ОРС10
| Белок Orf10, SARS-CoV-2 | |
|---|---|
| Идентификаторы | |
| Символ | Orf10_SARS-CoV-2 |
| ИнтерПро | IPR044342 |
ORF10 — это открытая рамка считывания (ORF) , обнаруженная в геноме коронавируса SARS-CoV-2 . Она состоит из 38 кодонов . [1] Она не сохраняется во всех сарбековирусах (включая SARS-CoV ). В исследованиях, вызванных пандемией COVID-19 , ORF10 привлек исследовательский интерес как один из двух генов вирусного вспомогательного белка, не сохраняющихся между SARS-CoV и SARS-CoV-2 [2] и первоначально был описан как ген, кодирующий белок, вероятно, находящийся под положительным отбором . [3] Однако, хотя его иногда включают в списки вспомогательных генов SARS-CoV-2, экспериментальные и биоинформатические данные свидетельствуют о том, что ORF10, вероятно, не является функциональным геном, кодирующим белок. [4]
Характеристики
ORF10 расположен ниже гена N, который кодирует белок нуклеокапсида коронавируса . Это аннотированная открытая рамка считывания, ближайшая к 3'-концу генома. Она кодирует гипотетический белок из 38 аминокислот . [1]
Выражение и функция
Маловероятно, что ORF10 транслируется в естественных условиях, поскольку субгеномная РНК, содержащая область ORF10, не обнаружена, хотя есть некоторый сигнал рибосомного футпринтинга . [5] Сообщалось, что при экспериментальной сверхэкспрессии белок ORF10 взаимодействует с ZYG11B и его белковым комплексом куллин-RING-лигазы . [6] Однако было показано, что это взаимодействие необязательно в исследованиях жизненного цикла вируса in vitro . [7]
Эволюция
Некоторые исследования геномов SARS-CoV-2 описали ORF10 как, вероятно, функциональный и находящийся под положительным отбором . [3] Однако преждевременные стоп-кодоны были идентифицированы в вариантах SARS-CoV-2 [8] и во многих последовательностях Sarbecovirus , что позволяет предположить, что предполагаемый белковый продукт не является необходимым для репликации вируса . [4] Потеря ORF10 также не оказала влияния на репликацию в экспериментальных условиях in vitro . [8] С помощью биоинформатического анализа было высказано предположение , что кажущаяся консервация последовательности в ORF10 SARS-CoV-2 может быть связана не с функцией кодирования белка, а с консервативной вторичной структурой РНК в этой области. [4] Консервативная область, которая простирается за пределы самой ORF10, перекрывается с псевдоузловой областью 3' UTR коронавируса , вторичной структурой, которая, как известно, участвует в репликации генома. [4]
Ссылки
- ^ ab Redondo N, Zaldívar-López S, Garrido JJ, Montoya M (7 июля 2021 г.). «Вспомогательные белки SARS-CoV-2 в вирусном патогенезе: известные и неизвестные». Frontiers in Immunology . 12 : 708264. doi : 10.3389/fimmu.2021.708264 . PMC 8293742. PMID 34305949 .
- ^ Xu J, Zhao S, Teng T, Abdalla AE, Zhu W, Xie L и др. (февраль 2020 г.). «Систематическое сравнение двух человеческих коронавирусов, передаваемых от животных человеку: SARS-CoV-2 и SARS-CoV». Вирусы . 12 (2): 244. doi : 10.3390/v12020244 . PMC 7077191. PMID 32098422 .
- ^ ab Cagliani R, Forni D, Clerici M, Sironi M (сентябрь 2020 г.). «Кодирующий потенциал и сохранение последовательности SARS-CoV-2 и родственных вирусов животных». Инфекция, генетика и эволюция . 83 : 104353. Bibcode : 2020InfGE..8304353C . doi : 10.1016/j.meegid.2020.104353. PMC 7199688. PMID 32387562.
- ^ abcd Jungreis I, Sealfon R, Kellis M (май 2021 г.). «Содержание гена SARS-CoV-2 и влияние мутации COVID-19 путем сравнения 44 геномов Sarbecovirus». Nature Communications . 12 (1): 2642. Bibcode :2021NatCo..12.2642J. doi :10.1038/s41467-021-22905-7. PMC 8113528 . PMID 33976134.
- ^ Финкель Ю., Мизрахи О., Накшон А., Вайнгартен-Габбай С., Моргенштерн Д., Яхалом-Ронен Ю. и др. (январь 2021 г.). «Кодирующая способность SARS-CoV-2». Природа . 589 (7840): 125–130 . Бибкод : 2021Natur.589..125F. дои : 10.1038/s41586-020-2739-1 . PMID 32906143. S2CID 221624633.
- ^ Gordon DE, Jang GM, Bouhaddou M, Xu J, Obernier K, White KM и др. (июль 2020 г.). «Карта взаимодействия белков SARS-CoV-2 выявляет цели для повторного использования лекарств». Nature . 583 (7816): 459– 468. Bibcode :2020Natur.583..459G. doi :10.1038/s41586-020-2286-9. PMC 7431030 . PMID 32353859.
- ^ Mena EL, Donahue CJ, Vaites LP, Li J, Rona G, O'Leary C и др. (апрель 2021 г.). «Комплекс ORF10-Cullin-2-ZYG11B не требуется для заражения SARS-CoV-2». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 118 (17): e2023157118. Bibcode : 2021PNAS..11823157M. doi : 10.1073/pnas.2023157118 . PMC 8092598. PMID 33827988 .
- ^ ab Панцер К., Милевска А., Овчарек К., Домбровска А., Ковальски М., Лабай П.П. и др. (декабрь 2020 г.). «SARS-CoV-2 ORF10 не является необходимым для человека ни in vitro, ни in vivo». ПЛОС Патогены . 16 (12): e1008959. дои : 10.1371/journal.ppat.1008959 . ПМЦ 7755277 . ПМИД 33301543.
