РНК микобактерий туберкулеза
Вторичная структура b55, одной из малых РНК, экспериментально подтвержденных у M. tuberculosis

Mycobacterium tuberculosis содержит в своем геноме по меньшей мере девять семейств малых РНК . [1] Семейства малых РНК (мРНК) были идентифицированы с помощью RNomics – прямого анализа молекул РНК, выделенных из культур Mycobacterium tuberculosis . [2] [3] МРНК были охарактеризованы с помощью картирования RACE иэкспериментов по нозерн-блоттингу . [1] Вторичные структуры мРНК были предсказаны с помощью Mfold. [4]

sRNAPredict2 – инструмент биоинформатики – предположил 56 предполагаемых sRNA в M. tuberculosis , хотя они еще не были проверены экспериментально. [5] Гомологи белка Hfq еще не обнаружены в M. tuberculosis ; [6] альтернативный путь – потенциально включающий консервативные мотивы, богатые C – был теоретически выдвинут для обеспечения функциональности транс-действующих sRNA. [1]

Было показано, что sRNAs играют важную физиологическую роль в M. tuberculosis . Например, повышенная экспрессия G2 sRNA предотвращала рост M. tuberculosis и значительно снижала рост M. smegmatis ; ASdes sRNA считается цис-действующим регулятором десатуразы жирных кислот (desA2), в то время как ASpks обнаружен с открытой рамкой считывания для поликетидсинтазы -12 ( pks12 ) и является антисмысловым регулятором pks12 мРНК . [1]

Было обнаружено, что sRNA ncrMT1302 фланкирована открытыми рамками считывания MT1302 и MT1303 . MT1302 кодирует аденилатциклазу , которая преобразует АТФ в цАМФ , экспрессия ncrMT1302 регулируется цАМФ и pH . [7]

Mcr7 sRNA, кодируемая геном mcr7, модулирует трансляцию tatC мРНК и влияет на активность аппарата секреции белка Twin Arginine Translocation (Tat). [8]

npcTB_6715 — первая sRNA, идентифицированная как потенциальный биомаркер для обнаружения MTB у пациентов. [9]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ abcd Arnvig KB, Young DB (август 2009). «Идентификация малых РНК в Mycobacterium tuberculosis». Молекулярная микробиология . 73 (3): 397– 408. doi :10.1111/j.1365-2958.2009.06777.x. PMC  2764107. PMID  19555452 .
  2. ^ Vogel J, Bartels V, Tang TH, Churakov G, Slagter-Jäger JG, Hüttenhofer A, Wagner EG (ноябрь 2003 г.). «RNomics in Escherichia coli detects new sRNA species and indicators parallel transcriptional output in bacteria». Nucleic Acids Research . 31 (22): 6435– 6443. doi :10.1093/nar/gkg867. PMC 275561. PMID  14602901 . 
  3. ^ Кавано М., Рейнольдс А.А., Миранда-Риос Дж., Сторц Г. (2005). «Обнаружение малых РНК, полученных из 5′- и 3′-UTR, и цис-кодированных антисмысловых РНК в Escherichia coli». Nucleic Acids Research . 33 (3): 1040–1050 . doi :10.1093/nar/gki256. PMC 549416. PMID  15718303 . 
  4. ^ Zuker M (июль 2003 г.). «Mfold веб- сервер для предсказания фолдинга и гибридизации нуклеиновых кислот». Nucleic Acids Research . 31 (13): 3406– 3415. doi :10.1093/nar/gkg595. PMC 169194. PMID  12824337. 
  5. ^ Livny J, Brencic A, Lory S, Waldor MK (2006). «Идентификация 17 sRNA Pseudomonas aeruginosa и прогнозирование генов, кодирующих sRNA, у 10 различных патогенов с использованием биоинформатического инструмента sRNAPredict2». Nucleic Acids Research . 34 (12): 3484– 3493. doi :10.1093/nar/gkl453. PMC 1524904. PMID  16870723 . 
  6. ^ Sun X, Zhulin I, Wartell RM (сентябрь 2002 г.). «Предсказанная структура и филетическое распределение РНК-связывающего белка Hfq». Nucleic Acids Research . 30 (17): 3662– 3671. doi :10.1093/nar/gkf508. PMC 137430. PMID  12202750 . 
  7. ^ Pelly S, Bishai WR, Lamichhane G (май 2012). «Скрининг некодирующей РНК в Mycobacterium tuberculosis выявляет РНК, реагирующую на цАМФ, которая экспрессируется во время инфекции». Gene . 500 (1): 85– 92. doi :10.1016/j.gene.2012.03.044. PMC 3340464 . PMID  22446041. 
  8. ^ Соланс Л, Гонсало-Асенсио Дж, Сала С, Бенджак А, Уплекар С, Ружмон Дж, Гийо С, Малага В, Мартин С, Коул С.Т. (май 2014 г.). «PhoP-зависимая нкРНК Mcr7 модулирует систему секреции ТАТ у Mycobacterium Tuberculosis». ПЛОС Патогены . 10 (5): e1004183. дои : 10.1371/journal.ppat.1004183 . ПМК 4038636 . ПМИД  24874799. 
  9. ^ Kanniappan P, Ahmed SA, Rajasekaram G, Marimuthu C, Ch'ng ES, Lee LP, Raabe CA, Rozhdestvensky TS, Tang TH (октябрь 2017 г.). «Рномическая идентификация и оценка npcTB_6715, гена некодирующей РНК как потенциального биомаркера для обнаружения Mycobacterium tuberculosis». Журнал клеточной и молекулярной медицины . 21 (10): 2276– 2283. doi :10.1111/jcmm.13148. PMC 5618688. PMID  28756649 . 

Дальнейшее чтение

  • Панек Дж, Бобек Дж, Микулик К, Баслер М, Воградский Ю (май 2008 г.). «Биокомпьютерное предсказание малых некодирующих РНК у Streptomyces». БМК Геномика . 9 : 217. дои : 10.1186/1471-2164-9-217 . ПМЦ  2422843 . ПМИД  18477385.
  • Livny J, Waldor MK (апрель 2007 г.). «Идентификация малых РНК у различных видов бактерий». Current Opinion in Microbiology . 10 (2): 96– 101. doi :10.1016/j.mib.2007.03.005. PMID  17383222.
  • Cole ST, Brosch R, Parkhill J, Garnier T, Churcher C, Harris D и др. (июнь 1998 г.). «Расшифровка биологии Mycobacterium tuberculosis по полной последовательности генома». Nature . 393 (6685): 537– 544. Bibcode :1998Natur.393..537C. doi : 10.1038/31159 . PMID  9634230.
  • Arnvig KB, Gopal B, Papavinasasundaram KG, Cox RA, Colston MJ (февраль 2005 г.). «Механизм активации восходящего потока в опероне rrnB Mycobacterium smegmatis отличается от парадигмы Escherichia coli». Microbiology . 151 (Pt 2): 467– 473. doi : 10.1099/mic.0.27597-0 . PMID  15699196.
  • Matsunaga I, Bhatt A, Young DC, Cheng TY, Eyles SJ, Besra GS, Briken V, Porcelli SA, Costello CE, Jacobs WR, Moody DB (декабрь 2004 г.). «Mycobacterium tuberculosis pks12 производит новый поликетид, представленный CD1c Т-клеткам». Журнал экспериментальной медицины . 200 (12): 1559– 1569. doi :10.1084/jem.20041429. PMC  2211992. PMID  15611286 .
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=РНК_микобактерий_туберкулеза&oldid=1192709648"