Список секвенированных геномов протистов

В этом списке секвенированных геномов протистов содержатся все известные виды протистов , имеющие общедоступные полные последовательности геномов, которые были собраны, аннотированы и опубликованы; в него не включены черновики геномов и последовательности только органелл.

Альвеолата

Alveolata — это группа простейших, в которую входят Ciliophora , Apicomplexa и Dinoflagellata . Члены этой группы представляют особый интерес для науки как причина серьезных заболеваний человека и скота.

ОрганизмТипРелевантностьРазмер геномаЧисло предсказанных геновОрганизацияГод завершенияСтатус сборкиСсылки
Бабезия бовисАпикомплексанВозбудитель крупного рогатого скота8.2 Мб3,6712007 [1]
Breviolum minutim ( Symbiodinium minutum; клада B1)ДинофлагеллятыКоралловый симбионт1.5 Гб47,014Окинавский институт науки и технологий2013 [2]ЧерновикOIST Морская геномика [3]
Cladocopium goreaui ( Symbiodinium goreaui; Clade C1)ДинофлагеллятыКоралловый симбионт1.19 Гб35,913Reef Future Genomics (ReFuGe) 2020/ Университет Квинсленда2018 [4]ЧерновикReFuGe 2020 [5]
Cladocopium C92 штамм Y103 ( Symbiodinium sp. clade C; предполагаемый тип C92)Динофлагеллятысимбионт фораминиферНеизвестно (размер сборки 0,70 Гб)65,832Окинавский институт науки и технологий2018 [6]ЧерновикOIST Морская геномика [3]
Cryptosporidium hominis
Штамм: TU502		АпикомплексанЧеловеческий патоген10.4 Мб3,994 [7]Университет Содружества Вирджинии2004 [7]
Cryptosporidium parvum
C- или изолят генотипа 2		АпикомплексанЧеловеческий патоген16.5 Мб3,807 [8]UCSF и Университет Миннесоты2004 [8]
Eimeria tenella
штамм Houghton		АпикомплексанКишечный паразит домашней птицы.55-60 Мб [9]Институт Сэнгера Wellcome Trust [10]Доступно для скачивания; [10] 2007 для Chr 1 [11]
Fugacium kawagutii CS156=CCMP2468 ( Symbiodinium kawagutii ; клада F1)ДинофлагеллятыСимбионт коралла?1.07 Гб26,609Reef Future Genomics (ReFuGe) 2020 / Университет Квинсленда2018 [4]ЧерновикReFuGe 2020 [5]
Fugacium kawagutii CCMP2468 ( Symbiodinium kawagutii ; клада F1)ДинофлагеллятыСимбионт коралла?1.18 Гб36,850Университет Коннектикута / Университет Сямыня2015 [12]ЧерновикПроект генома S. kawagutii [13]
Неоспора собачьяАпикомплексанВозбудитель для крупного рогатого скота и собак62 Мб [14]Институт Сэнгера Wellcome Trust [15]Доступно для скачивания [15]
Парамеция тетраурелияИнфузорияМодель организма72 Мб39,642 [16]Геноскоп2006 [16]
Поларелла ледниковая CCMP1383ДинофлагеллятыПсихрофил, Антарктида3,02 Гб (диплоидный), 1,48 Гб (гаплоидный)58,232Университет Квинсленда2020 [17]ЧерновикЭлектронное пространство UQ [18]
Поларелла ледниковая CCMP2088ДинофлагеллятыПсихрофил, арктический2,65 Гб (диплоидный), 1,30 Гб (гаплоидный)51,713Университет Квинсленда2020 [17]ЧерновикЭлектронное пространство UQ [18]
Plasmodium berghei ANKAАпикомплексанКроличья малярия18,5 Мб [19]4900; [19] 11654 (UniProt)
Plasmodium chabaudiАпикомплексанМалярия грызунов19,8 Мб [20]5000 [20]
Plasmodium falciparum
Клон:3D7		АпикомплексанВозбудитель болезни человека ( малярия )22.9 Мб5,268 [21]Консорциум проекта «Геном малярии»2002 [21]
Plasmodium knowlesiАпикомплексанВозбудитель приматов (малярия)23.5 Мб5,188 [22]2008 [22]
Plasmodium vivaxАпикомплексанЧеловеческий патоген (малярия)26.8 Мб5,433 [23]2008 [23]
Plasmodium yoelii yoelii
Штамм:17XNL		АпикомплексанВозбудитель грызунов (малярия)23.1 Мб5,878 [24]TIGR и NMRC2002 [24]
Symbiodinium microadriaticum (клада А)ДинофлагеллятыКоралловый симбионт1.1 Гб49,109Университет науки и технологий имени короля Абдаллы2016 [25]ЧерновикРифовая геномика [26]
Symbiodinium A3 штамм Y106 ( Symbiodinium sp. clade A3)ДинофлагеллятысимбионтНеизвестно (размер сборки 0,77 Гб)69,018Окинавский институт науки и технологий2018 [6]ЧерновикOIST Морская геномика [3]
Тетрахимена термофильнаяИнфузорияМодель организма104 Мб27 000 [27]2006 [27]
Theileria annulata
Ankara клон C9		АпикомплексанВозбудитель крупного рогатого скота8.3 Мб3,792Сэнгер2005 [28]
Theileria parva
Штамм:Muguga		АпикомплексанВозбудитель крупного рогатого скота (африканская лихорадка восточного побережья)8.3 Мб4035 [29]TIGR и Международный институт исследований животноводства2005 [29]
Штаммы Toxoplasma gondii
GT1, ME49, VEG		АпикомплексанВозбудитель млекопитающих63 Мб (RefSeq)8,100 (UniProt) - 9,000 (EuPathDB)Институт Дж. Крейга Вентера, TIGR, Университет Пенсильвании.2008 [30]

