Гаплогруппа E-P2
Гаплогруппа ДНК Y-хромосомы человека
Гаплогруппа E-P2
Возможное время происхождения41 400–49 800 лет до н.э. [1]
Возраст коалесценции39 200–41 400 лет до н.э. [1]
Возможное место происхожденияВосточная Африка [2] [3]
ПредокE-P177
ПотомкиЭ-В38 , Э-М215
Определение мутацийДИС391п, Л337, Л339, Л342, Л487, Л492, Л613, П2/ПН2, П179, П180, П181

Гаплогруппа E-P2 , также известная как E1b1 , является гаплогруппой ДНК Y-хромосомы человека . E-P2 имеет две базальные ветви, E-V38 и E-M215 . E-P2 издревле присутствовала в Леванте ; в настоящее время она в основном распространена в Африке, где, возможно, и возникла, и встречается с меньшей частотой на Ближнем Востоке и в Европе .

Происхождение

Семино и др. (2004) предположили происхождение из Восточной Африки , заявив: «Как филогеография, так и микросателлитная дисперсия предполагают, что E-P2 и его производное, E-M35, вероятно, произошли из Восточной Африки» [2] .

Тромбетта и др. (2011) также предположили происхождение из Восточной Африки :

Новая топология, представленная здесь, имеет важные последствия для происхождения гаплогруппы E-P2. Используя принцип филогеографической экономии, разрешение трифуркации E-M215 в пользу общего предка E-M2 и E-M329 решительно поддерживает гипотезу о том, что гаплогруппа E-P2 возникла в Восточной Африке, как предполагалось ранее, и что хромосомы E-M2, так часто наблюдаемые в Африке к югу от Сахары, прослеживают свое происхождение от общего предка, присутствующего в Восточной Африке. [3]

Древняя ДНК

Было обнаружено, что образец из останков Натуфийцев содержал гаплогруппу E1b1 (1/5; 20%). [4]

В пещере Мота в Эфиопии были найдены останки древнего эфиопского мужчины, возраст которого был датирован 4500 г. до н.э., и в них содержалась отцовская гаплогруппа E1b1 и материнская гаплогруппа L3x2a . [5] [6]

Распределение

Основные субклады E1b1 (E-P2): E1b1a (E-V38) и E1b1b (E-M215) в данных популяциях. [7]

E-P2 в настоящее время встречается в основном в Африке , в основном в форме его преобладающих субкладов E-M215 и E-V38 . E-M215 чаще встречается в Северной Африке и на Африканском Роге , а также встречается с более низкими частотами на Ближнем Востоке , в Европе и Южной Африке . E-V38 чаще встречается в Западной Африке , Центральной Африке , Южной Африке и Великих африканских озерах и встречается с более низкими частотами в Северной Африке и на Ближнем Востоке.

Параклад, называемый E-P2*, включающий случаи, которые не относятся ни к E-V38, ни к E-M215, либо редки, либо отсутствуют, и до сих пор ни один из них не был обнаружен. [3]

Семино и др. (2004) обнаружили E-P2 (xM35,xM2) у 10,4% из 48 эфиопских амхара , 12,8% из 78 эфиопских оромо , 1,9% из 53 южноафриканских банту и 2,9% из 139 сенегальцев . [8]

Вуд и др. (2005) сообщили об обнаружении E-P2(xP1, xM35) у 11% (1/9) выборки оромо из Эфиопии, 11% (1/9) выборки иракв из Танзании, 10% (2/20) смешанной выборки носителей различных южносемитских языков из Эфиопии, 6% (1/18) выборки амхара из Эфиопии, 3% (1/30) выборки эве из Ганы, 3% (1/32) выборки фанте из Ганы и 3% (1/34) выборки волоф из Гамбии/Сенегала. [9]

Стеффлова и др. (2009) сообщили об одном человеке из выборки из 199 афроамериканских мужчин из Филадельфии с E-P2 (xM35, xM2). [10]

Кручиани и др. (2002) обнаружили E-P2 (xM35, xM2) у: 18% из 22 эфиопских евреев , 2% из 49 мосси из Буркина-Фасо , 3% из 37 римайбе также из Буркина-Фасо и 6% из 17 фульбе из Камеруна . [11]

