LRRIQ3
Ген, кодирующий белок у вида Homo sapiens
LRRIQ3
Идентификаторы
ПсевдонимыLRRIQ3 , LRRC44, повторы, богатые лейцином, и мотив IQ, содержащий 3, повторы, богатые лейцином, и мотив IQ, содержащий 3
Внешние идентификаторыОМИМ : 617957; МГИ : 1921685; гомологен : 23668; GeneCards : LRRIQ3; OMA :LRRIQ3 — ортологи
Ортологи
РазновидностьЧеловекМышь
Энтрез

127255

74435

Ансамбль

ENSG00000162620

ENSMUSG00000028182

UniProt

А6ПВС8
Х0Й5Ф9

Q14DL3

РефСек (мРНК)

НМ_001105659
НМ_145258
НМ_001322315

NM_028938

RefSeq (белок)

NP_001099129
NP_001309244

NP_083214

Местоположение (UCSC)Хр 1: 74.03 – 74.2 МбХр 3: 154,8 – 154,9 Мб
Поиск в PubMed[3][4]
Викиданные
Просмотр/редактирование человекаПросмотр/редактирование мыши

LRRIQ3 (повторы, богатые лейцином, и мотив IQ, содержащий 3), также известный как LRRC44, представляет собой белок , который у людей кодируется геном LRRIQ3 . [5] Он преимущественно экспрессируется в яичках и связан с рядом заболеваний. [6]

Ген

Локус

LRRIQ3 находится на отрицательной цепи конца короткого плеча человеческой хромосомы 1 в 1p31.1. [7]

Общая структура

В предполагаемой последовательности LRRIQ3 всего 7 экзонов . [7]

мРНК

Выражение

LRRIQ3 экспрессируется в виде 2 основных изоформ , которые производят белки длиной 624 аминокислоты и 464 аминокислоты соответственно. [7] Он экспрессируется на низких уровнях в тканях человека и бурой крысы, [8] [9] с самыми высокими уровнями экспрессии в ткани яичек . Относительно высокие уровни экспрессии наблюдаются в Т-клетках , придатке яичка , почке и ряде желез. [10]

Белок

Общая характеристика и особенности композиции

Человеческий белок LRRIQ3 изоформа 1 состоит из 624 аминокислот и имеет молекулярную массу 73,7 кДа. Изоэлектрическая точка LRRIQ3 составляет 9,73, что говорит о том, что LRRIQ3 является основным при нормальном физиологическом pH (~7,4). [11] Кроме того, имеются веские доказательства того, что человеческий LRRIQ3 локализуется в плазматической мембране при окрашивании антителами. [12] LRRIQ3 богат остатками лизина , всего 82 лизина. Он также немного беден глицинами . [13]

Домены и мотивы

Всего в LRRIQ3 имеется 4 консервативных домена : 3 повтора, богатых лейцином , и 1 мотив связывания кальмодулина IQ . [13] Повторы, богатые лейцином, обычно участвуют в белок-белковых взаимодействиях и образуют характерную подковообразную складку α/β. [14] [15] Мотив IQ обеспечивает сайт связывания для кальмодулина (CaM) или CaM-подобных белков. [16]

Вторичная и третичная структура

LRRIQ3, как предполагается, в основном имеет альфа -спиральную структуру , включая длинный альфа-спиральный C-концевой домен . Также предполагается, что он будет функционировать как мономер . [17] [18] [19] [20]

Лучшая модель, созданная I-TASSER [21] для LRRIQ3. 3 повтора, богатых лейцином, показаны красным, лососевым и пурпурным цветами соответственно. Домен связывания кальмодулина IQ показан зеленым цветом.

Посттрансляционные модификации

Предполагается, что LRRIQ3 будет подвергаться множеству посттрансляционных модификаций . К ним относятся O-GlcNAcylation , SUMOylation , убиквитинирование и фосфорилирование . [22] [23] Предполагается, что LRRIQ3 будет иметь 4 хорошо сохранившихся сайта SUMOylation и 1 хорошо сохранившийся сайт убиквитинирования. [22] Изображение этих посттрансляционных модификаций показано на рисунке ниже.

