Парабактероиды

Парабактероиды
Научная классификация
Домен:	Бактерии
Тип:	Бактероидота
Сорт:	Бактероидии
Заказ:	Бактероиды
Семья:	" Таннерелловые "
Род:	Парабактероиды; Сакамото и Бенно 2006
Типовой вид
	Парабактероиды дистасонис ;
Разновидность
	P. acidifaciens; P. bouchesdurhonensis; P.chartae; P. chinchillae; P. chongii; P. distasonis; P. faecavium ; P. faecis; P. goldsteinii; P. gordonii; P. hominis ; P. intestinavium ; P. intestinigallinarum ; P. intestinipullorum ; P. johnsonii; P. Massiliensis; P. merdae; P. pacaensis; P. pekinense ; P.vencensis ; P. timonensis

Род бактерий

Parabacteroides — грамотрицательный , анаэробный , неспорообразующий род из семейства Tannerellaceae .^[2]^[3]^[4]^[5]

Впервые выделенный из фекального образца в 1933 году, типовой штамм Parabacteroides distasonis изначально был классифицирован под названием Bacteroides distasonis. ^[6] Штамм был переклассифицирован в новый род Parabacteroides в 2006 году. ^{[7] В настоящее время} Parabacteroides включают 21 филогенетически, экологически и метаболически разнообразный вид, 11 из которых валидно опубликованы в таксономической базе данных List of Prokaryotic names with Standing in Nomenclature (LPSN). ^[2]

В пределах рода Parabacteroides виды P. distasonis и P. goldsteinii связаны с полезными эффектами для здоровья человека, связанными с их неотъемлемой ролью в микробиоте кишечника вдоль пищеварительного тракта. ^[8]^[9]^[10]

Таксономия

Номер идентификатора таксона , используемый для прокариотического рода Parabacteroides, — 516255. ^[2] Родительский таксон происходит из бактериального семейства Tannerellaceae , идентифицированного под номером 29533 в онлайн- базе данных LPSN . ^[2]

Геномика

Геномы Parabacteroides сильно варьируются как между видами, так и в пределах одного штамма. Например, геномы, выделенные из типового штамма P. distasonis, имеют размер от приблизительно 4,5 до 5,2 Мб ( мегабаз ) и кодируют более 2000 функциональных белков , что свидетельствует о существенной вариабельности в пределах вида. ^[11]

Разновидность

Род Parabacteroides включает следующие виды, 11 из которых валидно опубликованы в Списке названий прокариот, имеющих постоянное место в номенклатуре (LPSN): ^[2]


Действительно назван LPSN ^[2]	Недействительно названо LPSN ^[2]
P. acidifaciens Wang et al. 2019 год P. chartae Тан и др. 2012 P. chinchillae Kitahara et al. 2013 год P. chongii Ким и др. 2019 P. distasonis (Эггерт и Ганьон, 1933 г.) Сакамото и Бенно, 2006 г. P. faecis Sakamoto et al. 2015 год P. goldsteinii (Сонг и др., 2006 г.) Сакамото и Бенно, 2006 г. P. gordonii Sakamoto et al. 2009 год P. hominis Лю и др. 2022 P. johnsonii Sakamoto et al. 2007 год P. merdae (Джонсон и др., 1986 г.) Сакамото и Бенно, 2006 г.	P. bouchesdurhonensis Dione et al. 2018 год P. faecavium Gilroy et. в 2021 году P. intestinavium Gilroy et al. 2021 год P. intestinigallinarum Gilroy et al. 2021 год P. intestinipullorum Gilroy et al. 2021 год P. Massiliensis Bellali et al. 2019 год P. pacaensis Benabdelkader et al. 2020 год P. pekinense Ли и др. 2022 P. provencensis Бенабделькадер и др. 2020 P. timonensis Bilen et al. 2019 год

Роль в микросреде кишечника человека

Часть бактериального порядка Bacteroidales , присутствующего в кишечнике человека , Parabacteroides обычно встречаются в микросреде кишечника. Виды Parabacteroides составляют значительный компонент микробиоты вдоль пищеварительного тракта , извлекая выгоду из комменсальных отношений с человеческим организмом. Кишечная микробиота также приносит пользу человеческому хозяину , модулируя основные процессы, связанные с метаболизмом в микросреде кишечника. ^[12]