Семино и др. (2002) обнаружили E-P2 (xM35, xM2) у 18,2% из 88 эфиопов. [12] [13]

Моран и др. (2004) обнаружили E-P2 (xM35, xM2) у эфиопских спортсменов и контрольных групп и сообщили о следующих результатах: общий контроль: 4% (4/95), контроль Арси: 8% (7/85), 5-10 км: 22% (5/23) и легкая атлетика: 11% (2/11). [14]

Субклады

Э-М215

Гаплогруппа E-M215 является субкладом гаплогруппы E-P2. [1]

E-V38

Гаплогруппа E-V38 является субкладом гаплогруппы E-P2. [1]

Э-М329

Основная статья: Гаплогруппа E-M329

Гаплогруппа E-M329 является субкладом гаплогруппы E-P2. [1]

Филогенетика

Филогенетическая история

До 2002 года в академической литературе существовало по крайней мере семь систем наименования для филогенетического дерева Y-хромосомы. Это привело к значительной путанице. В 2002 году основные исследовательские группы объединились и сформировали Консорциум Y-хромосомы (YCC). Они опубликовали совместную статью, в которой было создано единое новое дерево, которое все согласились использовать. Позже группа гражданских ученых, интересующихся популяционной генетикой и генетической генеалогией, сформировала рабочую группу для создания любительского дерева, стремящегося прежде всего быть своевременным. В таблице ниже собраны все эти работы в точке знакового дерева YCC 2002 года. Это позволяет исследователю, просматривающему более старую опубликованную литературу, быстро перемещаться между номенклатурами.

