Минимальная необходимая информация об эксперименте Glycomics
Минимальный стандарт информации

Инициатива « Минимальная требуемая информация об эксперименте по гликомике» ( MIRAGE ) является частью « Минимальных информационных стандартов» и, в частности, относится к рекомендациям по отчетности (описанию метаданных ) по эксперименту по гликомике . Инициатива поддерживается Институтом Бейльштейна по развитию химических наук . [1] Проект MIRAGE фокусируется на разработке рекомендаций по публикации данных по взаимодействию и структурной гликомике, а также на разработке форматов обмена данными. Проект был запущен в 2011 году в Сиэтле и начался с описания целей проекта MIRAGE. [2]

Организация

Комиссия MIRAGE состоит из трех групп, которые тесно взаимодействуют друг с другом. Консультативный совет состоит из ведущих ученых в области гликобиологии, которые, например, критически оценивают результаты рабочей группы и продвигают руководящие принципы отчетности в сообществе. Рабочая группа ищет внешние консультации и напрямую взаимодействует с сообществом гликомиков. Члены группы выполняют определенные подпроекты (например, разработку и пересмотр руководящих принципов), сосредоточившись на конкретных областях исследований для достижения общих целей проекта MIRAGE. Координационная группа связывает подпроекты рабочей группы вместе и передает результаты консультативному совету для рассмотрения.

Руководство по отчетности

Были разработаны и опубликованы следующие руководящие принципы отчетности:

  • Руководство MIRAGE MS по составлению отчетов по анализу гликанов на основе масс-спектрометрии . [2] Эти рекомендации основаны на шаблоне руководства MIAPE , т.е. MIAPE-MS версии 2.24. [3]
  • Руководство по подготовке образцов MIRAGE [4], которое считается общей основой для любых дальнейших руководств по отчетности MIRAGE, чтобы требования к анализу данных были краткими и последовательными.
  • Разработаны руководящие принципы MIRAGE Glycan microarray для всестороннего описания экспериментов с гликановыми массивами , а также руководящие принципы отчетности для анализа гликановых микроматриц. [5] Для того чтобы помочь авторам в отчетности в соответствии с этими руководящими принципами, предоставляются образцы публикаций и шаблон с примером данных. [6]
  • Руководство MIRAGE по жидкостной хроматографии для представления данных жидкостной хроматографии (ЖХ) гликанов. [7]

Производные

Руководящие принципы отчетности MIRAGE предоставляют основные рамки для последующих проектов, связанных с разработкой как программных инструментов для анализа экспериментальных данных по гликанам, так и баз данных для депонирования данных анализа взаимодействия (например, из экспериментов с микроматрицами гликанов) и данных структурного анализа (например, из экспериментов по масс-спектрометрии и жидкостной хроматографии). Поскольку руководящие принципы включают определения минимальной информации, необходимой для всестороннего представления гликомикских экспериментов, эта информация включена в структуры баз данных, формы сбора данных и форматы обмена данными.

Следующие базы данных соответствуют рекомендациям MIRAGE:

  • UniCarb-DB , в котором хранятся отобранные данные и информация о структурах гликанов и связанных с ними данных фрагментов, охарактеризованных с помощью стратегий LC- Tandem_mass-спектрометрии .
  • GlycoStore — это тщательно подобранная база данных по составу N-, O-, гликосфинголипидных (GSL) гликанов и свободных олигосахаридов, связанных с рядом гликопротеинов, гликолипидов и биотерапевтических препаратов, полученная с помощью хроматографии , электрофореза и масс-спектрометрии .
  • UniCarb-DR [8] репозиторий данных MS n для структур гликанов
  • GlycoPOST — репозиторий масс-спектров для гликомики и гликопротеомики

Следующие проекты относятся к стандартам MIRAGE:

  • GlyTouCan — это репозиторий структур гликанов, в котором уникальные идентификаторы присваиваются индивидуально зарегистрированным структурам гликанов.
  • UniCarbKB — база данных гликанов и гликопротеинов
  • GlyGen — проект по интеграции и распространению данных, связанных с углеводами и гликоконъюгатами
  • GlyConnect, интегрированная платформа для гликомики и гликопротеомики

