Молекулярная диагностика
Сборник методик, используемых для анализа биологических маркеров в геноме и протеоме

Специалист, использующий «QIAsymphony» — платформу автоматизации для молекулярных диагностических тестов

Молекулярная диагностика представляет собой набор методов, используемых для анализа биологических маркеров в геноме и протеоме , и того, как их клетки экспрессируют свои гены в виде белков , применяя молекулярную биологию к медицинскому тестированию . В медицине этот метод используется для диагностики и мониторинга заболеваний, выявления риска и принятия решения о том, какие методы лечения будут наиболее эффективны для отдельных пациентов, [1] [2] : предисловие  и в сельскохозяйственной биобезопасности аналогично для мониторинга заболеваний сельскохозяйственных культур и скота , оценки риска и принятия решения о том, какие карантинные меры необходимо предпринять. [3]

Анализируя особенности пациента и его заболевания, молекулярная диагностика открывает перспективы персонализированной медицины . [4] Эти тесты полезны в ряде медицинских специальностей , включая инфекционные заболевания , онкологию , типирование антигенов лейкоцитов человека (которое исследует и прогнозирует иммунную функцию ), коагуляцию и фармакогеномику — генетическое предсказание того, какие препараты будут работать лучше всего. [5] : v-vii  Они пересекаются с клинической химией (медицинские тесты биологических жидкостей).

История

Молекулярная диагностика использует такие методы, как масс-спектрометрия и генные чипы, для фиксации паттернов экспрессии генов и белков.

Область молекулярной биологии развивалась в конце двадцатого века, как и ее клиническое применение. В 1980 году Юэт Вай Кан и др . предложили пренатальный генетический тест на талассемию , который не основывался на секвенировании ДНК — тогда еще на начальной стадии — а на рестриктазах, которые разрезали ДНК там, где они распознавали определенные короткие последовательности, создавая различную длину нити ДНК в зависимости от того, какой аллель (генетическая вариация) имел плод. [6] В 1980-х годах эта фраза использовалась в названиях таких компаний, как Molecular Diagnostics Incorporated [7] и Bethseda Research Laboratories Molecular Diagnostics . [8] [9]

В 1990-х годах идентификация вновь открытых генов и новых методов секвенирования ДНК привела к появлению отдельной области молекулярной и геномной лабораторной медицины; в 1995 году была сформирована Ассоциация молекулярной патологии (AMP), чтобы придать ей структуру. В 1999 году AMP стала соучредителем Журнала медицинской диагностики . [10] Informa Healthcare запустила Expert Reviews in Medical Diagnostics в 2001 году. [1] С 2002 года проект HapMap собирал информацию об однобуквенных генетических различиях, которые повторяются в популяции людей — однонуклеотидных полиморфизмах — и их связи с заболеванием. [2] : гл. 37  В 2012 году молекулярные методы диагностики талассемии использовали генетические гибридизационные тесты для определения конкретного однонуклеотидного полиморфизма, вызывающего заболевание человека. [11]

Поскольку коммерческое применение молекулярной диагностики стало более важным, также усилились дебаты о патентовании генетических открытий, лежащих в ее основе . В 1998 году Директива Европейского Союза 98 /44/EC разъяснила , что патенты на последовательности ДНК допустимы. [12] В 2010 году в США AMP подала в суд на Myriad Genetics , чтобы оспорить патенты последней в отношении двух генов, BRCA1 , BRCA2 , которые связаны с раком груди. В 2013 году Верховный суд США частично согласился , постановив, что естественная последовательность гена не может быть запатентована. [13] [14]

Методы

Affymetrix 5.0, микрочип

Разработка с помощью исследовательских инструментов

Индустриализация инструментов для анализа молекулярной биологии сделала их использование в клиниках практичным. [2] : предисловие  Миниатюризация до одного портативного устройства может перенести медицинскую диагностику в клинику, офис или дом. [2] : предисловие  Клиническая лаборатория требует высоких стандартов надежности; диагностика может потребовать аккредитации или подпадать под действие правил, касающихся медицинских устройств. [15] По состоянию на 2011 год [обновлять]некоторые клинические лаборатории США тем не менее использовали анализы, продаваемые «только для исследовательских целей». [16]

Лабораторные процессы должны соответствовать правилам, таким как Поправки об улучшении клинических лабораторий , Закон о переносимости и подотчетности медицинского страхования , Надлежащая лабораторная практика и спецификации Управления по контролю за продуктами и лекарствами в Соединенных Штатах. Системы управления лабораторной информацией помогают отслеживать эти процессы. [17] Регулирование применяется как к персоналу, так и к расходным материалам. По состоянию на 2012 год [обновлять]в двенадцати штатах США требуется, чтобы молекулярные патологи имели лицензию; несколько советов, таких как Американский совет по медицинской генетике и Американский совет по патологии, сертифицируют технологов, руководителей и директоров лабораторий. [18]