Амебозоа

Amoebozoa — это группа подвижных амебоидных простейших, члены этой группы передвигаются или питаются с помощью временных выступов, называемых псевдоподиями . Самым известным членом этой группы является слизевик , который изучался на протяжении столетий; другие члены включают Archamoebae , Tubulinea и Flabellinia . Некоторые Amoeboza вызывают заболевания.

ОрганизмТипРелевантностьРазмер геномаЧисло предсказанных геновОрганизацияГод завершения
Dictyostelium discoideum
Штамм:AX4		Слизистая плесеньМодель организма34 Мб12 500 [31]Консорциум из Кельнского университета, Медицинского колледжа Бейлора и Центра Сенгера2005 [31]
Entamoeba histolytica
HM1:IMSS		Паразитические простейшиеВозбудитель амебной дизентерии у человека23.8 Мб9,938 [32]TIGR, Институт Сенгера и Лондонская школа гигиены и тропической медицины2005 [32]
Polysphondylium pallidum
Штамм:PN500		Слизистая плесеньМодель организма12,939, [33] 12,350 (UniProt)Институт Лейбница по исследованию возраста2009 [33]

Хромиста

Chromista — это группа простейших, которая содержит типы водорослей Heterokontophyta ( stramenopiles ), Haptophyta и Cryptophyta . Члены этой группы в основном изучаются в эволюционном плане.

