Вложенная полимеразная цепная реакция
Вложенная полимеразная цепная реакция ( вложенная ПЦР ) — это модификация полимеразной цепной реакции , предназначенная для снижения неспецифического связывания в продуктах за счет амплификации неожиданных участков связывания праймера. [1]
Полимеразная цепная реакция
Полимеразная цепная реакция сама по себе является процессом, используемым для амплификации образцов ДНК с помощью температурно-опосредованной ДНК-полимеразы . Продукты могут быть использованы для секвенирования или анализа, и этот процесс является ключевой частью многих генетических исследовательских лабораторий, наряду с использованием в ДНК-дактилоскопии для судебно-медицинской экспертизы и других генетических дел человека. Обычная ПЦР требует праймеров, комплементарных концам целевой ДНК. Количество продукта ПЦР увеличивается с числом температурных циклов, которым подвергается реакция. Часто встречающейся проблемой является связывание праймеров с неправильными областями ДНК, что дает неожиданные продукты. Эта проблема становится более вероятной с увеличением числа циклов ПЦР.
Праймеры
Вложенная полимеразная цепная реакция включает два набора праймеров, используемых в двух последовательных запусках полимеразной цепной реакции, второй набор предназначен для амплификации вторичной цели в продукте первого запуска. Это позволяет проводить амплификацию для небольшого количества запусков в первом раунде, ограничивая неспецифические продукты. Второй вложенный набор праймеров должен амплифицировать только предполагаемый продукт из первого раунда амплификации, а не неспецифический продукт. Это позволяет проводить больше полных циклов, минимизируя неспецифические продукты. Это полезно для редких шаблонов или ПЦР с высоким фоном.
Процессы
Целевая ДНК проходит первый запуск полимеразной цепной реакции с первым набором праймеров, показанных зеленым цветом. Выбор альтернативных и похожих участков связывания праймеров дает выборку продуктов, только один из которых содержит предполагаемую последовательность.
Продукт из первой реакции проходит второй запуск со вторым набором праймеров, показанных красным. Очень маловероятно, что какой-либо из нежелательных продуктов ПЦР содержит сайты связывания для обоих новых праймеров, что гарантирует, что продукт из второй ПЦР будет иметь малое загрязнение нежелательными продуктами.
Ссылки
- ^ Элизабет ван Пелт-Веркуил; Алекс ван Белкум; Джон П. Хейс (14 марта 2008 г.). Принципы и технические аспекты ПЦР-амплификации. Springer Science & Business Media. стр. 190–. ISBN 978-1-4020-6241-4.
