ProtCID

ProtCID
Содержание
Описание	Аналогичные взаимодействия гомологичных белков в множественных кристаллических формах
Контакт
Исследовательский центр	Онкологический центр Фокс Чейз
Лаборатория	Институт исследований рака
Авторы	Цифан Сюй, Роланд Данбрак
Первичная цитата	Сюй и Данбрак (2011)
Дата выпуска	2010
Доступ
Веб-сайт	http://dunbrack2.fccc.edu/protcid

База данных общих интерфейсов белков ( ProtCID ) представляет собой базу данных схожих интерфейсов белок-белок в кристаллических структурах гомологичных белков . ^[1]^[5]

Его главная цель — идентифицировать и кластеризовать гомодимерные и гетеродимерные интерфейсы, наблюдаемые в множественных кристаллических формах гомологичных белков. Такие интерфейсы, особенно неидентичных белков или белковых комплексов, были связаны с биологически значимыми взаимодействиями. ^[6]

Общий интерфейс в ProtCID указывает на взаимодействия цепь-цепь или домен-домен, которые происходят в различных кристаллических формах. Всем белковым последовательностям известной структуры в Protein Data Bank (PDB) ^[7] назначается « архитектура цепи Pfam », которая обозначает упорядоченные назначения Pfam ^[8] для этой последовательности, например (Pkinase) или (Cyclin_N)_(Cyclin_C). Гомодимерные интерфейсы во всех кристаллах, которые содержат определенные архитектуры доменов или цепей, сравниваются независимо от того, есть ли в кристаллах другие типы белков. Все интерфейсы между двумя различными доменами Pfam или архитектурами Pfam во всех записях PDB, которые их содержат, также сравниваются (например, (Pkinase) и (Cyclin_N)_(Cyclin_C) ). Как для гомодимеров, так и для гетеродимеров интерфейсы кластеризуются в общие интерфейсы на основе оценки сходства.

ProtCID сообщает количество кристаллических форм, содержащих общий интерфейс, количество записей PDB, количество аннотаций биологических сборок PDB и PISA ^[9] , содержащих тот же интерфейс, среднюю площадь поверхности и минимальную идентичность последовательностей белков, содержащих интерфейс. ProtCID обеспечивает независимую проверку общедоступных аннотаций биологических взаимодействий для записей PDB.

ProtCID также содержит интерфейсные кластеры между доменами белков и пептидами, нуклеиновыми кислотами и лигандами.

Смотрите также

Взаимодействие белок-белок

Ссылки

^ ab Xu, Q.; Dunbrack, RL (2010). «База данных общего интерфейса белков (ProtCID) — комплексная база данных взаимодействий гомологичных белков в множественных кристаллических формах». Nucleic Acids Research . 39 (выпуск базы данных): D761–70. doi :10.1093/nar/gkq1059. PMC 3013667. PMID 21036862 .
^ Чжан, X.; Гуреаско, Дж.; Шен, К.; Коул, ПА; Куриян, Дж. (2006). «Аллостерический механизм активации домена киназы рецептора эпидермального фактора роста». Cell . 125 (6): 1137– 1149. doi : 10.1016/j.cell.2006.05.013 . PMID 16777603.
^ Аертгертс, К.; Скин, Р.; Яно, Дж.; Санг, Британская Колумбия-К.; Цзоу, Х.; Снелл, Г.; Дженнингс, А.; Ивамото, К.; Хабука, Н.; Хирокава, А.; Исикава, Т.; Танака, Т.; Мики, Х.; Охта, Ю.; Согабе, С. (2011). «Структурный анализ механизма ингибирования и аллостерической активации киназного домена белка HER2». Журнал биологической химии . 286 (21): 18756–18765 . doi : 10.1074/jbc.M110.206193 . ПМК 3099692 . ПМИД 21454582.
^ Qiu, C.; Tarrant, MK; Choi, SH; Sathyamurthy, A.; Bose, R.; Banjade, S.; Pal, A.; Bornmann, WG; Lemmon, MA ; Cole, PA; Leahy, DJ (2008). "Механизм активации и ингибирования киназы HER4/ErbB4". Структура . 16 (3): 460– 467. doi :10.1016/j.str.2007.12.016. PMC 2858219. PMID 18334220 .
^ Xu, Q; Dunbrack, RL (5 февраля 2020 г.). «ProtCID: ресурс данных для структурной информации о взаимодействиях белков». Nature Communications . 11 (1): 711. Bibcode :2020NatCo..11..711X. doi :10.1038/s41467-020-14301-4. PMC 7002494 . PMID 32024829.
^ Сюй, Цифан; Кэнутеску, Адриан А.; Ван, Гуоли; Шаповалов, Максим; Обрадович, Зоран; Данбрак, Роланд Л. (2008). «Статистический анализ сходства интерфейсов в кристаллах гомологичных белков». Журнал молекулярной биологии . 381 (2): 487– 507. doi :10.1016/j.jmb.2008.06.002. PMC 2573399. PMID 18599072 .
^ Берман, HM; Баттистуз, Т.; Бхат, Теннесси; Блюм, ВФ; Борн, ЧП; Буркхардт, К.; Фэн, З.; Гиллиланд, GL; Айпе, Л.; Джайн, С.; Фэган, П.; Марвин, Дж.; Падилья, Д.; Равичандран, В.; Шнайдер, Б.; Саки, Н.; Вайссиг, Х.; Уэстбрук, доктор юридических наук; Зардецки, К. (2002). «Банк данных о белках». Acta Crystallographica Раздел D. 58 (Часть 6 № 1): 899–907 . Бибкод : 2002AcCrD..58..899B. дои : 10.1107/S0907444902003451 . PMID 12037327.
^ Пунта, М.; Коггилл, ПК; Эберхардт, RY; Мистри, Дж.; Тейт, Дж.; Бурснелл, К.; Панг, Н.; Форслунд, К.; Серик, Г.; Клементс, Дж.; Хегер, А.; Холм, Л.; Зоннхаммер, ЭЛЛ; Эдди, СР; Бейтман, А.; Финн, РД (2011). "База данных семейств белков Pfam". Nucleic Acids Research . 40 (выпуск базы данных): D290 – D301 . doi :10.1093/nar/gkr1065. PMC 3245129. PMID 22127870 .
^ Криссинел, Э.; Хенрик, К. (2007). «Вывод макромолекулярных ансамблей из кристаллического состояния». Журнал молекулярной биологии . 372 (3): 774– 797. doi :10.1016/j.jmb.2007.05.022. PMID 17681537.