Автоматизация и штрихкодирование образцов максимизируют пропускную способность и снижают вероятность ошибки или загрязнения во время ручной обработки и предоставления результатов. Теперь доступны отдельные устройства для проведения анализа от начала до конца. [15]

Анализы

Молекулярная диагностика использует биологические анализы in vitro, такие как ПЦР- ИФА или флуоресцентная гибридизация in situ . [19] [20] Анализ обнаруживает молекулу, часто в низких концентрациях, которая является маркером заболевания или риска в образце, взятом у пациента. Сохранение образца перед анализом имеет решающее значение. Ручная обработка должна быть сведена к минимуму. [21] Хрупкая молекула РНК создает определенные проблемы. Как часть клеточного процесса экспрессии генов в виде белков, она предлагает меру экспрессии генов, но она уязвима для гидролиза и расщепления постоянно присутствующими ферментами РНКазой . Образцы можно быстро заморозить в жидком азоте или инкубировать в консервирующих агентах. [2] : ch 39 

Поскольку методы молекулярной диагностики могут обнаруживать чувствительные маркеры, эти тесты менее интрузивны, чем традиционная биопсия . Например, поскольку в плазме человека существуют бесклеточные нуклеиновые кислоты , простого образца крови может быть достаточно для отбора генетической информации из опухолей, трансплантатов или нерожденного плода. [2] : ch 45  Многие, но не все, методы молекулярной диагностики, основанные на обнаружении нуклеиновых кислот, используют полимеразную цепную реакцию (ПЦР) для значительного увеличения количества молекул нуклеиновых кислот, тем самым амплифицируя целевую последовательность(и) в образце пациента. [2] : preeword  ПЦР — это метод, при котором шаблонная ДНК амплифицируется с использованием синтетических праймеров, ДНК-полимеразы и dNTP. Смесь циклически переключается между как минимум двумя температурами: высокой температурой для денатурации двухцепочечной ДНК в одноцепочечные молекулы и низкой температурой для гибридизации праймера с шаблоном и для удлинения праймера полимеразой. Каждый температурный цикл теоретически удваивает количество целевой последовательности. Обнаружение вариаций последовательности с помощью ПЦР обычно включает разработку и использование олигонуклеотидных реагентов, которые амплифицируют интересующий вариант более эффективно, чем последовательность дикого типа. В настоящее время ПЦР является наиболее широко используемым методом обнаружения последовательностей ДНК. [22] Обнаружение маркера может использовать ПЦР в реальном времени, прямое секвенирование, [2] :  чипы микроматриц ch 17 — готовые чипы, которые тестируют много маркеров одновременно, [2] : ch 24  или MALDI-TOF [23] Тот же принцип применим к протеому и геному . Высокопроизводительные белковые матрицы могут использовать комплементарную ДНК или антитела для связывания и, следовательно, могут обнаруживать много различных белков параллельно. [24] Молекулярные диагностические тесты сильно различаются по чувствительности, времени выполнения, стоимости, охвату и одобрению регулирующих органов. Они также различаются по уровню валидации, применяемой в лабораториях, использующих их. Следовательно, необходима надежная локальная проверка в соответствии с нормативными требованиями и использование соответствующих средств контроля, особенно в тех случаях, когда результат может быть использован для принятия решения о лечении пациента. [25]

Преимущества

Микрочип содержит комплементарную ДНК (кДНК) для многих интересующих последовательностей. КДНК флуоресцирует, когда гибридизуется с соответствующим фрагментом ДНК в образце.

Пренатальный

Традиционные пренатальные тесты на хромосомные аномалии, такие как синдром Дауна, основаны на анализе количества и внешнего вида хромосом — кариотипа . Молекулярные диагностические тесты, такие как сравнительная геномная гибридизация с использованием микрочипов , вместо этого тестируют образец ДНК, и из-за наличия бесклеточной ДНК в плазме могут быть менее инвазивными, но по состоянию на 2013 год они все еще являются дополнением к традиционным тестам. [26]

Уход

Некоторые из полиморфизмов отдельных нуклеотидов пациента — небольшие различия в их ДНК — могут помочь предсказать, как быстро они будут метаболизировать определенные препараты; это называется фармакогеномикой . [27] Например, фермент CYP2C19 метаболизирует несколько препаратов, таких как антикоагулянт Клопидогрель , в их активные формы. Некоторые пациенты обладают полиморфизмами в определенных местах гена 2C19, которые делают их плохими метаболизаторами этих препаратов; врачи могут проверить эти полиморфизмы и выяснить, будут ли препараты полностью эффективны для этого пациента. [28] Достижения в области молекулярной биологии помогли показать, что некоторые синдромы, которые ранее классифицировались как одно заболевание, на самом деле являются несколькими подтипами с совершенно разными причинами и методами лечения. Молекулярная диагностика может помочь диагностировать подтип — например, инфекции и рак — или генетический анализ заболевания с наследственным компонентом, такого как синдром Сильвера-Рассела . [1] [29]

