Инициатива по стандартам протеомики

Инициатива по стандартам протеомики ( PSI ) — это рабочая группа Организации протеома человека . Ее цель — определить стандарты данных для протеомики , чтобы облегчить сравнение , обмен и проверку данных . [1] [2]

Инициатива по стандартам протеомики фокусируется на следующих темах: минимальная информация о протеомном эксперименте определяет метаданные, которые должны быть предоставлены вместе с протеомным экспериментом. [3] язык разметки данных для кодирования данных и онтологии метаданных для согласованной аннотации и представления.

Минимальная информация о протеомном эксперименте

Минимальная информация об эксперименте по протеомике ( MIAPE ) — это минимальный информационный стандарт , созданный Инициативой по стандартам протеомики Организации протеома человека для отчетности по экспериментам по протеомике. [4] Вы не можете просто представить результаты анализа, он предназначен для указания всей информации, необходимой для однозначной интерпретации результатов эксперимента и потенциального воспроизведения эксперимента. [ требуется ссылка ] Хотя руководящие принципы MIAPE определяют содержание, требуемое для соответствующих отчетов, они не указывают формат, в котором должны быть представлены эти данные (который оставлен для соответствующего формата *ML, также определенного PSI [5] ), и не определяют, как проводить эксперименты. [6]

Рабочие группы

Несколько рабочих групп работают над несколькими документами, охватывающими различные области протеомики : [7]

Рабочая группа по гель-электрофорезу определила требования к отчетности для экспериментов по гель-электрофорезу. Документ находится на стадии рекомендации и был опубликован. [8] Соответствующий формат обмена данными называется GelML, и стабильная версия была выпущена в конце 2007 года. [9]

Рабочая группа по гель-электрофорезу также фокусируется на анализе изображений с помощью рекомендаций по информатике гелевых изображений, которые в настоящее время находятся на этапе публичного рассмотрения, в то время как соответствующий формат обмена является лишь проектом (по состоянию на апрель 2009 г.) [9] .

Рабочая группа по обработке образцов определяет требования, касающиеся всех этапов предварительной обработки образцов , которые проводятся перед применением гель-электрофореза или масс-спектрометрии . Два документа, касающиеся колоночной хроматографии и капиллярного электрофореза, находятся на ранних стадиях разработки, а подготовка и обработка образцов все еще являются проектом (по состоянию на апрель 2009 г.). Формат обмена данными (spML) также находится в стадии разработки. [10]

Документы по масс-спектрометрии [11] и масс-спектрометрической информатике [12] были опубликованы в качестве рекомендаций рабочей группой по масс-спектрометрии.

Рабочая группа выпустила несколько форматов обмена данными: mzML для сбора данных, полученных с помощью масс-спектрометра, который является слиянием предыдущего mzData (разработанного PSI) и mzXML (разработанного в Сиэтлском протеомном центре Института системной биологии); mzIdentML для анализа масс-спектров информатики, который собирает результаты идентификации белков и пептидов из данных масс-спектрометрии; и TraML для выбранного входного файла мониторинга реакции . Наконец, они разрабатывают MS CV , контролируемый словарь для использования с предыдущими форматами файлов. [13]

Рабочая группа PSI по молекулярным взаимодействиям работает только с PSI MI XML , форматом обмена данными, и соответствующими ему онтологиями. Они опубликовали руководство MIMIx (минимальная информация об эксперименте по молекулярному взаимодействию)

Планирование и разработка дизайна исследования, а также выборки и статистического анализа данных. Рекомендации MIAPE также планируются или разрабатываются. [7]

Соответствующие стандартам репозитории протеомики

Существует несколько соответствующих стандартам репозиториев протеомики, позволяющих исследователям публиковать свои данные, соблюдая при этом рекомендации MIAPE. Например: MIAPEGelDB [14] (для данных гель-электрофореза), PRIDE [15] (для данных масс-спектрометрии) и ProteoRed MIAPE Generator tool [16] (для данных гель-электрофореза и масс-спектрометрии)

Ожидается, что редакторы журналов в конечном итоге потребуют от авторов публиковать все свои данные в таких репозиториях перед публикацией [ необходима ссылка ] .

