ПДПН
Человеческий белок
ПДПН
Доступные структуры
ПДБПоиск ортолога: PDBe RCSB
Идентификаторы
ПсевдонимыПДПН , AGGRUS, GP36, GP40, Gp38, HT1A-1, OTS8, PA2.26, T1A, T1A-2, T1A2, TI1A, подопланин, D2-40
Внешние идентификаторыOMIM : 608863; MGI : 103098; HomoloGene : 4729; GeneCards : PDPN; OMA :PDPN - ортологи
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Энтрез

10630

14726

Ансамбль

ENSG00000162493

ENSMUSG00000028583

UniProt

Q86YL7

Q62011

RefSeq (мРНК)

NM_001290822
NM_010329

RefSeq (белок)

НП_001006625
НП_001006626
НП_006465
НП_938203

NP_001277751
NP_034459

Местоположение (UCSC)Хр 1: 13.58 – 13.62 МбХр 4: 142.99 – 143.03 Мб
Поиск в PubMed[3][4]
Викиданные
Просмотр/редактирование человекаПросмотр/редактирование мыши

Подопланин — это белок , который у людей кодируется геном PDPN . [ 5] [6] [7]

Структура и функции

Подопланин — это белок типа муцина с массой от 36 до 43 кДа. Он относительно хорошо сохраняется между видами, гомологи у людей, мышей, крыс, собак и хомяков. [8]

Этот ген кодирует тип I, интегральный мембранный, сильно O - гликозилированный гликопротеин с разнообразным распределением в тканях человека. Физиологическая функция этого белка может быть связана с его характером муцинового типа. Гомологичный белок у других видов был описан как дифференцировочный антиген и рецептор вируса гриппа. Конкретная функция этого белка не была определена, но он был предложен как маркер повреждения легких. Были идентифицированы альтернативно сплайсированные варианты транскриптов, кодирующие различные изоформы. [7]

Было обнаружено, что этот белок выполняет функции в альвеолярных клетках легких, подоцитах почек и лимфатических эндотелиальных клетках. Совсем недавно этот белок был обнаружен в нервной ткани как в образцах мышей, так и человека. [9]

Эксперименты показали, что подопланин играет роль в правильном формировании связей между сердечно-сосудистой и лимфатической системами, что обычно приводит к жировой дистрофии печени у этих мышей. [9]

Хотя точная функция во многих тканях неизвестна, подопланин, как правило, поддается обнаружению с помощью иммунофлуоресцентного окрашивания и, как было показано, локализуется совместно с белком нестином , белком промежуточных филаментов типа VI, экспрессируемым почти в первую очередь в нервных тканях. [10] В настоящее время единственным известным белком, взаимодействующим с подопланином физиологически, является CLEC-2 , лектин 2 типа C, экспрессируемый на тромбоцитах и ​​гемопоэтических клетках . [11] Оба играют роль в правильном формировании кровеносных/лимфатических связей в эмбриональном развитии.

Клиническое значение

PDPN был широко изучен в области онкологии. Это специфический маркер лимфатических сосудов, и поскольку уровни лимфангиогенеза коррелируют с плохим прогнозом у онкологических больных, его можно использовать в качестве диагностического маркера. [8] Он часто повышается при определенных типах рака, включая несколько типов плоскоклеточного рака , злокачественную мезотелиому и опухоли мозга . [8] Более того, он может повышаться раковыми фибробластами (CAF) в строме опухоли, [8] [12] , где он был связан с плохим прогнозом. [13]

В плоскоклеточных карциномах считается, что PDPN играет ключевую роль в инвазивности раковых клеток, контролируя инвадоподии и, таким образом, опосредуя эффективную деградацию ECM . [14]

