Мотив РНК PGK
| ПГК | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура и сохранение последовательности РНК PGK | |
| Идентификаторы | |
| Символ | ПГК |
| Рфам | РФ03040 |
| Другие данные | |
| Тип РНК | Цис-рег |
| ТАК | SO:0005836 |
| Структуры PDB | ПДБе |
Мотив PGK РНК представляет собой консервативную структуру РНК , которая была открыта биоинформатикой . [1] РНК мотива PGK обнаружены в метагеномных последовательностях, выделенных из желудочно - кишечного тракта млекопитающих . РНК PGK еще не были (по состоянию на 2018 год) обнаружены в классифицированном организме.
РНК с мотивом PGK, вероятно, функционируют как цис-регуляторные элементы , ввиду их расположения выше генов, кодирующих белки . Действительно, РНК находятся выше нескольких генов, кодирующих негомологичные белки . Если бы все примеры РНК находились выше гомологичных генов, то существовала бы вероятность, что РНК сохранились в этом положении просто по наследству. Негомология генов ниже РНК COG2908 делает этот сценарий менее вероятным.
Гены, которые, по-видимому, регулируются РНК PGK, включают те, которые кодируют фосфоглицераткиназу и ацетилглюкозаминилтрансферазу неизвестной субстратной специфичности (см. также Гликозилтрансфераза ), а также менее распространенные классы генов. За РНК PGK обычно следуют Rho-независимые терминаторы транскрипции , которые могут быть частью механизма регуляции генов, используемого мотивом РНК PGK.
Ссылки
- ^ Weinberg Z, Lünse CE, Corbino KA, Ames TD, Nelson JW, Roth A, Perkins KR, Sherlock ME, Breaker RR (октябрь 2017 г.). «Обнаружение 224 структурированных РНК-кандидатов путем сравнительного анализа определенных подмножеств межгенных регионов». Nucleic Acids Res . 45 (18): 10811– 10823. doi :10.1093/nar/gkx699. PMC 5737381. PMID 28977401 .
