Лафонтейн отыграл два сезона за Rensselaer , пока команда поднималась на вершину студенческого хоккейного ландшафта. В каждой из его двух кампаний Engineers занимали первое место в турнирной таблице Tri-State League и закончили год с 15 победами. На второй год в программе Лафонтейн был назначен капитаном команды и привел Engineers к их первому появлению на турнире NCAA . RPI проиграли напряженную борьбу Minnesota в полуфинале, а затем победили Boston College в утешительной игре. За свою игру в течение сезона Лафонтейн вошел в первую сборную AHCA All-American и вошел во вторую сборную All-Tournament .