Инфекционные заболевания

Молекулярная диагностика используется для выявления инфекционных заболеваний, таких как хламидиоз , [30] вирус гриппа [31] и туберкулез ; [32] или специфических штаммов, таких как вирус H1N1 [33] или SARS-CoV-2 . [34] Генетическая идентификация может быть быстрой; например, тест изотермической амплификации с петлевой амплификации диагностирует малярийного паразита и достаточно надежен для развивающихся стран. [35] Но, несмотря на эти достижения в анализе генома, в 2013 году инфекции по-прежнему чаще идентифицировались другими способами — их протеомом, бактериофагом или хроматографическим профилем. [36] Молекулярная диагностика также используется для понимания конкретного штамма патогена — например, путем определения того, какими генами устойчивости к лекарственным препаратам он обладает — и, следовательно, каких методов лечения следует избегать. [37] [36] Кроме того, анализы, основанные на метагеномном секвенировании следующего поколения, могут быть реализованы для выявления патогенных организмов без предвзятости. [38]

Управление рисками заболеваний

Геном пациента может включать наследственную или случайную мутацию, которая влияет на вероятность развития заболевания в будущем. [27] Например, синдром Линча — это генетическое заболевание , которое предрасполагает пациентов к колоректальному и другим видам рака; раннее выявление может привести к тщательному наблюдению, что повышает шансы пациента на хороший исход. [39] Сердечно-сосудистый риск указывается биологическими маркерами, а скрининг может измерить риск того, что ребенок родится с генетическим заболеванием, таким как муковисцидоз . [40] Генетическое тестирование является сложным с этической точки зрения: пациенты могут не захотеть стресса от знания своего риска. [41] В странах без всеобщего здравоохранения известный риск может привести к увеличению страховых взносов. [42]

Рак

Рак — это изменение клеточных процессов, которое приводит к тому, что опухоль выходит из-под контроля. [27] Раковые клетки иногда имеют мутации в онкогенах , таких как KRAS и CTNNB1 (β-катенин). [43] Анализ молекулярной сигнатуры раковых клеток — ДНК и ее уровней экспрессии через информационную РНК — позволяет врачам характеризовать рак и выбирать наилучшую терапию для своих пациентов. [27] По состоянию на 2010 год анализы, включающие массив антител против специфических молекул-маркеров белка, являются новой технологией; есть надежды на эти мультиплексные анализы, которые могли бы измерять множество маркеров одновременно. [44] Другие потенциальные будущие биомаркеры включают молекулы микроРНК , которые раковые клетки экспрессируют больше, чем здоровые. [45]

Рак — это болезнь с чрезмерными молекулярными причинами и постоянной эволюцией. Существует также гетерогенность заболевания даже у одного человека. Молекулярные исследования рака доказали значимость драйверных мутаций в росте и метастазировании опухолей. [46] Для исследований рака было разработано множество технологий для обнаружения вариаций последовательностей. Эти технологии в целом можно сгруппировать в три подхода: полимеразная цепная реакция (ПЦР), гибридизация и секвенирование следующего поколения (NGS). [22] В настоящее время многие анализы ПЦР и гибридизации были одобрены FDA в качестве диагностики in vitro. [47] Однако анализы NGS все еще находятся на ранней стадии клинической диагностики. [48]

Для проведения молекулярного диагностического теста на рак одним из важных вопросов является обнаружение вариаций последовательности ДНК. Образцы биопсии опухоли, используемые для диагностики, всегда содержат всего 5% целевого варианта по сравнению с последовательностью дикого типа. Кроме того, для неинвазивных приложений из периферической крови или мочи тест ДНК должен быть достаточно специфичным, чтобы обнаруживать мутации при частотах аллелей вариантов менее 0,1%. [22]

В настоящее время, оптимизируя традиционную ПЦР, появилось новое изобретение — система мутаций, рефрактерных к амплификации (ARMS), — это метод обнаружения вариантов последовательности ДНК при раке. Принцип, лежащий в основе ARMS, заключается в том, что ферментативная активность ДНК-полимераз очень чувствительна к несовпадениям вблизи 3'-конца праймера. [22] Многие компании разработали диагностические тесты на основе праймеров ARMS PCR. Например, Qiagen therascreen, [49] Roche cobas [50] и Biomerieux THxID [51] разработали одобренные FDA тесты ПЦР для обнаружения мутаций рака легких, толстой кишки и метастатической меланомы в генах KRAS, EGFR и BRAF. Их наборы IVD были в основном проверены на геномной ДНК, выделенной из ткани FFPE.

