мотив РНК плюща-DE

плющ-DE
плющ-DE
	Консенсусная вторичная структура и сохранение последовательности РНК плюща-DE
Идентификаторы
Символ	плющ-DE
Рфам	РФ02999
Другие данные
Тип РНК	Цис-рег
ТАК	SO:0005836
Структуры PDB	ПДБе

Сохраненная структура ДНК

РНК-семейство

Мотив РНК ivy-DE представляет собой консервативную структуру РНК , которая была обнаружена биоинформатикой . ^[1] Мотивы ivy-DE обнаружены в роде Pseudomonas .

РНК мотива ivy-DE, вероятно, функционируют как цис-регуляторные элементы , ввиду их положения, которое последовательно ниже по течению от генов , кодирующих белок . Однако РНК, скорее всего, расположена в 3′ НТО регулируемых (вышестоящих) генов, хотя цис -регуляторные РНК у бактерий обычно находятся в 5′ НТО . Никакие генетические элементы не расположены последовательно ниже по течению от РНК мотива ivy-DE, поэтому РНК могут быть регуляторами в пределах 3′ НТО. Однако возможно, что они ко-транскрибируются с вышестоящими генами и функционируют скорее как малые РНК .

РНК мотива ivy-DE находятся ниже генов ivy (ингибитора лизоцима позвоночных). Белки ivy используются бактериями и, как было показано, являются мощными ингибиторами лизоцимов позвоночных (см. [1]). Однако были предложены и другие биологические функции. ^[2] Кроме того, по крайней мере в Pseudomonas aeruginosa PAO1, РНК связана с геном, который кодирует гомолог белка ivy, который на самом деле не ингибирует лизоцим. ^[2] Функция этого гена неизвестна, но его экспрессия увеличивается в бактериальных штаммах, которые сверхэкспрессируют малую РНК PhrS ^[3] и во время гипоксического роста. ^[4]

Ссылки

^ Weinberg Z, Lünse CE, Corbino KA, Ames TD, Nelson JW, Roth A, Perkins KR, Sherlock ME, Breaker RR (октябрь 2017 г.). «Обнаружение 224 структурированных РНК-кандидатов путем сравнительного анализа определенных подмножеств межгенных регионов». Nucleic Acids Res . 45 (18): 10811– 10823. doi :10.1093/nar/gkx699. PMC 5737381. PMID 28977401 .
^ ab Clarke CA, Scheurwater EM, Clarke AJ (май 2010 г.). «Ингибитор лизоцима позвоночных Ivy подавляет активность литической трансгликозилазы». J. Biol. Chem . 285 (20): 14843– 14847. doi : 10.1074/jbc.C110.120931 . PMC 2865275. PMID 20351104 .
^ Sonnleitner E, Gonzalez N, Sorger-Domenigg T, Heeb S, Richter AS, Backofen R, Williams P, Hüttenhofer A, Haas D, Bläsi U (май 2011 г.). «Малая РНК PhrS стимулирует синтез сигнала хинолона Pseudomonas aeruginosa». Mol. Microbiol . 80 (4): 868– 885. doi :10.1111/j.1365-2958.2011.07620.x. PMID 21375594.
^ Альварес-Ортега С, Харвуд CS (июль 2007 г.). «Реакции Pseudomonas aeruginosa на низкий уровень кислорода указывают на то, что рост в легких при кистозном фиброзе происходит за счет аэробного дыхания». Mol. Microbiol . 65 (1): 153– 165. doi :10.1111/j.1365-2958.2007.05772.x. PMC 4157922. PMID 17581126 .

[Weinberg2017b-1] Weinberg Z, Lünse CE, Corbino KA, Ames TD, Nelson JW, Roth A, Perkins KR, Sherlock ME, Breaker RR (октябрь 2017 г.). «Обнаружение 224 структурированных РНК-кандидатов путем сравнительного анализа определенных подмножеств межгенных регионов». Nucleic Acids Res . 45 (18): 10811– 10823. doi :10.1093/nar/gkx699. PMC 5737381. PMID 28977401 .

[Clarke2010-2] Clarke CA, Scheurwater EM, Clarke AJ (май 2010 г.). «Ингибитор лизоцима позвоночных Ivy подавляет активность литической трансгликозилазы». J. Biol. Chem . 285 (20): 14843– 14847. doi : 10.1074/jbc.C110.120931 . PMC 2865275. PMID 20351104 .

[3] Sonnleitner E, Gonzalez N, Sorger-Domenigg T, Heeb S, Richter AS, Backofen R, Williams P, Hüttenhofer A, Haas D, Bläsi U (май 2011 г.). «Малая РНК PhrS стимулирует синтез сигнала хинолона Pseudomonas aeruginosa». Mol. Microbiol . 80 (4): 868– 885. doi :10.1111/j.1365-2958.2011.07620.x. PMID 21375594.

[4] Альварес-Ортега С, Харвуд CS (июль 2007 г.). «Реакции Pseudomonas aeruginosa на низкий уровень кислорода указывают на то, что рост в легких при кистозном фиброзе происходит за счет аэробного дыхания». Mol. Microbiol . 65 (1): 153– 165. doi :10.1111/j.1365-2958.2007.05772.x. PMC 4157922. PMID 17581126 .