OMPdb

OMPdb
Содержание
Описание	β-бочкообразные белки наружной мембраны.
Организмы	Грамотрицательные бактерии
Контакт
Исследовательский центр	Афинский университет
Лаборатория	Кафедра клеточной биологии и биофизики
Авторы	Константинос Д. Циригос, Пантелис Г. Багос и Ставрос Х. Хамодракас
Первичная ссылка	Циригос и др. (2011)
Дата выпуска	2011
Доступ
Веб-сайт	http://www.ompdb.org

OMPdb — это специализированная база данных, содержащая бета-бочкообразные (β-бочкообразные) белки наружной мембраны грамотрицательных бактерий . ^[1] Такие белки отвечают за широкий спектр важных функций, таких как пассивное поглощение питательных веществ, активный транспорт крупных молекул, секреция белков , а также адгезия к клеткам-хозяевам , посредством которой бактерии проявляют свою вирулентную активность.

Их биологическая важность в сочетании с неадекватной аннотацией и классификацией в общедоступных базах данных обусловливает необходимость проведения интенсивных исследований и сбора точных данных относительно белков β-бочонка.

Информация, включенная в OMPdb, состоит из данных о последовательностях , а также аннотаций для структурных характеристик (таких как трансмембранные сегменты ), ссылок на литературу и ссылок на другие публичные базы данных, особенностей, которые являются уникальными во всем мире. Список записей белков с решенной 3D-структурой также можно найти на каждой странице записи семейства, когда это применимо.

Наряду с базой данных также была составлена коллекция профилей скрытых марковских моделей , происходящих в основном из базы данных PFAM ^{[2] , которые, как было показано, характерны для β-бочек внешних мембранных белков. Этот набор, при использовании в сочетании с недавно представленным алгоритмом PRED-TMBB2}^[3] , будет служить мощным инструментом с точки зрения дискриминации и классификации новых β-бочек белков и анализа всего протеома.

Веб-интерфейс OMPdb предоставляет пользователю возможность не только просматривать доступные данные, но и отправлять расширенные запросы для текстового поиска в записях базы данных белков или выполнять поиск белков и доменов. Самую последнюю версию базы данных можно загрузить в различных форматах (простой текст, формат XML или необработанные последовательности FASTA ).

На странице загрузки пользователь может загрузить полный набор данных белков β-бочонка, который составляется на основе регулярных обновлений базы данных PDBTM ^[4] , базы данных OPM ^[5] и списка мембранных белков известной трехмерной структуры, заархивированного 25 декабря 2013 г. на Wayback Machine из лаборатории Стивена Уайта в Калифорнийском университете в Ирвайне .

В течение 11–12 августа 2014 года OMPdb принял участие в выездном мероприятии Protein Bioinformatics and Community Resources в конференц-центре Wellcome Trust , объединив главных исследователей нескольких специализированных ресурсов по белкам, а также исследователей баз данных по белкам из крупных центров биоинформатики. Во время этой встречи обсуждались некоторые общие ключевые проблемы, связанные с созданием и поддержанием таких ресурсов, а также различные подходы к их решению. ^[6] Важным результатом стало создание Specialist Protein Resource Network, которая направлена на улучшение координации деятельности ее ресурсов-членов. ^[7]

Ссылки

^ ab Tsirigos, Konstantinos D; Bagos Pantelis G; Hamodrakas Stavros J (январь 2011 г.). "OMPdb: база данных белков наружной мембраны {beta}-barrel грамотрицательных бактерий". Nucleic Acids Res . 39 (выпуск базы данных). Англия: D324-31. doi :10.1093/nar/gkq863. PMC 3013764. PMID 20952406 .
^ Финн, Роберт Д.; Коггилл, Пенелопа; Эберхардт, Рут Й.; Эдди, Шон Р.; Мистри, Джайна; Митчелл, Алекс Л.; Поттер, Саймон К.; Пунта, Марко; Куреши, Мэтлуб (2016-01-04). «База данных семейств белков Pfam: на пути к более устойчивому будущему». Nucleic Acids Research . 44 (D1): D279–285. doi :10.1093/nar/gkv1344. ISSN 1362-4962. PMC 4702930. PMID 26673716 .
^ Циригос, Константинос Д.; Элофссон, Арне; Багос, Пантелис Г. (2016-09-01). "PRED-TMBB2: улучшенное предсказание топологии и обнаружение белков наружной мембраны бета-бочки". Биоинформатика . 32 (17): i665 – i671 . doi : 10.1093/bioinformatics/btw444 . ISSN 1367-4811. PMID 27587687.
^ Козьма, Даниэль; Саймон, Иштван; Туснади, Габор Э. (1 января 2013 г.). «PDBTM: Банк данных трансмембранных белков через 8 лет». Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D524–529. дои : 10.1093/nar/gks1169. ISSN 1362-4962. ПМЦ 3531219 . ПМИД 23203988.
^ Ломизе, Михаил А.; Погожева, Ирина Д.; Джу, Хён; Мосберг, Генри И.; Ломизе, Андрей Л. (2012-01-01). "База данных OPM и веб-сервер PPM: ресурсы для позиционирования белков в мембранах". Nucleic Acids Research . 40 (выпуск базы данных): D370–376. doi :10.1093/nar/gkr703. ISSN 1362-4962. PMC 3245162. PMID 21890895 .
^ Холлидей, Джемма Л.; Байрох, Амос; Багос, Пантелис Г.; Шатонне, Арно; Крейк, Дэвид Дж.; Финн, Роберт Д.; Хенриссат, Бернард; Ландсман, Дэвид; Мэннинг, Джерард (2015-06-01). "Ключевые проблемы создания и поддержания специализированных белковых ресурсов". Белки . 83 (6): 1005– 1013. doi :10.1002/prot.24803. ISSN 1097-0134. PMC 4446195 . PMID 25820941.
^ Баббитт, Патрисия К.; Багос, Пантелис Г.; Байрох, Амос; Бейтман, Алекс; Шатонне, Арно; Чен, Марк Джинан; Крейк, Дэвид Дж.; Финн, Роберт Д.; Глориам, Дэвид (01.01.2015). «Создание специализированной сети ресурсов белка: отчет о встрече для ретрита по биоинформатике белка и ресурсам сообщества». База данных: The Journal of Biological Databases and Curation . 2015 : bav063. doi :10.1093/database/bav063. ISSN 1758-0463. PMC 4499208. PMID 26284514 .

