ФилоXML

PhyloXML — это язык XML для анализа, обмена и хранения филогенетических деревьев (или сетей) и связанных с ними данных. ^[1] Структура phyloXML описывается языком XML Schema Definition ( XSD ).

Недостатком текущих форматов описания филогенетических деревьев (таких как Nexus и Newick/New Hampshire ) является отсутствие стандартизированных средств для аннотирования узлов и ветвей дерева с помощью отдельных полей данных (которые в случае базового дерева видов могут быть: названия видов, длины ветвей и, возможно, множественные значения поддержки). Хранение и обмен данными еще более обременительны в исследованиях, в которых деревья являются результатом согласования определенного рода:

• исследования функций генов (требуется аннотация узлов с таксономической информацией, а также названиями генов и, возможно, данными о дупликации генов)
• эволюция взаимодействий хозяина и паразита (требуется аннотация узлов дерева с таксономической информацией как для хозяина, так и для паразита)
• филогеографические исследования (требуется аннотация узлов дерева с таксономической и географической информацией)

Чтобы облегчить эту проблему, стали использоваться различные специальные форматы (например, формат NHX, ориентированный на потребности исследований функций генов и филогеномики).

Четко определенный формат XML решает эти проблемы общим и расширяемым образом и обеспечивает взаимодействие между специализированным и универсальным программным обеспечением.

Примером программы для визуализации phyloXML является Archaeopteryx .

<phyloxml xmlns:xsi= "http://www.w3.org/2001/XMLSchema-instance" xsi:schemaLocation= "http://www.phyloxml.org http://www.phyloxml.org/1.10/phyloxml.xsd" xmlns= "http://www.phyloxml.org" > <phylogeny rooted= "true" > <name> пример из книги профессора Джо Фельзенштейна "Выводы филогений" </name> <description> Критерий Байеса на основе выравнивания MAFFT </description> <clade> <clade branch_length= "0.06" > <confidence type= "probability" > 0.88 </confidence> <clade branch_length= "0.102" > <name> A </name> </clade> <clade branch_length= "0.23" > <name> B </name> </clade> </clade> <clade branch_length= "0.5" > <name> C </name> </clade> </clade> </phylogeny> </phyloxml>                                       

• www.phyloxml.org
• Программа Археоптерикс