Нудикс гидролаза
| НУДИКС | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Структура MT-ADPRase, гидролазы Nudix из Mycobacterium tuberculosis | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | НУДИКС | ||||||||
| Пфам | ПФ00293 | ||||||||
| Клан ПФАМ | CL0261 | ||||||||
| ЭКОД | 221.4.1 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR000086 | ||||||||
| |||||||||
| NUDIX-подобный | |||||||||
|---|---|---|---|---|---|---|---|---|---|
 Кристаллическая структура NADH-пирофосфатазы (1790429) из Escherichia coli k12 при разрешении 2,20 а | |||||||||
| Идентификаторы | |||||||||
| Символ | NUDIX-подобный | ||||||||
| Пфам | ПФ09296 | ||||||||
| Клан ПФАМ | CL0261 | ||||||||
| ИнтерПро | IPR015375 | ||||||||
| СКОП2 | 1vk6 / ОБЛАСТЬ ПРИМЕНЕНИЯ / SUPFAM | ||||||||
| |||||||||
Гидролазы NUDIX представляют собой суперсемейство гидролитических ферментов, способных расщеплять нуклеозиддифосфаты , связанные с x (любой группой), отсюда и их название. [1] [2] [3] [4] Реакция дает нуклеозидмонофосфат (NMP) плюс XP . Субстраты, гидролизуемые ферментами nudix, включают широкий спектр органических пирофосфатов, включая нуклеозидди- и трифосфаты, динуклеозид- и дифосфоинозитолполифосфаты, нуклеотидсахара и РНК-кэпы с различной степенью субстратной специфичности. [3] Ферменты суперсемейства NUDIX встречаются во всех типах организмов, включая эукариот, бактерии и археи. [3]
В семействе NUDIX есть два компонента: так называемая складка NUDIX бета-слоя с альфа-спиралями на каждой стороне и мотив NUDIX, который содержит каталитические и связывающие металл аминокислоты . Мотив Nudix - это GXXXXXEXXXXXXXREUXEEXGU, где U - изолейцин, лейцин или валин, а X - любая аминокислота. Это образует короткую спираль, которая (обычно) содержит каталитические аминокислоты. Гидролазы NUDIX включают Dcp2 декеппинг-комплекса , АДФ-рибозодифосфатазу , MutT, ADPRase, гидролазы Ap4A, RppH и многие другие. [5]
Ссылки
- ^ Bessman MJ, Frick DN, O'Handley SF (октябрь 1996 г.). «Белки MutT или гидролазы «Nudix», семейство универсальных, широко распространенных «уборочных» ферментов». J. Biol. Chem . 271 (41): 25059–62. doi : 10.1074/jbc.271.41.25059 . PMID 8810257.
- ^ Mildvan AS, Xia Z, Azurmendi HF, et al. (январь 2005 г.). «Структуры и механизмы гидролаз Nudix». Arch. Biochem. Biophys . 433 (1): 129–43. doi :10.1016/j.abb.2004.08.017. PMID 15581572.
- ^ abc McLennan AG (январь 2006 г.). «Суперсемейство гидролаз Nudix». Cell. Mol. Life Sci . 63 (2): 123–43. doi : 10.1007 /s00018-005-5386-7 . PMC 11136074. PMID 16378245. S2CID 30202446.
- ^ Каррерас-Пуигверт, Хорди; Зитник, Маринка; Джемт, Энн-Софи; Картер, Меган; Унтерласс, Джудит Э.; Халльстрём, Бьёрн; Лосева, Ольга; Карем, Жир; Кальдерон-Монтаньо, Хосе Мануэль; Линдског, Сесилия; Эдквист, Пер-Хенрик (16 ноября 2017 г.). «Комплексное структурное, биохимическое и биологическое описание семейства гидролаз человека NUDIX». Природные коммуникации . 8 (1): 1541. Бибкод : 2017NatCo...8.1541C. doi : 10.1038/s41467-017-01642-w. ISSN 2041-1723. ПМЦ 5688067 . PMID 29142246.
- ^ Mildvan, AS; Xia, Z.; Azurmendi, HF; Saraswat, V.; Legler, PM; Massiah, MA; Gabelli, SB; Bianchet, MA; et al. (2005). «Структуры и механизмы гидролаз Nudix». Архив биохимии и биофизики . 433 (1): 129–143. doi :10.1016/j.abb.2004.08.017. PMID 15581572.
