Линкольн Штайн
Американский ученый и академик
Линкольн Штайн
Линкольн Штайн с (крайний справа), Альфонсо Валенсией (крайний слева) и Сарой Тейхманн (в центре) на конференции «Интеллектуальные системы для молекулярной биологии » (ISMB) в 2016 году в Орландо, Флорида .
Рожденный
Линкольн Дэвид Стайн

1960 (63–64 года) [3]
Альма-матерГарвардский университет (доктор философии)
Награды
Научная карьера
ПоляГеномная информатика [2]
Учреждения
ТезисКлонирование генов, регулируемых развитием, из Schistosoma mansoni  (1989)
Веб-сайтoicr.on.ca/investigators/lincoln-stein

Линкольн Дэвид Стайн — ученый и профессор биоинформатики и вычислительной биологии в Институте исследований рака Онтарио . [ 2 ] [4] [5]

Образование

Стайн получил степень доктора медицины в Гарвардской медицинской школе и степень доктора философии в области клеточной биологии в Гарвардском университете в 1989 году [6] по программе MD-PhD . Его диссертация была посвящена клонированию генов в Schistosoma mansoni . [6]

Карьера

С 1992 по 1997 год он был директором по информатике в Массачусетском технологическом институте (MIT) Геномного центра, Института биомедицинских исследований Уайтхеда . С 1998 по 2004 год он был доцентом в лаборатории Колд Спринг Харбор . С 2007 года он работает в Институте исследований рака Онтарио. [ необходима цитата ]

Исследовать

Текущие исследовательские проекты Штейна [2] [5] включают Reactome , [7] WormBase , [7] BioPerl , [8] Gramene, [9] ENCODE , [10] [11] [12] Generic Model Organism Database , [13] Sequence Ontology [14] и Cloud computing . [15]

Штейн также является первоначальным разработчиком CGI.pm и участником mod_perl , которые широко используются в языке программирования Perl для веб-приложений, а также во многих других модулях Perl и связанных с ними книгах. [16] [17] [18] [19] [20]

Награды и почести

В 2004 году Стайн был удостоен премии Бенджамина Франклина (биоинформатика). [21] В 2016 году Международное общество вычислительной биологии избрало его членом ISCB . [1]

