Мотив РНК псевдомона-1
| РНК псевдомона-1 | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура РНК Pseudomon -1 | |
| Идентификаторы | |
| Символ | Псевдомон-1 |
| Рфам | РФ01719 |
| Другие данные | |
| Тип РНК | мРНК |
| Домены | Псевдомонады |
| Структуры PDB | ПДБе |
Мотив РНК Pseudomon -1 — это консервативная РНК , идентифицированная биоинформатикой . [1] Он используется большинством видов , геномы которых были секвенированы и которые классифицированы в пределах рода Pseudomonas , а также присутствует в Azotobacter vinelandii , близкородственном виде. Предполагается, что он функционирует как некодирующая РНК . РНК Pseudomon -1 последовательно имеют нижестоящий rho-независимый терминатор транскрипции .
Межгенная область, содержащая РНК Pseudomon -1, была также обнаружена позже независимым исследованием, основанным на глубоком секвенировании, и названа SPA0122 [2]. Гены, окружающие эту область, предполагают сходство с РНК Spot 42 , [2], но РНК Pseudomonas функционирует для регуляции фермента AlgC [3] . На основании этой информации было принято новое название РНК ErsA . [3] Отрицательно регулирует экспрессию основного порина oprD, ответственного за поглощение антибиотиков карбапенемов , путем спаривания оснований с oprD 5′UTR (что приводит к повышению устойчивости бактерий к меропенему ). [4] ErsA положительно регулирует мРНК amrZ и способствует образованию и подвижности биопленки. [5]
Ссылки
- ^ Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, Yang J, Corbino K, Moy RH, Breaker RR (март 2010 г.). «Сравнительная геномика выявила 104 кандидата на структурированные РНК из бактерий, архей и их метагеномов». Genome Biology . 11 (3): R31. doi : 10.1186/gb-2010-11-3-r31 . PMC 2864571 . PMID 20230605.
- ^ ab Ferrara S, Brugnoli M, De Bonis A, Righetti F, Delvillani F, Dehò G, Horner D, Briani F, Bertoni G (май 2012 г.). "Сравнительное профилирование штаммов Pseudomonas aeruginosa выявляет дифференциальную экспрессию новых уникальных и консервативных малых РНК". PLOS ONE . 7 (5): e36553. Bibcode :2012PLoSO...736553F. doi : 10.1371/journal.pone.0036553 . PMC 3349714 . PMID 22590564.
- ^ ab Ferrara S, Carloni S, Fulco R, Falcone M, Macchi R, Bertoni G (январь 2015 г.). "Посттранскрипционная регуляция связанного с вирулентностью фермента AlgC с помощью σ(22)-зависимой малой РНК ErsA Pseudomonas aeruginosa". Environmental Microbiology . 17 (1): 199– 214. doi :10.1111/1462-2920.12590. PMID 25186153.
- ^ Zhang YF, Han K, Chandler CE, Tjaden B, Ernst RK, Lory S (декабрь 2017 г.). «Исследование регуляторного ландшафта sRNA P. aeruginosa: посттранскрипционный контроль детерминант патогенности и восприимчивости к антибиотикам». Молекулярная микробиология . 106 (6): 919–937 . doi :10.1111/mmi.13857. PMC 5738928. PMID 28976035 .
- ^ Falcone M, Ferrara S, Rossi E, Johansen HK, Molin S, Bertoni G (2018). "Pseudomonas aeruginosa способствует развитию и подвижности биопленки посредством посттранскрипционной модуляции AmrZ". Frontiers in Microbiology . 9 : 238. doi : 10.3389 /fmicb.2018.00238 . PMC 5819304. PMID 29497413.
Внешние ссылки
- Страница для Pseudomon-1 RNA в Rfam
 | Эта статья по молекулярной или клеточной биологии — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее. |