Представление доменов, мотива и участков посттрансляционной модификации LRRIQ3, созданное с использованием DOG 2.0. [24]

Взаимодействие белков

Существуют доказательства того, что LRRIQ3 взаимодействует с рядом белков из двухгибридных анализов и аффинной хроматографии . Белки, с которыми взаимодействует LRRIQ3, включают LYN , NCK2 , GNB4 и ABL1 . [25] [26] Эти белки связаны с клеточной сигнализацией , реорганизацией цитоскелета и дифференциацией клеток , а также с другими. [27] [28] [29] [30]

Гомология и эволюция

Паралоги и ортологи

Паралогов для LRRIQ3 у людей не существует. [6] Однако, как сообщает BLAST , существует ряд ортологов , некоторые из которых перечислены ниже. [31] Количество лет с момента расхождения с человеческим белком, указанное в «миллионах лет назад (MYA)» ниже, было рассчитано с помощью TimeTree . [32]

Ортологи человеческого белка LRRIQ3 (NP_001099129.1)
Род и видОбщее названиеДивергенция от человеческой линии (MYA)Регистрационный номерДлина последовательности (аа)Идентичность последовательности с человеческим белкомСходство последовательности с человеческим белком
Горилла горилла гориллаГорилла9.06XP_004026030.162497%98%
Макака мулаткарезус-обезьяна29.44XP_001097148.262393%95%
Медведь морскойБелый медведь96XP_008689049.162576%87%
Felis catusДомашняя кошка96XP_003990274.162574%86%
Camelus ferusДвугорбый верблюд96XP_006178380.161873%84%
Ориктолагус куникулусевропейский кролик90XP_002715603.162271%83%
Бизон бизон бизонамериканский бизон96XP_010847739.162570%82%
Trichechus manatus latirostrisЛамантин105XP_004369192.162370%82%
Loxodonta африканскаяафриканский слон105XP_003411181.162568%80%
Condylura cristataЗвездоносый крот96XP_004679575.162767%80%
Эптезикус фускусБольшая коричневая летучая мышь96XP_008137759.162166%80%
Myotis davidiiЛетучая мышь Веспер96XP_006775977.161865%79%
Rattus norvegicusНорвежская крыса90NP_001019478.163362%77%
Mus MusculusДомовая мышь90NP_083214.263363%76%
Sorex araneusОбыкновенная бурозубка96XP_004603704.161255%73%
Chrysemys picta belliiРасписная черепаха312XP_005285573.162440%56%
Погона виттицепсБородатая агама312XP_020650341.165135%54%
Apteryx australis mantelliКоричневый киви312XP_013800580.166435%54%
Struthio camelus australisЮжный страус312XP_009685099.162834%51%

Клиническое значение

LRRIQ3 связан с рядом видов рака. Эксперименты с РНК-секвенированием показали, что LRRIQ3 сильно подавлен ( изменения в 2 раза между -3,4 и -4,2) при ряде заболеваний, включая рак поджелудочной железы, колоректальный рак и рак молочной железы. [33] [34] [35]