Существуют также микрочипы, которые используют механизм гибридизации для диагностики рака. Более миллиона различных зондов могут быть синтезированы на матрице с технологией Genechip компании Affymetrix с пределом обнаружения от одной до десяти копий мРНК на лунку. [22] Обычно считается, что оптимизированные микрочипы производят повторяемую относительную количественную оценку различных целей. [52] В настоящее время FDA уже одобрило ряд диагностических анализов, использующих микрочипы: анализы MammaPrint компании Agendia могут информировать о риске рецидива рака молочной железы, профилируя экспрессию 70 генов, связанных с раком молочной железы; [53] анализ Autogenomics INFNITI CYP2C19 может профилировать генетические полиморфизмы, влияние которых на терапевтический ответ на антидепрессанты велико; [54] а CytoScan Dx компании Affymetrix может оценивать интеллектуальные нарушения и врожденные нарушения, анализируя хромосомные мутации. [55]

В будущем диагностические инструменты для рака, скорее всего, будут сосредоточены на секвенировании следующего поколения (NGS). Используя секвенирование ДНК и РНК для диагностики рака, технология в области инструментов молекулярной диагностики будет развиваться лучше. Хотя пропускная способность и стоимость NGS резко сократились за последние 10 лет примерно в 100 раз, мы остаемся по крайней мере на 6 порядков дальше от выполнения глубокого секвенирования на уровне целого генома. [22] В настоящее время Ion Torrent разработала несколько панелей NGS на основе трансляционного AmpliSeq, например, комплексный анализ Oncomine. [56] Они сосредоточены на использовании глубокого секвенирования генов, связанных с раком, для обнаружения редких вариантов последовательностей.

Инструмент молекулярной диагностики может использоваться для оценки риска рака. Например, тест BRCA1/2 от Myriad Genetics оценивает женщин на пожизненный риск рака молочной железы. [22] Кроме того, некоторые виды рака не всегда проявляются при четких симптомах. Полезно анализировать людей, когда у них нет явных симптомов, и, таким образом, можно обнаружить рак на ранних стадиях. Например, тест ColoGuard может использоваться для скрининга людей старше 55 лет на колоректальный рак . [57] Рак — это долгосрочное заболевание с различными стадиями прогрессирования, инструменты молекулярной диагностики могут использоваться для прогнозирования прогрессирования рака. Например, тест OncoType Dx от Genomic Health может оценить риск рака молочной железы. Их технология может информировать пациентов о необходимости химиотерапии, исследуя уровни экспрессии РНК в биопсийной ткани рака молочной железы. [58]

С ростом государственной поддержки молекулярной диагностики ДНК ожидается, что вскоре станет доступно все больше клинических анализов ДНК для выявления рака. В настоящее время исследования в области диагностики рака развиваются быстро с целями снижения затрат, сокращения времени и упрощения методов для врачей и пациентов.

