РНК Pseudomonas P16

РНК Pseudomonas P16
РНК Pseudomonas P16
	Предсказанная вторичная структура и сохранение последовательности P16
Идентификаторы
Символ	П16
Рфам	РФ00628
Другие данные
Тип РНК	Ген
Домены	Бактерии
ТАК	SO:0000655
Структуры PDB	ПДБе

sRNA Pseudomonas P16 — это нкРНК , которая была предсказана с использованием биоинформатических инструментов в геноме условно-патогенного микроорганизма Pseudomonas aeruginosa , и ее экспрессия была подтверждена с помощьюанализа Нозерн-блоттинга . ^[1] sRNA P16, по-видимому, сохраняется у нескольких видов Pseudomonas и последовательно располагается ниже предсказанного гена дезоксирибонуклеазы TatD. P16 имеет предсказанный Rho-независимый терминатор на 3′-конце, но функция P16 неизвестна.^[1]

Было показано, что эта sRNA транскрибируется с RpoS-зависимого промотора под положительным, вероятно, косвенным контролем GacA в двух видах Pseudomonas . Она была переименована в RgsA (из-за регуляции GacA и стресса). ^[2] Экспрессия мРНК RpoS подавляется RgsA во время экспоненциальной фазы. Для репрессии требуется шаперон РНК Hfq. ^[3]

Смотрите также

Ссылки

^ ab Livny J, Brencic A, Lory S, Waldor MK (2006). «Идентификация 17 sRNA Pseudomonas aeruginosa и прогнозирование генов, кодирующих sRNA, у 10 различных патогенов с использованием биоинформатического инструмента sRNAPredict2». Nucleic Acids Res . 34 (12): 3484–3493. doi :10.1093/nar/gkl453. PMC 1524904. PMID 16870723 .
^ Гонсалес, Николас; Хеб, Стефан; Вальверде, Клаудио; Кей, Элизабет; Реймманн, Корнелия; Джуниер, Томас; Хаас, Дитер (13.04.2008). «Поиск по всему геному выявил новую регулируемую GacA малую РНК у видов Pseudomonas». BMC Genomics . 9 : 167. doi : 10.1186/1471-2164-9-167 . ISSN 1471-2164. PMC 2375449. PMID 18405392 .
^ Лу, Пей; Ван, Ифэй; Ху, Янбо; Чэнь, Шиюнь (апрель 2018 г.). «RgsA, зависимая от RpoS sRNA, отрицательно регулирует экспрессию rpoS в Pseudomonas aeruginosa». Микробиология . 164 (4): 716–724. doi : 10.1099/mic.0.000632 . ISSN 1465-2080. PMID 29473822.

Внешние ссылки

Страница для Pseudomonas sRNA P16 в Rfam

Эта статья по молекулярной или клеточной биологии — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[pmid16870723-1] Livny J, Brencic A, Lory S, Waldor MK (2006). «Идентификация 17 sRNA Pseudomonas aeruginosa и прогнозирование генов, кодирующих sRNA, у 10 различных патогенов с использованием биоинформатического инструмента sRNAPredict2». Nucleic Acids Res . 34 (12): 3484–3493. doi :10.1093/nar/gkl453. PMC 1524904. PMID 16870723 .

[2] Гонсалес, Николас; Хеб, Стефан; Вальверде, Клаудио; Кей, Элизабет; Реймманн, Корнелия; Джуниер, Томас; Хаас, Дитер (13.04.2008). «Поиск по всему геному выявил новую регулируемую GacA малую РНК у видов Pseudomonas». BMC Genomics . 9 : 167. doi : 10.1186/1471-2164-9-167 . ISSN 1471-2164. PMC 2375449. PMID 18405392 .

[3] Лу, Пей; Ван, Ифэй; Ху, Янбо; Чэнь, Шиюнь (апрель 2018 г.). «RgsA, зависимая от RpoS sRNA, отрицательно регулирует экспрессию rpoS в Pseudomonas aeruginosa». Микробиология . 164 (4): 716–724. doi : 10.1099/mic.0.000632 . ISSN 1465-2080. PMID 29473822.