контрольная область мтДНК

Вторичная структура А области контроля митохондриальной ДНК
Вторичная структура А области контроля митохондриальной ДНК
	Консенсусная вторичная структура для всех гаплотипов контрольного региона мтДНК.
Идентификаторы
Символ	мтДНК ssA
Рфам	РФ01853
Другие данные
Тип РНК	Антисмысловая РНК
Домены	Млекопитающие
Структуры PDB	ПДБе

Некодирующая область митохондриальной ДНК

Контрольная область мтДНК — это область митохондриального генома , которая представляет собой некодирующую ДНК . Эта область контролирует синтез РНК и ДНК. ^[1] Это самая полиморфная область генома мтДНК человека, ^[2] с полиморфизмом, сосредоточенным в гипервариабельных областях . Среднее разнообразие нуклеотидов в этих областях составляет 1,7%. ^[3] Несмотря на эту изменчивость, транскрипт РНК из этой области имеет консервативную вторичную структуру ( на фото ), которая, как было обнаружено, находится под селективным давлением . ^[4]

Контрольная область мтДНК содержит начало репликации одной нити и начало транскрипции для обеих нитей. ^[5] Также существует открытая рамка считывания, которая, как полагают, кодирует 7s рибосомальную РНК у людей, но не у мышей или коров, у которых она была удалена . ^[6]

Отличие от D-петли

Контрольная область и D-петля мтДНК иногда используются как синонимы в литературе; ^[3] в частности, контрольная область включает D-петлю вместе с соседними областями промотора транскрипции . По этой причине контрольная область также известна под аббревиатурой DLP, что означает D - петля и связанные с ней промоторы . ^[7]

Исследование выносливости

Гаплотипы контрольной области мтДНК были связаны с выносливостью у людей. ^[8]_{Исследование} 2002 года секвенировало контрольную область 55 субъектов и сравнило их гаплотип с увеличением VO2 max после восьминедельной программы тренировок . Они обнаружили, что различные гаплотипы были значительно связаны с выносливостью субъектов. Было высказано предположение, что это было связано с тем, что контрольная область влияет на репликацию и транскрипцию в митохондриях. ^[4]^[8]

Смотрите также

Ссылки

^ Структура митохондриального генома ДНК Центр обучения, лаборатория Колд Спринг Харбор
^ Stoneking M, Hedgecock D, Higuchi RG, Vigilant L, Erlich HA (февраль 1991 г.). «Популяционная изменчивость последовательностей контрольных регионов мтДНК человека, обнаруженная с помощью ферментативной амплификации и олигонуклеотидных зондов, специфичных для последовательности». Am. J. Hum. Genet . 48 (2): 370–82. PMC 1683035. PMID 1990843 .
^ ab Aquadro CF, Greenberg BD (февраль 1983 г.). «Изменчивость и эволюция митохондриальной ДНК человека: анализ последовательностей нуклеотидов у семи индивидуумов». Genetics . 103 (2): 287–312. doi :10.1093/genetics/103.2.287. PMC 1219980 . PMID 6299878 . Получено 29 июля 2010 г. .
^ ab Pereira F, Soares P, Carneiro J, et al. (декабрь 2008 г.). «Доказательства переменного селективного давления в большой вторичной структуре контрольной области митохондриальной ДНК человека». Mol. Biol. Evol . 25 (12): 2759–70. doi : 10.1093/molbev/msn225 . PMID 18845547.
^ Anderson S, Bankier AT, Barrell BG и др. (апрель 1981 г.). «Последовательность и организация митохондриального генома человека». Nature . 290 (5806): 457–65. Bibcode :1981Natur.290..457A. doi :10.1038/290457a0. PMID 7219534. S2CID 4355527.
^ Ojala D, Montoya J, Attardi G (апрель 1981 г.). "тРНК-пунктуационная модель обработки РНК в митохондриях человека". Nature . 290 (5806): 470–4. Bibcode :1981Natur.290..470O. doi :10.1038/290470a0. PMID 7219536. S2CID 4323371.
^ Мичикава Y, Маццуккелли F, Бресолин N, Скарлато G, Аттарди G (октябрь 1999 г.). "Большое накопление точечных мутаций в области контроля репликации мтДНК человека, зависящее от старения". Science . 286 (5440): 774–9. doi :10.1126/science.286.5440.774. PMID 10531063.
^ ab Murakami H, Ota A, Simojo H, Okada M, Ajisaka R, Kuno S (июнь 2002 г.). «Полиморфизмы в контрольной области мтДНК связаны с индивидуальными различиями в выносливости или тренируемости». Jpn. J. Physiol . 52 (3): 247–56. doi : 10.2170/jjphysiol.52.247 . PMID 12230801.

