РЕЭП5
Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens

РЕЭП5
Идентификаторы
ПсевдонимыREEP5 , C5orf18, D5S346, DP1, TB2, YOP1, Yip2e, рецепторный вспомогательный белок 5, POB16
Внешние идентификаторыОМИМ : 125265; МГИ : 1270152; гомологен : 68479; Генные карты : REEP5; OMA :REEP5 — ортологи
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Энтрез

7905

13476

Ансамбль

ENSG00000129625

ENSMUSG00000005873

UniProt

Q00765

Q60870

РефСек (мРНК)

NM_005669

NM_007874

RefSeq (белок)

NP_005660

н/д

Местоположение (UCSC)Хр 5: 112.88 – 112.92 МбХр 18: 34.48 – 34.51 Мб
Поиск в PubMed[3][4]
Викиданные
Просмотр/редактирование человекаПросмотр/редактирование мыши

Белок 5, усиливающий экспрессию рецепторов, — это белок , который у людей кодируется геном REEP5 . [ 5] [6] [7] Белок 5, усиливающий экспрессию рецепторов, — это белок, который у людей кодируется геном REEP5.

Ген

REEP5 расположен на хромосоме 5 между парами оснований 112876385 и 112922289 на минус-цепи. [8] Ген включает пять экзонов. [8] Гены DCP2 и SRP19 расположены выше и ниже REEP5 у людей. [9]

Белок

Белок является членом семейства REEP, которые обычно облегчают внутриклеточный транспорт посредством изменений в эндоплазматическом ретикулуме и обладают способностью усиливать активность рецепторов, сопряженных с G-белком. [10] Длина человеческого белка составляет 189 аминокислот, он содержит две трансмембранные области и одну названную область - TB2_DP1_HVA22, [11] Масса белка до модификации составляет 21,5 кдал. [12] По сравнению с коллекцией человеческих белков SwissProt, REEP5 состоит из нормальных процентных соотношений всех аминокислот. [12] За исключением длинного участка электрически нейтральных аминокислот, никаких существенных закономерностей не наблюдается. [12] У людей существует вторая изоформа, длина которой составляет 131 аминокислота в результате изменения после 117-й аминокислоты. [13] Большая часть пятого экзона не включена.

Топология белка человеческого REEP5, предсказанная PROTTER

Регулирование

Уровень гена

Экспрессия тканей

REEP5 экспрессируется в ряде тканей на относительно высоком уровне, по крайней мере, 20 прочтений на килобазу транскрипта на миллион картированных прочтений, появляющихся в тканях надпочечников, жира, желчного пузыря, сердца, почек, простаты, легких и мочевого пузыря. [14] Экспрессия еще более повышена в тканях мозга и щитовидной железы. [14]

Данные HPA РНК-секвенирования REEP5 показывают высокую экспрессию в мозге и щитовидной железе.

Факторы транскрипции

Фактор роста нервов/EGR — это фактор транскрипции с потенциальным сайтом связывания в промоторе REEP5, который способствует пластичности нейронов и, следовательно, потенциально объясняет повышенные уровни белка 5, усиливающего экспрессию рецепторов, в мозге. [15]

Кроме того, два фактора транскрипции, связанных с развитием и функционированием сердца, имеют возможные сайты связывания в промоторе. Транскрипционный блок 20 (TBX20) связан с развитием сердца, при этом дефицит белка связан с плохой функцией сердца у взрослых мышей и смертью у младенцев до беременности. [16] MyoD — это миогенный регулятор, который был обнаружен в эмбриональных сердцах некоторых птиц в клетках Пуркинье, которые связаны с сократительной функцией.

