Ксантомонадалес
Order of bacteria

Ксантомонадалес
Пятнистость листьев на английском плюще , вызванная Xanthomonas hortorum
Научная классификация Редактировать эту классификацию
Домен:Бактерии
Тип:Псевдомонадоты
Сорт:Гаммапротеобактерии
Заказ:Ксантомонадалес
Семьи
Синонимы
  • Lysobacterales Кристенсен и Кук 1978

Xanthomonadales — это бактериальный порядок внутри Gammaproteobacteria . Они являются одной из крупнейших групп бактериальных фитопатогенов , включающих такие виды , как Xanthomonas citri , Xanthomonas euvesicatoria , Xanthomonas oryzae и Xylella fastidiosa . [1] [2] [3] [4] [5] Эти бактерии поражают сельскохозяйственно важные растения, включая томаты, бананы, цитрусовые, рис и кофе. Многие виды в пределах порядка также являются человеческими патогенами. Виды в пределах рода Stenotrophomonas являются полирезистентными оппортунистическими патогенами , которые ответственны за внутрибольничные инфекции у пациентов с иммунодефицитом . [6] [7]

Характеристики

Xanthomonadales — грамотрицательные , каталазоположительные , не образующие спор облигатные аэробы . [8] Члены, принадлежащие к порядку, представляют собой прямые палочки без простек . В то время как некоторые члены неподвижны, другие виды в пределах порядка подвижны с помощью жгутиков . Stenotrophomonas — единственный род, способный восстанавливать нитрат в пределах Xanthomonadales.

Таксономия

Xanthomonadales состоит из 28 валидно названных родов из двух семейств: Xanthomonadaceae и Rhodanobacteraceae . [9] [10] [11] Xanthomonadaceae состоит из 13 родов, в то время как Rhodanobacteraceae состоит из 14 родов. Семейства можно отличить друг от друга на основе консервативных сигнатурных инделей, обнаруженных среди различных белков, специфичных для каждого семейства. [10] Эти инделы находятся в параллели с филогенетическим анализом, который выявляет две различные клады, которые, по-видимому, эволюционно расходятся. Lysobacterales и Lysobacteraceae являются более ранними синонимами Xanthomonadales и Xanthomonadaceae , соответственно. [10] [12]

Филогенетическое положение

Xanthomonadales являются ранними дивергентами бактерий в пределах Gammaproteobacteria и часто используются для укоренения филогенетических деревьев, созданных для этого класса. [13] До недавнего времени порядок Xanthomonodales включал семейства Xanthomonadaceae , Algiphilaceae, Solimonadaceae, Nevskiaceae и Sinobacteraceae. Однако не было обнаружено молекулярных сигнатур , которые включали бы все семейства. [10] Организмы были таксономически перегруппированы таким образом, что Xanthomonadales включал Xanthomonadaceae , который позже был разделен на два семейства. Разделение проводилось в соответствии с CSI , которые были найдены специально для всех членов исправленного порядка Xanthomonadales, что обеспечило поддержку принятой в настоящее время таксономии. Все остальные виды были переведены в Nevskiales, которые не разделяли CSI с Xanthomonadales, но остаются близкими родственниками в пределах Gammaproteobacteria . [10] Cardiobacteriales , Chromatiales, Methylococcales , Legionellales и Thiotrichales также являются глубоко ветвящимися порядками, которые являются филогенетическими соседями членов Xanthomonadales и Nevskiales. [10] [13] Порядок Nevskiales включает одно семейство (Salinisphaeraceae) и шесть родов: Alkanibacter , Fontimonas , Hydrocarboniphaga , Nevskia , Solimonas и Steroidobacter . [10] Wohlfahrtiimonas chitiniclastica и личинки Ignatzschineria — два вида, которые исторически были приняты в качестве членов семейства Xanthomonadaceae . Однако они не разделяют сохранившиеся сигнатуры с семейством или с порядком Xanthomonodales. [10] Эти виды образуют глубокие разветвления в соседних Gammaproteobacteria и являются монофилетическими с членами Cardiobacteriales . Таким образом, эти виды в настоящее время обозначены как incertae sedis .