YCC 2002/2008 (стенография)(α)(β)(γ)(δ)(ε)(ζ)(η)YCC 2002 (Полное письмо)YCC 2005 (Полный текст)YCC 2008 (Полный текст)YCC 2010r (Лучшее письмо)ИСООГГ 2006ИСООГГ 2007ИСООГГ 2008ИСООГГ 2009ИСООГГ 2010ИСООГГ 2011ИСООГГ 2012
Е-П2921III3А13Eu3Н2БЕ*ЭЭЭЭЭЭЭЭЭЭ
Э-М3321III3А13Eu3Н2БЕ1*Е1Э1аЭ1аЕ1Е1Э1аЭ1аЭ1аЭ1аЕ1а
Э-М4421III3А13Eu3Н2БЭ1аЭ1аЕ1а1Е1а1Э1аЭ1аЕ1а1Е1а1Е1а1Е1а1Е1а1
Э-М7521III3А13Eu3Н2БЕ2аЕ2Е2Е2Е2Е2Е2Е2Е2Е2Е2
Э-М5421III3А13Eu3Н2БЕ2бЕ2бЕ2бЕ2б1-------
Э-П225III414Eu3Н2БЕ3*Е3Е1бЕ1б1Е3Е3Е1б1Е1б1Е1б1Е1б1Е1б1
Э-М28III515Эу2Н2БЕ3а*Е3аЕ1б1Е1б1аЕ3аЕ3аЕ1б1аЕ1б1аЕ1б1аЕ1б1а1Е1б1а1
Э-М588III515Эу2Н2БЕ3а1Е3а1Е1б1а1Е1б1а1Е3а1Е3а1Е1б1а1Е1б1а1Е1б1а1Е1б1а1а1аЕ1б1а1а1а
Э-М116.28III515Эу2Н2БЕ3а2Е3а2Е1б1а2Е1б1а2Е3а2Е3а2Е1б1а2Е1б1а2E1ba12удаленныйудаленный
Э-М1498III515Эу2Н2БЕ3а3Е3а3Е1б1а3Е1б1а3Е3а3Е3а3Е1б1а3Е1б1а3Е1б1а3Е1б1а1а1сЕ1б1а1а1с
Э-М1548III515Эу2Н2БЕ3а4Е3а4Е1б1а4Е1б1а4Е3а4Е3а4Е1б1а4Е1б1а4Е1б1а4E1b1a1a1g1cE1b1a1a1g1c
Э-М1558III515Эу2Н2БЕ3а5Е3а5Е1б1а5Е1б1а5Е3а5Е3а5Е1б1а5Е1б1а5Е1б1а5Е1б1а1а1дЕ1б1а1а1д
Э-М108III515Эу2Н2БЕ3а6Е3а6Е1б1а6Е1б1а6Е3а6Е3а6Е1б1а6Е1б1а6Е1б1а6Е1б1а1а1еЕ1б1а1а1е
Э-М3525III414Еу4Н2БЕ3б*Е3бЕ1б1б1Е1б1б1Е3б1Е3б1Е1б1б1Е1б1б1Е1б1б1удаленныйудаленный
Э-М7825III414Еу4Н2БЕ3б1*Е3б1Е1б1б1аЕ1б1б1а1E3b1aE3b1aЕ1б1б1аЕ1б1б1аЕ1б1б1аЕ1б1б1а1Е1б1б1а1
Э-М14825III414Еу4Н2БE3b1aE3b1aЕ1б1б1а3аЕ1б1б1а1с1Е3б1а3аЕ3б1а3аЕ1б1б1а3аЕ1б1б1а3аЕ1б1б1а3аЕ1б1б1а1с1Е1б1б1а1с1
Э-М8125III414Еу4Н2БЕ3б2*Е3б2Е1б1б1бЕ1б1б1б1E3b1bE3b1bЕ1б1б1бЕ1б1б1бЕ1б1б1бЕ1б1б1б1Е1б1б1б1а
Э-М10725III414Еу4Н2БЕ3б2аЕ3б2аЕ1б1б1б1Е1б1б1б1аЕ3б1б1Е3б1б1Е1б1б1б1Е1б1б1б1Е1б1б1б1Е1б1б1б1аЕ1б1б1б1а1
Э-М16525III414Еу4Н2БE3b2bE3b2bЕ1б1б1б2Е1б1б1б1б1Е3б1б2Е3б1б2Е1б1б1б2аЕ1б1б1б2аЕ1б1б1б2аЕ1б1б1б2аЕ1б1б1б1а2а
Э-М12325III414Еу4Н2БЕ3б3*Е3б3Е1б1б1сЕ1б1б1сE3b1cE3b1cЕ1б1б1сЕ1б1б1сЕ1б1б1сЕ1б1б1сЕ1б1б1б2а
Э-М3425III414Еу4Н2БЕ3б3а*Е3б3аЕ1б1б1к1Е1б1б1к1E3b1c1E3b1c1Е1б1б1к1Е1б1б1к1Е1б1б1к1Е1б1б1к1Е1б1б1б2а1
Э-М13625III414Еу4Н2БE3ba1Е3б3а1Е1б1б1к1аЕ1б1б1к1а1E3b1c1aE3b1c1aЕ1б1б1к1а1Е1б1б1к1а1Е1б1б1к1а1Е1б1б1к1а1Е1б1б1б2а1а1

Научные публикации

В создании дерева YCC приняли участие следующие исследовательские группы в соответствии с их публикациями.

  • α Джоблинг и Тайлер-Смит 2000 и Каладжиева 2001
  • β Андерхилл 2000
  • γ Молот 2001
  • δ Карафет 2001
  • ε Семино 2000
  • ζ Вс 1999
  • η Капелли 2001

Филогенетические деревья

Это филогенетическое дерево субкладов гаплогрупп основано на дереве YCC 2008 Карафета (2008) [15] и последующих опубликованных исследованиях.

Е1б1  ( П2 ) 

Смотрите также

В Викицитатнике есть цитаты, связанные с гаплогруппой E-P2 .