P. distasonis и P. goldsteinii , в частности, образуют биопленки в микробиоте кишечника , что позволяет этим видам выживать в суровых условиях и поддерживать обильные популяции в экстремальных средах с pH.^[8] Недавние исследования проливают свет на новые возможности применения Parabacteroides в качестве пробиотиков , поддерживая сбалансированный состав микробиоты как преимущество для здоровья пищеварительной системы человека.^[8] И P. distasonis , и P. goldsteinii проявляют противоожирительное действие посредством выработки вторичных желчных кислот и сукцината в микросреде кишечника.^[8]^[10] Исследованиявидов Parabacteroides P. distasonis раскрывают метаболические преимущества этого механизма, включая контроль набора веса, снижение гипергликемии и улучшение течения гепатостеатоза и других метаболических заболеваний.^[9]

Ссылки

^ abcdefghijklmnopqrstu vw Parte, AC "Parabacteroides". ЛПСН .
^ abcdefg "Род: Parabacteroides". lpsn.dsmz.de . Получено 2022-11-18 .
^ "UniProt". www.uniprot.org . Получено 2022-11-18 .
^ Руководство Берджи по систематической бактериологии. Дэвид Р. Бун, Ричард В. Кастенхольц, Джордж М. Гаррити (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer. 2011. ISBN 978-0-387-98771-2. OCLC 45951601.{{cite book}}: CS1 maint: другие ( ссылка )
^ Механизмы микробных заболеваний Шехтера. Моселио Шехтер, Н. Кэри Энглберг, Виктор Дж. ДиРита, Теренс Дермоди (5-е изд.). Филадельфия: Wolters Kluwer Health/Lippincott Williams & Wilkins. 2013. ISBN 978-0-7817-8744-4. OCLC 769141612.{{cite book}}: CS1 maint: другие ( ссылка )
^ Эггерт, AH; Ганьон, BH (1933). «Бактероиды человеческих фекалий». Журнал бактериологии . 25 (4): 389– 413. doi :10.1128/jb.25.4.389-413.1933. ISSN 0021-9193. PMC 533498. PMID 16559622 .
^ Sakamoto, Mitsuo; Benno, YoshimiYR 2006 (2006). «Реклассификация Bacteroides distasonis, Bacteroides goldsteinii и Bacteroides merdae как Parabacteroides distasonis gen. nov., comb. nov., Parabacteroides goldsteinii comb. nov. и Parabacteroides merdae comb. nov». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (7): 1599– 1605. doi : 10.1099/ijs.0.64192-0 . ISSN 1466-5034. PMID 16825636.{{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )
^ abcd Ван, Кай; Ляо, Минфан; Чжоу, Нань; Бао, Ли; Делать; Чжэн, Чжунъюн; Ван, Юйцзин; Лю, Чанг; Ван, Вэньчжао; Ван, Цзюнь; Лю, Шуан-Цзян; Лю, Хунвэй (02 января 2019 г.). «Parabacteroides distasonis облегчает ожирение и метаболические дисфункции за счет выработки сукцината и вторичных желчных кислот». Отчеты по ячейкам . 26 (1): 222–235.e5. дои : 10.1016/j.celrep.2018.12.028 . ISSN 2211-1247. PMID 30605678. S2CID 58618693.
^ Аб Цзэн, Цян; Ли, Дунфан; Он, Юань; Ли, Иньху; Ян, Чжэньюй; Чжао, Сяолань; Лю, Яньхун; Ван, Ю; Сунь, Цзин; Фэн, Синь; Ван, Фэй; Чен, Цзясин; Чжэн, Юэцзе; Ян, Юнхун; Сунь, Сюэлинь (17 сентября 2019 г.). «Различные маркеры микробиоты кишечника для классификации метаболических нарушений, связанных с ожирением». Научные отчеты . 9 (1): 13424. Бибкод : 2019NatSR...913424Z. doi : 10.1038/s41598-019-49462-w. ISSN 2045-2322. ПМК 6748942 . PMID 31530820. S2CID 202580919.
^ ab Wu, Tsung-Ru; Lin, Chuan-Sheng; Chang, Chih-Jung; Lin, Tzu-Lung; Martel, Jan; Ko, Yun-Fei; Ojcius, David M.; Lu, Chia-Chen; Young, John D.; Lai, Hsin-Chih (2019-02-01). "Кишечный комменсал Parabacteroides goldsteinii играет доминирующую роль в противоожирительном эффекте полисахаридов, выделенных из Hirsutella sinensis". Gut . 68 (2): 248– 262. doi :10.1136/gutjnl-2017-315458. ISSN 0017-5749. PMID 30007918. S2CID 51628274.
^ Yang, Falong; Kumar, Anand; Davenport, Karen Walston; Kelliher, Julia Mae; Ezeji, Jessica C.; Good, Caryn E.; Jacobs, Michael R.; Conger, Mathew; West, Gail; Fiocchi, Claudio; Cominelli, Fabio; Dichosa, Armand Earl Ko; Rodriguez-Palacios, Alexander (2019-09-05). "Полная последовательность генома штамма Parabacteroides distasonis (CavFT hAR46), выделенного из микроповреждения стенки кишечника у пациента с тяжелой болезнью Крона". Объявления о ресурсах по микробиологии . 8 (36): e00585–19. doi :10.1128/MRA.00585-19. ISSN 2576-098X. PMC 6728636. PMID 31488526 .
^ Роллс, Эдмунд Т. (2016). «Системы вознаграждения в мозге и питании». Ежегодный обзор питания . 36 (1): 435– 470. doi :10.1146/annurev-nutr-071715-050725. PMID 27146018.