Филогения

Принятая в настоящее время таксономия основана на данных Национального центра биотехнологической информации (NCBI). [9]

Ссылки

  1. ^ da Silva AC, Ferro JA, Reinach FC и др. (2002). «Сравнение геномов двух патогенов Xanthomonas с различной специфичностью хозяина». Nature . 417 (6887): 459– 463. Bibcode :2002Natur.417..459D. doi :10.1038/417459a. PMID  12024217. S2CID  4302762.
  2. ^ Van Sluys MA, de Oliveira MC, Monteiro-Vitorello CB и др. (2003). «Сравнительный анализ полных геномных последовательностей штаммов болезни Пирса и пестрого хлороза цитрусовых Xylella fastidiosa». J Bacteriol . 185 (3): 1018–26 . doi :10.1128 / JB.185.3.1018-1026.2003. PMC 142809. PMID  12533478. 
  3. ^ Lee BM, Park YJ, Park DS и др. (2005). «Последовательность генома Xanthomonas oryzae pathovar oryzae KACC10331, возбудителя бактериальной гнили риса». Nucleic Acids Res . 33 (2): 577– 586. doi :10.1093/nar/gki206. PMC 548351. PMID  15673718 . 
  4. ^ Райан РП, Форхолтер Ф, Потнис Н и др. (2005). «Патогеномика Xanthomonas: понимание взаимодействия бактерий и растений». Nat Rev Microbiol . 9 (5): 344–355 . doi :10.1038/nrmicro2558. PMID  21478901. S2CID  37510468.
  5. ^ Chen J, Xie G, Han S, Chertkov O, Sims D, Civerolo EL (2010). "Полные геномные последовательности двух штаммов Xylella fastidiosa (M12 и M23), вызывающих болезнь ожога листьев миндаля в Калифорнии". J Bacteriol . 192 (17): 4534. doi :10.1128/JB.00651-10. PMC 2937377. PMID  20601474 . 
  6. ^ Crossman LC, Gould VC, Dow JM и др. (2008). «Полный геном, сравнительный и функциональный анализ Stenotrophomonas maltophilia выявляет организм, в значительной степени защищенный детерминантами устойчивости к лекарственным препаратам». Genome Biol . 9 (4): R74. doi : 10.1186/gb-2008-9-4-r74 . PMC 2643945. PMID  18419807 . 
  7. ^ Looney WJ, Narita M, Mühlemann K (2009). «Stenotrophomonas maltophilia: новый оппортунистический патоген человека». Lancet Infect Dis . 9 (5): 312– 323. doi :10.1016/S1473-3099(09)70083-0. PMID  19393961.
  8. ^ Saddler GS, Bradbury JF (2005) Order III. Xanthomonadales ord. nov. В: Bergey's Manual of Systematic Bacteriology. стр. 63-122. Ред. Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM, Boone, Vos P, Goodfellow M, Rainey FA, ​​Schleifer KH Springer-: Austin.
  9. ^ ab Sayers; et al. "Xanthomonadales". База данных таксономии Национального центра биотехнологической информации (NCBI) . Получено 24.10.2016 .
  10. ^ abcdefgh Naushad S, Adeolu M, Wong S, Sohail M, Schellhorn HE, Gupta RS (2015). «Таксономическая структура на основе филогеномных и молекулярных маркеров для порядка Xanthomonadales: предложение о переводе семейств Algiphilaceae и Solimonadaceae в порядок Nevskiales ord. nov. и создании нового семейства в пределах порядка Xanthomonadales, семейства Rhodanobacteraceae fam. nov., содержащего род Rhodanobacter и его ближайших родственников». Antonie van Leeuwenhoek . 107 (2): 467– 485. doi :10.1007/s10482-014-0344-8. PMID  25481407.
  11. ^ Орен А, Гаррити ГМ (2015). «Список новых названий и новых комбинаций, ранее эффективно, но недействительно опубликованных». Int J Syst Evol Microbiol . 65 (7): 2017–2025 . doi :10.1099/ijs.0.000317.
  12. ^ Кристенсен П., Кук Ф. (1978). «Lysobacter, новый род неплодоносящих, скользящих бактерий с высоким отношением оснований». Int J Syst Evol Microbiol . 28 (3): 367–393 . doi : 10.1099/00207713-28-3-367 .
  13. ^ аб Кутиньо-Хименес А.М., Мартинс-Пинейро М., Лима В.К., Мартин-Торнет А., Моралес О.Г., Менк К.Ф. (2010). «Эволюционное размещение Xanthomonadales на основе консервативных сигнатурных последовательностей белков». Мол Филогенет Эвол . 54 (2): 524–34 . doi : 10.1016/j.ympev.2009.09.026 . ПМИД  19786109.
На Викискладе есть медиафайлы по теме Xanthomonadales .
Retrieved from "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Xanthomonadales&oldid=1186857615"