Генетика

Y-ДНК E субклады

Y-ДНК остовное дерево

Ссылки

  1. ^ abcde "E-P177 YTree".
  2. ^ ab Semino, Ornella; et al. (май 2004 г.). «Происхождение, диффузия и дифференциация гаплогрупп Y-хромосомы E и J: выводы о неолитизации Европы и более поздних миграционных событиях в районе Средиземноморья». American Journal of Human Genetics . 74 (5): 1023– 1034. doi :10.1086/386295. ISSN  0002-9297. OCLC  4922408279. PMC 1181965 . PMID  15069642. 17859431. 
  3. ^ abc Trombetta и др. (2011)
  4. ^ Мартиниано, Руи; Санктис, Бьянка Де; Халласт, Пилле; Дурбин, Ричард (20 декабря 2020 г.). «Дополнительный материал: размещение древних последовательностей ДНК в эталонных филогениях». Молекулярная биология и эволюция . 39 (2): 2020.12.19.423614. bioRxiv 10.1101/2020.12.19.423614 . doi : 10.1093/molbev/msac017. ПМЦ 8857924 . PMID  35084493. S2CID  229549849.  
  5. ^ Ллоренте, М. Гальего и др. (13 ноября 2015 г.). «Древний эфиопский геном обнаруживает обширную евразийскую примесь в Восточной Африке». Science . 350 (6262): 820– 822. Bibcode :2015Sci...350..820L. doi :10.1126/science.aad2879. hdl : 2318/1661894 . PMID  26449472. S2CID  25743789.
  6. ^ Льоренте, М. Гальего и др. (13 ноября 2015 г.). «Дополнительные материалы: древний эфиопский геном обнаруживает обширную евразийскую примесь в Восточной Африке» (PDF) . Science . 350 (6262): 820– 822. Bibcode :2015Sci...350..820L. doi :10.1126/science.aad2879. hdl : 2318/1661894 . PMID  26449472. S2CID  25743789.
  7. ^ Badro, Danielle A.; Douaihy, Bouchra; Haber, Marc; Youhanna, Sonia C.; Salloum, Angélique; Ghassibe-Sabbagh, Michella; Johnsrud, Brian; Khazen, Georges; Matisoo-Smith, Elizabeth; Soria-Hernanz, David F.; Wells, R. Spencer; Tyler-Smith, Chris; Platt, Daniel E.; Zalloua, Pierre A.; Consortium, The Genographic (2013-01-30). "Y-хромосома и генетика мтДНК выявляют значительные различия в сходстве современных популяций Ближнего Востока с европейскими и африканскими популяциями". PLOS ONE . 8 (1): e54616. Bibcode : 2013PLoSO...854616B. doi : 10.1371/journal.pone.0054616 . ISSN  1932-6203. PMC 559847 . PMID  23382925. 
  8. ^ Семино и др. (2004)
  9. ^ Вуд и др. (2005)
  10. ^ Стеффлова и др. (2009)
  11. ^ Кручиани и др. (2002)
  12. ^ Семино и др. (2002)
  13. ^ Андерхилл и др. (2000)
  14. ^ Моран и др. (2004)
  15. ^ Карафет и др. (2008)