ОрганизмТипРелевантностьРазмер геномаЧисло предсказанных геновОрганизацияГод завершения
Альбуго лайбахиОомицетПаразит арабидопсиса, биотроф37 Мб [34]13,032 [34]2011 [34]
Aureococcus anophagefferens
Штамм: CCMP1984		ПелагофитDOE Объединенный институт генома2011 [35]
Bigelowiella плавающаяХлорарахниофитМодель организмануклеоморф : 0,331 Мб
ядерный: 95 Мб		нуклеоморф : 373 [36]
ядерный: >21 000 [37]		нуклеоморф : Институт Холла, Австралия , Мельбурнский университет, Британская Колумбия
ядерный: Университет Далхаузи, Галифакс, Новая Шотландия, Канада		2006, [36] 2012 [37]
Chroomonas mesostigmatica CCMP1168Криптофитовые2012 [38]
Cryptomonas парамецийКриптофитовые2010 [39]
Эмилия huxleyi
CCMP1516		Кокколитофориды ( фитопланктон )141,7 Мб [40]30,569 [40]Объединенный институт генома2013 [40]
Эмилия huxleyi
RCC1217		Кокколитофориды ( фитопланктон )Доступно для скачивания [41]
Fragilariopsis cylindrusДиатомовые водоросли61.1 Мб [42]21,066 [42]Объединенный институт генома2017 [42]
Гильярдия тетаКриптомонадаМодель организма0,551 Мб ( только геном нуклеоморфа
) 87 Мб (ядерный геном)		нуклеоморф: 465 [43] 513, 598 (UniProt)
ядерный: >21,000 [37]		нуклеоморф: Канадский институт перспективных исследований, Университет Филиппса в Марбурге и Университет Британской Колумбии
ядерный: Университет Далхаузи, Галифакс, Новая Шотландия, Канада		2001, [43] 2012 [37]
Хемисельмис Андерсени
CCMP7644		КриптомонадаМодель организма0,572 Мб
( только геном нуклеоморфа )		472, [44] 502 (УниПрот)Канадский институт перспективных исследований2007 [44]
Hyaloperonospora arabidopsidisОомицетоблигатный биотроф , возбудитель ArabidopsisВУГСК2010 [45]
Наннохлоропис гадитана
Штамм: CCMP526.		ЭустигматофитПроизводство липидов, биотехнологические приложенияИнститут биоинформатики Вирджинии2012 [46]
Phaeodactylum tricornutum
Штамм: CCAP1055/1		Диатомовые водоросли27.4 Мб10,402Объединенный институт генома2008 [47]
Phytophthora infestans
Штамм:T30-4		ОомицетВозбудитель Великого голода в ИрландииИнститут Броуда2009 [48]
Фитофтора раморумОомицетВозбудитель внезапной гибели дуба65 Мб (7x)15,743Объединенный институт генома и др.2006 [49]
Фитофтора сояОомицетВозбудитель сои95 Мб (9x)19,027Объединенный институт генома и др.2006 [49]
Псевдо-ницшиа мультисерияДиатомовые водорослиОбъединенный институт генома
Плазмодиофора капустнаяПлазмодиофоридВозбудитель калы25.5 Мб9,730SLU Уппсала и др.2015 [50]
Pythium ultimumОомицетвездесущий фитопатоген42.8 Мб15,290Университет штата Мичиган и др.2010 [51]
Thalassiosira pseudonana
Штамм: CCMP 1335		Диатомовые водоросли34.5 Мб11,242 [52]Объединенный институт генома и Вашингтонский университет2004 [52]

Экскавата

Excavata — это группа родственных свободноживущих и симбиотических простейших; она включает Metamonada , Loukozoa , Euglenozoa и Percolozoa . Они изучаются на предмет их роли в заболеваниях человека.

ОрганизмТипРелевантностьРазмер геномаЧисло предсказанных геновОрганизацияГод завершения
Giardia enterica (G. duodenalis, группа B)Паразитические простейшиеВозбудитель болезни человека ( лямблиоз )11.7 Мб4,470 [53]многоцентровое сотрудничество2009 [53]
Giardia duodenalis
ATCC 50803
( Giardia duodenalis assemblage A)
Паразитические простейшиеВозбудитель болезни человека ( лямблиоз )11.7 Мб6,470, [54] 7,153 (UniProt)Каролинский институт, Морская биологическая лаборатория2007 [54]
Лейшмания бразильская
MHOM/BR/75M2904		Паразитические простейшиеВозбудитель болезни человека ( лейшманиоз )33 Мб8,314 [55]Институт Сэнгера , Университет Сан-Паулу, Имперский колледж2007 [55]
Leishmania infantum
JPCM5		Паразитические простейшиеЧеловеческий патоген ( висцеральный лейшманиоз )33 Мб8,195 [55]Институт Сенгера, Имперский колледж и Университет Глазго2007 [55]
Штамм Leishmania major : Фридлин
Паразитические простейшиеВозбудитель заболевания у человека ( кожный лейшманиоз )32.8 Мб8,272 [56]Институт Сэнгера и Сиэтлский институт биомедицинских исследований2005 [56]
Naegleria gruberiамебофлагеллятОтделились от других эукариот более 1 миллиарда лет назад41 Мб [57]15,727 [57]2010 [57]
Трихомонада влагалищнаяПаразитические простейшиеВозбудитель заболевания человека ( трихомониаз )160 Мб59,681 [58]ТИГР2007 [58]
Trypanosoma brucei
Штамм: TREU927/4 GUTat10.1		Паразитические простейшиеВозбудитель человеческого заболевания ( сонная болезнь )26 Мб9,068 [59]Институт Сэнгера и TIGR2005 [59]
Trypanosoma cruzi
Штамм:CL Brener TC3		Паразитические простейшиеЧеловеческий патоген ( болезнь Шагаса )34 Мб22,570 [60]TIGR, Сиэтлский институт биомедицинских исследований и Уппсальский университет2005 [60]

Опистоконты, базальные

Опистоконты — это группа эукариот, включающая как животных , так и грибы , а также базальные группы, которые не классифицируются в этих группах. Эти базальные опистоконты обоснованно классифицируются как протисты и включают хоанофлагелляты , которые являются сестринской или почти сестринской группой животных.

