PDLIM3
Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens
PDLIM3
Идентификаторы
ПсевдонимыPDLIM3 , ALP, PDZ и LIM домен 3
Внешние идентификаторыОМИМ : 605889; МГИ : 1859274; гомологен : 8710; GeneCards : PDLIM3; OMA :PDLIM3 — ортологи
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Энтрез

27295

53318

Ансамбль

ENSG00000154553

ENSMUSG00000031636

UniProt

Q53GG5

О70209

РефСек (мРНК)

NM_001114107
NM_001257962
NM_001257963
NM_014476

NM_016798
NM_001374652

RefSeq (белок)

NP_001107579
NP_001244891
NP_001244892
NP_055291

NP_058078
NP_001361581

Местоположение (UCSC)Хр 4: 185,5 – 185,54 МбХр 8: 46.34 – 46.37 Мб
Поиск в PubMed[3][4]
Викиданные
Просмотр/редактирование человекаПросмотр/редактирование мыши

Актин-ассоциированный белок LIM (ALP) , также известный как PDZ и белок домена LIM 3, представляет собой белок , который у людей кодируется геном PDLIM3 . [ 5] [6] [7] ALP высоко экспрессируется в сердечной и скелетной мышце , где он локализуется в Z-дисках и вставочных дисках . ALP выполняет функцию усиления сшивания актина альфа -актинином-2 , а также, по-видимому, необходим для формирования камеры правого желудочка и сократительной функции.

Структура

ALP существует в основном в виде двух альтернативно сплайсированных вариантов: белок 39,2 кДа (364 аминокислоты) в скелетных мышцах и белок 34,3 кДа (316 аминокислот) в сердечной мышце и гладких мышцах . [8] [9] [10] ALP имеет N-концевой домен PDZ и C-концевой домен LIM . Кроме того, подсемейство ALP содержит специфический домен из 34 аминокислот, называемый мотивом ALP, содержащим консенсусные последовательности протеинкиназы C. [11] Домен PDZ ALP связывается с альфа-актинином-2 , в частности с его спектрин-подобными повторами. [12] Домен PDZ представляет собой мотив, состоящий из 80-120 аминокислот с консервативными последовательностями из четырех остатков GLGF, которые обычно взаимодействуют с C-концами белков цитоскелета. [13] Область гетерогенности в двух изоформах находится между доменом PDZ и доменом LIM . [10] ALP локализована в хромосоме 4q35. [12] Было показано, что делеция muscleblind-like 1 у мышей может изменить схему сплайсинга PDLIM3 . [14]

Функция

Исследования показали, что ALP присутствует на первой стадии миофибрилогенеза, где он связан с альфа-актинином-2 , и эта связь остается неизменной в зрелых миофибриллах , где ALP локализуется в Z-дисках и вставочных дисках . Однако альфа-актинин-2 не требуется для нацеливания ALP на Z-линии . [15] Исследования на мышах с нокаутом ALP показали, что ALP облегчает сшивание актиновых филаментов альфа-актинином-2 , а отсутствие ALP вызывает аномальное формирование камеры правого желудочка , дисплазию и кардиомиопатию . [16] Дальнейшие исследования с использованием систолической деформации эпикарда правого желудочка и анализа геометрического ремоделирования у этих животных показали, что отсутствие ALP снижает сократительную функцию правого желудочка и изменяет характер гипертрофического ремоделирования сердца. [17] Два исследования, в которых использовались интегративные геномные подходы для изучения генетических модификаторов отложения коллагена [18] или внутренней аэробной способности бега (ARC) [19] , сопоставили PDLIM3 с соответствующими локусами количественных признаков , что позволяет предположить, что ALP может быть вовлечена в молекулярные сети, связанные с этими сердечными явлениями.