Ссылки

  1. ^ abc GRCh38: Ensembl выпуск 89: ENSG00000162620 – Ensembl , май 2017 г.
  2. ^ abc GRCm38: Ensembl выпуск 89: ENSMUSG00000028182 – Ensembl , май 2017 г.
  3. ^ "Human PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  4. ^ "Mouse PubMed Reference:". Национальный центр биотехнологической информации, Национальная медицинская библиотека США .
  5. ^ "Ген LRRIQ3 - GeneCards".
  6. ^ ab "Запись AceView на LRRIQ3".
  7. ^ abc "LRRIQ3 лейцин-богатые повторы и мотив IQ, содержащий 3 [Homo sapiens (человек)] - Ген - NCBI". www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-04-30 .
  8. ^ "Распространенность белка Lrriq3 в PaxDb". pax-db.org . Получено 2018-04-30 .
  9. ^ "Распространенность белка LRRIQ3 в PaxDb". pax-db.org . Получено 2018-04-30 .
  10. ^ "GDS3834 / 3169". www.ncbi.nlm.nih.gov . Получено 2018-05-06 .
  11. ^ "ExPASy - Compute pI/Mw tool". web.expasy.org . Получено 2018-04-30 .
  12. ^ "Клеточный атлас - LRRIQ3 - Атлас белков человека". www.proteinatlas.org . Получено 30.04.2018 .
  13. ^ ab EMBL-EBI. "SAPS < Статистика последовательностей < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk . Получено 2018-04-30 .
  14. ^ Kobe B, Deisenhofer J (октябрь 1994 г.). «The leucine-rich repeat: a universal binding motif». Trends Biochem. Sci . 19 (10): 415– 21. doi :10.1016/0968-0004(94)90090-6. ISSN  0968-0004. PMID  7817399.
  15. ^ Enkhbayar P, Kamiya M, Osaki M, Matsumoto T, Matsushima N (февраль 2004 г.). «Структурные принципы белков с богатыми лейцином повторами (LRR)». Proteins . 54 (3): 394– 403. doi :10.1002/prot.10605. ISSN  1097-0134. PMID  14747988. S2CID  19951452.
  16. ^ Rhoads AR, Friedberg F (апрель 1997). "Мотивы последовательности для распознавания кальмодулина". FASEB J . 11 (5): 331– 40. doi : 10.1096/fasebj.11.5.9141499 . ISSN  0892-6638. PMID  9141499. S2CID  1877645.
  17. ^ Рост Б (2001). «Обзор: прогнозирование вторичной структуры белка продолжает расти». J. Struct. Biol . 134 ( 2– 3): 204– 18. CiteSeerX 10.1.1.8.8169 . doi :10.1006/jsbi.2001.4336. ISSN  1047-8477. PMID  11551180. 
  18. ^ Ouali M, King RD (июнь 2000 г.). «Каскадные множественные классификаторы для предсказания вторичной структуры». Protein Sci . 9 (6): 1162– 76. doi :10.1110/ps.9.6.1162. ISSN  0961-8368. PMC 2144653. PMID 10892809  . 
  19. ^ Cuff JA, Barton GJ (август 2000 г.). «Применение профилей выравнивания множественных последовательностей для улучшения предсказания вторичной структуры белка». Proteins . 40 (3): 502– 11. doi :10.1002/1097-0134(20000815)40:3<502::AID-PROT170>3.0.CO;2-Q. ISSN  0887-3585. PMID  10861942. S2CID  855816.
  20. ^ Jones DT (сентябрь 1999 г.). «Предсказание вторичной структуры белка на основе матриц оценки, специфичных для позиции». J. Mol. Biol . 292 (2): 195– 202. doi :10.1006/jmbi.1999.3091. ISSN  0022-2836. PMID  10493868. S2CID  15506630.
  21. ^ Yang J, Yan R, Roy A, Xu D, Poisson J, Zhang Y (январь 2015 г.). «Комплект I-TASSER: прогнозирование структуры и функции белка». Nat. Methods . 12 (1): 7– 8. doi :10.1038/nmeth.3213. ISSN  1548-7091. PMC 4428668. PMID 25549265  . 
