ОксиС РНК

ОксиС РНК
ОксиС РНК
	Предсказанная вторичная структура и сохранение последовательности OxyS
Идентификаторы
Символ	ОксиС
Рфам	РФ00035
Другие данные
Тип РНК	Ген ; мРНК
Домены	Бактерии
ТАК	SO:0000384
Структуры PDB	ПДБе

РНК-семейство

OxyS РНК — это небольшая некодирующая РНК , которая индуцируется в ответ на окислительный стресс в Escherichia coli . Эта РНК действует как глобальный регулятор для активации или подавления экспрессии до 40 генов с помощью антисмыслового механизма, включая транскрипционный активатор, кодируемый fhlA, и субъединицу сигма(s) РНК-полимеразы, кодируемую rpoS . ^[1] OxyS связывается с белком Hfq , что увеличивает взаимодействие РНК OxyS с ее целевыми сообщениями. ^[2]^[3] Связывание с Hfq изменяет конформацию OxyS. ^[4] Считается, что РНК из 109 нуклеотидов состоит из трех стеблей-петель .

Целевые гены

Ряд дополнительных целей был предсказан и проверен с помощью анализа микрочипов. ^[5] Они перечислены ниже:

yobF – подтверждено северным анализом
yaiZ
румА
wrbA – подтверждено северным анализом
ybaY – подтверждено северным анализом

Более того, мРНК, кодируемая геном nusG , является прямой мишенью OxyS. ^[6]

Ссылки

^ Алтувия, С; Чжан А; Аргаман Л; Тивари А; Сторц Г (1998). «Регуляторная РНК OxyS Escherichia coli подавляет трансляцию fhlA, блокируя связывание рибосом». ЭМБО Дж . 17 (20): 6069–6075 . doi :10.1093/emboj/17.20.6069. ПМЦ 1170933 . ПМИД 9774350.
^ Чжан, А; Вассарман КМ; Ортега Дж; Стивен АЦ; Сторц Г (2002). «Sm-подобный белок Hfq увеличивает взаимодействие РНК OxyS с целевыми мРНК». Mol Cell . 9 (1): 11– 22. doi : 10.1016/S1097-2765(01)00437-3 . PMID 11804582.
^ Holmqvist E, Wright PR, Li L, Bischler T, Barquist L, Reinhardt R, Backofen R, Vogel J (2016). «Глобальные паттерны распознавания РНК посттранскрипционных регуляторов Hfq и CsrA, выявленные с помощью УФ-сшивания in vivo». EMBO J . 35 (9): 991– 1011. doi :10.15252/embj.201593360. PMC 5207318 . PMID 27044921.
^ Хендерсон, CA; Винсент, HA; Касаменто, A; Стоун, CM; Филлипс, JO; Кэри, PD; Соботт, F; Гауэрс, DM; Тейлор, JE; Каллаган, AJ (август 2013 г.). «Связывание Hfq изменяет структуру малых некодирующих РНК Escherichia coli OxyS и RprA, которые участвуют в риборегуляции rpoS». РНК . 19 (8): 1089– 1104. doi :10.1261/rna.034595.112. PMC 3708529. PMID 23804244 .
^ Tjaden B, Goodwin SS, Opdyke JA и др. (2006). «Предсказание цели для малых некодирующих РНК в бактериях». Nucleic Acids Res . 34 (9): 2791– 2802. doi :10.1093/nar/gkl356. PMC 1464411. PMID 16717284 .
^ Баршишат С., Эльграбли-Вайс М., Эдельштейн Дж., Георг Дж., Говиндараджан С., Хавив М., Райт П.Р., Хесс В.Р., Алтувиа С. (2018). «Малая РНК OxyS вызывает остановку клеточного цикла, позволяя восстановить повреждения ДНК». ЭМБО Дж . 37 (3): 413–426 . doi :10.15252/embj.201797651. ПМЦ 5793797 . ПМИД 29237698.

Внешние ссылки

Страница OxyS РНК в Rfam
Запись OxyS в базе данных ncRNA

Эта статья по молекулярной или клеточной биологии — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[1] Алтувия, С; Чжан А; Аргаман Л; Тивари А; Сторц Г (1998). «Регуляторная РНК OxyS Escherichia coli подавляет трансляцию fhlA, блокируя связывание рибосом». ЭМБО Дж . 17 (20): 6069–6075 . doi :10.1093/emboj/17.20.6069. ПМЦ 1170933 . ПМИД 9774350.

[2] Чжан, А; Вассарман КМ; Ортега Дж; Стивен АЦ; Сторц Г (2002). «Sm-подобный белок Hfq увеличивает взаимодействие РНК OxyS с целевыми мРНК». Mol Cell . 9 (1): 11– 22. doi : 10.1016/S1097-2765(01)00437-3 . PMID 11804582.

[pmid27044921-3] Holmqvist E, Wright PR, Li L, Bischler T, Barquist L, Reinhardt R, Backofen R, Vogel J (2016). «Глобальные паттерны распознавания РНК посттранскрипционных регуляторов Hfq и CsrA, выявленные с помощью УФ-сшивания in vivo». EMBO J . 35 (9): 991– 1011. doi :10.15252/embj.201593360. PMC 5207318 . PMID 27044921.

[4] Хендерсон, CA; Винсент, HA; Касаменто, A; Стоун, CM; Филлипс, JO; Кэри, PD; Соботт, F; Гауэрс, DM; Тейлор, JE; Каллаган, AJ (август 2013 г.). «Связывание Hfq изменяет структуру малых некодирующих РНК Escherichia coli OxyS и RprA, которые участвуют в риборегуляции rpoS». РНК . 19 (8): 1089– 1104. doi :10.1261/rna.034595.112. PMC 3708529. PMID 23804244 .

[pmid16717284-5] Tjaden B, Goodwin SS, Opdyke JA и др. (2006). «Предсказание цели для малых некодирующих РНК в бактериях». Nucleic Acids Res . 34 (9): 2791– 2802. doi :10.1093/nar/gkl356. PMC 1464411. PMID 16717284 .

[pmid29237698-6] Баршишат С., Эльграбли-Вайс М., Эдельштейн Дж., Георг Дж., Говиндараджан С., Хавив М., Райт П.Р., Хесс В.Р., Алтувиа С. (2018). «Малая РНК OxyS вызывает остановку клеточного цикла, позволяя восстановить повреждения ДНК». ЭМБО Дж . 37 (3): 413–426 . doi :10.15252/embj.201797651. ПМЦ 5793797 . ПМИД 29237698.