Клиническое значение

У 10 пациентов наблюдалась перицентрическая инверсия хромосомы 4 с сопутствующими сердечными дефектами, связанными с терминальными делециями 4q35.1, которые могут влиять на PDLIM3 . [20]

Взаимодействия

ALP взаимодействует с:

Ссылки

  1. ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000154553 – Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000031636 – Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ Bouju S, Piétu G, Le Cunff M, Cros N, Malzac P, Pellissier JF, Pons F, Léger JJ, Auffray C, Dechesne CA (январь 1999 г.). «Исключение гена мышечно-специфического актин-ассоциированного LIM-белка (ALP) из генов-кандидатов 4q35 плече-лопаточно-лопаточной мышечной дистрофии (FSHD)». Нейромышечные расстройства . 9 (1): 3–10. doi :10.1016/S0960-8966(98)00087-X. PMID  10063829. S2CID  24449614.
  6. ^ Piétu G, Alibert O, Guichard V, Lamy B, Bois F, Leroy E, Mariage-Sampson R, Houlgatte R, Soularue P, Auffray C (июнь 1996 г.). «Новые транскрипты генов, преимущественно экспрессируемые в мышцах человека, выявленные с помощью количественной гибридизации массива кДНК высокой плотности». Genome Research . 6 (6): 492–503. doi : 10.1101/gr.6.6.492 . PMID  8828038.
  7. ^ «Ген Энтреза: PDLIM3 PDZ и LIM домен 3».
  8. ^ "Последовательность белка для человеческого PDZ и LIM домена белка 3 (Uniprot: Q53GG5-2)". Cardiac Organellar Protein Atlas Knowledgebase (COPaKB) . Архивировано из оригинала 22 июня 2015 г. . Получено 22 июня 2015 г. .
  9. ^ "Последовательность белка для человеческого PDZ и LIM домена белка 3 (Uniprot: Q53GG5)". Cardiac Organellar Protein Atlas Knowledgebase (COPaKB) . Архивировано из оригинала 22 июня 2015 г. . Получено 22 июня 2015 г. .
  10. ^ ab Pomiès P, Macalma T, Beckerle MC (октябрь 1999 г.). «Очистка и характеристика связывающего альфа-актинин белка PDZ-LIM, который активируется во время мышечной дифференциации». Журнал биологической химии . 274 (41): 29242–50. doi : 10.1074/jbc.274.41.29242 . PMID  10506181.
  11. ^ Te Velthuis AJ, Isogai T, Gerrits L, Bagowski CP (7 февраля 2007 г.). "Взгляд на молекулярную эволюцию семейства PDZ/LIM и идентификация нового консервативного белкового мотива". PLOS ONE . ​​2 (2): e189. Bibcode :2007PLoSO...2..189T. doi : 10.1371/journal.pone.0000189 . PMC 1781342 . PMID  17285143. 
  12. ^ abc Xia H, Winokur ST, Kuo WL, Altherr MR, Bredt DS (октябрь 1997 г.). «Актинин-ассоциированный белок LIM: идентификация доменного взаимодействия между PDZ и спектрин-подобными повторными мотивами». Журнал клеточной биологии . 139 (2): 507–15. doi :10.1083/jcb.139.2.507. PMC 2139795. PMID  9334352 . 
  13. ^ Ponting CP, Phillips C (март 1995). «Домены DHR в синтрофинах, нейрональных NO-синтазах и других внутриклеточных белках». Trends in Biochemical Sciences . 20 (3): 102–3. doi :10.1016/s0968-0004(00)88973-2. PMID  7535955.
  14. ^ Dixon DM, Choi J, El-Ghazali A, Park SY, Roos KP, Jordan MC, Fishbein MC, Comai L, Reddy S (12 марта 2015 г.). "Потеря muscleblind-like 1 приводит к сердечной патологии и сохранению изоформ эмбрионального сплайсинга". Scientific Reports . 5 : 9042. Bibcode :2015NatSR...5E9042D. doi :10.1038/srep09042. PMC 4356957 . PMID  25761764. 
  15. ^ Henderson JR, Pomiès P, Auffray C, Beckerle MC (март 2003 г.). «Распределение ALP и MLP во время миофибриллогенеза в культивируемых кардиомиоцитах». Cell Motility and the Cytoskeleton . 54 (3): 254–65. doi :10.1002/cm.10102. PMID  12589684.
  16. ^ ab Pashmforoush M, Pomiès P, Peterson KL, Kubalak S, Ross J, Hefti A, Aebi U, Beckerle MC, Chien KR (май 2001 г.). «Взрослые мыши с дефицитом актин-ассоциированного белка LIM-домена обнаруживают путь развития правожелудочковой кардиомиопатии». Nature Medicine . 7 (5): 591–7. doi :10.1038/87920. PMID  11329061. S2CID  1781328.
  17. ^ Lorenzen-Schmidt I, McCulloch AD, Omens JH (июль 2005 г.). «Дефицит актин-ассоциированного белка LIM изменяет региональную функцию правого желудочка и гипертрофическое ремоделирование». Annals of Biomedical Engineering . 33 (7): 888–96. doi :10.1007/s10439-005-3604-y. PMC 4482468 . PMID  16060528. 
  18. ^ Lodder EM, Scicluna BP, Beekman L, Arends D, Moerland PD, Tanck MW, Adriaens ME, Bezzina CR (декабрь 2014 г.). «Интегративный геномный подход идентифицирует несколько генов, участвующих в отложении сердечного коллагена». Circulation: Cardiovascular Genetics . 7 (6): 790–8. doi : 10.1161/CIRCGENETICS.114.000537 . PMID  25217174.
  19. ^ Lee SJ, Ways JA, Barbato JC, Essig D, Pettee K, DeRaedt SJ, Yang S, Weaver DA, Koch LG, Cicila GT (сентябрь 2005 г.). «Профилирование экспрессии генов левых желудочков в модели крысы с внутренней аэробной способностью к бегу». Physiological Genomics . 23 (1): 62–71. CiteSeerX 10.1.1.321.9888 . doi :10.1152/physiolgenomics.00251.2004. PMID  16033863. 
  20. ^ Maurin ML, Labrune P, Brisset S, Le Lorc'h M, Pineau D, Castel C, Romana S, Tachdjian G (февраль 2009 г.). «Молекулярно-цитогенетическая характеристика дупликации 4p15.1-pter и делеции 4q35.1-qter в рекомбинанте перицентрической инверсии хромосомы 4». American Journal of Medical Genetics Часть A. 149A ( 2): 226–31. doi :10.1002/ajmg.a.32603. PMID  19161154. S2CID  205310317.