Ссылки

  1. ^ «МИРАЖ в Институте Байльштейна».
  2. ^ ab Коларич, Даниэль; Рапп, Эрдманн; Струве, Уэстон Б.; Хаслам, Стюарт М.; Зайя, Джозеф; Макбрайд, Райан; Аграват, Санджай; Кэмпбелл, Мэтью П.; Като, Масаки; Ранцингер, Рене; Кеттнер, Карстен; Йорк, Уильям С. (1 апреля 2013 г.). «Минимальная информация, необходимая для проекта эксперимента по гликомиксу (MIRAGE): улучшение стандартов отчетности по гликоаналитическим данным на основе масс-спектрометрии». Молекулярная и клеточная протеомика . 12 (4): 991– 995. doi : 10.1074/mcp.O112.026492 . ISSN  1535-9476. PMC 3617344. PMID 23378518  . 
  3. ^ Тейлор, Крис Ф.; Бинц, Пьер-Ален; Эберсольд, Руэди; Аффольтер, Мишель; Баркович, Роберт; Дойч, Эрик В.; Хорн, Дэвид М.; Хюмер, Андреас; Куссманн, Мартин; Лилли, Кэтрин; Махт, Маркус; Манн, Маттиас; Мюллер, Дитер; Нойберт, Томас А.; Никсон, Дженис; Паттерсон, Скотт Д.; Расо, Роберто; Ресинг, Кэтрин; Сеймур, Шон Л.; Цугита, Акира; Ксенариос, Иоаннис; Цзэн, Ронг; Джулиан, Рэндалл К. (1 августа 2008 г.). «Руководство по отчетности об использовании масс-спектрометрии в протеомике». Nature Biotechnology . 26 (8): 860– 861. doi :10.1038/nbt0808-860. PMID  18688232. S2CID  205270031.
  4. ^ Struwe и др. (Сентябрь 2016 г.). «Минимальная информация, необходимая для проекта эксперимента по гликомике (MIRAGE): руководство по подготовке образцов для надежной отчетности наборов данных по гликомике». Glycobiology . 26 (9): 907– 910. doi :10.1093/glycob/cww082. PMC 5045532 . PMID  27654115. 
  5. ^ Лю и др. (апрель 2017 г.). «Минимальная информация, необходимая для проекта гликомикологического эксперимента (MIRAGE): улучшение стандартов отчетности по данным на основе микрочипов гликанов». Гликобиология . 27 (4): 280–284 . doi :10.1093/glycob/cww118. PMC 5444268. PMID  27993942 . 
  6. ^ Примеры - MIRAGE - Проекты - Beilstein-Institut zur Förderung der Chemischen Wissenschaften
  7. ^ Кэмпбелл, Мэтью П.; Абрахамс, Джоди Л.; Рапп, Эрдманн; Струве, Уэстон Б.; Костелло, Кэтрин Э.; Новотны, Милош; Ранцингер, Рене; Йорк, Уильям С.; Коларих, Дэниел; Радд, Полин М.; Кеттнер, Карстен (19 февраля 2019 г.). «Минимальная информация, необходимая для проекта эксперимента по гликомиксу (MIRAGE): Руководство по LC». Гликобиология . 29 (5): 349–354 . doi :10.1093/glycob/cwz009. PMID  30778580.
  8. ^ Карлссон, Никлас; Лисачек, Фредерик; Аоки-Киношита, Киёко Ф.; Пакер, Николь Х.; Кеттнер, Карстен; Вюрер, Манфред; Радд, Полин М.; Коларич, Дэниел; Левандер, Фредрик; Струве, Уэстон Б.; Хорлахер, Оливер; Миллер, Ребекка Л.; Чжан, Тао; Мадунич, Катарина; Эшвуд, Кристофер; Шинмати, Дайсуке; Аоки, Нобуюки П.; Венкатакришнан, Винеш; Цзинь, Чуньшэн; Андерссон, Питер; Мариетоз, Жюльен; Рохас-Масиас, Мигель А. (27 августа 2018 г.). «Электронный рабочий процесс для записи данных гликомной масс-спектрометрии в соответствии с рекомендациями по отчетности». bioRxiv : 401141. doi : 10.1101/401141 .
  • Зарегистрируйтесь на Fairsharing.org для получения рекомендаций по подготовке образцов MIRAGE
  • Запись на Fairsharing.org для рекомендаций по масс-спектрометрии MIRAGE
  • Запись на Fairsharing.org для рекомендаций по массиву гликанов MIRAGE
  • Запись на Fairsharing.org для руководства по жидкостной хроматографии MIRAGE
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Минимальная_необходимая_информация_об_эксперименте_Glycomics&oldid=1216371568"