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ abc Poste G (май 2001 г.). «Молекулярная диагностика: новый мощный компонент цепочки создания стоимости в здравоохранении». Экспертный обзор молекулярной диагностики . 1 (1): 1–5. doi : 10.1586/14737159.1.1.1 . PMID  11901792.
  2. ^ abcdefghi Burtis CA, Ashwood ER, Bruns DE (2012). Учебник клинической химии и молекулярной диагностики Тица. Elsevier. ISBN 978-1-4557-5942-2.
  3. ^ "О ITP". ITP . Получено 23 апреля 2021 г. .
  4. ^ Hamburg MA, Collins FS (июль 2010 г.). «Путь к персонализированной медицине». The New England Journal of Medicine . 363 (4): 301–4. doi : 10.1056/NEJMp1006304 . PMID  20551152. S2CID  205106671.
  5. ^ Grody WW, Nakamura RM, Strom CM, Kiechle FL (2010). Молекулярная диагностика: методы и применение в клинической лаборатории. Boston MA: Academic Press Inc. ISBN 978-0-12-369428-7.
  6. ^ Kan YW, Lee KY, Furbetta M, Angius A, Cao A (январь 1980 г.). «Полиморфизм последовательности ДНК в области гена бета-глобина. Применение к пренатальной диагностике бета-0-талассемии в Сардинии». The New England Journal of Medicine . 302 (4): 185–8. doi :10.1056/NEJM198001243020401. PMID  6927915.
  7. ^ Cohn DV, Elting JJ, Frick M, Elde R (июнь 1984 г.). «Избирательная локализация семейства белков паратиреоидного секреторного белка I/хромогранина мозгового слоя надпочечников в самых разных эндокринных клетках крысы». Эндокринология . 114 (6): 1963–74. doi :10.1210/endo-114-6-1963. PMID  6233131.
  8. ^ Persselin JE, Stevens RH (август 1985). «Анти-Fab-антитела у людей. Преобладание второстепенных подклассов иммуноглобулина G при ревматоидном артрите». Журнал клинических исследований . 76 (2): 723–30. doi :10.1172/JCI112027. PMC 423887. PMID  3928684 . 
  9. ^ Каплан Г., Гаудернак Г. (октябрь 1982 г.). «Дифференциация моноцитов человека in vitro. Различия в фенотипах моноцитов, вызванные культивированием на стекле или на коллагене». Журнал экспериментальной медицины . 156 (4): 1101–14. doi :10.1084/jem.156.4.1101. PMC 2186821. PMID  6961188 . 
  10. ^ Fausto N, Kaul KL (1999). "Представляем журнал молекулярной диагностики". Журнал молекулярной диагностики . 1 (1): 1. doi :10.1016/S1525-1578(10)60601-0. PMC 1906886 . 
  11. ^ Атанасовская Б, Божиновски Г, Чакалова Л, Кочева С, Каранфильски О, Пласеска-Каранфиска Д (декабрь 2012 г.). «Молекулярная диагностика β-талассемии». Балканский журнал медицинской генетики . 15 (Приложение): 61–5. doi : 10.2478/v10034-012-0021-z. ПМЦ 3776673 . ПМИД  24052746. 
  12. ^ Sharples A (23 марта 2011 г.). «Генные патенты в Европе относительно стабильны, несмотря на неопределенность в США» Genetic Engineering and Biotechnology News . Получено 13 июня 2013 г.
  13. ^ Bravin J, Kendall B (13 июня 2013 г.). «Судьи отменяют патенты на гены». The Wall Street Journal . Получено 15 июня 2013 г.
  14. ^ Barnes R, Brady D (13 июня 2013 г.). «Верховный суд постановил, что человеческие гены не могут быть запатентованы». The Washington Post . Получено 15 июня 2013 г.
  15. ^ ab Gibbs JN (1 августа 2008 г.). «Регуляторные пути для молекулярной диагностики. Подробное описание различных доступных вариантов и того, что требуется для каждого». 24 (14). Новости генной инженерии и биотехнологии . Получено 4 сентября 2013 г. {{cite journal}}: Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
  16. ^ Gibbs JN (1 апреля 2011 г.). «Неопределенность сохраняется в отношении продуктов RUO. FDA может рассмотреть более ограничительный подход к анализам, предназначенным только для исследовательских целей». 31 (7). Новости генной инженерии и биотехнологии . Получено 4 сентября 2013 г. {{cite journal}}: Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
  17. ^ Tomiello K (21 февраля 2007 г.). «Соблюдение нормативных требований стимулирует развитие LIMS». Design World . Получено 7 ноября 2012 г.