Дальнейшее чтение

Крог, Тегер Йенсен; Агергаард, Шарлотта Нильсен; Мёллер-Йенсен, Якоб; Юстесен, Ульрик Стенц (20 августа 2015 г.). «Проект геномной последовательности Parabacteroides goldsteinii с предполагаемыми новыми металло-β-лактамазами, выделенными из культуры крови пациента-человека». Геномные объявления . 3 (4): e00937-15. doi :10.1128/геномA.00937-15. ПМЦ 4543511 . ПМИД 26294633.
Sakamoto, M; Benno, Y (июль 2006 г.). «Реклассификация Bacteroides distasonis, Bacteroides goldsteinii и Bacteroides merdae как Parabacteroides distasonis gen. nov., comb. nov., Parabacteroides goldsteinii comb. nov. и Parabacteroides merdae comb. nov». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (ч. 7): 1599– 605. doi : 10.1099/ijs.0.64192-0 . PMID 16825636.
Билен, Мельхем; Кадоре, Фредерик; Дауд, Зиад; Фурнье, Пьер-Эдуар; Рауль, Дидье (декабрь 2016 г.). «Parabacteroides timonensis sp. nov., выявлен в стуле человека». Журнал микробиома человека . 2 : 1– 2. doi : 10.1016/j.humic.2016.10.002 .
Версалович, Джеймс (2011). Руководство по клинической микробиологии (10-е изд.). Вашингтон, округ Колумбия: ASM Press. ISBN 978-1-555-81463-2.
Гофна, Ури (2013). Горизонтальный перенос генов в эволюции . Нью-Йорк, Нью-Йорк: Springer. ISBN 978-1-461-47780-8.

[Parabacteroides-1] qrstu vw Parte, AC "Parabacteroides". ЛПСН .

[:02-2] "Род: Parabacteroides". lpsn.dsmz.de . Получено 2022-11-18 .

[:1-3] "UniProt". www.uniprot.org . Получено 2022-11-18 .

[:2-4] Руководство Берджи по систематической бактериологии. Дэвид Р. Бун, Ричард В. Кастенхольц, Джордж М. Гаррити (2-е изд.). Нью-Йорк: Springer. 2011. ISBN 978-0-387-98771-2. OCLC 45951601.{{cite book}}: CS1 maint: другие ( ссылка )

[:3-5] Механизмы микробных заболеваний Шехтера. Моселио Шехтер, Н. Кэри Энглберг, Виктор Дж. ДиРита, Теренс Дермоди (5-е изд.). Филадельфия: Wolters Kluwer Health/Lippincott Williams & Wilkins. 2013. ISBN 978-0-7817-8744-4. OCLC 769141612.{{cite book}}: CS1 maint: другие ( ссылка )

[6] Эггерт, AH; Ганьон, BH (1933). «Бактероиды человеческих фекалий». Журнал бактериологии . 25 (4): 389– 413. doi :10.1128/jb.25.4.389-413.1933. ISSN 0021-9193. PMC 533498. PMID 16559622 .

