Интегрированный браузер генома
 Главный экран версии 9.1.0 | |
| Операционная система | UNIX , Linux , Mac , MS-Windows |
|---|---|
| Тип | Биоинформатический инструмент |
| Лицензия | CPL 1.0 |
| Веб-сайт | bioviz.org |
Интегрированный браузер генома ( IGB ) (произносится как Иг-Би) [1] — это браузер генома с открытым исходным кодом , инструмент визуализации, используемый для наблюдения за биологически интересными закономерностями в наборах геномных данных, включая данные о последовательностях, модели генов, выравнивания и данные из ДНК-микрочипов .
История
Integrated Genome Browser был впервые разработан в Affymetrix для их ученых и сотрудников государственного сектора для визуализации данных из геномных массивов тайлинга. Первые итерации IGB были разработаны с использованием финансирования от NIH, предоставленного ученым компании Греггу Хелту и Тому Джингерасу. В 2004 году Affymetrix выпустила IGB как программное обеспечение с открытым исходным кодом вместе с Genoviz SDK, графической библиотекой для создания приложений браузера генома. Первый выпуск кодовой базы был сделан в виде сжатого файлового архива. Вскоре после этого код был импортирован в новый репозиторий на SourceForge. С тех пор вся разработка ведется публично в рамках модели с открытым исходным кодом. В начале 2008 года группа под руководством бывшей сотрудницы Affymetrix Энн Лорейн начала разрабатывать и поддерживать IGB при поддержке Национального научного фонда и новых исследовательских фондов от Университета Северной Каролины в Шарлотте. С тех пор Лорейн, ее студенты и соавторы добавили много новых функций и возможностей, в частности, поддержку визуализации данных высокопроизводительного секвенирования из Illumina и других платформ. В 2014 году они перенесли исходный код в репозиторий git на Bitbucket .
В 2020 году журнал Oracle Java Magazine назвал Integrated Genome Browser одним из 25 величайших приложений Java, когда-либо написанных.
Описание
IGB создан на основе Genoviz SDK [2] , библиотеки Java , которая реализует ключевые функции визуализации, такие как динамическое масштабирование в реальном времени и прокрутка геномной карты — функция браузера IGB, которая отличает его от многих аналогичных инструментов.
IGB также отличается легкостью, с которой отдельные лаборатории могут настраивать серверы источников данных для обмена данными, в частности, через веб-сервисы в стиле REST (распределенная система аннотаций) и простой подход на основе файловой системы, называемый QuickLoad.
Поддерживаемые форматы
IGB считывает данные в десятках форматов, включая BAM, BED, Affymetrix CHP, FASTA , GFF , GTF , PSL, SGR и WIG. Самый последний список доступен на BioViz Wiki.
IGB может выводить визуализированные данные в десятках форматов через библиотеку FreeHEP. К ним относятся EPS , PostScript , PDF , EMF , SVG , SWF , CGM , GIF , PNG и PPM .
Ссылки
- ^ Nicol JW, Helt GA, Blanchard SG, Raja A, Loraine AE (октябрь 2009 г.). «Интегрированный браузер генома: бесплатное программное обеспечение для распространения и исследования наборов данных в масштабе генома». Биоинформатика . 25 (20): 2730–1. doi :10.1093/bioinformatics/btp472. PMC 2759552. PMID 19654113 .
- ^ Helt GA, Nicol JW, Erwin E и др. (25 августа 2009 г.). «Genoviz Software Development Kit: набор инструментов Java для создания приложений визуализации геномики». BMC Bioinformatics . 10 : 266. doi : 10.1186/1471-2105-10-266 . PMC 2746221. PMID 19706180 .
Внешние ссылки
- Genoviz SDK на Bitbucket
- Сайт загрузки установщика IGB