  18. ^ Mackinnon AC, Wang YL, Sahota A, Yeung CC, Weck KE (ноябрь 2012 г.). «Сертификация по молекулярной патологии в Соединенных Штатах: обновление от Комитета по обучению и образованию Ассоциации молекулярной патологии». Журнал молекулярной диагностики . 14 (6): 541–9. doi : 10.1016/j.jmoldx.2012.05.004 . PMID  22925695.
  19. ^ Rao JR, Fleming CC, Moore JE (7 июля 2006 г.). Молекулярная диагностика: современные технологии и приложения (Horizon Bioscience) . Horizon Bioscience. стр. 97. ISBN 978-1-904933-19-9.
  20. ^ van Ommen GJ, Breuning MH, Raap AK (июнь 1995 г.). «FISH в исследовании генома и молекулярной диагностике». Current Opinion in Genetics & Development . 5 (3): 304–8. doi :10.1016/0959-437X(95)80043-3. PMID  7549423.
  21. ^ Hammerling JA (2012). «Обзор медицинских ошибок в лабораторной диагностике и где мы находимся сегодня». Лабораторная медицина . 43 (2): 41–44. doi : 10.1309/LM6ER9WJR1IHQAUY .
  22. ^ abcdefg Ходаков Д., Ван С., Чжан Д.Й. (октябрь 2016 г.). «Диагностика на основе профилирования вариантов последовательности нуклеиновых кислот: подходы ПЦР, гибридизации и NGS». Advanced Drug Delivery Reviews . 105 (Pt A): 3–19. doi : 10.1016/j.addr.2016.04.005 . PMID  27089811.
  23. ^ Шервуд, Джеймс Л.; Мюллер, Сюзанна; Орр, Мария CM; Рэтклифф, Марианна Дж.; Уокер, Джилл (2014). «Профилирование опухолей с помощью MALDI-TOF на основе панелей — чувствительный метод обнаружения мутаций в клинических опухолях немелкоклеточного рака легких». PLOS ONE . 9 (6): e100566. Bibcode : 2014PLoSO...9j0566S. doi : 10.1371/journal.pone.0100566 . PMC 4067351. PMID  24956168 . 
  24. ^ Walter G, Büssow K, Lueking A, Glökler J (июнь 2002 г.). «Высокопроизводительные белковые массивы: перспективы молекулярной диагностики». Trends in Molecular Medicine . 8 (6): 250–3. doi :10.1016/S1471-4914(02)02352-3. PMID  12067604.
  25. ^ Sherwood JL, Brown H, Rettino A, Schreieck A, Clark G, Claes B, Agrawal B, Chaston R, Kong BS, Choppa P, Nygren AO, Deras IL, Kohlmann A (1 сентября 2017 г.). «Ключевые различия между 13 технологиями обнаружения мутаций KRAS и их значимость для клинической практики». ESMO Open . 2 (4): e000235. doi :10.1136/esmoopen-2017-000235. PMC 5623342. PMID  29018576 . 
  26. ^ "Advances in Prenatal Molecular Diagnostics Conference (Introduction)". HealthTech. 2013. Архивировано из оригинала 18 сентября 2013 г. Получено 28 сентября 2013 г.
  27. ^ abcd "Молекулярная диагностика - Национальный институт рака". Cancer.gov. 28 января 2005 г. Архивировано из оригинала 26 сентября 2006 г. Получено 26 сентября 2013 г.
  28. ^ Desta Z, Zhao X, Shin JG, Flockhart DA (2002). «Клиническое значение генетического полиморфизма цитохрома P450 2C19». Клиническая фармакокинетика . 41 (12): 913–58. doi :10.2165/00003088-200241120-00002. PMID  12222994. S2CID  27616494.
  29. ^ Eggermann T, Spengler S, Gogiel M, Begemann M, Elbracht M (июнь 2012 г.). «Эпигенетическая и генетическая диагностика синдрома Сильвера-Рассела». Expert Review of Molecular Diagnostics . 12 (5): 459–71. doi :10.1586/erm.12.43. PMID  22702363. S2CID  3427029.
  30. ^ Tong CY, Mallinson H (май 2002 г.). «Переход к обнаружению генитальной Chlamydia trachomatis на основе нуклеиновых кислот». Expert Review of Molecular Diagnostics . 2 (3): 257–66. doi :10.1586/14737159.2.3.257. PMID  12050864. S2CID  26518693.
  31. ^ Deyde VM, Sampath R, Gubareva LV (январь 2011). "Подход ОТ-ПЦР/масс-спектрометрии с электрораспылительной ионизацией для обнаружения и характеристики вирусов гриппа". Expert Review of Molecular Diagnostics . 11 (1): 41–52. doi :10.1586/erm.10.107. PMID  21171920. S2CID  207219269.
  32. ^ Pai M, Kalantri S, Dheda K (май 2006 г.). «Новые инструменты и появляющиеся технологии для диагностики туберкулеза: часть I. Латентный туберкулез» (PDF) . Expert Review of Molecular Diagnostics . 6 (3): 413–22. doi : 10.1586/14737159.6.3.413 . PMID  16706743.
  33. ^ Burkardt HJ (январь 2011 г.). «Пандемия H1N1 2009 («свиной грипп»): диагностические и другие проблемы». Expert Review of Molecular Diagnostics . 11 (1): 35–40. doi :10.1586/erm.10.102. PMID  21171919. S2CID  894775.
