мотив РНК psaA
| РНК psaA | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура РНК psaA | |
| Идентификаторы | |
| Символ | РНК psaA |
| Рфам | РФ01752 |
| Другие данные | |
| Тип РНК | Цис -регуляторный элемент |
| Домены | цианобактерии |
| Структуры PDB | ПДБе |
Мотив РНК psaA описывает класс РНК с общей вторичной структурой . [1] РНК psaA обнаруживаются исключительно в местах, которые предположительно соответствуют 5'-нетранслируемым областям оперонов , образованных генами psaA и psaB . По этой причине была выдвинута гипотеза, что РНК psaA функционируют как цис-регуляторные элементы этих генов. Гены psaAB кодируют белки , которые образуют субъединицы в структуре фотосистемы I, используемой для фотосинтеза . РНК psaA были обнаружены только у цианобактерий , что согласуется с их связью с фотосинтезом.
Известно, что гены psaAB регулируются у видов цианобактерий, которые не используют РНК psaA , и эта система регуляции включает белки факторов транскрипции . [2] В этой системе экспрессия генов psaAB увеличивается, когда клетки растут при ограниченном количестве света, предположительно, чтобы максимизировать их энергию из ограниченного ресурса. [3] С другой стороны, экспрессия генов снижается, когда уровни света высокие, предположительно, чтобы уменьшить повреждения, которые могут быть вызваны свободными радикалами , являющимися побочным продуктом фотосинтеза. [3] Область мотива РНК psaA соответствует ожидаемой последовательности сайта связывания белка NtcA, который участвует в регуляции азота. [4]
Структурно мотив РНК psaA состоит из довольно сложного расположения стеблей, возникающих в результате спаривания оснований, и многие петли стеблей заканчиваются стабильной тетрапетлей UNCG . Большинство консервативных нуклеотидов в мотиве участвуют в стандартных парах оснований Уотсона-Крика. Однако, поскольку точная функция РНК psaA неизвестна, неизвестно также, какую биохимическую роль играют эти особенности.
Ссылки
- ^ Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, et al. (март 2010 г.). «Сравнительная геномика выявила 104 кандидата на структурированные РНК из бактерий, архей и их метагеномов». Genome Biol . 11 (3): R31. doi : 10.1186/gb-2010-11-3-r31 . PMC 2864571. PMID 20230605 .
- ^ Muramatsu M, Hihara Y (апрель 2007 г.). «Скоординированная реакция на яркий свет генов, кодирующих субъединицы фотосистемы I, достигается с помощью AT-богатых восходящих последовательностей в цианобактерии Synechocystis sp. штамм PCC 6803». J. Bacteriol . 189 (7): 2750– 2758. doi :10.1128/JB.01903-06. PMC 1855792. PMID 17277074 .
- ^ ab Muramatsu M, Hihara Y (июль 2006 г.). «Характеристика промоторов генов psaAB, чувствительных к высокому уровню света, в Synechocystis sp. PCC 6803». Plant Cell Physiol . 47 (7): 878– 890. doi : 10.1093/pcp/pcj060 . PMID 16705009.
- ^ Su Z, Mao F, Dam P и др. (2006). «Вычислительный вывод и экспериментальная проверка регуляторной сети ассимиляции азота в цианобактерии Synechococcus sp. WH 8102». Nucleic Acids Res . 34 (3): 1050–1065 . doi :10.1093/nar/gkj496. PMC 1363776. PMID 16473855 .
Внешние ссылки
- Страница для psaA РНК в Rfam