ОрганизмТипРелевантностьРазмер геномаЧисло предсказанных геновОрганизацияГод завершения
Monosiga brevicollisХоанофлагеллятыблизкий родственник метазоа41.6 Мб9200 [61]Объединенный институт генома2007 [61]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Брайтон К.А., Лау А.О., Херндон Д.Р., Ханник Л., Каппмейер Л.С., Беренс С.Дж. и др. (октябрь 2007 г.). «Последовательность генома Babesia bovis и сравнительный анализ апикомплексных гемопростейших». ПЛОС Патогены . 3 (10): 1401– 13. doi : 10.1371/journal.ppat.0030148 . ПМК  2034396 . ПМИД  17953480.
  2. ^ Сёгути Э., Синдзато С., Кавасима Т., Гёджа Ф., Мунгпакди С., Коянаги Р. и др. (август 2013 г.). «Проект сборки ядерного генома Symbiodinium minutum раскрывает структуру гена динофлагеллят». Современная биология . 23 (15): 1399–408 . Бибкод : 2013CBio...23.1399S. дои : 10.1016/j.cub.2013.05.062 . ПМИД  23850284.
  3. ^ abc "OIST Marine Genomics". marinegenomics.oist.jp . Получено 22.08.2018 .
  4. ^ ab Liu H, Stephens TG, González-Pech RA, Beltran VH, Lapeyre B, Bongaerts P, et al. (2018). "Геномы Symbiodinium раскрывают адаптивную эволюцию функций, связанных с симбиозом кораллов и динофлагеллят". Communications Biology . 1 : 95. doi :10.1038/s42003-018-0098-3. PMC 6123633 . PMID  30271976. 
  5. ^ ab "Сайт данных ReFuGe 2020". Refune2020.reefgenomics.org . Получено 2018-09-07 .
  6. ^ ab Shoguchi E, Beedessee G, Tada I, Hisata K, Kawashima T, Takeuchi T и др. (июнь 2018 г.). «Два расходящихся генома Symbiodinium обнаруживают сохранение кластера генов для биосинтеза солнцезащитного крема и недавно утраченных генов». BMC Genomics . 19 (1): 458. doi : 10.1186/s12864-018-4857-9 . PMC 6001144 . PMID  29898658. 
  7. ^ ab Xu P, Widmer G, Wang Y, Ozaki LS, Alves JM, Serrano MG и др. (октябрь 2004 г.). «Геном Cryptosporidium hominis». Nature . 431 (7012): 1107– 12. Bibcode :2004Natur.431.1107X. doi : 10.1038/nature02977 . PMID  15510150.
  8. ^ аб Абрахамсен М.С., Темплтон Т.Дж., Эномото С., Абраханте Дж.Э., Чжу Г., Ланкто Калифорния и др. (апрель 2004 г.). «Полная последовательность генома апикомплексана Cryptosporidium parvum». Наука . 304 (5669): 441–5 . Бибкод : 2004Sci...304..441A. дои : 10.1126/science.1094786. PMID  15044751. S2CID  26434820.
  9. ^ генедоб
  10. ^ ab Sanger
  11. ^ Ling KH, Rajandream MA, Rivailler P, Ivens A, Yap SJ, Madeira AM и др. (март 2007 г.). «Секвенирование и анализ хромосомы 1 Eimeria tenella выявляют уникальную сегментарную организацию». Genome Research . 17 (3): 311– 9. doi :10.1101/gr.5823007. PMC 1800922 . PMID  17284678. 
  12. ^ Lin S, Cheng S, Song B, Zhong X, Lin X, Li W и др. (ноябрь 2015 г.). «Геном Symbiodinium kawagutii проливает свет на экспрессию генов динофлагеллят и симбиоз кораллов». Science . 350 (6261): 691– 4. Bibcode :2015Sci...350..691L. doi : 10.1126/science.aad0408 . PMID  26542574.
  13. ^ "Сайт данных S. kawagutii". web.malab.cn/symka_new . Получено 22-08-2018 .
  14. ^ генедоб
  15. ^ ab Sanger
  16. ^ ab Aury JM, Jaillon O, Duret L, Noel B, Jubin C, Porcel BM и др. (ноябрь 2006 г.). «Глобальные тенденции дупликаций всего генома, выявленные инфузорией Paramecium tetraurelia». Nature . 444 (7116): 171– 8. Bibcode :2006Natur.444..171A. doi : 10.1038/nature05230 . PMID  17086204.