Внешние ссылки

http://dunbrack2.fccc.edu/protcid
Интерфейсы, поверхности и сборки белков (PISA)
http://www.rcsb.org

[pmid21036862-1] Xu, Q.; Dunbrack, RL (2010). «База данных общего интерфейса белков (ProtCID) — комплексная база данных взаимодействий гомологичных белков в множественных кристаллических формах». Nucleic Acids Research . 39 (выпуск базы данных): D761–70. doi :10.1093/nar/gkq1059. PMC 3013667. PMID 21036862 .

[2] Чжан, X.; Гуреаско, Дж.; Шен, К.; Коул, ПА; Куриян, Дж. (2006). «Аллостерический механизм активации домена киназы рецептора эпидермального фактора роста». Cell . 125 (6): 1137– 1149. doi : 10.1016/j.cell.2006.05.013 . PMID 16777603.

[3] Аертгертс, К.; Скин, Р.; Яно, Дж.; Санг, Британская Колумбия-К.; Цзоу, Х.; Снелл, Г.; Дженнингс, А.; Ивамото, К.; Хабука, Н.; Хирокава, А.; Исикава, Т.; Танака, Т.; Мики, Х.; Охта, Ю.; Согабе, С. (2011). «Структурный анализ механизма ингибирования и аллостерической активации киназного домена белка HER2». Журнал биологической химии . 286 (21): 18756–18765 . doi : 10.1074/jbc.M110.206193 . ПМК 3099692 . ПМИД 21454582.

[4] Qiu, C.; Tarrant, MK; Choi, SH; Sathyamurthy, A.; Bose, R.; Banjade, S.; Pal, A.; Bornmann, WG; Lemmon, MA ; Cole, PA; Leahy, DJ (2008). "Механизм активации и ингибирования киназы HER4/ErbB4". Структура . 16 (3): 460– 467. doi :10.1016/j.str.2007.12.016. PMC 2858219. PMID 18334220 .

[5] Xu, Q; Dunbrack, RL (5 февраля 2020 г.). «ProtCID: ресурс данных для структурной информации о взаимодействиях белков». Nature Communications . 11 (1): 711. Bibcode :2020NatCo..11..711X. doi :10.1038/s41467-020-14301-4. PMC 7002494 . PMID 32024829.

[pmid18599072-6] Сюй, Цифан; Кэнутеску, Адриан А.; Ван, Гуоли; Шаповалов, Максим; Обрадович, Зоран; Данбрак, Роланд Л. (2008). «Статистический анализ сходства интерфейсов в кристаллах гомологичных белков». Журнал молекулярной биологии . 381 (2): 487– 507. doi :10.1016/j.jmb.2008.06.002. PMC 2573399. PMID 18599072 .

[7] Берман, HM; Баттистуз, Т.; Бхат, Теннесси; Блюм, ВФ; Борн, ЧП; Буркхардт, К.; Фэн, З.; Гиллиланд, GL; Айпе, Л.; Джайн, С.; Фэган, П.; Марвин, Дж.; Падилья, Д.; Равичандран, В.; Шнайдер, Б.; Саки, Н.; Вайссиг, Х.; Уэстбрук, доктор юридических наук; Зардецки, К. (2002). «Банк данных о белках». Acta Crystallographica Раздел D. 58 (Часть 6 № 1): 899–907 . Бибкод : 2002AcCrD..58..899B. дои : 10.1107/S0907444902003451 . PMID 12037327.

[8] Пунта, М.; Коггилл, ПК; Эберхардт, RY; Мистри, Дж.; Тейт, Дж.; Бурснелл, К.; Панг, Н.; Форслунд, К.; Серик, Г.; Клементс, Дж.; Хегер, А.; Холм, Л.; Зоннхаммер, ЭЛЛ; Эдди, СР; Бейтман, А.; Финн, РД (2011). "База данных семейств белков Pfam". Nucleic Acids Research . 40 (выпуск базы данных): D290 – D301 . doi :10.1093/nar/gkr1065. PMC 3245129. PMID 22127870 .

[9] Криссинел, Э.; Хенрик, К. (2007). «Вывод макромолекулярных ансамблей из кристаллического состояния». Журнал молекулярной биологии . 372 (3): 774– 797. doi :10.1016/j.jmb.2007.05.022. PMID 17681537.