QIIME

Микробиомный мультиомный биоинформатический инструмент

QIIME ( англ.: / tʃ aɪ m / ch-eye-m ) ^[1] — это платформа для биоинформатической науки о данных, изначально разработанная для анализа высокопроизводительных данных секвенирования ампликонов генов-маркеров микробиома (например, генов 16S или 18S рРНК) . Было две основные версии платформы QIIME: QIIME 1 ^[2] и QIIME 2. ^[3]

Хотя анализ генов маркеров микробиома по-прежнему остается основным направлением в QIIME 2, разработчики описывают его как платформу мультиомики микробиома, и уже существует или добавляется поддержка анализа данных дробной метагеномики и метатранскриптомики , а также данных метаболомной масс-спектрометрии .

Разработка QIIME 1 была инициирована в Knight Lab в Университете Колорадо в Боулдере , а первая версия QIIME 1 была выпущена 26 января 2010 года. Начиная с августа 2011 года разработка QIIME 1 велась в сотрудничестве между Caporaso Lab в Университете Северной Аризоны и Knight Lab. Разработка QIIME 2 ведется Caporaso Lab, но проект остается проектом сообщества, разработчики которого разбросаны по всему миру. В январе 2018 года QIIME 2 стал преемником QIIME 1, и сообщество QIIME 2 может официально помогать через форум QIIME 2. ^[4]

«QIIME» изначально был придуман как аббревиатура от Quantitative Insights Into Microbial Ecology , но с момента разработки QIIME 2 эта аббревиатура не использовалась. ^{[ необходима цитата ]}

Смотрите также

Ссылки

^ "QIIME". qiime.org . Получено 2024-01-19 .
^ Капорасо, Дж. Грегори; Кучински, Джастин; Стомбо, Джесси; Биттингер, Кайл; и др. (май 2010 г.). «QIIME позволяет анализировать данные высокопроизводительного секвенирования сообществ». Nature Methods . 7 (5): 335–336. doi :10.1038/nmeth.f.303. PMC 3156573 .
^ Болиен, Эван; Райдаут, Джай Рам; Диллон, Мэтью Р.; Бокулич, Николас А.; и др. (август 2019 г.). «Воспроизводимая, интерактивная, масштабируемая и расширяемая наука о микробиомных данных с использованием QIIME 2». Nature Biotechnology . 37 (8): 852–857. doi :10.1038/s41587-019-0209-9. hdl : 1721.1/125325 .
^ «QIIME 2 пришел на смену QIIME 1» . Новости и объявления QIIME . 03.01.2018 . Проверено 19 января 2024 г.

[1] "QIIME". qiime.org . Получено 2024-01-19 .

[2] Капорасо, Дж. Грегори; Кучински, Джастин; Стомбо, Джесси; Биттингер, Кайл; и др. (май 2010 г.). «QIIME позволяет анализировать данные высокопроизводительного секвенирования сообществ». Nature Methods . 7 (5): 335–336. doi :10.1038/nmeth.f.303. PMC 3156573 .

[3] Болиен, Эван; Райдаут, Джай Рам; Диллон, Мэтью Р.; Бокулич, Николас А.; и др. (август 2019 г.). «Воспроизводимая, интерактивная, масштабируемая и расширяемая наука о микробиомных данных с использованием QIIME 2». Nature Biotechnology . 37 (8): 852–857. doi :10.1038/s41587-019-0209-9. hdl : 1721.1/125325 .

[4] «QIIME 2 пришел на смену QIIME 1» . Новости и объявления QIIME . 03.01.2018 . Проверено 19 января 2024 г.