Иммобилизованный градиент pH

В химии для кислотно-основных реакций гели с иммобилизованным градиентом pH ( IPG ) представляют собой матрицу акриламидного геля, сополимеризованную с градиентом pH , что приводит к полностью стабильным градиентам, за исключением самых щелочных (>12) значений pH. Иммобилизованный градиент pH получается путем непрерывного изменения соотношения иммобилинов . Иммобилин — это слабая кислота или основание , определяемое его значением pK. ^[2] Иммобилизованные градиенты pH (IPG) изготавливаются путем смешивания двух видов смеси акриламида, одна с иммобилином, имеющим кислотные буферные свойства, а другая — с основными буферными свойствами. ^[3] Концентрации буферов в двух растворах определяют диапазон и форму получаемого градиента pH. Оба раствора содержат мономеры акриламида и катализаторы. Во время полимеризации акриламидная часть буферов сополимеризуется с мономерами акриламида и бисакриламида , образуя полиакриламидный гель. Эти полимеризованные гели имеют подложку на основе пластика, что обеспечивает простоту в обращении и улучшает производительность IPG. Затем гель промывают для удаления катализаторов и неполимеризованных мономеров , которые мешают изоэлектрическому разделению. IPG увеличил воспроизводимость ^[4]^[5] изоэлектрического фокусирования и 2D- гель-электрофореза . Другими преимуществами являются повышенное разрешение, ^[6] воспроизводимое разделение щелочных белков ^[7] и повышенная загрузочная способность (до 10 мг). ^[8]

Этот альтернативный метод устраняет проблемы нестабильности градиента и плохой емкости загрузки образца, связанные с градиентом pH амфолита- носителя. ^[9] Доступны коммерческие готовые гели IPG.

Ссылки

^ Görg, Angelika; Weiss, Walter; Dunn, Michael J. (2004-12-01). «Современная технология двумерного электрофореза для протеомики». Proteomics . 4 (12): 3665– 3685. doi :10.1002/pmic.200401031. ISSN 1615-9853. PMID 15543535.
^ Барнс и др., Электрофорез на практике: руководство по теории и практике. Страница 44. VCH Publishers Inc, 1993 (США)
^ Görg, Angelika; Weiss, Walter; Dunn, Michael J. (2004-12-01). «Современная технология двумерного электрофореза для протеомики». Proteomics . 4 (12): 3665– 3685. doi :10.1002/pmic.200401031. ISSN 1615-9853. PMID 15543535.
^ Corbett, JM; Dunn, MJ; Posch, A.; Görg, A. (1994-09-01). "Позиционная воспроизводимость пятен белка в двумерном электрофорезе в полиакриламидном геле с использованием изоэлектрического фокусирования иммобилизованного градиента pH в первом измерении: межлабораторное сравнение". Электрофорез . 15 ( 8– 9): 1205– 1211. doi :10.1002/elps.11501501182. ISSN 0173-0835. PMID 7532129.
^ Blomberg, A.; Blomberg, L.; Norbeck, J.; Fey, SJ; Larsen, PM; Larsen, M.; Roepstorff, P.; Degand, H.; Boutry, M. (1995-10-01). "Межлабораторная воспроизводимость образцов дрожжевого белка, проанализированных с помощью двумерного гель-электрофореза с иммобилизованным градиентом pH". Электрофорез . 16 (10): 1935–1945 . doi :10.1002/elps.11501601320. ISSN 0173-0835. PMID 8586069.
^ Wildgruber, R.; Harder, A.; Obermaier, C.; Boguth, G.; Weiss, W.; Fey, SJ; Larsen, PM; Görg, A. (2000-07-01). "К более высокому разрешению: двумерный электрофорез белков Saccharomyces cerevisiae с использованием перекрывающихся узких иммобилизованных градиентов pH". Electrophoresis . 21 (13): 2610– 2616. doi :10.1002/1522-2683(20000701)21:13<2610::AID-ELPS2610>3.0.CO;2-H. ISSN 0173-0835. PMID 10949137.
^ Wildgruber, Robert; Reil, Gerold; Drews, Oliver; Parlar, Harun; Görg, Angelika (2002-06-01). "Двумерная база данных белков Saccharomyces cerevisiae на основе веб-технологий с использованием иммобилизованных градиентов pH от pH 6 до pH 12 и времяпролетной масс-спектрометрии с лазерной десорбцией/ионизацией с использованием матрицы". Proteomics . 2 (6): 727– 732. doi :10.1002/1615-9861(200206)2:6<727::AID-PROT727>3.0.CO;2-2. ISSN 1615-9853. PMID 12112855.
^ Görg, A.; Postel, W.; Friedrich, C.; Kuick, R.; Strahler, JR; Hanash, SM (1991-09-01). "Температурно-зависимая позиционная изменчивость пятен в двумерных полипептидных паттернах". Электрофорез . 12 (9): 653– 658. doi :10.1002/elps.1150120910. ISSN 0173-0835. PMID 1752246.
^ Уилкинс и др., Исследования протеома: новые рубежи функциональной геномики. Страница 14. Springer, 1997 (Германия)

