Фосфорибозиламиноимидазолсукцинокарбоксамидсинтаза
| САЙКАР-синтаза | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Фосфорибозиламиноимидазол сукцинокарбоксамид синтетаза октамер, Человек | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Номер ЕС | 6.3.2.6 | ||||||||
| Номер CAS | 9023-67-0 | ||||||||
| Базы данных | |||||||||
| ИнтЭнз | IntEnz вид | ||||||||
| БРЕНДА | запись BRENDA | ||||||||
| ExPASy | NiceZyme вид | ||||||||
| КЕГГ | запись KEGG | ||||||||
| МетаЦик | метаболический путь | ||||||||
| ПРИАМ | профиль | ||||||||
| Структуры PDB | RCSB PDB PDBe PDBsum | ||||||||
| Генная онтология | AmiGO / QuickGO | ||||||||
| |||||||||
| САЙКАР-синтетаза | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Структурная геномика, белок TM1243 (синтетаза SAICAR) | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | SAICAR_синтезатор | ||||||||
| Пфам | ПФ01259 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR001636 | ||||||||
| ПРОСИТ | PDOC00810 | ||||||||
| СКОП2 | 1a48 / ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ / SUPFAM | ||||||||
| CDD | cd00476 | ||||||||
| |||||||||
В молекулярной биологии домен белка SAICAR-синтаза является ферментом, который катализирует реакцию для создания SAICAR . В энзимологии этот фермент также известен как фосфорибозиламиноимидазолсукцинокарбоксамидсинтаза ( EC 6.3.2.6). Это фермент , который катализирует химическую реакцию
- АТФ + 5-амино-1-(5-фосфо-D-рибозил)имидазол-4-карбоксилат + L-аспартат АДФ + фосфат + (S)-2-[5-амино-1-(5-фосфо-D-рибозил)имидазол-4-карбоксамидо]сукцинат
Тремя субстратами этого фермента являются АТФ , 5-амино-1-(5-фосфо-D-рибозил)имидазол-4-карбоксилат и L-аспартат , тогда как его тремя продуктами являются АДФ , фосфат и (S)-2-[5-амино-1-(5-фосфо-D-рибозил)имидазол-4-карбоксамидо]сукцинат.
Этот фермент относится к семейству лигаз , а именно к тем, которые образуют связи углерод-азот как лигазы кислоты-D-аминокислоты (пептидсинтазы). Систематическое название этого класса ферментов — 5-амино-1-(5-фосфо-D-рибозил)имидазол-4-карбоксилат:L-аспартатлигаза (АДФ-образующая) . Этот фермент участвует в метаболизме пуринов .
Это особое семейство белков имеет огромное значение, поскольку оно встречается во всех трех областях жизни. Это седьмой шаг в пути биосинтеза пуринов . Пурины жизненно важны для всех клеток, поскольку они участвуют в энергетическом метаболизме и синтезе ДНК . [1] Кроме того, они представляют особый интерес для научных исследователей, поскольку изучение пути биосинтеза пуринов может привести к разработке химиотерапевтических препаратов. [2] Это связано с тем, что большинство видов рака не имеют пути спасения для адениновых нуклеотидов и полностью полагаются на путь SAICAR. [3]
Домен белка
Этот домен белка обнаружен в эукариотах , бактериях и археях . Он жизненно важен для живых организмов, поскольку катализирует этап в пути биосинтеза пуринов, который способствует энергетическому метаболизму и синтезу ДНК .
Функция домена белка
У бактерий и растений этот домен белка катализирует только синтез SAICAR. Однако у млекопитающих он также катализирует активность фосфорибозиламиноимидазолкарбоксилазы (AIRC). [3]
Структура домена белка
Этот конкретный белок представляет собой октамер, состоящий из 8 идентичных субъединиц. Каждый мономер состоит из центрального домена и С-концевой альфа-спирали . Центральный домен состоит из пятицепочечного параллельного бета-слоя , окруженного тремя альфа-спиралями с одной стороны листа и двумя альфа-спиралями с другой, образуя трехслойный (альфа-бета-альфа) сэндвич. [4]
Структурные исследования
По состоянию на конец 2007 года для этого класса ферментов было решено 10 структур с кодами доступа PDB 1A48, 1KUT, 1OBD, 1OBG, 2CNQ, 2CNU, 2CNV, 2GQR, 2GQS и 2H31.