Уровень белка

На субклеточном уровне REEP5 экспрессируется в эндоплазматическом ретикулуме . [17] Иммунохимическое окрашивание локализует его здесь. [18]

Ряд посттрансляционных модификаций вычислительно предсказаны у людей и близких ортологов. Ацетилирование второй аминокислоты было предсказано. [19] Фосфорилирование 150-й аминокислоты предсказано у людей, мышей и кур. [20] Добавления O-GlcNac также предсказаны в сайтах 128, 188 и 189. [21] Сайты сумоилирования предсказаны в аминокислотах 147, 175, 186 и 187. [22] Расщепление пропептида было обнаружено в аминокислоте 11. [23] Гликация была предсказана в аминокислотах 16, 117, 164, 186 и 187. [24]

Гомология

Паралоги

У человека есть пять паралогов REEP5: REEP1, REEP2, REEP3, REEP4 и REEP [25]

Паралоги человека REEP5
Имя паралогаРегистрационный номерИдентификация последовательностиОжидаемые миллионы лет с момента расхождения
РЕЭП6NP_612402.154%563.16
РЕЭП4AAH5062225%1325.64
РЕП1NP_001303894.124,6%1341.62
РЕЭП3AAT70686.122,7%1421.20
РЕЭП2NP_057690.215,6%1792.58

Ортологи

У REEP5 есть ортологи, которые так же далеки от людей, как Symbiodinium microadriacticum, вид простейших. [25] Идентичность последовательностей высока для позвоночных, но значительно снижается за пределами этой группы. Регион DP1/TB2/HVA22 хорошо сохранен по сравнению с двумя трансмембранными регионами.

Избранные ортологи
ОрганизмДата расхождения (миллионы лет назад)Таксономическая группаПоследовательный номер доступаИдентичность последовательностиэлектронная стоимость
Homo sapiensNAМлекопитающиеNP_005660.4100%NA
Mus musculus89МлекопитающиеN_031900.393,7%4x10 −134
Данио рерио433АктиноптеригииNP_956352.172.0%7x10 −104
Дрозофила меланогастер736НасекомыеNP_001188928.138,2%9x10 −57
Ямина розовая1017ЭксбазидиомицетыXP_02536026531,9%5x10 −40
Rhodotorula graminis WP11105МикроботриомицетыXP_018269688.131,2%7x10 −35
Цитрусовый уншиу1275МагнолиопсидаГей51937.125.2%4x10 −26
Симбиодиниум микроадриактикум1552ДинофитовыеOLQ12882.116.2%5x10−16​

Скорость эволюции

Скорость эволюции белка REEP5 умеренно высока, она находится между скоростью цитохрома c и фибриногена альфа. Ожидается, что нейтральные мутации будут происходить примерно раз в миллион лет

График, показывающий скорость эволюции REEP5 по сравнению с цитохромом C и фибриногеном альфа

Взаимодействующие партнеры

REEP5 взаимодействует с рядом белков, включая регулятор сигнализации G-белка 2, который был обнаружен с помощью гибридизации дрожжей 2. RGS2 играет роль в путях сигнализации G-белка 2 и сокращении гладкомышечных тканей. Derlin 2 (Derl2) взаимодействует с REEP5, что обнаружено с помощью коиммунопреципитации анти-тегов, и разрушает неправильно свернутые гликопротеины в эндоплазматическом ретикулуме. [26] Холинергический рецептор Muscarinic 5 был обнаружен как взаимодействующее вещество с помощью реконструкции убиквитина. [27] CHRM5 связывает ацетилхолин и может влиять на функцию центральной и периферической нервной системы. [28]

Регулятор G-белкового сигнального пути 2 также был обнаружен с помощью гибридизации дрожжей 2 и является регулятором рецептора G-белка, который может быть связан с сокращением гладких сосудистых мышц. [27] [29]

Четыре белка были экспериментально обнаружены в нескольких работах. [30] Три из них, Atlastin GTPase 1, Atlastin GTPase 2 и Zinc Finger FYVE-Type Containing 27, связаны со структурированием эндоплазматического ретикулума (в частности, канальцев), развитием аксонов или ростом нейронов. [17] [31] Четвертый — REEP6, который отвечает за транспортировку рецепторов на поверхность клетки, а также за регулирование структуры эндоплазматического ретикулума. [32]

