Малайзия участвовала в Азиатских юношеских играх 2009 года, которые проходили в Сингапуре с 29 июня по 7 июля 2009 года. [1] Из-за ограничений на поездки, вызванных вспышкой гриппа H1N1 , Малайзия ограничила участие только двумя видами спорта: футболом и парусным спортом. Однако футбольная команда не имеет права на второй раунд и вернулась в Малайзию до начала игр. Двое моряков, Мухамад Амирул Шафиг Джаис и Хайруннита Мохд Афенди, остались в Сингапуре, чтобы принять участие в Byte CII для мальчиков и девочек до 14 лет. Мухамад Амирул Шафиг Джаис завоевал бронзовую медаль в соревнованиях Boys' Byte CII, а Хайруннита Мохд Афенди заняла четвертое место в соревнованиях Girls' Byte CII. Шефом миссии на играх была Марина Чин, директор Sekolah Sukan Bukit Jalil. Однако она не присутствовала на играх из-за отзыва малазийского контингента.