Простекобактерии

Простекобактерии
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Веррукомикробиота
Сорт:	Веррукомикробии
Заказ:	Веррукомикробные
Семья:	Verrucomicrobiaceae
Род:	Prosthecobacter ; Staley и др. 1976 ex Staley и др. 1980
Типовой вид
	Prosthecobacter fusiformis; Стейли и др. 1976 г., бывший Стейли и др. 1980 г.
Разновидность
	П. водоросли; P. debontii; P. dejongeii; P. флювиатилис; P. веретеновидная; P. vanneervenii;
Синонимы
	Бревифоллис Оцука и др. 2013;

Род бактерий

Prosthecobacter — род бактерий из типа Verrucomicrobiota с отличительной характеристикой: наличием генов, подобных тубулину . Тубулины, являющиеся компонентами микротрубочек , никогда ранее не наблюдались у Gracilicutes .

Долгое время считалось, что тубулин специфичен для эукариот . Однако совсем недавно было показано, что несколько прокариотических белков связаны с тубулином. ^[2]^[3]^[4]^[5]

Большинство бактерий имеют гомологичную структуру FtsZ . Исключением являются Prosthecobacter , содержащие гены, которые имеют более высокую гомологию последовательностей с эукариотическим тубулином, чем FtsZ.

Эти гены называются бактериальный тубулин a (BtubA) и бактериальный тубулин b (BtubB). Свойства не совсем одинаковы. Однако поверхностные петли и микротрубочки чрезвычайно похожи.

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на Списке названий прокариот, имеющих постоянное место в номенклатуре (LPSN) ^[1] и Национальном центре биотехнологической информации (NCBI) ^[6].

LTP на основе 16S рРНК _08_2023 ^[7]^[8]^[9]

120 маркерных белков на основе GTDB 08-RS214 ^[10]^[11]^[12]

Простекобактерии

	P. fluviatilis Такеда и др. 2008

	P. vanneervenii Hedlund et al. 1998 год

Brevifollis gellanilyticus Оцука и др. 2013

P. debontii Hedlund et al. 1998 год

P. dejongeii Hedlund et al. 1998 год

	P. водоросли Ли и др. 2014

	P. fusiformis Staley и др. 1976 бывший Staley и др. 1980

Простекобактерии

P. vanneervenii

Brevifolis gellanilyticus

P. debontii

	P. dejongeii

	P. веретеновидная

Смотрите также

Ссылки

^ ab JP Euzéby. "Prosthecobacter". Список названий прокариот, имеющих место в номенклатуре (LPSN) . Получено 09.09.2022 .
^ Nogales E, Downing KH, Amos LA, Löwe J (июнь 1998 г.). «Тубулин и FtsZ образуют отдельное семейство ГТФаз». Nature Structural Biology . 5 (6): 451– 8. doi :10.1038/nsb0698-451. PMID 9628483. S2CID 5945125.
^ Jenkins C, Samudrala R, Anderson I, Hedlund BP, Petroni G, Michailova N, Pinel N, Overbeek R, Rosati G, Staley JT (декабрь 2002 г.). «Гены цитоскелетного белка тубулина в бактериальном роде Prosthecobacter». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (26): 17049– 54. Bibcode : 2002PNAS...9917049J. doi : 10.1073/pnas.012516899 . PMC 139267. PMID 12486237 .
^ Ютин Н, Кунин ЕВ (март 2012). "Архейное происхождение тубулина". Biology Direct . 7 : 10. doi : 10.1186/1745-6150-7-10 . PMC 3349469. PMID 22458654 .
^ Larsen RA, Cusumano C, Fujioka A, Lim-Fong G, Patterson P, Pogliano J (июнь 2007 г.). «Тредмиллинг прокариотического тубулин-подобного белка TubZ, необходимого для стабильности плазмиды в Bacillus thuringiensis». Genes & Development . 21 (11): 1340–52 . doi :10.1101/gad.1546107. PMC 1877747 . PMID 17510284.
^ Sayers; et al. "Prosthecobacter". База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 2022-09-09 .
^ "The LTP" . Получено 20 ноября 2023 г. .
^ "Дерево LTP_all в формате newick" . Получено 20 ноября 2023 г.
^ "LTP_08_2023 Release Notes" (PDF) . Получено 20 ноября 2023 г.
^ "GTDB release 08-RS214". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
^ "bac120_r214.sp_label". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.
^ "История таксона". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.

[LPSN-1] JP Euzéby. "Prosthecobacter". Список названий прокариот, имеющих место в номенклатуре (LPSN) . Получено 09.09.2022 .

[pmid9628483-2] Nogales E, Downing KH, Amos LA, Löwe J (июнь 1998 г.). «Тубулин и FtsZ образуют отдельное семейство ГТФаз». Nature Structural Biology . 5 (6): 451– 8. doi :10.1038/nsb0698-451. PMID 9628483. S2CID 5945125.

[Jenkins_2002-3] Jenkins C, Samudrala R, Anderson I, Hedlund BP, Petroni G, Michailova N, Pinel N, Overbeek R, Rosati G, Staley JT (декабрь 2002 г.). «Гены цитоскелетного белка тубулина в бактериальном роде Prosthecobacter». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 99 (26): 17049– 54. Bibcode : 2002PNAS...9917049J. doi : 10.1073/pnas.012516899 . PMC 139267. PMID 12486237 .

[Yutin_2012-4] Ютин Н, Кунин ЕВ (март 2012). "Архейное происхождение тубулина". Biology Direct . 7 : 10. doi : 10.1186/1745-6150-7-10 . PMC 3349469. PMID 22458654 .

[Larsen_2007-5] Larsen RA, Cusumano C, Fujioka A, Lim-Fong G, Patterson P, Pogliano J (июнь 2007 г.). «Тредмиллинг прокариотического тубулин-подобного белка TubZ, необходимого для стабильности плазмиды в Bacillus thuringiensis». Genes & Development . 21 (11): 1340–52 . doi :10.1101/gad.1546107. PMC 1877747 . PMID 17510284.

[NCBI-6] Sayers; et al. "Prosthecobacter". База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 2022-09-09 .

[LTP-7] "The LTP" . Получено 20 ноября 2023 г. .

[8] "Дерево LTP_all в формате newick" . Получено 20 ноября 2023 г.

[9] "LTP_08_2023 Release Notes" (PDF) . Получено 20 ноября 2023 г.

[about-10] "GTDB release 08-RS214". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.

[tree-11] "bac120_r214.sp_label". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.

[taxon_history-12] "История таксона". База данных таксономии генома . Получено 10 мая 2023 г.