Похожие инициативы

Существуют похожие инициативы, которые пытаются определить минимальные требования. Для микрочипов Общество MGED определило минимальную информацию об эксперименте с микрочипами (MIAME). [17] Стандарты отчетности о диагностической точности (STARD) доступны для исследований, сообщающих о точности медицинской диагностики . [18]

Ссылки

  1. ^ Тейлор, CF; Хермякоб, H.; Джулиан, RK; Гаравелли, JS; Эберсолд, R .; Апвайлер, R. (2006). «Работа Инициативы по стандартам протеомики Организации протеома человека (HUPO PSI)». OMICS: Журнал интегративной биологии . 10 (2): 145–151. doi :10.1089/omi.2006.10.145. PMID  16901219.
  2. ^ "Домашняя страница Инициативы по стандартам протеомики HUPO". Инициатива по стандартам протеомики HUPO . Получено 06.12.2008 .
  3. ^ Тейлор, CF; Патон, Северо-Запад ; Лилли, Канзас; Бинц, Пенсильвания; Джулиан-младший, РК; Джонс, Арканзас; Чжу, В.; Апвейлер, Р .; Эберсольд, Р.; Дойч, EW; Данн, MJ; Черт возьми, AJR; Лейтнер, А.; Махт, М.; Манн, М.; Мартенс, Л.; Нойберт, Т.А.; Паттерсон, SD; Пинг, П.; Сеймур, СЛ; Суда, П.; Цугита, А.; Вандекерхове, Дж.; Вондриска, ТМ; Уайтлегг, Япония; Уилкинс, MR; Ксенарий, И.; Йейтс-младший, младший; Хермякоб, Х. (2007). «Минимальная информация о протеомном эксперименте (МИАПЭ)». Природная биотехнология . 25 (8): 887–893. doi : 10.1038/nbt1329 . PMID  17687369.
  4. ^ "Домашняя страница MIAPE". Инициатива по стандартам протеомики HUPO . Получено 13 мая 2013 г.
  5. ^ Hermjakob, H (2006). «Инициатива стандартов протеомики HUPO — преодоление фрагментации данных протеомики». Practical Proteomics . 6 (S2): 34–38. doi :10.1002/pmic.200600537. PMID  17031794. S2CID  20005411.
  6. ^ Тейлор, Крис (2006). «Минимальные требования к отчетности по протеомике: учебник MIAPE». Practical Proteomics . 6 (S2): 39–44. doi :10.1002/pmic.200600549. PMID  17031795. S2CID  8175511.
  7. ^ ab "Домашняя страница HUPO PSI". Инициатива по стандартам протеомики HUPO . Получено 13 мая 2013 г.
  8. ^ Гибсон, Фрэнк; Ли Андерсон; Дьёрдь Бабнигг; Марк Бейкер; Маттиас Берт; Пьер-Ален Бинц; Энди Бортвик; Фил Кэш; Билли В. Дэй; Дэвид Б. Фридман; Донита Гарланд; Говард Б. Гутштейн; Кристин Хугланд; Нил А. Джонс; Аламгир Хан; Иоахим Клозе; Ангус И. Ламонд; Питер Ф. Лемкин; Кэтрин С. Лилли ; Джонатан Минден; Николас Дж. Моррис; Норман В. Пейтон; Майкл Р. Пизано; Джон Э. Прайм; Тьерри Рабийо; Дэвид А. Стед; Крис Ф. Тейлор; Ханс Вошол; Анил Випат; Эндрю Р. Джонс (2008). «Руководство по отчетности об использовании гель-электрофореза в протеомике». Nat. Biotechnol . 26 (8): 863–864. arXiv : 0904.0694 . doi : 10.1038/nbt0808-863. ISSN  1087-0156. PMID  18688234. S2CID  1231720.
