Мотив РНК ManA
| РНК manA | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура РНК manA | |
| Идентификаторы | |
| Символ | РНК manA |
| Рфам | РФ01745 |
| Другие данные | |
| Тип РНК | Цис -регуляторный элемент |
| Домены | Фотобактерия |
| Структуры PDB | ПДБе |
Мотив РНК manA (также называемый manA ) относится к консервативной структуре РНК , которая была идентифицирована биоинформатикой . [1] [2] Примеры мотива РНК manA были обнаружены в бактериях рода Photobacterium и фагах , которые заражают определенные виды цианобактерий . Однако большинство предсказанных последовательностей РНК manA получены из ДНК , собранной из некультивируемых морских бактерий . Почти все РНК manA расположены таким образом, что они могут находиться в 5' -нетранслируемых областях генов , кодирующих белок , и поэтому была выдвинута гипотеза, что РНК manA функционируют как цис-регуляторные элементы . Учитывая относительную сложность их вторичной структуры и их предполагаемую цис -регуляторную роль, они могут быть рибопереключателями .
Гены, которые, как считается, регулируются РНК manA , чаще всего участвуют в метаболизме сахаров фруктозы и маннозы , синтезе нуклеотидов , бактериальном фотосинтезе и классе шаперонов белков, известных как ibpA . РНК manA также часто соседствуют с транспортными РНК и, вероятно, транскрибируются с ними. Хотя эти гены не считаются типичными для фагов, ранее было замечено, что фаги, заражающие цианобактерии, обычно включают такие гены. [3] [4] [5]
Ссылки
- ^ Weinberg Z, Perreault J, Meyer MM, Breaker RR (декабрь 2009 г.). «Исключительные структурированные некодирующие РНК, выявленные с помощью анализа бактериального метагенома». Nature . 462 (7273): 656– 659. Bibcode :2009Natur.462..656W. doi :10.1038/nature08586. PMC 4140389 . PMID 19956260.
- ^ Weinberg Z, Wang JX, Bogue J, et al. (март 2010 г.). «Сравнительная геномика выявила 104 кандидата на структурированные РНК из бактерий, архей и их метагеномов». Genome Biol . 11 (3): R31. doi : 10.1186/gb-2010-11-3-r31 . PMC 2864571. PMID 20230605 .
- ^ Салливан МБ, Коулмен МЛ, Вайгеле П, Ровер Ф, Чисхолм СЗ (май 2005 г.). "Три генома цианофага Prochlorococcus: характерные особенности и экологические интерпретации". PLOS Biol . 3 (5): e144. doi : 10.1371/journal.pbio.0030144 . PMC 1079782. PMID 15828858 .
- ^ Rohwer F, Thurber RV (май 2009). «Вирусы манипулируют морской средой». Nature . 459 (7244): 207– 212. doi :10.1038/nature08060. PMID 19444207. S2CID 4397295.
- ^ Линделл Д., Джаффе Дж. Д., Коулман М. Л. и др. (сентябрь 2007 г.). «Динамика геномной экспрессии морского вируса и хозяина выявляет особенности коэволюции». Nature . 449 (7158): 83– 86. doi :10.1038/nature06130. PMID 17805294. S2CID 4412265.
Внешние ссылки
- Страница для manA РНК в Rfam
 | Эта статья по молекулярной или клеточной биологии — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее. |