Ссылки

  1. ^ ab Anon (2017). "ISCB Fellows". iscb.org . Международное общество вычислительной биологии . Архивировано из оригинала 2017-03-20.
  2. ^ abc Публикации Линкольна Стайна, проиндексированные Google Scholar
  3. ^ "116663444".
  4. ^ "Институт исследований рака Онтарио". Архивировано из оригинала 2011-04-22.
  5. ^ ab Публикации Линкольна Стайна, проиндексированные в библиографической базе данных Scopus . (требуется подписка)
  6. ^ ab Stein, Lincoln David (1989). Клонирование генов, регулируемых развитием, из Schistosoma mansoni. harvard.edu (диссертация на соискание ученой степени доктора философии). Гарвардский университет. OCLC  23368773.
  7. ^ аб Крофт, Д.; О'Келли, Дж.; Ву, Г.; Хау, Р.; Гиллеспи, М.; Мэтьюз, Л.; Коди, М.; Гарапати, П.; Гопинатх, Г.; Джассаль, Б.; Юп, С.; Калацкая И.; Махаджан, С.; Мэй, Б.; Ндегва, Н.; Шмидт, Э.; Шамовский В.; Юнг, К.; Бирни, Э.; Хермякоб, Х.; д'Эстахио, П.; Штейн, Л. (2010). «Реактом: база данных реакций, путей и биологических процессов». Исследования нуклеиновых кислот . 39 (Проблема с базой данных): D691–D697. дои : 10.1093/nar/gkq1018. PMC 3013646. PMID  21067998 . 
  8. ^ Стаджич, Дж. Э.; Блок, Д.; Булез, К.; Бреннер, С .; Червиц, С.; Дагдигян, К.; Фуллен, Г.; Гилберт, Дж.; Корф, И.; Лапп, Х.; Лехвяслайхо, Х.; Матсалла, К.; Мунгалл, К. Дж.; Осборн, Б. И.; Покок, М. Р.; Шаттнер, П.; Зенгер, М.; Стайн, Л. Д.; Ступка, Э.; Уилкинсон, М. Д.; Бирни, Э. (2002). «Инструментарий BioPerl: модули Perl для наук о жизни». Genome Research . 12 (10): 1611–1618. doi :10.1101/gr.361602. PMC 187536 . PMID  12368254. 
  9. ^ Ware, DH; Jaiswal, P.; Ni, J.; Yap, IV; Pan, X.; Clark, KY; Teytelman, L.; Schmidt, SC; Zhao, W.; Chang, K.; Cartinhour, S.; Stein, LD; McCouch, SR (2002). "Gramene, a Tool for Grass Genomics". Физиология растений . 130 (4): 1606–1613. doi :10.1104/pp.015248. PMC 1540266. PMID  12481044 . 
  10. ^ Герштейн М.Б. , Лу З.Дж., Ван Ностранд Э.Л., Ченг С., Аршинофф Б.И., Лю Т., Ип К.Ю., Робилотто Р., Рехтштайнер А.; и др. (2010). «Интегративный анализ генома Caenorhabditis elegans в рамках проекта modENCODE». Наука . 330 (6012): 1775–1787. Бибкод : 2010Sci...330.1775G. дои : 10.1126/science.1196914. ПМЦ 3142569 . ПМИД  21177976. {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  11. ^ Консорциум modENCODE, Рой С., Эрнст Дж., Харченко П.В., Херадпур П., Негре Н., Итон М.Л., Ландолин Дж.М., Бристоу К.А., Ма Л. и др. (2010). «Идентификация функциональных элементов и регуляторных цепей с помощью modENCODE у дрозофилы». Science . 330 (6012): 1787–1797. Bibcode :2010Sci...330.1787R. doi :10.1126/science.1198374. PMC 3192495 . PMID  21177974. {{cite journal}}: CS1 maint: несколько имен: список авторов ( ссылка )
  12. ^ Contrino, S.; Smith, RN; Butano, D.; Carr, A.; Hu, F.; Lyne, R.; Rutherford, K.; Kalderimis, A.; Sullivan, J.; Carbon, S.; Kephart, ET; Lloyd, P.; Stinson, EO; Washington, NL; Perry, MD; Ruzanov, P.; Zha, Z.; Lewis, SE; Stein, LD; Micklem, G. (2011). "ModMine: гибкий доступ к данным modENCODE". Nucleic Acids Research . 40 (выпуск базы данных): D1082–D1088. doi :10.1093/nar/gkr921. PMC 3245176. PMID  22080565 . 
  13. ^ Stein, LD; Mungall, C.; Shu, S.; Caudy, M.; Mangone, M.; Day, A.; Nickerson, E.; Stajich, JE; Harris, TW; Arva, A.; Lewis, S. (2002). «Общий браузер генома: строительный блок для базы данных систем модельных организмов». Genome Research . 12 (10): 1599–1610. doi :10.1101/gr.403602. PMC 187535 . PMID  12368253. 
  14. ^ Eilbeck, K.; Lewis, SE ; Mungall, CJ; Yandell, M.; Stein, L.; Durbin, R .; Ashburner, M. (2005). «Онтология последовательностей: инструмент для объединения аннотаций генома». Genome Biology . 6 (5): R44. doi : 10.1186/gb-2005-6-5-r44 . PMC 1175956. PMID  15892872 . 
  15. ^ Stein, LD (2010). «Аргументы в пользу облачных вычислений в геномной информатике». Genome Biology . 11 (5): 207. doi : 10.1186/gb-2010-11-5-207 . PMC 2898083. PMID  20441614 . 
  16. ^ Stein, Lincoln D. (1998). Официальное руководство по программированию с использованием CGI. pm: [стандарт для создания веб-скриптов]. Нью-Йорк: Wiley. ISBN 978-0-471-24744-9.
  17. ^ Дуг МакИчерн; Стайн, Линкольн Д. (1999). Написание модулей Apache с помощью Perl и C. Севастополь, Калифорния: O'Reilly. ISBN 978-1-56592-567-0.
  18. ^ Стайн, Линкольн Д. (2001). Сетевое программирование на Perl . Бостон: Addison-Wesley. ISBN 978-0-201-61571-5.
  19. ^ Стайн, Линкольн Д. (1997). Как создать и поддерживать веб-сайт. Бостон: Addison-Wesley. ISBN 978-0-201-63462-4.
  20. ^ Stein, Lincoln D. (1998). Веб-безопасность: пошаговое справочное руководство . Бостон: Addison-Wesley. ISBN 978-0-201-63489-1.
  21. ^ http://www.bioinformatics.org/franklin/2004/ Премия Бенджамина Франклина 2004 года вручена Линкольну Д. Штейну
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Линкольн_Штайн&oldid=1188183938"