Другие распространённые названия
- фосфорибозиламиноимидазол-сукцинокарбоксамид синтетаза ,
- PurC ,
- САЙКАР-синтетаза ,
- 4-(N-сукцинокарбоксамид)-5-аминоимидазолсинтетаза ,
- 4-[(N-сукциниламино)карбонил]-5-аминоимидазол рибонуклеотид ,
- синтетаза ,
- SAICAR ,
- фосфорибозиламиноимидазолсукцинокарбоксамидсинтетаза ,
- 5-аминоимидазол-4-N-сукцинокарбоксамид рибонуклеотидсинтетаза .
Ссылки
- ^ Brown AM, Hoopes SL, White RH, Sarisky CA (2011). «Биосинтез пуринов у архей: вариации на тему». Biol Direct . 6 : 63. doi : 10.1186/1745-6150-6-63 . PMC 3261824. PMID 22168471 .
- ^ Cheng X, Lu G, Qi J, Cheng H, Gao F, Wang J и др. (2010). «Клонирование, экспрессия, очистка, кристаллизация и предварительный рентгеноструктурный анализ синтазы SAICAR из Streptococcus suis серотипа 2». Acta Crystallogr F . 66 (Pt 8): 909– 12. doi :10.1107/S1744309110020518. PMC 2917288 . PMID 20693665.
- ^ ab Ginder ND, Binkowski DJ, Fromm HJ, Honzatko RB (2006). "Нуклеотидные комплексы фосфорибозиламиноимидазол сукцинокарбоксамидсинтетазы Escherichia coli". J Biol Chem . 281 (30): 20680– 8. doi : 10.1074/jbc.M602109200 . PMID 16687397.
- ^ Mathews II, Kappock TJ, Stubbe J, Ealick SE (1999). «Кристаллическая структура Escherichia coli PurE, необычной мутазы в пути биосинтеза пуринов». Структура . 7 (11): 1395– 406. doi : 10.1016/S0969-2126(00)80029-5 . PMID 10574791.
- LUKENS LN, BUCHANAN JM (1959). "Биосинтез пуринов. XXIV. Ферментативный синтез 5-амино-1-рибозил-4-имидазолкарбоновой кислоты 5'-фосфата из 5-амино-1-рибосилимидазол 5'-фосфата и диоксида углерода". J. Biol. Chem . 234 (7): 1799– 805. doi : 10.1016/S0021-9258(18)69929-6 . PMID 13672967.
- Паркер Дж. (1984). «Идентификация продукта гена purC Escherichia coli». J. Bacteriol . 157 (3): 712–7 . doi : 10.1128/JB.157.3.712-717.1984. PMC 215316. PMID 6365889.
- Ebbole DJ, Zalkin H (1987). «Клонирование и характеристика кластера из 12 генов Bacillus subtilis, кодирующего девять ферментов для синтеза пуриновых нуклеотидов de novo». J. Biol. Chem . 262 (17): 8274– 87. doi : 10.1016/S0021-9258(18)47560-6 . PMID 3036807.
- Chen ZD, Dixon JE, Zalkin H (1990). "Клонирование кДНК куриной печени, кодирующей 5-аминоимидазол рибонуклеотид карбоксилазу и 5-аминоимидазол-4-N-сукцинокарбоксамид рибонуклеотид синтетазу, путем функциональной комплементарности мутантов Escherichia coli pur". Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 87 (8): 3097– 101. Bibcode :1990PNAS...87.3097C. doi : 10.1073/pnas.87.8.3097 . PMC 53841 . PMID 1691501.
- O'Donnell AF, Tiong S, Nash D, Clark DV (2000). "Ген ade5 Drosophila melanogaster кодирует бифункциональный фермент для двух этапов в пути синтеза пурина de novo". Genetics . 154 (3): 1239– 53. doi :10.1093/genetics/154.3.1239. PMC 1460979 . PMID 10757766.
- Nelson SW, Binkowski DJ, Honzatko RB, Fromm HJ (2005). "Механизм действия синтетазы фосфорибозиламиноимидазолсукцинокарбоксамида Escherichia coli". Биохимия . 44 (2): 766– 74. doi :10.1021/bi048191w. PMID 15641804. S2CID 41673787.