[1] Görg, Angelika; Weiss, Walter; Dunn, Michael J. (2004-12-01). «Современная технология двумерного электрофореза для протеомики». Proteomics . 4 (12): 3665– 3685. doi :10.1002/pmic.200401031. ISSN 1615-9853. PMID 15543535.

[2] Барнс и др., Электрофорез на практике: руководство по теории и практике. Страница 44. VCH Publishers Inc, 1993 (США)

[3] Görg, Angelika; Weiss, Walter; Dunn, Michael J. (2004-12-01). «Современная технология двумерного электрофореза для протеомики». Proteomics . 4 (12): 3665– 3685. doi :10.1002/pmic.200401031. ISSN 1615-9853. PMID 15543535.

[4] Corbett, JM; Dunn, MJ; Posch, A.; Görg, A. (1994-09-01). "Позиционная воспроизводимость пятен белка в двумерном электрофорезе в полиакриламидном геле с использованием изоэлектрического фокусирования иммобилизованного градиента pH в первом измерении: межлабораторное сравнение". Электрофорез . 15 ( 8– 9): 1205– 1211. doi :10.1002/elps.11501501182. ISSN 0173-0835. PMID 7532129.

[5] Blomberg, A.; Blomberg, L.; Norbeck, J.; Fey, SJ; Larsen, PM; Larsen, M.; Roepstorff, P.; Degand, H.; Boutry, M. (1995-10-01). "Межлабораторная воспроизводимость образцов дрожжевого белка, проанализированных с помощью двумерного гель-электрофореза с иммобилизованным градиентом pH". Электрофорез . 16 (10): 1935–1945 . doi :10.1002/elps.11501601320. ISSN 0173-0835. PMID 8586069.

[6] Wildgruber, R.; Harder, A.; Obermaier, C.; Boguth, G.; Weiss, W.; Fey, SJ; Larsen, PM; Görg, A. (2000-07-01). "К более высокому разрешению: двумерный электрофорез белков Saccharomyces cerevisiae с использованием перекрывающихся узких иммобилизованных градиентов pH". Electrophoresis . 21 (13): 2610– 2616. doi :10.1002/1522-2683(20000701)21:13<2610::AID-ELPS2610>3.0.CO;2-H. ISSN 0173-0835. PMID 10949137.

[7] Wildgruber, Robert; Reil, Gerold; Drews, Oliver; Parlar, Harun; Görg, Angelika (2002-06-01). "Двумерная база данных белков Saccharomyces cerevisiae на основе веб-технологий с использованием иммобилизованных градиентов pH от pH 6 до pH 12 и времяпролетной масс-спектрометрии с лазерной десорбцией/ионизацией с использованием матрицы". Proteomics . 2 (6): 727– 732. doi :10.1002/1615-9861(200206)2:6<727::AID-PROT727>3.0.CO;2-2. ISSN 1615-9853. PMID 12112855.

[8] Görg, A.; Postel, W.; Friedrich, C.; Kuick, R.; Strahler, JR; Hanash, SM (1991-09-01). "Температурно-зависимая позиционная изменчивость пятен в двумерных полипептидных паттернах". Электрофорез . 12 (9): 653– 658. doi :10.1002/elps.1150120910. ISSN 0173-0835. PMID 1752246.

[9] Уилкинс и др., Исследования протеома: новые рубежи функциональной геномики. Страница 14. Springer, 1997 (Германия)