  34. ^ Habibzadeh P, Mofatteh M, Silawi M, Ghavami S, Faghihi MA (февраль 2021 г.). «Молекулярные диагностические анализы на COVID-19: обзор». Critical Reviews in Clinical Laboratory Sciences . 58 (6): 385–398. doi : 10.1080/10408363.2021.1884640. PMC 7898297. PMID  33595397 . 
  35. ^ Han ET (март 2013 г.). «Тест изотермической амплификации с петлевой опосредованностью для молекулярной диагностики малярии». Expert Review of Molecular Diagnostics . 13 (2): 205–18. doi :10.1586/erm.12.144. PMID  23477559. S2CID  24649273.
  36. ^ ab Tang YW, Procop GW, Persing DH (ноябрь 1997 г.). «Молекулярная диагностика инфекционных заболеваний». Клиническая химия . 43 (11): 2021–38. doi : 10.1093/clinchem/43.11.2021 . PMID  9365385.
  37. ^ Мусави-Сагарчи, Сейед Мохаммад Амин; Афразе, Элина; Сейедиан-Никдже, Сейеде Фатеме; Мескини, Марьям; Доруд, Деларам; Сиадат, Сейед Давар (21 июня 2024 г.). «Новый взгляд на молекулярное обнаружение микобактерий туберкулеза». АМБ Экспресс . 14 (1): 74. дои : 10.1186/s13568-024-01730-3 . ISSN  2191-0855. ПМЦ 11192714 . ПМИД  38907086. 
  38. ^ Chiu CY, Miller SA (июнь 2019). «Клиническая метагеномика». Nature Reviews. Genetics . 20 (6): 341–355. doi :10.1038/s41576-019-0113-7. PMC 6858796. PMID  30918369 . 
  39. ^ van Lier MG, Wagner A, van Leerdam ME, Biermann K, Kuipers EJ, Steyerberg EW, Dubbink HJ, Dinjens WN (январь 2010 г.). «Обзор молекулярной диагностики синдрома Линча: центральная роль патологической лаборатории». Журнал клеточной и молекулярной медицины . 14 (1–2): 181–97. doi :10.1111/j.1582-4934.2009.00977.x. PMC 3837620. PMID  19929944 . 
  40. ^ Шримптон А.Е. (май 2002 г.). «Молекулярная диагностика муковисцидоза». Expert Review of Molecular Diagnostics . 2 (3): 240–56. doi :10.1586/14737159.2.3.240. PMID  12050863. S2CID  27351636.
  41. ^ Andorno R (октябрь 2004 г.). «Право не знать: подход, основанный на автономии». Журнал медицинской этики . 30 (5): 435–9, обсуждение 439–40. doi :10.1136/jme.2002.001578. PMC 1733927. PMID  15467071 . 
  42. ↑ Хармон, Эми (24 февраля 2008 г.) Страхи перед страхованием заставляют многих избегать ДНК-тестов. New York Times
  43. ^ Минамото Т, Уголков АВ, Май М (ноябрь 2002 г.). «Обнаружение онкогенов при диагностике раковых заболеваний с активной онкогенной сигнализацией». Экспертный обзор молекулярной диагностики . 2 (6): 565–75. doi :10.1586/14737159.2.6.565. PMID  12465453. S2CID  26732113.
  44. ^ Brennan DJ, O'Connor DP, Rexhepaj E, Ponten F, Gallagher WM (сентябрь 2010 г.). «Протеомика на основе антител: ускоренная молекулярная диагностика в онкологии». Nature Reviews. Cancer . 10 (9): 605–17. doi :10.1038/nrc2902. PMID  20720569. S2CID  23540973.
  45. ^ Ferracin M, Veronese A, Negrini M (апрель 2010 г.). «Микромаркеры: miRNAs в диагностике и прогнозировании рака». Expert Review of Molecular Diagnostics . 10 (3): 297–308. doi :10.1586/erm.10.11. PMID  20370587. S2CID  45371217.
  46. ^ Мисале С, Ягер Р, Хобор С, Скала Е, Джанакираман М, Лиска Д, Валторта Е, Скьяво Р, Бускарино М, Сиравенья Г, Бенкардино К, Серчек А, Чен CT, Веронезе С, Занон С, Сарторе-Бьянки А , Гамбакорта М, Галликкио М, Вакиани Э, Боскаро В, Медико Э, Вайзер М, Сиена С, Ди Николантонио Ф, Солит Д, Барделли А (июнь 2012 г.). «Появление мутаций KRAS и приобретенной устойчивости к терапии анти-EGFR при колоректальном раке». Природа . 486 (7404): 532–6. Бибкод : 2012Natur.486..532M. дои : 10.1038/nature11156. ПМЦ 3927413 . PMID  22722830. 
  47. ^ Эммади Р., Буняратанакорнкит Дж. Б., Селваранган Р., Шьямала В., Циммер Б. Л., Уильямс Л., Брайант Б., Шутцбанк Т., Шунмейкер М. М., Амос Уилсон Дж. А., Холл Л., Панчоли П., Бернард К. (ноябрь 2011 г.). «Молекулярные методы и платформы для тестирования инфекционных заболеваний: обзор одобренных и разрешенных FDA анализов». Журнал молекулярной диагностики . 13 (6): 583–604. doi :10.1016/j.jmoldx.2011.05.011. PMC 3194051. PMID 21871973  . 