[pmid20952406-1] Tsirigos, Konstantinos D; Bagos Pantelis G; Hamodrakas Stavros J (январь 2011 г.). "OMPdb: база данных белков наружной мембраны {beta}-barrel грамотрицательных бактерий". Nucleic Acids Res . 39 (выпуск базы данных). Англия: D324-31. doi :10.1093/nar/gkq863. PMC 3013764. PMID 20952406 .

[2] Финн, Роберт Д.; Коггилл, Пенелопа; Эберхардт, Рут Й.; Эдди, Шон Р.; Мистри, Джайна; Митчелл, Алекс Л.; Поттер, Саймон К.; Пунта, Марко; Куреши, Мэтлуб (2016-01-04). «База данных семейств белков Pfam: на пути к более устойчивому будущему». Nucleic Acids Research . 44 (D1): D279–285. doi :10.1093/nar/gkv1344. ISSN 1362-4962. PMC 4702930. PMID 26673716 .

[3] Циригос, Константинос Д.; Элофссон, Арне; Багос, Пантелис Г. (2016-09-01). "PRED-TMBB2: улучшенное предсказание топологии и обнаружение белков наружной мембраны бета-бочки". Биоинформатика . 32 (17): i665 – i671 . doi : 10.1093/bioinformatics/btw444 . ISSN 1367-4811. PMID 27587687.

[4] Козьма, Даниэль; Саймон, Иштван; Туснади, Габор Э. (1 января 2013 г.). «PDBTM: Банк данных трансмембранных белков через 8 лет». Исследования нуклеиновых кислот . 41 (Проблема с базой данных): D524–529. дои : 10.1093/nar/gks1169. ISSN 1362-4962. ПМЦ 3531219 . ПМИД 23203988.

[5] Ломизе, Михаил А.; Погожева, Ирина Д.; Джу, Хён; Мосберг, Генри И.; Ломизе, Андрей Л. (2012-01-01). "База данных OPM и веб-сервер PPM: ресурсы для позиционирования белков в мембранах". Nucleic Acids Research . 40 (выпуск базы данных): D370–376. doi :10.1093/nar/gkr703. ISSN 1362-4962. PMC 3245162. PMID 21890895 .

[6] Холлидей, Джемма Л.; Байрох, Амос; Багос, Пантелис Г.; Шатонне, Арно; Крейк, Дэвид Дж.; Финн, Роберт Д.; Хенриссат, Бернард; Ландсман, Дэвид; Мэннинг, Джерард (2015-06-01). "Ключевые проблемы создания и поддержания специализированных белковых ресурсов". Белки . 83 (6): 1005– 1013. doi :10.1002/prot.24803. ISSN 1097-0134. PMC 4446195 . PMID 25820941.

[7] Баббитт, Патрисия К.; Багос, Пантелис Г.; Байрох, Амос; Бейтман, Алекс; Шатонне, Арно; Чен, Марк Джинан; Крейк, Дэвид Дж.; Финн, Роберт Д.; Глориам, Дэвид (01.01.2015). «Создание специализированной сети ресурсов белка: отчет о встрече для ретрита по биоинформатике белка и ресурсам сообщества». База данных: The Journal of Biological Databases and Curation . 2015 : bav063. doi :10.1093/database/bav063. ISSN 1758-0463. PMC 4499208. PMID 26284514 .