[:4-7] Sakamoto, Mitsuo; Benno, YoshimiYR 2006 (2006). «Реклассификация Bacteroides distasonis, Bacteroides goldsteinii и Bacteroides merdae как Parabacteroides distasonis gen. nov., comb. nov., Parabacteroides goldsteinii comb. nov. и Parabacteroides merdae comb. nov». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 56 (7): 1599– 1605. doi : 10.1099/ijs.0.64192-0 . ISSN 1466-5034. PMID 16825636.{{cite journal}}: CS1 maint: числовые имена: список авторов ( ссылка )

[:0-8] Ван, Кай; Ляо, Минфан; Чжоу, Нань; Бао, Ли; Делать; Чжэн, Чжунъюн; Ван, Юйцзин; Лю, Чанг; Ван, Вэньчжао; Ван, Цзюнь; Лю, Шуан-Цзян; Лю, Хунвэй (02 января 2019 г.). «Parabacteroides distasonis облегчает ожирение и метаболические дисфункции за счет выработки сукцината и вторичных желчных кислот». Отчеты по ячейкам . 26 (1): 222–235.e5. дои : 10.1016/j.celrep.2018.12.028 . ISSN 2211-1247. PMID 30605678. S2CID 58618693.

[:5-9] Аб Цзэн, Цян; Ли, Дунфан; Он, Юань; Ли, Иньху; Ян, Чжэньюй; Чжао, Сяолань; Лю, Яньхун; Ван, Ю; Сунь, Цзин; Фэн, Синь; Ван, Фэй; Чен, Цзясин; Чжэн, Юэцзе; Ян, Юнхун; Сунь, Сюэлинь (17 сентября 2019 г.). «Различные маркеры микробиоты кишечника для классификации метаболических нарушений, связанных с ожирением». Научные отчеты . 9 (1): 13424. Бибкод : 2019NatSR...913424Z. doi : 10.1038/s41598-019-49462-w. ISSN 2045-2322. ПМК 6748942 . PMID 31530820. S2CID 202580919.

[:6-10] Wu, Tsung-Ru; Lin, Chuan-Sheng; Chang, Chih-Jung; Lin, Tzu-Lung; Martel, Jan; Ko, Yun-Fei; Ojcius, David M.; Lu, Chia-Chen; Young, John D.; Lai, Hsin-Chih (2019-02-01). "Кишечный комменсал Parabacteroides goldsteinii играет доминирующую роль в противоожирительном эффекте полисахаридов, выделенных из Hirsutella sinensis". Gut . 68 (2): 248– 262. doi :10.1136/gutjnl-2017-315458. ISSN 0017-5749. PMID 30007918. S2CID 51628274.

[11] Yang, Falong; Kumar, Anand; Davenport, Karen Walston; Kelliher, Julia Mae; Ezeji, Jessica C.; Good, Caryn E.; Jacobs, Michael R.; Conger, Mathew; West, Gail; Fiocchi, Claudio; Cominelli, Fabio; Dichosa, Armand Earl Ko; Rodriguez-Palacios, Alexander (2019-09-05). "Полная последовательность генома штамма Parabacteroides distasonis (CavFT hAR46), выделенного из микроповреждения стенки кишечника у пациента с тяжелой болезнью Крона". Объявления о ресурсах по микробиологии . 8 (36): e00585–19. doi :10.1128/MRA.00585-19. ISSN 2576-098X. PMC 6728636. PMID 31488526 .

[12] Роллс, Эдмунд Т. (2016). «Системы вознаграждения в мозге и питании». Ежегодный обзор питания . 36 (1): 435– 470. doi :10.1146/annurev-nutr-071715-050725. PMID 27146018.