PSORTDb
 | |
| Содержание | |
|---|---|
| Описание | база данных субклеточной локализации белков |
| Организмы | Прокариоты |
| Контакт | |
| Исследовательский центр | Университет Саймона Фрейзера |
| Лаборатория | Кафедра молекулярной биологии и биохимии |
| Авторы | Себастьен Рей |
| Первичная ссылка | Рей и др. (2005) [1] |
| Дата выпуска | 2010 (версия 2.0) |
| Доступ | |
| Веб-сайт | http://db.psort.org/ |
| Разнообразный | |
| Лицензия | Стандартная общественная лицензия GNU |
| Версия | 2.0 |
PSORTdb — это база данных субклеточной локализации белков (SCL) для бактерий и архей . Она является членом семейства биоинформатических инструментов PSORT. [ 1] База данных состоит из двух наборов данных, ePSORTdb и cPSORTdb, которые содержат информацию, определенную посредством экспериментальной проверки и вычислительного прогнозирования соответственно. Набор данных ePSORTdb — это крупнейшая курируемая коллекция экспериментально проверенных данных SCL. [2]
PSORTdb был изначально разработан в 2005 году для того, чтобы содержать прогнозы субклеточной локализации белков для бактерий. [3] Вычислительные прогнозы в наборе данных cPSORTdb были получены с помощью инструмента PSORT PSORTb 2.0, самого точного предиктора SCL того времени. [3] [4]
Вторая и текущая версия PSORTdb была выпущена в 2010 году. Записи в базе данных автоматически генерируются по мере того, как новые секвенированные прокариотические геномы становятся доступными через NCBI . На момент второго выпуска ePSORTdb содержал более 12 000 записей для бактериальных белков и 800 записей для архейных белков; cPSORTdb содержал предсказания SCL для более чем 3 700 000 белков в общей сложности. Данные ePSORTdb получены из ручного поиска литературы (с использованием PubMed ), а также аннотаций Swiss-Prot . Предсказания cPSORTdb генерируются с использованием обновленного инструмента PSORTb 3.0. [3]
Доступ к PSORTdb можно получить через веб-интерфейс или через BLAST . Вся база данных также доступна для загрузки по лицензии GNU General Public License . Каждый термин в базе данных связан с идентификатором из Gene Ontology , чтобы обеспечить интеграцию с другими биоинформатическими ресурсами. [1]
По состоянию на 2014 год PSORTdb поддерживается лабораторией Фионы Бринкман в Университете Саймона Фрейзера . [5] [6]
Смотрите также
Ссылки
- ^ abc Rey, Sébastien; Acab Michael; Gardy Jennifer L; Laird Matthew R; deFays Katalin; Lambert Christophe; Brinkman Fiona SL (январь 2005 г.). "PSORTdb: база данных субклеточной локализации белков для бактерий". Nucleic Acids Res . 33 (выпуск базы данных): D164–8. doi :10.1093/nar/gki027. PMC 539981. PMID 15608169 .
- ^ "PSORTdb :: Home" . Получено 1 сентября 2014 г. .
- ^ abc Yu, NY; Laird, MR; Spencer, C.; Brinkman, FSL (10 ноября 2010 г.). "PSORTdb — расширенная, автоматически обновляемая, удобная для пользователя база данных субклеточной локализации белков для бактерий и архей". Nucleic Acids Research . 39 (База данных): D241 – D244 . doi :10.1093/nar/gkq1093. PMC 3013690 . PMID 21071402.
- ^ Gardy, JL; Laird, MR; Chen, F; Rey, S; Walsh, CJ; Ester, M; Brinkman, FS (1 марта 2005 г.). "PSORTb v.2.0: расширенное предсказание субклеточной локализации бактериальных белков и выводы, полученные из сравнительного анализа протеома". Bioinformatics . 21 (5): 617– 23. doi : 10.1093/bioinformatics/bti057 . PMID 15501914.
- ^ "PSORTdb :: About" . Получено 1 сентября 2014 г. .
- ^ "Computational Tools Developed - Fiona Brinkman Laboratory" . Получено 1 сентября 2014 г. .
Внешние ссылки
- http://db.psort.org/