SARS-CoV-2

REEP5 — один из многих человеческих белков, который взаимодействует с SARS-CoV-2 . В частности, белок коронавируса P0DTC5, который появляется в промежуточном отсеке между эндоплазматическим ретикулумом и аппаратом Гольджи, взаимодействует с REEP5. P0DTC5 — это белок вирусной оболочки, который имеет решающее значение для вирусного морфогенеза, что делает возможным, что REEP5 каким-то образом связан с упаковкой или высвобождением вируса из человеческих клеток. [33]

Клиническое значение

Исследования связывают REEP5 с рядом заболеваний и расстройств.

При раке толстой кишки экспрессия REEP5 усиливает активность CXCR1, белкового рецептора, который способствует росту и распространению раковых клеток. Исследователи обнаружили, что недостаточная экспрессия REEP5 снижает эффективность CXRC1 и снижает способность клеток рака легких к метастазированию. [10] Это обеспечивает как потенциальную цель для терапии рака, так и дополнительные доказательства того, что REEP5 выполняет функцию белка, который увеличивает активность других рецепторных белков. Другим типом рака, связанным с REEP5, является рак толстой кишки, при котором белок обычно взаимодействует с HCCR1 и нейтрализует его, белок, который в противном случае мешал бы P53 и способствовал бы прогрессированию рака. [34]

REEP5 также был связан с сердечными заболеваниями, и исследование этой связи показало, что он помогает организовать соединительный саркоплазматический ретикулум в миоцитах. REEP5 выравнивает соединительный SR с Т-трубочками, что способствует эффективному высвобождению ионов кальция. Когда функция белка нарушается, соединение становится неровным, и высвобождение ионов кальция становится менее эффективным. Учитывая важность ионов кальция для мышечных сокращений, которые питают сердце, нацеливание на REEP5 может стать терапевтическим вариантом при некоторых заболеваниях. [35]

Кроме того, имеются некоторые статистические данные, связывающие определенные однонуклеотидные полиморфизмы, обнаруженные в мРНК REEP5, с большим депрессивным расстройством. [36] Однако биологический механизм не был подтвержден, и исследование рассматривало только ограниченную популяцию. [36]

