Фаг r1t семейство холинов

Семейство предполагаемых порообразующих белков

Семейство фагов Lactococcus lactis r1t Holin (r1t Holin) (TC# 1.E.18) представляет собой семейство предполагаемых порообразующих белков, которые обычно имеют размер от 65 до 95 аминокислотных остатков (aas) в длину, хотя было обнаружено, что несколько r1t холинов значительно больше (т. е. 168 aa, 4 TMS, нехарактеризованный холин Rhodococcus opacus ; TC# 1.E.18.1.9). Фаговые r1t холины демонстрируют от 2 до 4 трансмембранных сегментов (TMS), причем 4 белка TMS являются результатом внутригенной дупликации области 2 TMS. Представительный список белков, принадлежащих к семейству r1t холинов, можно найти в Базе данных классификации транспортеров. ^[1]

Функция и выражение

Геном фага r1t Lactococcus lactis включает два смежных гена, orf48 и orf49 , которые кодируют Orf48 (TC# 1.E.18.1.1; 75 аминокислот) и лизин Orf49 (270 аминокислот), вероятно, N-ацетил-мурамоил-L-аланинамидазу , соответственно. Orf48 демонстрирует 2 предполагаемых гидрофобных трансмембранных сегмента (TMS), разделенных короткой областью β-поворота. Он также имеет гидрофобный N-конец и высокозаряженный C-конец . Orf48/Orf49 составляют кассету лизиса фага r1t. Была продемонстрирована существенная роль Orf49 в лизисе клеток Orf48. ^[2]

Orf48 гомологичен холину Gp4 фага Mycobacterium Ms6 (TC# 1.E.18.1.2). ^[3] Как и большинство двухцепочечных (ds) ДНК-фагов, микобактериофаг Ms6 использует систему холина-эндолизина для достижения лизиса своего хозяина. В дополнение к генам эндолизина ( lysA ) и холина ( hol ), Ms6 кодирует три дополнительных белка лизиса. Была выявлена функция лизиса Gp1, кодируемая геном gp1 , который находится непосредственно выше lysA . ^[4]

Catalão et al. наблюдали лизис Escherichia coli после коэкспрессии LysA и Gp1 в отсутствие холина Ms6. Gp1 не принадлежит к классу белков холина, но имеет несколько общих характеристик с молекулярными шаперонами . Авторы предполагают, что Gp1 взаимодействует с LysA, и что это взаимодействие необходимо для доставки LysA к его цели. Слияния PhoA показали, что в Mycobacterium smegmatis LysA экспортируется в экстрацитоплазматическую среду в присутствии Gp1, что необходимо для эффективного лизиса M. smegmatis , поскольку делеция Ms6 gp1 приводит к дефектам лизиса хозяина. Catalao et al. предположили, что доставка эндолизина Ms6 в слой муреина осуществляется с помощью Gp1, белка, подобного шаперону, холин-независимым образом. ^[4]

Транспортная реакция, катализируемая фагом r1t Orf48, выглядит следующим образом:

лизин (вход) → лизин (выход)

Смотрите также

Дальнейшее чтение

Каталан, Мария Жуан; Гил, Филиппа; Мониш-Перейра, Хосе; Пиментель, Мадалена (01.06.2011). «Функциональный анализ холинподобных белков микобактериофага Ms6». Журнал бактериологии 193 (11): 2793–2803. дои : 10.1128/JB.01519-10. ISSN 1098-5530. ПМЦ 3133122. ПМИД 21441511.

Ссылки

^ "1.E.18 Семейство фагов Lactococcus lactis r1t Holin (r1t Holin)". База данных классификации транспортеров . Получено 28.03.2016 .
^ ван Синдерен, Д.; Карсенс, Х.; Кок, Дж.; Терпстра, П.; Руитерс, Миннесота; Венема, Г.; Наута, А. (1 марта 1996 г.). «Анализ последовательности и молекулярная характеристика умеренного лактококкового бактериофага r1t» (PDF) . Молекулярная микробиология . 19 (6): 1343–1355 . doi :10.1111/j.1365-2958.1996.tb02478.x. ISSN 0950-382X. PMID 8730875. S2CID 10182620.
^ Гарсия, Мигель; Пиментель, Мадалена; Монис-Перейра, Хосе (2002-06-01). «Экспрессия генов лизиса микобактериофага Ms6 управляется двумя сигма(70)-подобными промоторами и зависит от сигнала терминации транскрипции, присутствующего в лидерной РНК». Журнал бактериологии . 184 (11): 3034– 3043. doi :10.1128/jb.184.11.3034-3043.2002. ISSN 0021-9193. PMC 135080. PMID 12003945 .
^ аб Каталан, Мария Жуан; Гил, Филиппа; Мониш-Перейра, Хосе; Пиментель, Мадалена (1 августа 2010 г.). «Микобактериофаг Ms6 кодирует шапероноподобный белок, участвующий в доставке эндолизина к пептидогликану». Молекулярная микробиология . 77 (3): 672–686 . doi : 10.1111/j.1365-2958.2010.07239.x . ISSN 1365-2958. PMID 20545844. S2CID 29630013.

На момент редактирования эта статья использует контент из "1.E.18 The Lactococcus lactis Phage r1t Holin (r1t Holin) Family" , который лицензирован таким образом, что позволяет повторное использование в соответствии с Creative Commons Attribution-ShareAlike 3.0 Unported License , но не в соответствии с GFDL . Все соответствующие условия должны быть соблюдены.

[1] "1.E.18 Семейство фагов Lactococcus lactis r1t Holin (r1t Holin)". База данных классификации транспортеров . Получено 28.03.2016 .

[2] ван Синдерен, Д.; Карсенс, Х.; Кок, Дж.; Терпстра, П.; Руитерс, Миннесота; Венема, Г.; Наута, А. (1 марта 1996 г.). «Анализ последовательности и молекулярная характеристика умеренного лактококкового бактериофага r1t» (PDF) . Молекулярная микробиология . 19 (6): 1343–1355 . doi :10.1111/j.1365-2958.1996.tb02478.x. ISSN 0950-382X. PMID 8730875. S2CID 10182620.

[3] Гарсия, Мигель; Пиментель, Мадалена; Монис-Перейра, Хосе (2002-06-01). «Экспрессия генов лизиса микобактериофага Ms6 управляется двумя сигма(70)-подобными промоторами и зависит от сигнала терминации транскрипции, присутствующего в лидерной РНК». Журнал бактериологии . 184 (11): 3034– 3043. doi :10.1128/jb.184.11.3034-3043.2002. ISSN 0021-9193. PMC 135080. PMID 12003945 .

[:0-4] аб Каталан, Мария Жуан; Гил, Филиппа; Мониш-Перейра, Хосе; Пиментель, Мадалена (1 августа 2010 г.). «Микобактериофаг Ms6 кодирует шапероноподобный белок, участвующий в доставке эндолизина к пептидогликану». Молекулярная микробиология . 77 (3): 672–686 . doi : 10.1111/j.1365-2958.2010.07239.x . ISSN 1365-2958. PMID 20545844. S2CID 29630013.