OpenChrom

OpenChrom

Скриншот OpenChrom версии 1.5.0 "McLafferty"
Разработчик(и)	Лаборатория и научное сообщество [1]
Стабильный релиз	1.5.0 ( постоянно )
Написано в	Ява [2]
Операционная система	Кроссплатформенный
Тип	Хемоинформатика / Биоинформатика
Лицензия	EPL , сторонние библиотеки под различными лицензиями, совместимыми с OSI [3]
Веб-сайт	https://www.openchrom.net

OpenChrom — это программное обеспечение с открытым исходным кодом для анализа и визуализации масс-спектрометрических и хроматографических данных. ^[4] Его цель — обработка собственных файлов данных из нескольких систем масс-спектрометрии (например, ГХ/МС, ЖХ/МС, Py-ГХ/МС, ВЭЖХ-МС) таких поставщиков, как Agilent Technologies , Varian , Shimadzu , Thermo Fisher , PerkinElmer и других. Но в последнее время поддерживаются также форматы данных из других типов детекторов.

OpenChrom поддерживает только анализ и представление хроматографических и масс-спектрометрических данных. Он не имеет возможностей для сбора данных или управления оборудованием поставщика. OpenChrom построен на платформе Eclipse Rich Client Platform (RCP), поэтому он доступен для различных операционных систем, например Microsoft Windows , macOS и Linux . Он распространяется по лицензии Eclipse Public License 1.0 (EPL). Сторонние библиотеки разделены на отдельные пакеты и выпускаются по различным лицензиям, совместимым с OSI .

OpenChrom был разработан Филиппом Венигом в рамках его докторской диссертации в Гамбургском университете , Германия. ^[5] Основное внимание в диссертации уделялось применению методов распознавания образов к наборам данных, записанным с помощью аналитического пиролиза в сочетании с хроматографией и масс-спектрометрией (Py-GC/MS). ^{[6] [7]}

OpenChrom выиграл премию Thomas Krenn Open Source Award 2010 ^[8], а также премию Eclipse Community Award 2011. ^[9] Разработчики также являются членами-основателями рабочей группы Eclipse Science. ^[10] После успешной коммерциализации контрактной разработки и услуг вокруг проекта OpenChrom, поставщик Lablicate усилил приверженность свободному/свободному/открытому программному обеспечению , выпустив ChemClipse в октябре 2016 года, который служит основой для всех продуктов OpenChrom. ^[11]

Каждый поставщик системы хранит записанные данные анализа в своем собственном формате . Это затрудняет сравнение наборов данных из разных систем и поставщиков. Кроме того, это большой недостаток для межлабораторных испытаний. Цель OpenChrom — изначально поддерживать широкий спектр различных форматов данных масс-спектрометрии . ^[12] OpenChrom заботится о том, чтобы файлы необработанных данных не могли быть изменены в соответствии с надлежащей лабораторной практикой . Чтобы помочь ученым, OpenChrom поддерживает несколько открытых форматов для импорта и экспорта результатов анализа. Кроме того, OpenChrom предлагает свой собственный формат с открытым исходным кодом (*.ocb), который позволяет сохранять отредактированную хроматограмму, а также пики и результаты идентификации.

• Agilent ChemStation *.D (DATA.MS и MSD1.MS)
• Библиотека AMDIS (*.msl)
• Bruker Flex MALDI-MS (*.fid)
• Хромтех (*.dat)
• CSV-файл (*.csv)
• Финниган (*.RAW)
• Финниган МАТ95 (*.dat)
• Финниган ITDS (*.DAT)
• Финниган ITS40 (*.MS)
• Финниган Элемент II (*.dat)
• JCAMP-DX (*.JDX)
• Microsoft Excel (*.xlsx)
• mzXML (*.mzXML)
• mzData (*.mzData)
• NetCDF (*.CDF)
• Текст NIST (*.msp)
• Открытый хроматографический двоичный файл (*.ocb)
• Пиковые нагрузки (*.mpl)
• ПеркинЭлмер (*.raw)
• Вариант СМС (*.SMS)
• Вариант XMS (*.XMS)
• VG МассЛаб (*.DAT_001;1)
• Симадзу (*.qgd)
• Симадзу (*.spc)
• Воды (*.RAW)
• ZIP-архив (*.zip)
• Agilent ИСП-МС (*.icp)
• Финниган ICIS (*.dat)
• mzML (*.mzML)
• mzMLb (*.mzMLb)
• mz5 (*.mz5)
• mzDB (*.mzDB)
• SVG-файл (*.svg)
• Массовый Охотник (*.D)
• Финниган ICIS (*.dat)
• MassLynx (*.RAW)
• Галактические граммы (*.cgm)
• AnIML (*.animl)
• GAML (*.gaml)
• ...

• Agilent FID (*.D/*.ch)
• Текст FID (*.xy)
• NetCDF (*.cdf)
• ПеркинЭлмер (*.raw)
• Вариан (*.run)
• Финниган FID (*.dat)
• Финниган FID (*.raw)
• Симадзу (*.gcd)
• Арв (*.arw)
• AnIML (*.animl)
• GAML (*.gaml)
• ...

• Agilent DAD (*.UV/*.ch)
• ABSciex
• Хромулан
• Шимадзу (*.lcd)
• Воды дают силу
• AnIML (*.animl)

• Термо Галактикс (*.spc)
• Термо Фишер Николет (*.spa)
• GAML (*.gaml)

• Брукер ОПУС (*.0)

• Пиковые нагрузки (*.mpl)
• NIST -DB (*.msp)
• АМДИС (*.msl)
• AMDIS (*.cal)
• АМДИС (*.ELU)
• МассБанк (*.txt)
• СИРИУС (*.ms)

OpenChrom предлагает ряд функций для анализа хроматографических данных:

• Собственная обработка хроматографических данных (МСД и ПИД)
• Поддержка пакетной обработки
• Поддержка базового детектора
• Пиковый детектор, поддержка интегратора
• Деконволюция пика
• Поддержка идентификаторов пиков и масс-спектров
• Количественная поддержка
• Поддержка фильтров (например, удаление фрагментов и сканирования, шумоподавление, сглаживание Савицкого-Голея , CODA , обратное сложение)
• Поддержка сдвига времени хранения
• Поддержка индекса удержания
• Режим наложения хроматограммы
• Поддержка анализа главных компонент (PCA)
• Поддержка «сделать/ отменить /повторить»
• Интеграция OpenOffice / LibreOffice и Microsoft Office
• Расширяемость за счет плагинов
• Анализ пиковой картины хроматограммы
• Поддержка баз данных хроматограмм и пиков
• Поддержка обновлений
• Поддержка вычитания масс-спектров

Впервые программное обеспечение было выпущено в 2010 году. Каждая версия названа в честь известного ученого.

• Официальный сайт