РНК, ассоциированная с NoRC
| РНК, ассоциированная с NoRC (пРНК) | |
|---|---|
 Сохраненная вторичная структура пРНК | |
| Идентификаторы | |
| Символ | РНК NoRC |
| Альтернативные символы | пРНК |
| Рфам | РФ01518 |
| Другие данные | |
| Тип РНК | Ген |
| Домены | Млекопитающие |
| Структуры PDB | ПДБе |
РНК, ассоциированная с NoRC (также известная как пРНК ), представляет собой некодирующий элемент РНК, который регулирует транскрипцию рибосомальной РНК путем взаимодействия с TIP5, частью комплекса ремоделирования хроматина NoRC .
Функция и геномный контекст
Гены рибосомальной РНК (рДНК) кодируют рибосомальную РНК (рРНК), которая составляет большую часть рибосомы . Эти гены не экспрессируются конститутивно, и механизм подавления генов включается для подавления экспрессии генов рДНК , когда рибосома не требуется. Для подавления генов рДНК требуется связывание комплекса ремоделирования хроматина , NoRC, с молекулой некодирующей РНК (нкРНК), которая комплементарна промотору рДНК. [1]
Некодируемая РНК, которая участвует в подавлении рДНК, известна как пРНК и, как было показано, происходит из промотора спейсера, расположенного выше стартовой точки транскрипции прерибосомной РНК . После транскрипции эта некодируемая РНК обрабатывается, образуя молекулу РНК длиной 150–250 нуклеотидов и перекрывает область промотора рДНК. Вычислительный анализ пРНК предсказал, что пРНК образует консервативную структуру стебель-петля и, как было показано, сохраняется у ряда эукариот .
Исследовать
Несколько исследований показали, что pRNA жизненно важна для набора и локализации комплекса ремоделирования хроматина, который необходим для подавления генов. EMSA поддерживает идею о том, что pRNA участвует в формировании гетерохроматина , поскольку он показал, что pRNA из ряда различных видов взаимодействует с TIP5, большой субъединицей комплекса ремоделирования хроматина NoRC. [ требуется цитирование ] Мутагенез pRNA показал, что вторичная структура РНК жизненно важна для связывания TIP5, поскольку мутации, которые изменяют вторичную структуру, предотвращают связывание TIP5. [2] TIP5 связывается с pRNA посредством механизма индуцированной подгонки , поскольку TIP5 показал большую чувствительность к перевариванию протеазой в присутствии pRNA. Это конформационное изменение может позволить TIP5 взаимодействовать с другими белками, которые необходимы для функционирования NoRC, но это должно быть подтверждено дальнейшими исследованиями.
Не только pRNA стимулирует образование NoRC, но исследования по снижению уровня pRNA и мутагенез pRNA показали, что pRNA играет роль в локализации NoRC. Снижение уровня pRNA показало, что NoRC транслоцируется из ядрышек в нуклеоплазму , а при восстановлении уровней pRNA NoRC транслоцируется обратно в ядрышки. Мутация pRNA также показала, что ее последовательность и вторичная структура имеют решающее значение для локализации NoRC, поскольку изменение структуры последовательности предотвращает транслокацию NoRC в ядрышки. [2] Эти исследования подтвердили, что pRNA играет роль в подавлении генов путем нацеливания комплекса ремоделирования хроматина на промоторы генов рДНК, где как последовательность, так и структура pRNA имеют решающее значение для ее функции.
Ссылки
- ^ Mayer C, Schmitz KM, Li J, Grummt I, Santoro R (май 2006). «Межгенные транскрипты регулируют эпигенетическое состояние генов рРНК». Molecular Cell . 22 (3): 351–361 . doi : 10.1016/j.molcel.2006.03.028 . PMID 16678107.
- ^ ab Mayer C, Neubert M, Grummt I (август 2008 г.). «Структура РНК, ассоциированной с NoRC, имеет решающее значение для нацеливания комплекса ремоделирования хроматина NoRC на ядрышко». EMBO Reports (бесплатный полный текст). 9 (8): 774– 780. doi :10.1038/embor.2008.109. PMC 2515205 . PMID 18600236.
Внешние ссылки
- Страница для NoRC-ассоциированной РНК, пРНК в Rfam
