PhagesDB
 | This article contains promotional content. (April 2018) |
| Основан | Апрель 2010 г. |
|---|---|
| Расположение |
|
| Участники | 20 366 (по состоянию на 15.03.2022) |
Ключевые люди | Доктор Грэм Хэтфулл (профессор HHMI), Дэн Рассел (веб-мастер), Дебби Джейкобс-Сера (координатор программы Phagehunting), доктор Уэлкин Х. Поуп (доцент-исследователь) и доктор Викнеш Сиванатан (руководитель программы HHMI) |
| Принадлежность | SEA-PHAGES (Альянс по научному образованию – Охотники за фагами, продвигающие геномику и эволюционную науку) |
| Веб-сайт | phagesdb.org |
База данных Actinobacteriophage , более известная как PhagesDB , представляет собой интерактивный, всеобъемлющий веб-сайт, поддерживаемый базой данных, который собирает и распространяет информацию, связанную с открытием, характеристикой и геномикой вирусов, которые обычно заражают хозяев Actinobacterial. Она используется для сравнения этих фагов и их геномных аннотаций , что позволяет исследовательскому сообществу публиковать новые результаты для анализа. База данных содержит информацию о более чем 8000 бактериофагах , а также более чем 1600 полностью секвенированных фагах. [1]
Дизайн и особенности
Создание PhagesDB было выполнено с использованием Django , среды хостинга сервера. [2] PhagesDB имеет отдельные записи для каждого отдельного вируса в базе данных, а также отдельную страницу GeneMark, позволяющую пользователю перекрестно ссылаться на положение геномов для обеспечения точности данных. PhagesDB может использоваться сам по себе, но оказывается более точным при использовании в сотрудничестве с другим сайтом по биоинформатике, таким как NCBI Blast. [3] В таблице ниже указаны различные типы (по роду бактериального хозяина) и количество секвенированных фагов:
| Секвенированные типы фагов | Последовательность чисел |
|---|---|
| Актинопланы | 1 |
| Артробактерии | 240 |
| Бревибактерия | 2 |
| Коринебактерии | 12 |
| Гордония | 296 |
| Кочурия | 4 |
| Микробактерия | 98 |
| Микобактерии | 1590 |
| Пропионибактерии | 55 |
| Родококк | 53 |
| Ротия | 1 |
| Стрептомицеты | 167 |
| Тетрасфера | 1 |
| Цукамурелла | 2 |
Пользователь может просматривать информацию о группах фагов различными способами. [4] [5] PhagesDB содержит сведения о геномах фагов на уровне аминокислот , которые секвенированы путем интеграции с Phamerator. [6] [7]
Доступ и права на данные
Информация, опубликованная в этой базе данных, может свободно просматриваться любым человеком, а также доступен интерфейс прикладного программирования (API). [8] PhagesDB хранит некоторые неопубликованные данные, которые отсутствуют на каком-либо носителе, включая недавно выполненные геномные последовательности. [9]
Смотрите также
Ссылки
- ^ Рассел ДА, Хэтфулл ГФ, [1] "PhagesDB: база данных актинобактериофагов"
- ^ "Веб-фреймворк для перфекционистов с дедлайнами | Django". www.djangoproject.com . Получено 11.04.2018 .
- ^ Рассел, Дэниел А.; Хэтфулл, Грэм Ф. (2017-03-01). «PhagesDB: база данных актинобактериофагов». Биоинформатика . 33 (5): 784– 786. doi :10.1093/bioinformatics/btw711. ISSN 1367-4803. PMC 5860397. PMID 28365761 .
- ^ "База данных актинобактериофагов". phagesdb.org . Получено 11.04.2018 .
- ^ "База данных актинобактериофагов | Сравнение фагов". phagesdb.org . Получено 11.04.2018 .
- ^ "Phamerator". phamerator.org . Получено 2018-04-18 .
- ^ Cresawn, SG (2011). "Phamerator: биоинформатический инструмент для сравнительной геномики бактериофагов". BMC Bioinform . 12 : 395. doi : 10.1186/1471-2105-12-395 . PMC 3233612. PMID 21991981 .
- ^ "Swagger UI". phagesdb.org . Получено 2018-04-16 .
- ^ "База данных актинобактериофагов | Условия использования". phagesdb.org . Получено 16.04.2018 .
Внешние ссылки
- Домашняя страница