Ссылки

  1. ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000162493 – Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000028583 – Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ Циммер Г., Оффнер Ф., Фон Месслинг В., Черниг Т., Грёнесс Х. Дж., Кленк Х. Д., Херрлер Г. (июль 1999 г.). «Клонирование и характеристика gp36, человеческого гликопротеина муцинового типа, преимущественно экспрессируемого в эндотелии сосудов». Биохимический журнал . 341 (Часть 2) (Часть 2): 277– 84. doi :10.1042/0264-6021:3410277. PMC 1220357. PMID  10393083 . 
  6. ^ Ma T, Yang B, Matthay MA, Verkman AS (июль 1998 г.). «Доказательства против роли мыши, крысы и двух клонированных человеческих изоформ t1alpha в качестве водного канала или регулятора водных каналов аквапоринового типа». American Journal of Respiratory Cell and Molecular Biology . 19 (1): 143– 9. doi :10.1165/ajrcmb.19.1.2953. PMID  9651190.
  7. ^ ab «Ген Энтрез: подопланин PDPN».
  8. ^ abcd Astarita JL, Acton SE, Turley SJ (2012). «Подопланин: новые функции в развитии, иммунной системе и раке». Frontiers in Immunology . 3 : 283. doi : 10.3389/fimmu.2012.00283 . PMC 3439854. PMID  22988448 . 
  9. ^ ab Fu J, Герхардт H, МакДэниел JM, Ся Б, Лю X, Иванчу Л, Ню А, Херманс К, Силаси-Мансат Р, МакГи С, Най Э, Джу Т, Рамирес М.И., Кармелиет П., Каммингс Р.Д., Лупу Ф, Ся Л (ноябрь 2008 г.). «Дефицит O-гликана в эндотелиальных клетках вызывает нарушения кровообращения и лимфатической системы и, как следствие, жировую болезнь печени у мышей». Журнал клинических исследований . 118 (11): 3725–37 . doi : 10.1172/JCI36077. ПМЦ 2567837 . ПМИД  18924607. 
  10. ^ Имаидзуми Ю, Амано И, Цуруга Э, Кодзима Х, Сава Ю (октябрь 2010 г.). «Иммуногистохимическое исследование распределения клеток, экспрессирующих подопланин, в развивающихся зачатках коренных зубов мыши». Acta Histochemica et Cytochemica . 43 (5): 115–21 . doi :10.1267/ahc.10023. ПМЦ 2965832 . ПМИД  21060740. 
  11. ^ Herzog BH, Fu J, Wilson SJ, Hess PR, Sen A, McDaniel JM, Pan Y, Sheng M, Yago T, Silasi-Mansat R, McGee S, May F, Nieswandt B, Morris AJ, Lupu F, Coughlin SR, McEver RP, Chen H, Kahn ML, Xia L (октябрь 2013 г.). «Подопланин поддерживает высокую целостность эндотелиальных венул, взаимодействуя с тромбоцитарным CLEC-2». Nature . 502 (7469): 105– 9. Bibcode :2013Natur.502..105H. doi :10.1038/nature12501. PMC 3791160 . PMID  23995678. 
  12. ^ Китано Х, Кагеяма С, Хьюитт С.М., Хаяси Р., Доки Ю, Одзаки Ю, Фуджино С, Такикита М, Кубо Х, Фукуока Дж (октябрь 2010 г.). «Экспрессия подопланина в раковой строме индуцирует лимфангиогенез и предсказывает распространение лимфы и выживаемость пациентов». Архивы патологии и лабораторной медицины . 134 (10): 1520–7 . doi :10.5858/2009-0114-OA.1. ПМЦ 7556323 . ПМИД  20923309. 
  13. ^ Chuang WY, Yeh CJ, Chao YK, Liu YH, Chang YS, Tseng CK, Chang HK, Wan YL, Hsueh C (2014). «Конкордантная экспрессия подопланина в фибробластах и ​​опухолевых клетках, ассоциированных с раком, является неблагоприятным прогностическим фактором при плоскоклеточной карциноме пищевода». Международный журнал клинической и экспериментальной патологии . 7 (8): 4847–56 . PMC 4152045. PMID  25197355 . 
  14. ^ Мартин-Вильяр Э, Борда-д'Агуа Б, Карраско-Рамирес П, Ренарт Дж, Парсонс М, Кинтанилья М, Джонс Дж. Е. (август 2015 г.). «Подопланин опосредует деградацию ЕСМ клетками плоскоклеточного рака посредством контроля стабильности инвадоподий». Онкоген . 34 (34): 4531–44 . doi :10.1038/onc.2014.388. ПМЦ 4430312 . ПМИД  25486435. 

