 (7): 1041– 9. doi :10.1038/onc.2009.396. PMC 6019621 . PMID 19915612.
Lejeune F, Li X, Maquat LE (2003). «Распад мРНК, вызванный нонсенсом, в клетках млекопитающих включает декапирование, деаденилирование и экзонуклеолитическую активность». Mol. Cell . 12 (3): 675– 87. doi : 10.1016/S1097-2765(03)00349-6 . PMID 14527413.
Wiemann S, Weil B, Wellenreuther R и др. (2001). «К каталогу человеческих генов и белков: секвенирование и анализ 500 новых полных кодирующих белок человеческих кДНК». Genome Res . 11 (3): 422–35 . doi :10.1101/gr.GR1547R. PMC 311072. PMID 11230166 .
Yang XC, Sullivan KD, Marzluff WF, Dominski Z (2009). "Исследования 5' экзонуклеазной и эндонуклеазной активности CPSF-73 в процессинге пре-мРНК гистонов". Mol. Cell. Biol . 29 (1): 31– 42. doi :10.1128/MCB.00776-08. PMC 2612496. PMID 18955505 .
Olsen JV, Blagoev B, Gnad F, et al. (2006). «Глобальная, in vivo и сайт-специфическая динамика фосфорилирования в сигнальных сетях». Cell . 127 (3): 635– 48. doi : 10.1016/j.cell.2006.09.026 . PMID 17081983. S2CID 7827573.
Scherl A, Couté Y, Déon C, et al. (2002). "Функциональный протеомный анализ ядрышка человека". Mol. Biol. Cell . 13 ( 11): 4100– 9. doi :10.1091/mbc.E02-05-0271. PMC 133617. PMID 12429849.
Канеко С., Розенблатт-Розен О., Мейерсон М., Мэнли Дж. Л. (2007). «Многофункциональный белок p54nrb/PSF привлекает экзонуклеазу XRN2 для облегчения обработки пре-мРНК 3' и терминации транскрипции». Genes Dev . 21 (14): 1779– 89. doi :10.1101/gad.1565207. PMC 1920172. PMID 17639083 .
Gerhard DS, Wagner L, Feingold EA и др. (2004). «Состояние, качество и расширение проекта NIH по полноразмерной ДНК: коллекция генов млекопитающих (MGC)». Genome Res . 14 (10B): 2121– 7. doi :10.1101/gr.2596504. PMC 528928. PMID 15489334 .
Ota T, Suzuki Y, Nishikawa T и др. (2004). «Полное секвенирование и характеристика 21 243 полноразмерных человеческих кДНК». Nat. Genet . 36 (1): 40– 5. doi : 10.1038/ng1285 . PMID 14702039.
Gromak N, West S, Proudfoot NJ (2006). «Сайты паузы способствуют транскрипционному прекращению РНК-полимеразы II млекопитающих». Mol. Cell. Biol . 26 (10): 3986– 96. doi :10.1128/MCB.26.10.3986-3996.2006. PMC 1488997. PMID 16648491 .
Andersen JS, Lam YW, Leung AK и др. (2005). «Динамика ядрышкового протеома». Nature . 433 (7021): 77– 83. Bibcode :2005Natur.433...77A. doi :10.1038/nature03207. PMID 15635413. S2CID 4344740.
Li J, Zheng H, Ji C и др. (2005). «Новый вариант сплайсинга человеческого гена XRN2 в основном экспрессируется в лейкоцитах крови». DNA Seq . 16 (2): 143– 6. doi : 10.1080/10425170500066771. PMID 16147866. S2CID 35865401.
Команда программы сбора генов млекопитающих, Strausberg RL, Feingold EA, Grouse LH и др. (2002). «Создание и начальный анализ более 15 000 полноразмерных последовательностей ДНК человека и мыши». Труды Национальной академии наук . 99 (26): 16899– 16903. Bibcode : 2002PNAS...9916899M. doi : 10.1073/pnas.242603899 . PMC 139241. PMID 12477932 .
Босолей СА, Едриховски М, Шварц Д и др. (2004). «Крупномасштабная характеристика ядерных фосфопротеинов клеток HeLa». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 101 (33): 12130– 5. Bibcode : 2004PNAS..10112130B. doi : 10.1073/pnas.0404720101 . PMC 514446. PMID 15302935 .