  17. ^ ab Stephens TG, González-Pech RA, Cheng Y, Mohamed AR, Burt DW, Bhattacharya D и др. (2020). «Геномы динофлагеллят Polarella glacialis кодируют тандемно повторяющиеся одноэкзонные гены с адаптивными функциями». BMC Biology . 18 (1): 56. doi : 10.1186/s12915-020-00782-8 . PMC 7245778 . PMID  32448240. 
  18. ^ аб Стивенс, Тимоти; Рэган, Марк; Бхаттачарья, Дебашиш; Чан, Чонг Синь (2020). « Сайт данных Polarella ». дои : 10.14264/uql.2020.222. S2CID  216542238. {{cite journal}}: Цитировать журнал требует |journal=( помощь )
  19. ^ ab Ансамбльная запись
  20. ^ ab Ансамбльная запись
  21. ^ ab Gardner MJ, Hall N, Fung E, White O, Berriman M, Hyman RW и др. (октябрь 2002 г.). «Геномная последовательность паразита человеческой малярии Plasmodium falciparum». Nature . 419 (6906): 498– 511. Bibcode :2002Natur.419..498G. doi :10.1038/nature01097. PMC 3836256 . PMID  12368864. 
  22. ^ ab Pain A, Böhme U, Berry AE, Mungall K, Finn RD, Jackson AP и др. (октябрь 2008 г.). «Геном обезьяньего и человеческого малярийного паразита Plasmodium knowlesi». Nature . 455 (7214): 799– 803. Bibcode :2008Natur.455..799P. doi :10.1038/nature07306. PMC 2656934 . PMID  18843368. 
  23. ^ ab Carlton JM, Adams JH, Silva JC, Bidwell SL, Lorenzi H, Caler E и др. (октябрь 2008 г.). «Сравнительная геномика забытого человеческого малярийного паразита Plasmodium vivax». Nature . 455 (7214): 757– 63. Bibcode :2008Natur.455..757C. doi :10.1038/nature07327. PMC 2651158 . PMID  18843361. 
  24. ^ ab Carlton JM, Angiuoli SV, Suh BB, Kooij TW, Pertea M, Silva JC и др. (октябрь 2002 г.). «Геномная последовательность и сравнительный анализ модельного малярийного паразита грызунов Plasmodium yoelii yoelii». Nature . 419 (6906): 512– 9. Bibcode :2002Natur.419..512C. doi : 10.1038/nature01099 . PMID  12368865.
  25. ^ Aranda M, Li Y, Liew YJ, Baumgarten S, Simakov O, Wilson MC и др. (декабрь 2016 г.). «Геномы симбионтов коралловых динофлагеллятов подчеркивают эволюционные адаптации, способствующие симбиотическому образу жизни». Scientific Reports . 6 : 39734. Bibcode :2016NatSR...639734A. doi :10.1038/srep39734. PMC 5177918 . PMID  28004835. 
  26. ^ "Сайт данных по геномике рифов". smic.reefgenomics.org . Получено 22.08.2018 .
  27. ^ Аб Эйзен Дж.А., Койн Р.С., Ву М., Ву Д., Тиагараджан М., Вортман Дж.Р. и др. (сентябрь 2006 г.). «Макронуклеарная последовательность генома инфузории Tetrahymena thermophila, модельного эукариота». ПЛОС Биология . 4 (9): е286. doi : 10.1371/journal.pbio.0040286 . ПМЦ 1557398 . ПМИД  16933976. 
  28. ^ Pain A, Renauld H, Berriman M, Murphy L, Yeats CA, Weir W и др. (июль 2005 г.). «Геном паразита, трансформирующего клетку-хозяина Theileria annulata, в сравнении с T. parva». Science . 309 (5731): 131– 3. Bibcode :2005Sci...309..131P. doi : 10.1126/science.1110418 . PMID  15994557.
  29. ^ ab Gardner MJ, Bishop R, Shah T, de Villiers EP, Carlton JM, Hall N и др. (июль 2005 г.). «Геномная последовательность Theileria parva, патогена крупного рогатого скота, который трансформирует лимфоциты». Science . 309 (5731): 134– 7. Bibcode :2005Sci...309..134G. doi : 10.1126/science.1110439 . PMID  15994558.
