Никирующий фермент
Никирующий фермент ( или никирующая эндонуклеаза ) — это фермент , который разрезает только одну цепь двухцепочечной молекулы ДНК или РНК [1] в определенной распознаваемой нуклеотидной последовательности, известной как сайт рестрикции . Такие ферменты гидролизуют (разрезают) только одну цепь дуплекса ДНК, чтобы получить молекулы ДНК, которые « надрезаны », а не расщеплены. [2] [3]
Их можно использовать для амплификации со смещением цепи, [4] реакции амплификации фермента никования , экзонуклеолитической деградации, создания небольших пробелов [5] или трансляции никования . [6] Последний процесс успешно использовался для включения как радиоактивно меченых нуклеотидов, так и флуоресцентных нуклеотидов, что позволяет изучать определенные области на двухцепочечной ДНК. [6] [7] Было изучено более 200 ферментов никования, и 13 из них доступны в продаже [8] и обычно используются в исследованиях и в коммерческих продуктах.
Ссылки
- ^ Ван X, Чжу Б (22 мая 2024 г.). «SARS-CoV-2 nsp15 преимущественно разрушает AU-богатую dsRNA посредством своей никазной активности dsRNA». Nucleic Acids Research . 52 (9): 5257– 5272. doi : 10.1093/nar/gkae290. PMC 11109939. PMID 38634805 .
- ^ Ando T; et al. (Июль 1969). «Выделение и характеристика ферментов с никующим действием из Escherichia coli, инфицированной фагом T4». J. Biochem . 66 (1): 1– 10. doi :10.1093/oxfordjournals.jbchem.a129107. PMID 4309718.
- ^ Morgan RD, Kong H, et al. (Ноябрь 2000). "Характеристика специфической активности ДНК-никинга эндонуклеазы рестрикции N.BstNBI". Biol. Chem . 381 (11): 1123– 5. doi :10.1515/BC.2000.137. PMID 11154070. S2CID 22472698.
- ^ Walker GT, Little MC, Nadeau JG, Shank DD (январь 1992 г.). «Изотермическая in vitro амплификация ДНК с помощью системы рестриктазы/ДНК-полимеразы». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 89 (1): 392– 6. Bibcode :1992PNAS...89..392W. doi : 10.1073/pnas.89.1.392 . PMC 48243 . PMID 1309614.
- ^ Wang H, Hays JB (октябрь 2001 г.). «Простая и быстрая подготовка плазмидной ДНК с разрывами для включения олигомеров, содержащих специфические повреждения ДНК». Mol. Biotechnol . 19 (2): 133– 40. doi :10.1385/MB:19:2:133. PMID 11725483. S2CID 22156627.
- ^ ab Rigby PW, Dieckmann M, Rhodes C, Berg P (июнь 1977 г.). «Маркировка дезоксирибонуклеиновой кислоты до высокой удельной активности in vitro путем ник-трансляции с помощью ДНК-полимеразы I». J. Mol. Biol . 113 (1): 237– 51. doi :10.1016/0022-2836(77)90052-3. PMID 881736.
- ^ Jo K, Dhingra DM, Odijk T, de Pablo JJ, Graham MD, Runnheim R, Forrest D, Schwartz DC (2007). «Система штрихкодирования одной молекулы с использованием нанощелей для анализа ДНК». Proc. Natl. Acad. Sci. USA . 104 (8): 2673– 8. Bibcode :2007PNAS..104.2673J. doi : 10.1073/pnas.0611151104 . PMC 1815240 . PMID 17296933.
- ^ "REBASE Enzymes". Энциклопедия рестриктаз и никирующих ферментов . Получено 01.06.2009 .
Внешние ссылки
- New England Biolabs Никинг-энзимы
- Fermentas Никирующие ферменты