  9. ^ ab "Страница рабочей группы MIAPE Gel Electrophoresis". HUPO Proteomics Standards Initiative . Получено 23.04.2009 .
  10. ^ "Страница рабочей группы MIAPE Sample Processing". HUPO Proteomics Standards Initiative . Получено 23.04.2009 .
  11. ^ Тейлор, Крис Ф.; Пьер-Ален Бинц; Руди Эберсольд; Мишель Аффольтер; Роберт Баркович; Эрик В. Дойч; Дэвид М. Хорн; Андреас Хаммер; Мартин Куссманн; Кэтрин Лилли; Маркус Махт; Маттиас Манн; Дитер Мюллер; Томас А. Нойберт; Дженис Никсон; Скотт Д. Паттерсон; Роберто Расо; Кэтрин Ресинг; Шон Л. Сеймур; Акира Цугита; Иоаннис Ксенариос; Ронг Цзэн; Рэндалл К. Джулиан (2008). «Руководство по отчетности об использовании масс-спектрометрии в протеомике». Nat. Biotechnol . 26 (8): 860–861. doi :10.1038/nbt0808-860. ISSN  1087-0156. PMID  18688232. S2CID  205270031.
  12. ^ Бинц, Пьер-Ален; Роберт Баркович; Рональд К. Бивис; Дэвид Кризи; Дэвид М. Хорн; Рэндалл К. Джулиан; Шон Л. Сеймур; Крис Ф. Тейлор; Ив Ванденбрук (2008). «Руководящие принципы отчетности об использовании масс-спектрометрической информатики в протеомике». Nat. Biotechnol . 26 (8): 862. doi : 10.1038/nbt0808-862 . ISSN  1087-0156. PMID  18688233. S2CID  205270035.
  13. ^ "Страница рабочей группы по масс-спектрометрии MIAPE". HUPO Proteomics Standards Initiative . Получено 23.04.2009 .
  14. ^ "Домашняя страница MIAPEGelDB". ExPASy . Получено 2008-12-07 .
  15. ^ "Домашняя страница базы данных PRIDE PROteomics IDentifications". Европейский институт биоинформатики . Получено 2008-12-07 .
  16. ^ "MIAPE Generator tool". ProteoRed . Архивировано из оригинала 2013-04-15 . Получено 2009-03-06 .
  17. ^ Бразма, Элвис; Паскаль Хингамп; Джон Квакенбуш; Гэвин Шерлок; Пол Спеллман; Крис Стокерт; Джон Аах; Вильгельм Анзорге; Кэтрин А. Болл; Хелен К. Каустон; Терри Гаастерланд; Патрик Глениссон; Фрэнк К. П. Хольстеге; Ирен Ф. Ким; Виктор Марковиц; Джон К. Матезе; Хелен Паркинсон; Алан Робинсон; Угис Сарканс; Штеффен Шульце-Кремер; Джейсон Стюарт; Рональд Тейлор; Яак Вило; Мартин Вингрон (декабрь 2001 г.). «Минимальная информация об эксперименте с микрочипами (MIAME) — к стандартам для данных с микрочипами». Nat Genet . 29 (4): 365–371. doi : 10.1038/ng1201-365 . ISSN  1061-4036. PMID  11726920.
  18. ^ Боссайт, Патрик М.; Йоханнес Б. Рейтсма; Дэвид Э. Брунс; Константин А. Гацонис; Пол П. Гласиу; Лес М. Ирвиг; Дэвид Мохер; Драммонд Ренни; Хенрика К.В. де Вет; Йерун Г. Леймер (1 января 2003 г.). «Заявление STARD об исследованиях диагностической точности: объяснение и разработка». Клин Чем . 49 (1): 7–18. дои : 10.1373/49.1.7 . ПМИД  12507954.
  • Веб-сайт PSI (psidev.info)
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Инициатива_по_стандартам_протеомики&oldid=1170121819"