  30. ^ Геном NCBI T. gondii ME49
  31. ^ ab Eichinger L, Pachebat JA, Glöckner G, Rajandream MA, Sucgang R, Berriman M и др. (май 2005 г.). «Геном социальной амебы Dictyostelium discoideum». Nature . 435 (7038): 43– 57. Bibcode :2005Natur.435...43E. doi :10.1038/nature03481. PMC 1352341 . PMID  15875012. 
  32. ^ ab Loftus B, Anderson I, Davies R, Alsmark UC, Samuelson J, Amedeo P, et al. (февраль 2005 г.). «Геном простейшего паразита Entamoeba histolytica» (PDF) . Nature . 433 (7028): 865– 8. Bibcode :2005Natur.433..865L. doi : 10.1038/nature03291 . PMID  15729342. S2CID  14231289.
  33. ^ ab присоединение NCBI
  34. ^ abc Kemen E, Gardiner A, Schultz-Larsen T, Kemen AC, Balmuth AL, Robert-Seilaniantz A и др. (июль 2011 г.). Ausubel FM (ред.). «Приобретение и потеря генов в ходе эволюции облигатного паразитизма у возбудителя белой ржавчины Arabidopsis thaliana». PLOS Biology . 9 (7): e1001094. doi : 10.1371/journal.pbio.1001094 . PMC 3130010. PMID  21750662 . 
  35. ^ Gobler CJ, Berry DL, Dyhrman ST, Wilhelm SW, Salamov A, Lobanov AV и др. (март 2011 г.). «Ниша вредоносной водоросли Aureococcus anophagefferens, выявленная с помощью экогеномики». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 108 (11): 4352– 7. Bibcode : 2011PNAS..108.4352G. doi : 10.1073/pnas.1016106108 . PMC 3060233. PMID  21368207 . 
  36. ^ ab Gilson PR, Su V, Slamovits CH, Reith ME, Keeling PJ, McFadden GI (июнь 2006 г.). «Полная нуклеотидная последовательность нуклеоморфа хлорарахниофита: наименьшее ядро ​​в природе». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (25): 9566– 71. Bibcode : 2006PNAS..103.9566G. doi : 10.1073/pnas.0600707103 . PMC 1480447. PMID  16760254 . 
  37. ^ abcd Curtis BA, Tanifuji G, Burki F, Gruber A, Irimia M, Maruyama S и др. (декабрь 2012 г.). «Геномы водорослей раскрывают эволюционный мозаицизм и судьбу нуклеоморфов». Nature . 492 (7427): 59– 65. Bibcode :2012Natur.492...59C. doi : 10.1038/nature11681 . PMID  23201678.
  38. ^ Мур CE, Кертис Б., Миллс Т., Танифуджи Г., Арчибальд Дж. М. (2012). «Последовательность генома нуклеоморфа криптофитовой водоросли Chroomonas mesostigmatica CCMP1168 выявляет специфичную для линии потерю генов и сложность генома». Genome Biology and Evolution . 4 (11): 1162–75 . doi :10.1093/gbe/evs090. PMC 3514955. PMID  23042551 . 
  39. ^ Tanifuji G, Onodera NT, Wheeler TJ, Dlutek M, Donaher N, Archibald JM (2012). «Полная последовательность генома нуклеоморфа нефотосинтетической водоросли Cryptomonas paramecium выявляет основной набор генов нуклеоморфа». Genome Biology and Evolution . 3 : 44–54 . doi :10.1093/gbe/evq082. PMC 3017389. PMID  21147880 . 
  40. ^ abc Read BA, Kegel J, Klute MJ, Kuo A, Lefebvre SC, Maumus F и др. (июль 2013 г.). «Пангеном фитопланктона Emiliania лежит в основе его глобального распространения». Nature . 499 (7457): 209– 13. Bibcode :2013Natur.499..209.. doi : 10.1038/nature12221 . hdl : 1854/LU-4120924 . PMID  23760476.
  41. ^ Запись