Дальнейшее чтение

  • Маруяма К, Сугано С (январь 1994). «Олиго-кэппинг: простой метод замены кэп-структуры эукариотических мРНК олигорибонуклеотидами». Gene . 138 (1–2): 171–4. doi :10.1016/0378-1119(94)90802-8. PMID  8125298.
  • Xia H, Winokur ST, Kuo WL, Altherr MR, Bredt DS (октябрь 1997 г.). «Актинин-ассоциированный белок LIM: идентификация доменного взаимодействия между PDZ и спектрин-подобными повторными мотивами». Журнал клеточной биологии . 139 (2): 507–15. doi :10.1083/jcb.139.2.507. PMC  2139795. PMID  9334352 .
  • Suzuki Y, Yoshitomo-Nakagawa K, Maruyama K, Suyama A, Sugano S (октябрь 1997 г.). «Конструирование и характеристика библиотеки ДНК с полной длиной и обогащенной 5'-концом». Gene . 200 (1–2): 149–56. doi :10.1016/S0378-1119(97)00411-3. PMID  9373149.
  • Klaavuniemi T, Kelloniemi A, Ylänne J (июнь 2004 г.). «Подобный ZASP мотив в связанном с актинином белке LIM необходим для взаимодействия с альфа-актининовым стержнем и для нацеливания на мышечную Z-линию». Журнал биологической химии . 279 (25): 26402–10. doi : 10.1074/jbc.M401871200 . PMID  15084604.

´* Браун AK, О'Коннор PJ, Робертс TE, Уэйкфилд RJ, Карим Z, Эмери P (май 2006 г.). «Ультрасонография для ревматологов: разработка образовательных результатов, основанных на конкретных компетенциях». Annals of the Rheumatic Diseases . 65 (5): 629–36. doi :10.1136/ard.2005.039974. PMC 1798129. PMID  16192291 . 

  • Arola AM, Sanchez X, Murphy RT, Hasle E, Li H, Elliott PM, McKenna WJ, Towbin JA, Bowles NE (апрель 2007 г.). «Мутации в PDLIM3 и MYOZ1, кодирующих белки линии миоцитов Z, редко встречаются при идиопатической дилатационной кардиомиопатии». Молекулярная генетика и метаболизм . 90 (4): 435–40. doi :10.1016/j.ymgme.2006.12.008. PMID  17254821.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=PDLIM3&oldid=1212888538"