  48. ^ Одобренная FDA система секвенирования следующего поколения может расширить возможности клинического геномного тестирования: эксперты прогнозируют, что платформа MiSeqDx сделает генетическое тестирование более доступным для небольших лабораторий. AM. J. Med. Genet. A 164, X-XI.
  49. ↑ Ангуло Б, Конде Э, Суарес-Готье А, Плаза С, Мартинес Р, Редондо П, Искьердо Э, Рубио-Викейра Б, Пас-Арес Л, Идальго М, Лопес-Риос Ф (27 августа 2012 г.). «Сравнение методов тестирования мутаций EGFR при карциноме легких: прямое секвенирование, ПЦР в реальном времени и иммуногистохимия». ПЛОС ОДИН . 7 (8): е43842. Бибкод : 2012PLoSO...743842A. дои : 10.1371/journal.pone.0043842 . ПМЦ 3428292 . ПМИД  22952784. 
  50. ^ Gonzalez de Castro D, Angulo B, Gomez B, Mair D, Martinez R, Suarez-Gauthier A, Shieh F, Velez M, Brophy VH, Lawrence HJ, Lopez-Rios F (июль 2012 г.). «Сравнение трех методов обнаружения мутаций KRAS в образцах колоректального рака, фиксированных формалином». British Journal of Cancer . 107 (2): 345–51. doi :10.1038/bjc.2012.259. PMC 3394984. PMID 22713664  . 
  51. ^ Marchant J, Mange A, Larrieux M, Costes V, Solassol J (июль 2014 г.). «Сравнительная оценка нового одобренного FDA теста THxID™-BRAF с плавлением высокого разрешения и секвенированием по Сэнгеру». BMC Cancer . 14 : 519. doi : 10.1186/1471-2407-14-519 . PMC 4223712. PMID  25037456 . 
  52. ^ Салазар Р, Ропман П, Капелла Г, Морено В, Саймон I, Дризен С, Лопес-Дорига А, Сантос С, Марийнен С, Вестерга Дж, Брюин С, Керр Д, Куппен П, ван де Вельде С, Морро Х, Ван Велтуйсен Л., Глас А.М., Вант Вир Л.Дж., Толленаар Р. (январь 2011 г.). «Сигнатура экспрессии генов для улучшения прогнозирования колоректального рака II и III стадий». Журнал клинической онкологии . 29 (1): 17–24. дои : 10.1200/JCO.2010.30.1077 . hdl : 2445/198405 . ПМИД  21098318.
  53. ^ Wittner BS, Sgroi DC, Ryan PD, Bruinsma TJ, Glas AM, Male A, Dahiya S, Habin K, Bernards R, Haber DA, Van't Veer LJ, Ramaswamy S (май 2008 г.). «Анализ анализа рака груди MammaPrint в преимущественно постменопаузальной когорте». Clinical Cancer Research . 14 (10): 2988–93. doi :10.1158/1078-0432.CCR-07-4723. PMC 3089800. PMID 18483364  . 
  54. ^ Lee CC, McMillin GA, Babic N, Melis R, Yeo KT (май 2011 г.). «Оценка панели генотипа CYP2C19 на платформе GenMark eSensor® и сравнение с панелями Autogenomics Infiniti™ и Luminex CYP2C19». Clinica Chimica Acta; Международный журнал клинической химии . 412 (11–12): 1133–7. doi :10.1016/j.cca.2011.03.001. PMID  21385571.
  55. ^ Pfundt R, Kwiatkowski K, Roter A, Shukla A, Thorland E, Hockett R, DuPont B, Fung ET, Chaubey A (февраль 2016 г.). «Клиническая эффективность анализа CytoScan Dx при диагностике задержки развития/интеллектуальной инвалидности». Genetics in Medicine . 18 (2): 168–73. doi : 10.1038/gim.2015.51 . hdl : 2066/167658 . PMID  25880438.
  56. ^ Hovelson DH, McDaniel AS, Cani AK, Johnson B, Rhodes K, Williams PD и др. (апрель 2015 г.). «Разработка и валидация масштабируемой системы секвенирования следующего поколения для оценки соответствующих соматических вариантов в солидных опухолях». Neoplasia . 17 (4): 385–99. doi :10.1016/j.neo.2015.03.004. PMC 4415141 . PMID  25925381. 
  57. ^ Imperiale TF, Ransohoff DF, Itzkowitz SH (июль 2014 г.). «Многоцелевое ДНК-тестирование кала для скрининга колоректального рака». The New England Journal of Medicine . 371 (2): 187–8. doi :10.1056/NEJMc1405215. PMID  25006736.
  58. ^ Rakovitch E, Nofech-Mozes S, Hanna W, Baehner FL, Saskin R, Butler SM, Tuck A, Sengupta S, Elavathil L, Jani PA, Bonin M, Chang MC, Robertson SJ, Slodkowska E, Fong C, Anderson JM, Jamshidian F, Miller DP, Cherbavaz DB, Shak S, Paszat L (июль 2015 г.). «Популяционное валидационное исследование оценки DCIS, прогнозирующей риск рецидива у лиц, прошедших только органосохраняющую операцию». Breast Cancer Research and Treatment . 152 (2): 389–98. doi :10.1007/s10549-015-3464-6. PMC 4491104 . PMID  26119102. 
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Молекулярная_диагностика&oldid=1250054340"