  42. ^ abc Mock T, Otillar RP, Strauss J, McMullan M, Paajanen P, Schmutz J, et al. (январь 2017 г.). «Эволюционная геномика адаптированной к холоду диатомовой водоросли Fragilariopsis cylindrus». Nature . 541 (7638): 536– 540. Bibcode :2017Natur.541..536M. doi : 10.1038/nature20803 . hdl : 10754/622831 . PMID  28092920.
  43. ^ ab Douglas S, Zauner S, Fraunholz M, Beaton M, Penny S, Deng LT и др. (апрель 2001 г.). «Высокоредуцированный геном порабощенного ядра водоросли». Nature . 410 (6832): 1091– 6. Bibcode :2001Natur.410.1091D. doi : 10.1038/35074092 . PMID  11323671.
  44. ^ ab Lane CE, van den Heuvel K, Kozera C, Curtis BA, Parsons BJ, Bowman S, Archibald JM (декабрь 2007 г.). «Геном нуклеоморфа Hemiselmis andersenii обнаруживает полную потерю интронов и компактизацию как движущую силу структуры и функции белка». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 104 (50): 19908– 13. Bibcode : 2007PNAS..10419908L . doi : 10.1073/pnas.0707419104 . PMC 2148396. PMID  18077423. 
  45. ^ Бакстер Л., Трипати С., Ишак Н., Бут Н., Кабрал А., Кемен Э. и др. (декабрь 2010 г.). «Признаки адаптации к облигатной биотрофии в геноме Hyaloperonospora arabidopsidis». Наука . 330 (6010): 1549–1551 . Бибкод : 2010Sci...330.1549B. дои : 10.1126/science.1195203. ПМЦ 3971456 . ПМИД  21148394. 
  46. ^ Radakovits R, Jinkerson RE, Fuerstenberg SI, Tae H, Settlage RE, Boore JL, Posewitz MC (февраль 2012 г.). "Проект последовательности генома и генетическая трансформация маслянистой водоросли Nannochloropis gaditana". Nature Communications . 3 (2): 686. Bibcode :2012NatCo...3..686R. doi :10.1038/ncomms1688. PMC 3293424 . PMID  22353717. 
  47. ^ Bowler C, Allen AE, Badger JH, Grimwood J, Jabbari K, Kuo A и др. (ноябрь 2008 г.). «Геном Phaeodactylum раскрывает эволюционную историю геномов диатомовых водорослей». Nature . 456 (7219): 239– 44. Bibcode :2008Natur.456..239B. doi : 10.1038/nature07410 . PMID  18923393.
  48. ^ Haas BJ, Kamoun S, Zody MC, Jiang RH, Handsaker RE, Cano LM и др. (сентябрь 2009 г.). «Геномная последовательность и анализ возбудителя ирландского картофельного голода Phytophthora infestans» (PDF) . Nature . 461 (7262): 393– 8. Bibcode : 2009Natur.461..393H. doi : 10.1038/nature08358 . PMID  19741609. S2CID  4385549.
  49. ^ ab Tyler BM, Tripathy S, Zhang X, Dehal P, Jiang RH, Aerts A и др. (сентябрь 2006 г.). "Последовательности генома Phytophthora раскрывают эволюционное происхождение и механизмы патогенеза". Science . 313 (5791): 1261– 6. Bibcode :2006Sci...313.1261T. doi :10.1126/science.1128796. OSTI  1165482. PMID  16946064. S2CID  21287860.
  50. ^ Schwelm A, Fogelqvist J, Knaust A, Jülke S, Lilja T, Bonilla-Rosso G и др. (июнь 2015 г.). «Геном Plasmodiophora brassicae раскрывает тайны жизненного цикла и происхождения хитинсинтаз». Scientific Reports . 5 : 11153. Bibcode :2015NatSR...511153S. doi :10.1038/srep11153. PMC 4471660 . PMID  26084520. 
  51. ^ Carbone A, Siu A, Patel R (сентябрь 2010 г.). «Детский атопический дерматит: обзор медицинского лечения». Анналы фармакотерапии . 44 (9): 1448–58 . doi :10.1345/aph.1P098. PMID  20628042. S2CID  44649671.
