Тег пептидной последовательности

Тег пептидной последовательности — это часть информации о пептиде, полученная с помощью тандемной масс-спектрометрии , которая может быть использована для идентификации этого пептида в базе данных белков . ^[1]^[2]^[3]

Масс-спектрометрия

В общем, пептиды можно идентифицировать, фрагментируя их в масс-спектрометре . Например, во время диссоциации, вызванной столкновением, пептиды сталкиваются с газом внутри масс-спектрометра и распадаются на части по своим пептидным связям . Образующиеся фрагментные ионы (называемые b-ионами и y-ионами) имеют разницу масс, соответствующую остаточным массам соответствующих аминокислот . Таким образом, тандемный масс-спектр содержит частичную информацию об аминокислотной последовательности пептида. Подход с использованием меток пептидной последовательности, разработанный Маттиасом Вильмом и Маттиасом Манном в EMBL , ^[4] использует эту информацию для идентификации пептида в базе данных. Вкратце, пара масс извлекается из спектра для получения метки пептидной последовательности. Эта метка пептидной последовательности является уникальным идентификатором определенного пептида и может использоваться для его поиска в базе данных, содержащей все возможные пептидные последовательности.

Обозначение фрагмента пептида

Была разработана нотация для обозначения фрагментов пептидов, которые возникают из тандемного масс-спектра. ^[5] Ионы фрагментов пептидов обозначаются как a, b или c, если заряд сохраняется на N-конце , и как x, y или z, если заряд сохраняется на C-конце . Нижний индекс указывает количество аминокислотных остатков во фрагменте. Символы со штрихом указывают количество протонов или водородов, добавленных к фрагменту для образования наблюдаемого иона. Например, y'' обозначает однозарядный ион, аналогичный протонированному пептиду, (y''') ²⁺ — двухзарядный ион, аналогичный дважды протонированному пептиду. ^[6]

Смотрите также

Ссылки

^ Hardouin J (2007). «Информация о последовательности белка с помощью матрично-ассистированной лазерной десорбции/ионизации в масс-спектрометрии с распадом источника». Mass Spectrometry Reviews . 26 (5): 672– 82. Bibcode : 2007MSRv...26..672H. doi : 10.1002/mas.20142. PMID 17492750.
^ Shadforth I, Crowther D, Bessant C (2005). «Алгоритмы идентификации белков и пептидов с использованием MS для использования в высокопроизводительных автоматизированных конвейерах». Proteomics . 5 (16): 4082– 95. doi :10.1002/pmic.200402091. PMID 16196103. S2CID 38068737.
^ Mørtz E, O'Connor PB, Roepstorff P, Kelleher NL, Wood TD, McLafferty FW, Mann M (1996). "Идентификация последовательностей меток интактных белков путем сопоставления данных масс-спектроскопии тандена с базами данных последовательностей". Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 93 (16): 8264– 7. Bibcode :1996PNAS...93.8264M. doi : 10.1073/pnas.93.16.8264 . PMC 38658 . PMID 8710858.
^ Манн М., Вильм М. (1994). «Устойчивая к ошибкам идентификация пептидов в базах данных последовательностей с помощью тегов пептидных последовательностей». Anal. Chem . 66 (24): 4390– 9. doi :10.1021/ac00096a002. PMID 7847635.
^ ab Roepstorff P, Fohlman J (1984). "Предложение по общей номенклатуре для ионов последовательности в масс-спектрах пептидов". Biomed. Mass Spectrom . 11 (11): 601. doi :10.1002/bms.1200111109. PMID 6525415.
^ Tang XJ, Thibault P, Boyd RK (октябрь 1993 г.). «Реакции фрагментации множественно протонированных пептидов и их значение для секвенирования с помощью тандемной масс-спектрометрии с диссоциацией, вызванной низкоэнергетическими столкновениями». Anal. Chem. 65 (20): 2824– 34. doi :10.1021/ac00068a020. PMID 7504416.

Внешние ссылки

Программа поиска пептидов
SPIDER: Инструмент поиска на основе тегов последовательностей
Учебное пособие по пептидной последовательности

[pmid17492750-1] Hardouin J (2007). «Информация о последовательности белка с помощью матрично-ассистированной лазерной десорбции/ионизации в масс-спектрометрии с распадом источника». Mass Spectrometry Reviews . 26 (5): 672– 82. Bibcode : 2007MSRv...26..672H. doi : 10.1002/mas.20142. PMID 17492750.

[pmid16196103-2] Shadforth I, Crowther D, Bessant C (2005). «Алгоритмы идентификации белков и пептидов с использованием MS для использования в высокопроизводительных автоматизированных конвейерах». Proteomics . 5 (16): 4082– 95. doi :10.1002/pmic.200402091. PMID 16196103. S2CID 38068737.

[pmid8710858-3] Mørtz E, O'Connor PB, Roepstorff P, Kelleher NL, Wood TD, McLafferty FW, Mann M (1996). "Идентификация последовательностей меток интактных белков путем сопоставления данных масс-спектроскопии тандена с базами данных последовательностей". Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 93 (16): 8264– 7. Bibcode :1996PNAS...93.8264M. doi : 10.1073/pnas.93.16.8264 . PMC 38658 . PMID 8710858.

[pmid7847635-4] Манн М., Вильм М. (1994). «Устойчивая к ошибкам идентификация пептидов в базах данных последовательностей с помощью тегов пептидных последовательностей». Anal. Chem . 66 (24): 4390– 9. doi :10.1021/ac00096a002. PMID 7847635.

[pmid6525415-5] Roepstorff P, Fohlman J (1984). "Предложение по общей номенклатуре для ионов последовательности в масс-спектрах пептидов". Biomed. Mass Spectrom . 11 (11): 601. doi :10.1002/bms.1200111109. PMID 6525415.

[pmid7504416-6] Tang XJ, Thibault P, Boyd RK (октябрь 1993 г.). «Реакции фрагментации множественно протонированных пептидов и их значение для секвенирования с помощью тандемной масс-спектрометрии с диссоциацией, вызванной низкоэнергетическими столкновениями». Anal. Chem. 65 (20): 2824– 34. doi :10.1021/ac00068a020. PMID 7504416.