мотив РНК mini-ykkC

мотив РНК mini-ykkC
мотив РНК mini-ykkC
	Предсказанная вторичная структура и сохранение последовательности mini-ykkC
Идентификаторы
Символ	мини-ykkC
Рфам	РФ01068
Другие данные
Тип РНК	Цис-рег
Домены	Бактерии
ТАК	SO:0005836
Структуры PDB	ПДБе

РНК-семейство

Мотив РНК mini-ykkC (позже переименованный в рибосвитч Guanidine-II) был обнаружен как предполагаемая структура РНК , которая сохраняется в бактериях . ^[1] Мотив состоит из двух консервативных петель-стеблей , конечные петли которых содержат последовательность РНК ACGR, где R представляет собой либо A, либо G. РНК mini-ykkC широко распространены в Pseudomonadota , но некоторые из них предсказаны в других типах бактерий. Ожидалось, что РНК являются цис-регуляторными элементами, поскольку они обычно расположены выше генов , кодирующих белок .

Гены, которые, по-видимому, контролируются РНК mini-ykkC, имеют сходство с генами, контролируемыми лидером ykkC-yxkD (гуанидин-I), и девять семейств генов являются общими для обоих. Поэтому было высказано предположение, что эти два класса РНК имеют одну и ту же функцию. Сложная структура и многие консервативные нуклеотиды, обнаруженные в лидере ykkC-yxkD, отсутствуют в мотиве РНК mini-ykkC. Несмотря на это, было показано, что каждая из двух структур стебель-петля mini-ykkC напрямую связывает свободный гуанидин. Поэтому мотив РНК mini-ykkC представляет собой отдельный класс РНК, чувствительных к гуанидину, называемых рибосвитчем Guanidine-II . ^[2] Его кристаллическая структура также была определена. ^[3]

Консенсусная вторичная структура мини *-ykkC* РНК. Макет аналогичен тому, который использовался в ранее опубликованном рисунке. ^[1]

Ссылки

^ ab Weinberg Z, Barrick JE, Yao Z, Roth A, Kim JN, Gore J, Wang JX, Lee ER, Block KF, Sudarsan N, Neph S, Tompa M, Ruzzo WL, Breaker RR (2007). «Идентификация 22 структурированных РНК-кандидатов в бактериях с использованием сравнительного геномного конвейера CMfinder». Nucleic Acids Research . 35 (14): 4809– 4819. doi :10.1093/nar/gkm487. PMC 1950547. PMID 17621584 .
^ Sherlock ME, Malkowski SN, Breaker RR (январь 2017 г.). «Биохимическая валидация второго класса гуанидиновых рибопереключателей у бактерий». Биохимия . 56 (2): 352–358 . doi :10.1021/acs.biochem.6b01270. PMC 5340285. PMID 28001368 .
^ Huang L, Wang J, Lilley DM (июнь 2017 г.). «Структура рибопереключателя гуанидина-II». Cell Chemical Biology . 24 (6): 695–702.e2. doi :10.1016/j.chembiol.2017.05.014. PMC 5486947. PMID 28529131 .

Внешние ссылки

Страница для Mini-ykkC_RNA_motif в Rfam

Эта статья по молекулярной или клеточной биологии — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее.

[Weinberg2007-1] Weinberg Z, Barrick JE, Yao Z, Roth A, Kim JN, Gore J, Wang JX, Lee ER, Block KF, Sudarsan N, Neph S, Tompa M, Ruzzo WL, Breaker RR (2007). «Идентификация 22 структурированных РНК-кандидатов в бактериях с использованием сравнительного геномного конвейера CMfinder». Nucleic Acids Research . 35 (14): 4809– 4819. doi :10.1093/nar/gkm487. PMC 1950547. PMID 17621584 .

[2] Sherlock ME, Malkowski SN, Breaker RR (январь 2017 г.). «Биохимическая валидация второго класса гуанидиновых рибопереключателей у бактерий». Биохимия . 56 (2): 352–358 . doi :10.1021/acs.biochem.6b01270. PMC 5340285. PMID 28001368 .

[3] Huang L, Wang J, Lilley DM (июнь 2017 г.). «Структура рибопереключателя гуанидина-II». Cell Chemical Biology . 24 (6): 695–702.e2. doi :10.1016/j.chembiol.2017.05.014. PMC 5486947. PMID 28529131 .