  52. ^ ab Armbrust EV, Berges JA, Bowler C, Green BR, Martinez D, Putnam NH и др. (октябрь 2004 г.). «Геном диатомовой водоросли Thalassiosira pseudonana: экология, эволюция и метаболизм». Science . 306 (5693): 79– 86. Bibcode :2004Sci...306...79A. CiteSeerX 10.1.1.690.4884 . doi :10.1126/science.1101156. PMID  15459382. S2CID  8593895. 
  53. ^ ab Франзен О, Йерлстрем-Хультквист Дж, Кастро Э, Шервуд Э, Анкарклев Дж, Райнер Д.С. и др. (август 2009 г.). Петри В. (ред.). «Проект секвенирования генома комплекса B изолята GS лямблий кишечной: вызван ли лямблиоз человека двумя разными видами?». ПЛОС Патогены . 5 (8): e1000560. дои : 10.1371/journal.ppat.1000560 . ПМЦ 2723961 . ПМИД  19696920. 
  54. ^ ab Morrison HG, McArthur AG, Gillin FD, Aley SB, Adam RD, Olsen GJ, et al. (сентябрь 2007 г.). «Геномный минимализм у раннего дивергирующего кишечного паразита Giardia lamblia». Science . 317 (5846): 1921– 6. Bibcode :2007Sci...317.1921M. doi :10.1126/science.1143837. PMID  17901334. S2CID  29299317.
  55. ^ abcd Peacock CS, Seeger K, Harris D, Murphy L, Ruiz JC, Quail MA и др. (июль 2007 г.). «Сравнительный геномный анализ трех видов Leishmania, вызывающих различные заболевания человека». Nature Genetics . 39 (7): 839– 47. doi :10.1038/ng2053. PMC 2592530 . PMID  17572675. 
  56. ^ ab Ivens AC, Peacock CS, Worthey EA, Murphy L, Aggarwal G, Berriman M и др. (июль 2005 г.). «Геном паразита кинетопластида Leishmania major». Science . 309 (5733): 436– 42. Bibcode :2005Sci...309..436I. doi :10.1126/science.1112680. PMC 1470643 . PMID  16020728. 
  57. ^ abc Fritz-Laylin LK, Prochnik SE, Ginger ML, Dacks JB, Carpenter ML, Field MC и др. (март 2010 г.). «Геном Naegleria gruberi освещает раннюю эукариотическую универсальность». Cell . 140 (5): 631– 42. doi : 10.1016/j.cell.2010.01.032 . PMID  20211133. S2CID  13901186.
  58. ^ ab Carlton JM, Hirt RP, Silva JC, Delcher AL, Schatz M, Zhao Q и др. (январь 2007 г.). «Проект последовательности генома возбудителя, передающегося половым путем, Trichomonas vaginalis». Science . 315 (5809): 207– 12. Bibcode :2007Sci...315..207C. doi :10.1126/science.1132894. PMC 2080659 . PMID  17218520. 
  59. ^ ab Berriman M, Ghedin E, Hertz-Fowler C, Blandin G, Renauld H, Bartholomeu DC и др. (июль 2005 г.). «Геном африканской трипаносомы Trypanosoma brucei». Science . 309 (5733): 416– 22. Bibcode :2005Sci...309..416B. doi :10.1126/science.1112642. PMID  16020726. S2CID  18649858.
  60. ^ ab El-Sayed NM, Myler PJ, Bartholomeu DC, Nilsson D, Aggarwal G, Tran AN и др. (июль 2005 г.). «Последовательность генома Trypanosoma cruzi, этиологического агента болезни Шагаса». Science . 309 (5733): 409– 15. Bibcode :2005Sci...309..409E. doi :10.1126/science.1112631. hdl : 11336/80500 . PMID  16020725. S2CID  3830267.
  61. ^ ab King N, Westbrook MJ, Young SL, Kuo A, Abedin M, Chapman J, et al. (февраль 2008 г.). «Геном хоанофлагеллят Monosiga brevicollis и происхождение метазоа». Nature . 451 (7180): 783– 8. Bibcode :2008Natur.451..783K. doi :10.1038/nature06617. PMC 2562698 . PMID  18273011. 
Получено с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Список_секвенированных_геномов_протистов&oldid=1240996174"