  22. ^ ab Pagni M, Ioannidis V, Cerutti L, Zahn-Zabal M, Jongeneel CV, Falquet L (июль 2004 г.). "MyHits: новый интерактивный ресурс для аннотации белков и идентификации доменов". Nucleic Acids Res . 32 (выпуск веб-сервера): W332–5. doi :10.1093/nar/gkh479. ISSN  0305-1048. PMC 441617. PMID 15215405  . 
  23. ^ de Castro E, Sigrist CJ, Gattiker A, Bulliard V, Langendijk-Genevaux PS, Gasteiger E, Bairoch A, Hulo N (июль 2006 г.). "ScanProsite: обнаружение совпадений сигнатур PROSITE и функциональных и структурных остатков, связанных с ProRule, в белках". Nucleic Acids Res . 34 (выпуск веб-сервера): W362–5. doi :10.1093/nar/gkl124. ISSN  1362-4962. PMC 1538847. PMID 16845026  . 
  24. ^ Ren J, Wen L, Gao X, Jin C, Xue Y, Yao X (февраль 2009 г.). «DOG 1.0: иллюстратор структур доменов белков». Cell Res . 19 (2): 271– 3. doi : 10.1038/cr.2009.6 . ISSN  1001-0602. PMID  19153597.
  25. ^ "Результаты - mentha: браузер Interactome". mentha.uniroma2.it . Получено 2018-04-30 .
  26. ^ "LRRIQ3 - белок 3, содержащий повторы, богатые лейцином, и домен IQ - Homo sapiens (человек) - ген и белок LRRIQ3". www.uniprot.org . Получено 30.04.2018 .
  27. ^ Harder KW, Parsons LM, Armes J, Evans N, Kountouri N, Clark R, Quilici C, Grail D, Hodgson GS, Dunn AR, Hibbs ML (октябрь 2001 г.). «Мыши-мутанты Lyn с приобретением и потерей функции определяют критическую ингибирующую роль Lyn в миелоидной линии». Immunity . 15 (4): 603– 15. doi : 10.1016/s1074-7613(01)00208-4 . ISSN  1074-7613. PMID  11672542.
  28. ^ Даунс ГБ, Гаутам Н (декабрь 1999 г.). «Семейства генов субъединицы G-белка». Геномика . 62 (3): 544–52 . doi :10.1006/geno.1999.5992. ISSN  0888-7543. PMID  10644457.
  29. ^ Tu Y, Li F, Wu C (декабрь 1998 г.). "Nck-2, новый белок-адаптер, содержащий гомологию Src2/3, который взаимодействует с белком PINCH, содержащим только LIM, и компонентами сигнальных путей киназы рецептора фактора роста". Mol. Biol. Cell . 9 (12): 3367– 82. doi :10.1091/mbc.9.12.3367. ISSN  1059-1524. PMC 25640 . PMID  9843575. 
  30. ^ Era T (июль 2002 г.). «Bcr-Abl — это «молекулярный переключатель» для принятия решения о росте и дифференциации гемопоэтических стволовых клеток». Int. J. Hematol . 76 (1): 35–43 . doi :10.1007/BF02982716. PMID  12138893. S2CID  10269867.
  31. ^ Altschul SF, Gish W, Miller W, Myers EW, Lipman DJ (октябрь 1990 г.). "Базовый инструмент поиска локального выравнивания". J. Mol. Biol . 215 (3): 403– 10. doi :10.1016/S0022-2836(05)80360-2. ISSN  0022-2836. PMID  2231712. S2CID  14441902.
  32. ^ "TimeTree :: Временная шкала жизни". www.timetree.org . Получено 2018-05-06 .
  33. ^ "Экспрессия LRRIQ3 в тканях - Резюме - Атлас белков человека". www.proteinatlas.org . Получено 06.05.2018 .
  34. ^ github.com/gxa/atlas/graphs/contributors, Команда разработчиков Expression Atlas EMBL-EBI. "Результаты поиска < Expression Atlas < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk . Получено 30.04.2018 . {{cite web}}: |last=имеет общее название ( помощь )
  35. ^ github.com/gxa/atlas/graphs/contributors, Команда разработчиков Expression Atlas EMBL-EBI. "Эксперимент < Expression Atlas < EMBL-EBI". www.ebi.ac.uk . Получено 06.05.2018 . {{cite web}}: |last=имеет общее название ( помощь )
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=LRRIQ3&oldid=1215946517"