Ссылки

  1. ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000129625 – Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000005873 – Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ Clark AJ, Metherell LA, Cheetham ME, Huebner A (декабрь 2005 г.). «Наследственная нечувствительность к АКТГ освещает механизмы действия АКТГ». Тенденции в эндокринологии и метаболизме . 16 (10): 451– 7. doi :10.1016/j.tem.2005.10.006. PMID  16271481. S2CID  27450434.
  6. ^ Saito H, Kubota M, Roberts RW, Chi Q, Matsunami H (ноябрь 2004 г.). «Члены семейства RTP вызывают функциональную экспрессию обонятельных рецепторов млекопитающих». Cell . 119 (5): 679– 91. doi : 10.1016/j.cell.2004.11.021 . PMID  15550249. S2CID  13555927.
  7. ^ «Ген Энтреза: вспомогательный белок 5 рецептора REEP5».
  8. ^ ab "REEP5 рецепторный вспомогательный белок 5 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2020-07-30 .
  9. ^ "Human hg38 chr5:112,865,773-113,003,301 UCSC Genome Browser v401". genome.ucsc.edu . Получено 2020-07-31 .
  10. ^ ab Park CR, You DJ, Park S, Mander S, Jang DE, Yeom SC и др. (декабрь 2016 г.). «Вспомогательные белки REEP5 и REEP6 улучшают клеточные реакции, опосредованные CXCR1, и прогрессирование рака легких». Scientific Reports . 6 : 39041. Bibcode :2016NatSR...639041P. doi :10.1038/srep39041. PMC 5155276 . PMID  27966653. 
  11. ^ "белок 5, усиливающий экспрессию рецепторов [Homo sapiens] - Белок - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 22.06.2020 .
  12. ^ abc "SAPS < Статистика последовательностей < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk . Получено 2020-07-31 .
  13. ^ "UniProtKB - Q00765 (REEP5_HUMAN)". UniProt . 2020-06-17 . Получено 2020-07-30 .
  14. ^ ab "Экспрессия гена REEP5 - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 30 июля 2020 г. .
  15. ^ Levkovitz Y, Baraban JM (май 2002). «Доминантный отрицательный ингибитор Egr блокирует рост нейритов, вызванный фактором роста нервов, подавляя активацию c-Jun: роль комплекса Egr/c-Jun». The Journal of Neuroscience . 22 (10): 3845–54 . doi :10.1523/JNEUROSCI.22-10-03845.2002. PMC 6757642. PMID  12019303 . 
  16. ^ Стеннард Ф.А., Коста М.В., Лай Д., Бибен С., Фуртадо М.Б., Соллоуэй М.Дж. и др. (май 2005 г.). «Мышиный фактор транскрипции T-box Tbx20 действует как репрессор во время развития сердца и необходим для целостности, функционирования и адаптации сердца взрослых». Разработка . 132 (10): 2451–62 . doi :10.1242/dev.01799. PMID  15843414. S2CID  1021757.
  17. ^ ab Chang J, Lee S, Blackstone C (сентябрь 2013 г.). «Протрудин связывает атластины и белки, формирующие эндоплазматический ретикулум, и регулирует формирование сетей». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 110 (37): 14954– 9. Bibcode : 2013PNAS..11014954C. doi : 10.1073/pnas.1307391110 . PMC 3773775. PMID  23969831 . 
  18. ^ "REEP5] Первичные антитела". www.thermofisher.com . Получено 2020-07-31 .
  19. ^ "NetAcet 1.0 Server". www.cbs.dtu.dk . Получено 2020-08-01 .
  20. ^ "NetPhos 3.1 Server". www.cbs.dtu.dk . Получено 2020-08-01 .
  21. ^ "Сервер YinOYang 1.2". www.cbs.dtu.dk . Получено 2020-08-01 .
  22. ^ "GPS-SUMO: Прогнозирование сайтов SUMOylation и мотивов SUMO-взаимодействия". sumosp.biocuckoo.org . Архивировано из оригинала 2013-05-10 . Получено 2020-08-01 .
  23. ^ "ProP 1.0 Server". www.cbs.dtu.dk . Получено 2020-08-01 .
  24. ^ "NetGlycate 1.0 Server". www.cbs.dtu.dk . Получено 2020-08-01 .
  25. ^ ab "Protein BLAST: поиск в базах данных белков с помощью запроса по белкам". blast.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 31 июля 2020 г.
  26. ^ Oda Y, Okada T, Yoshida H, Kaufman RJ, Nagata K, Mori K (январь 2006 г.). «Derlin-2 и Derlin-3 регулируются ответом млекопитающих на разворачивание белка и необходимы для ER-ассоциированной деградации». The Journal of Cell Biology . 172 (3): 383–93 . doi :10.1083/jcb.200507057. PMC 2063648 . PMID  16449189. 
  27. ^ ab "База данных Molecular INTeraction – Основной ресурс ELIXIR" . Получено 2020-08-02 .
  28. ^ "CHRM5 холинергический рецептор мускариновый 5 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2020-08-02 .
  29. ^ "RGS2-регулятор сигнализации G-белка 2 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2020-08-02 .
  30. ^ "PSICQUIC View". www.ebi.ac.uk . Получено 2020-08-02 .
  31. ^ "ZFYVE27 цинковый палец FYVE-типа, содержащий 27 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2020-08-02 .
  32. ^ Ссылка GH. "Ген REEP6". Genetics Home Reference . Получено 2020-08-02 .
  33. ^ "InterPro". www.ebi.ac.uk . Получено 2020-08-02 .
  34. ^ Shin SM, Chung YJ, Oh ST, Jeon HM, Hwang LJ, Namkoong H и др. (июнь 2006 г.). «HCCR-1-взаимодействующая молекула, «удаленная при полипозе 1», играет роль супрессора опухолей в канцерогенезе толстой кишки». Гастроэнтерология . 130 (7): 2074–86 . doi : 10.1053/j.gastro.2006.03.055 . PMID  16762630.
  35. ^ Яо Л, Се Д, Гэн Л, Ши Д, Хуан Дж, У И и др. (февраль 2018 г.). «REEP5 (рецепторный вспомогательный белок 5) действует как скульптор мембраны саркоплазматического ретикулума для модуляции сердечной функции». Журнал Американской кардиологической ассоциации . 7 (3): e007205. doi :10.1161/JAHA.117.007205. PMC 5850239. PMID 29431104  . 
  36. ^ ab Yang Z, Ma X, Wang Y, Wang J, Xiang B, Wu J и др. (2012-09-01). «Связь полиморфизмов генов APC и REEP5 с тяжелым депрессивным расстройством и эффективностью лечения антидепрессантами у китайцев-ханьцев». General Hospital Psychiatry . 34 (5): 571– 7. doi :10.1016/j.genhosppsych.2012.05.015. PMID  22795047.

