Геном джута
 | В этой статье есть несколько проблем. Помогите улучшить ее или обсудите эти проблемы на странице обсуждения . ( Узнайте, как и когда удалять эти сообщения )
|
Консорциум исследователей в Бангладеш успешно завершил черновой вариант секвенирования генома растения джут .
Консорциум состоял из Университета Дакки , Бангладешского научно-исследовательского института джута и компании-разработчика программного обеспечения DataSoft Systems Bangladesh Ltd. [1] Он работал в сотрудничестве с Центром химической биологии, Малазийским научным университетом и Гавайским университетом в Маноа .
16 июня 2010 года премьер-министр Бангладеш Шейх Хасина сообщила в парламенте , что бангладешские исследователи успешно завершили проект секвенирования генома, который, как ожидалось, будет способствовать улучшению производства джутового волокна. [2]
История
Все началось в феврале 2008 года, когда Максудул Алам обратился к профессору Ахмаду Шамсулу Исламу , координатору GNOBB (Глобальная сеть бангладешских биотехнологов), относительно возможности секвенирования генома джута. Бангладешское научное сообщество, которое уже изучало возможность секвенирования генома джута, откликнулось на это предложение, что и положило начало процессу. Весь процесс начался с множества длительных телефонных конференций между доктором Аламом и молекулярными биологами растений , профессорами Хасиной Хан и Зебой Ислам Серадж с кафедры биохимии и молекулярной биологии Университета Дакки . Они установили связь с Гавайским университетом, США, и Малазийским научным университетом для технической поддержки и подготовили проектное предложение по сбору средств из разных учреждений. Вначале было много заверений, но реальность оказалась иной. На начальном этапе Центр исследований генома США и Малазийский научный университет оказали некоторую техническую помощь для сбора исследовательских данных о джуте со всего мира. Для анализа огромного количества данных возникла необходимость в суперкомпьютере. По-прежнему требовалось финансирование полевых исследований. Команда «Swapnajatra» была разочарована отсутствием должной поддержки. Стало сложно поддерживать вовлеченность членов команды. В 2009 году газета The Daily Prothom Alo опубликовала статью об исследовании, которое изменило все. Министр сельского хозяйства Матия Чоудхури представил доктора Максудула Алама премьер-министру Шейх Хасине и заверил в дальнейшей поддержке. [3] Таким образом, команда «Swapnajatra» вернула себе уверенность и продолжила работу.
Ресурсы
Геномная ДНК (гДНК) из джута Тосса ( Corchorus olitorius O-4) использовалась для высокопроизводительных платформ секвенирования следующего поколения (NGS), включая 454 GS FLX, Illumina/Solexa и SOLiD. Для черновой сборки использовалось более 50-кратное покрытие (более 100 миллиардов A, C, G и T) данных секвенирования генома джута. Для сборки и анализа необработанных данных использовалось несколько конвейеров сборки и аннотации генома с открытым исходным кодом и коммерческих. Для проверки чернового генома также проводился анализ транскриптома . Для анализа данных использовались различные вычислительные ресурсы, начиная от высокопроизводительного кластерного сервера и серверов Dell и заканчивая Silicon Graphics SGI Altix-350 и 450. [4]
Смотрите также
Ссылки
- ^ "DataSoft Systems Bangladesh Ltd". Datasoft-bd.com . Получено 19 мая 2015 г. .
- ^ "Геном джута расшифрован". The Daily Star . Получено 19 мая 2015 г.
- ^ নিজের জীবন, প্রাণের জীবন. Протом Ало (на бенгали). 22 декабря 2014 года . Проверено 19 мая 2015 г.[ постоянная мертвая ссылка ]
- ^ «Как это удалось команде Swapnojaatra?». jutegenome.org . 22 июня 2010 г. Архивировано из оригинала 22 июня 2010 г. Получено 27 апреля 2019 г.
Внешние ссылки
- Домашняя страница генома джута
