Удачного картирования

В генетике HAPPY-картирование , впервые предложенное Полом Х. Диром и Питером Р. Куком в 1989 году, представляет собой метод, используемый для изучения связи между двумя или более последовательностями ДНК . ^[1] Согласно Single Molecule Genomics Group, это «картирование, основанное на анализе приблизительно гаплоидных образцов ДНК с использованием полимеразной цепной реакции» . В геномике HAPPY-картирование может применяться для оценки синтении и ориентации различных последовательностей ДНК в определенном геноме — создания «геномной» карты.

Как и в случае с картированием сцепления , картирование HAPPY основано на дифференциальной вероятности разделения двух или более последовательностей ДНК. В генетическом картировании вероятность события рекомбинации между двумя генетическими локусами на одной хромосоме прямо пропорциональна расстоянию между ними. Картирование HAPPY заменяет рекомбинацию фрагментацией — вместо того, чтобы полагаться на рекомбинацию для разделения генетических локусов, весь геном фрагментируется, например, с помощью радиации или механического сдвига. Если ДНК разрывается случайным образом, чем больше расстояние между двумя последовательностями ДНК, тем выше вероятность того, что она разорвется между ними, и наоборот.

Картирование HAPPY сохраняет преимущества генетического картирования, устраняя некоторые проблемы, связанные с рекомбинацией. То есть, необходимость в полиморфизме и селекции. Кроме того, рекомбинация может быть локально-специфичной, тогда как разрыв геномной ДНК под действием радиации или механического сдвига, по-видимому, более случаен. Он использовался для генетического картирования нескольких организмов. ^[2]^[3]

Картирование HAPPY также было адаптировано для обеспечения точного анализа вариаций числа копий и, в частности, анализа изменений числа копий при раке. ^[4]

Ссылки

^ Уважаемый PH, Cook PR (сентябрь 1989 г.). «Счастливое картирование: предложение по картированию связей генома человека». Nucleic Acids Res . 17 (17): 6795– 807. doi :10.1093/nar/17.17.6795. PMC 318413. PMID 2780310 .
^ Piper MB, Bankier AT, Dear PH (декабрь 1998 г.). «Счастливая карта Cryptosporidium parvum». Genome Res . 8 (12): 1299– 307. doi :10.1101/gr.8.12.1299. PMC 310802. PMID 9872984 .
^ Hamilton EP, Dear PH, Rowland T, Saks K, Eisen JA, Orias E (октябрь 2006 г.). «Использование картирования HAPPY для сборки генома Tetrahymena более высокого порядка». Genomics . 88 (4): 443–51 . doi :10.1016/j.ygeno.2006.05.002. PMC 3169840 . PMID 16782302.
^ McCaughan F, Darai-Ramqvist E, Bankier AT, Konfortov BA, Foster N, George PJ, Rabbitts TH, Kost-Alimova M, Rabbitts PH, Dear PH (ноябрь 2008 г.). «Молекулярный подсчет числа копий методом микродиссекции (microMCC) — разблокировка архивов по раку с помощью цифровой ПЦР». J. Pathol . 216 (3): 307–16 . doi : 10.1002/path.2413 . PMID 18773450.

[pmid2780310-1] Уважаемый PH, Cook PR (сентябрь 1989 г.). «Счастливое картирование: предложение по картированию связей генома человека». Nucleic Acids Res . 17 (17): 6795– 807. doi :10.1093/nar/17.17.6795. PMC 318413. PMID 2780310 .

[pmid9872984-2] Piper MB, Bankier AT, Dear PH (декабрь 1998 г.). «Счастливая карта Cryptosporidium parvum». Genome Res . 8 (12): 1299– 307. doi :10.1101/gr.8.12.1299. PMC 310802. PMID 9872984 .

[pmid16782302-3] Hamilton EP, Dear PH, Rowland T, Saks K, Eisen JA, Orias E (октябрь 2006 г.). «Использование картирования HAPPY для сборки генома Tetrahymena более высокого порядка». Genomics . 88 (4): 443–51 . doi :10.1016/j.ygeno.2006.05.002. PMC 3169840 . PMID 16782302.

[pmid18773450-4] McCaughan F, Darai-Ramqvist E, Bankier AT, Konfortov BA, Foster N, George PJ, Rabbitts TH, Kost-Alimova M, Rabbitts PH, Dear PH (ноябрь 2008 г.). «Молекулярный подсчет числа копий методом микродиссекции (microMCC) — разблокировка архивов по раку с помощью цифровой ПЦР». J. Pathol . 216 (3): 307–16 . doi : 10.1002/path.2413 . PMID 18773450.