Дальнейшее чтение

  • Kinzler KW, Nilbert MC, Su LK, Vogelstein B, Bryan TM, Levy DB и др. (август 1991 г.). «Идентификация генов локуса FAP из хромосомы 5q21». Science . 253 (5020): 661– 5. Bibcode :1991Sci...253..661K. doi :10.1126/science.1651562. PMID  1651562.
  • Nishisho I, Nakamura Y, Miyoshi Y, Miki Y, Ando H, Horii A и др. (август 1991 г.). «Мутации генов хромосомы 5q21 у пациентов с FAP и колоректальным раком». Science . 253 (5020): 665– 9. Bibcode :1991Sci...253..665N. doi :10.1126/science.1651563. PMID  1651563.
  • Spirio L, Joslyn G, Nelson L, Leppert M, White R (ноябрь 1991 г.). "Повтор CA на 30-70 КБ ниже гена аденоматозного полипоза кишечной палочки (APC)". Nucleic Acids Research . 19 (22): 6348. doi : 10.1093 /nar/19.22.6348. PMC  329171. PMID  1659692.
  • Joslyn G, Carlson M, Thliveris A, Albertsen H, Gelbert L, Samowitz W и др. (август 1991 г.). «Идентификация делеционных мутаций и трех новых генов в локусе семейного полипоза». Cell . 66 (3): 601– 13. doi :10.1016/0092-8674(81)90022-2. PMID  1678319. S2CID  33965913.
  • Prieschl EE, Pendl GG, Harrer NE, Baumruker T (март 1996 г.). "Мышиный гомолог TB2/DP1, гена локуса семейного аденоматозного полипоза (FAP)". Gene . 169 (2): 215– 8. doi :10.1016/0378-1119(95)00827-6. PMID  8647449.
  • Kimura K, Wakamatsu A, Suzuki Y, Ota T, Nishikawa T, Yamashita R и др. (январь 2006 г.). «Диверсификация транскрипционной модуляции: крупномасштабная идентификация и характеристика предполагаемых альтернативных промоторов генов человека». Genome Research . 16 (1): 55– 65. doi :10.1101/gr.4039406. PMC  1356129. PMID  16344560 .
  • Shin SM, Chung YJ, Oh ST, Jeon HM, Hwang LJ, Namkoong H и др. (июнь 2006 г.). «Взаимодействующая с HCCR-1 молекула, «удаленная при полипозе 1», играет роль супрессора опухолей в канцерогенезе толстой кишки». Гастроэнтерология . 130 (7): 2074– 86. doi : 10.1053/j.gastro.2006.03.055 . PMID  16762630.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=REEP5&oldid=1246141644"