Дальнейшее чтение

  • Вики А., Христофори Г. (январь 2007 г.). «Потенциальная роль подопланина в инвазии опухоли». Британский журнал рака . 96 (1): 1–5 . doi :10.1038/sj.bjc.6603518. ПМК  2360213 . ПМИД  17179989.
  • Robertson NG, Khetarpal U, Gutiérrez-Espeleta GA, Bieber FR, Morton CC (сентябрь 1994 г.). «Выделение новых и известных генов из библиотеки ДНК плода человека с использованием субтрактивной гибридизации и дифференциального скрининга». Genomics . 23 (1): 42– 50. doi :10.1006/geno.1994.1457. PMID  7829101.
  • Cross SH, Charlton JA, Nan X, Bird AP (март 1994). «Очистка CpG-островков с использованием колонки связывания метилированной ДНК». Nature Genetics . 6 (3): 236– 44. doi :10.1038/ng0394-236. PMID  8012384. S2CID  12847618.
  • Bonaldo MF, Lennon G, Soares MB (сентябрь 1996 г.). «Нормализация и вычитание: два подхода к облегчению открытия генов». Genome Research . 6 (9): 791– 806. doi : 10.1101/gr.6.9.791 . PMID  8889548.
  • Като Ю, Фудзита Н, Кунита А, Сато С, Канеко М, Осава М, Цуруо Т (декабрь 2003 г.). «Молекулярная идентификация Aggrus / T1alpha как фактора, индуцирующего агрегацию тромбоцитов, экспрессируемого в колоректальных опухолях». Журнал биологической химии . 278 (51): 51599–605 . doi : 10.1074/jbc.M309935200 . PMID  14522983. S2CID  11119751.
  • Канеко М., Като Ю., Кунита А., Фудзита Н., Цуруо Т., Осава М. (сентябрь 2004 г.). «Функциональный сиалированный О-гликан для агрегации тромбоцитов на молекулах Aggrus (T1alpha/Podoplanin), экспрессируемых в клетках яичника китайского хомячка». Журнал биологической химии . 279 (37): 38838– 43. doi : 10.1074/jbc.M407210200 . PMID  15231832. S2CID  37651644.
  • Мартин-Вильяр Э., Шолль Ф.Г., Гамалло К., Юррита М.М., Муньос-Герра М., Крусес Х., Кинтанилья М. (март 2005 г.). «Характеристика человеческого антигена PA2.26 (T1alpha-2, подопланин), небольшого мембранного муцина, индуцируемого при плоскоклеточном раке полости рта». Международный журнал рака . 113 (6): 899–910 . doi : 10.1002/ijc.20656. hdl : 10261/81190 . PMID  15515019. S2CID  2895153.
  • Schacht V, Dadras SS, Johnson LA, Jackson DG, Hong YK, Detmar M (март 2005 г.). «Повышенная регуляция лимфатического маркера подопланина, трансмембранного гликопротеина муцинового типа, в плоскоклеточных карциномах человека и опухолях зародышевых клеток». The American Journal of Pathology . 166 (3): 913– 21. doi :10.1016/S0002-9440(10)62311-5. PMC  1602360 . PMID  15743802.
  • Оцуки Т, Ота Т, Нисикава Т, Хаяси К, Сузуки Ю, Ямамото Дж, Вакамацу А, Кимура К, Сакамото К, Хатано Н, Каваи Ю, Исии С, Сайто К, Кодзима С, Сугияма Т, Оно Т, Окано К , Ёсикава Ю, Аоцука С, Сасаки Н, Хаттори А, Окумура К, Нагаи К., Сугано С., Исогай Т. (2007). «Сигнальная последовательность и ловушка ключевых слов in silico для отбора полноразмерных кДНК человека, кодирующих секреторные или мембранные белки, из библиотек кДНК с олигокепами». Исследования ДНК . 12 (2): 117–26 . doi : 10.1093/dnares/12.2.117 . ПМИД  16303743.
  • Hultgård-Ekwall AK, Mayerl C, Rubin K, Wick G, Rask-Andersen H (март 2006 г.). «Интерстициальная сеть клеток, экспрессирующих подопланин, в эндолимфатическом протоке человека». Журнал Ассоциации исследований в области отоларингологии . 7 (1): 38– 47. doi :10.1007/s10162-005-0021-8. PMC  2504586. PMID  16408168 .
  • Dumoff KL, Chu CS, Harris EE, Holtz D, Xu X, Zhang PJ, Acs G (май 2006 г.). «Низкая экспрессия подопланина в биопсийном материале до лечения предсказывает плохой прогноз при плоскоклеточном раке шейки матки на поздней стадии, леченном первичной лучевой терапией». Modern Pathology . 19 (5): 708– 16. doi : 10.1038/modpathol.3800580 . PMID  16528371. S2CID  502212.
  • Omachi T, Kawai Y, Mizuno R, Nomiyama T, Miyagawa S, Ohhashi T, Nakayama J (февраль 2007 г.). «Иммуногистохимическая демонстрация пролиферирующих лимфатических сосудов при колоректальной карциноме и ее клинико-патологическое значение». Cancer Letters . 246 ( 1– 2): 167– 72. doi :10.1016/j.canlet.2006.02.013. PMID  16574316.
  • Mishima K, Kato Y, Kaneko MK, Nishikawa R, Hirose T, Matsutani M (май 2006 г.). «Повышенная экспрессия подопланина в злокачественных астроцитарных опухолях как новый молекулярный маркер злокачественной прогрессии». Acta Neuropathologica . 111 (5): 483– 8. doi :10.1007/s00401-006-0063-y. PMID  16596424. S2CID  17760421.
  • Wicki A, Lehembre F, Wick N, Hantusch B, Kerjaschki D, Christofori G (апрель 2006 г.). «Опухолевая инвазия при отсутствии эпителиально-мезенхимального перехода: подопланин-опосредованное ремоделирование актинового цитоскелета». Cancer Cell . 9 (4): 261– 72. doi : 10.1016/j.ccr.2006.03.010 . PMID  16616332.
  • Мисима К., Като Ю., Канеко М.К., Наказава Ю., Кунита А., Фудзита Н., Цуруо Т., Нисикава Р., Хиросе Т., Мацутани М. (июнь 2006 г.). «Экспрессия подопланина в первичных опухолях зародышевых клеток центральной нервной системы: полезный гистологический маркер для диагностики герминомы». Акта Нейропатологика . 111 (6): 563–8 . doi :10.1007/s00401-006-0033-4. PMID  16718353. S2CID  25060022.
  • Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : Q86YL7 (человеческий подопланин) в PDBe-KB .
  • Обзор всей структурной информации, доступной в PDB для UniProt : Q62011 (мышиный подопланин) в PDBe-KB .
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=PDPN&oldid=1268590621"