Дальнейшее чтение

Stoneking M (октябрь 2000 г.). «Гипервариабельные сайты в контрольной области мтДНК являются очагами мутаций». Am. J. Hum. Genet . 67 (4): 1029–32. doi :10.1086/303092. PMC 1287875 . PMID 10968778.
Sachidanandam R, Weissman D, Schmidt SC и др. (февраль 2001 г.). «Карта вариаций последовательностей генома человека, содержащая 1,42 миллиона однонуклеотидных полиморфизмов». Nature . 409 (6822): 928–33. doi : 10.1038/35057149 . PMID 11237013.

Внешние ссылки

EMPOP — база данных контрольных участков митохондриальной ДНК
Страница для вторичной структуры A контрольной области митохондриальной ДНК в Rfam

[1] Структура митохондриального генома ДНК Центр обучения, лаборатория Колд Спринг Харбор

[2] Stoneking M, Hedgecock D, Higuchi RG, Vigilant L, Erlich HA (февраль 1991 г.). «Популяционная изменчивость последовательностей контрольных регионов мтДНК человека, обнаруженная с помощью ферментативной амплификации и олигонуклеотидных зондов, специфичных для последовательности». Am. J. Hum. Genet . 48 (2): 370–82. PMC 1683035. PMID 1990843 .

[Aqu83-3] Aquadro CF, Greenberg BD (февраль 1983 г.). «Изменчивость и эволюция митохондриальной ДНК человека: анализ последовательностей нуклеотидов у семи индивидуумов». Genetics . 103 (2): 287–312. doi :10.1093/genetics/103.2.287. PMC 1219980 . PMID 6299878 . Получено 29 июля 2010 г. .

[Per09-4] Pereira F, Soares P, Carneiro J, et al. (декабрь 2008 г.). «Доказательства переменного селективного давления в большой вторичной структуре контрольной области митохондриальной ДНК человека». Mol. Biol. Evol . 25 (12): 2759–70. doi : 10.1093/molbev/msn225 . PMID 18845547.

[5] Anderson S, Bankier AT, Barrell BG и др. (апрель 1981 г.). «Последовательность и организация митохондриального генома человека». Nature . 290 (5806): 457–65. Bibcode :1981Natur.290..457A. doi :10.1038/290457a0. PMID 7219534. S2CID 4355527.

[6] Ojala D, Montoya J, Attardi G (апрель 1981 г.). "тРНК-пунктуационная модель обработки РНК в митохондриях человека". Nature . 290 (5806): 470–4. Bibcode :1981Natur.290..470O. doi :10.1038/290470a0. PMID 7219536. S2CID 4323371.

[7] Мичикава Y, Маццуккелли F, Бресолин N, Скарлато G, Аттарди G (октябрь 1999 г.). "Большое накопление точечных мутаций в области контроля репликации мтДНК человека, зависящее от старения". Science . 286 (5440): 774–9. doi :10.1126/science.286.5440.774. PMID 10531063.

[Mur02-8] Murakami H, Ota A, Simojo H, Okada M, Ajisaka R, Kuno S (июнь 2002 г.). «Полиморфизмы в контрольной области мтДНК связаны с индивидуальными различиями в выносливости или тренируемости». Jpn. J. Physiol . 52 (3): 247–56. doi : 10.2170/jjphysiol.52.247 . PMID 12230801.