Библиография

  • Кручиани, Фульвио; Сантоламазца, Пьеро; Шен, Пейдун; Маколей, Винсент; Мораль, Педро; Олкерс, Антонель; Модиано, Дэвид; Холмс, Сьюзен; Дестро-Бисоль, Джованни; Койя, Валентина; Уоллес, Дуглас К.; Оефнер, Питер Дж.; Торрони, Антонио; Кавалли-Сфорца, Л. Лука; Скоццари, Розария; Андерхилл, Питер А. (2002), «Обратная миграция из Азии в страны Африки к югу от Сахары подтверждается анализом гаплотипов Y-хромосомы человека с высоким разрешением», Американский журнал генетики человека , 70 (5): 1197–214 . , doi : 10.1086/340257, PMC  447595 , PMID  11910562
  • Кручиани, Фульвио; Ла Фратта, Роберта; Сантоламазца, Пьеро; Селитто, Даниэле; Пасконе, Роберто; Мораль, Педро; Уотсон, Элизабет; Гуида, Валентина; Коломб, Элиан Беро; Захарова, Бориана; Лавинья, Жуан; Вона, Джузеппе; Аман, Рашид; Кали, Франческо; Акар, Неджат; Ричардс, Мартин; Торрони, Антонио; Новеллетто, Андреа; Скоццари, Розария (2004), «Филогеографический анализ хромосом Y гаплогруппы E3b (E-M215) выявляет множественные миграционные события в пределах и за пределами Африки», Американский журнал генетики человека , 74 (5): 1014–22 , doi :10.1086 /386294, PMC  1181964 , PMID  15042509
  • Karafet, TM; Mendez, FL; Meilerman, MB; Underhill, PA; Zegura, SL; Hammer, MF (2008), «Новые бинарные полиморфизмы изменяют и повышают разрешение древа гаплогруппы Y-хромосомы человека», Genome Research , 18 (5): 830–8 , doi :10.1101/gr.7172008, PMC  2336805 , PMID  18385274
  • Моран, Колин Н.; Скотт, Роберт А.; Адамс, Сьюзан М.; Уоррингтон, Саманта Дж.; Джоблинг, Марк А.; Уилсон, Ричард Х.; Гудвин, Уильям Х.; Георгиадес, Эвелина; Вольде, Безабхе; Питсиладис, Яннис П. (2004), "Гаплогруппы Y-хромосомы элитных эфиопских бегунов на выносливость", Генетика человека , 115 (6): 492– 7, doi :10.1007/s00439-004-1202-y, PMID  15503146, S2CID  13960753
  • Семино, Орнелла; Сантакьяра-Бенерекетти, А. Сильвана; Фаласки, Франческо; Кавалли-Сфорца, Л. Лука; Андерхилл, Питер А. (2002), «Эфиопы и койсанцы разделяют самые глубокие клады филогении Y-хромосомы человека», Американский журнал генетики человека , 70 (1): 265–268 , doi : 10.1086/338306, PMC  384897 , PMID  11719903
  • Семино, Орнелла; Магри, Кьяра; Бенуцци, Джорджия; Лин, Алиса А.; Аль-Захери, Надя; Батталья, Винченца; Макчиони, Лилиана; Триантафиллидис, Костас; Шен, Пейдун; Оефнер, Питер Дж.; Животовский Лев А.; Кинг, Рой; Торрони, Антонио; Кавалли-Сфорца, Л. Лука; Андерхилл, Питер А.; Сантакьяра-Бенересетти, А. Сильвана (2004), «Происхождение, распространение и дифференциация гаплогрупп Y-хромосомы E и J: выводы о неолитизации Европы и более поздних миграционных событиях в районе Средиземноморья», Американский журнал генетики человека , 74 (5): 1023– 34, doi : 10.1086/386295, PMC  1181965 , PMID  15069642
  • Stefflova, Klara; Dulik, Matthew C.; Pai, Athma A.; Walker, Amy H.; Zeigler-Johnson, Charnita M.; Gueye, Serigne M.; Schurr, Theodore G.; Rebbeck, Timothy R. (2009), Relethford, John (ред.), "Оценка группового генетического происхождения популяций из Филадельфии и Дакара в контексте полового смешения в Америке", PLOS ONE , 4 (11): e7842, Bibcode : 2009PLoSO...4.7842S, doi : 10.1371/journal.pone.0007842 , PMC  2776971 , PMID  19946364
  • Trombetta, Beniamino; Cruciani, Fulvio; Sellitto, Daniele; Scozzari, Rosaria (2011), MacAulay, Vincent (ред.), "Новая топология человеческой Y-хромосомной гаплогруппы E1b1 (E-P2), выявленная с помощью недавно охарактеризованных бинарных полиморфизмов", PLOS ONE , 6 (1): e16073, Bibcode : 2011PLoSO...616073T, doi : 10.1371/journal.pone.0016073 , PMC  3017091 , PMID  21253605
  • Андерхилл, Питер А.; Шен, Пейдун; Лин, Алиса А.; Джин, Ли; Пассарино, Джузеппе; Ян, Вэй Х.; Кауфман, Эрин; Бонне-Тамир, Батшева; Бертранпети, Жауме; Франкалаччи, Паоло; Ибрагим, Мунтасер; Дженкинс, Трефор; Кидд, Джудит Р.; Мехди, С. Касим; Зейлстад, Марк Т.; Уэллс, Р. Спенсер; Пьяцца, Альберто; Дэвис, Рональд В.; Фельдман, Маркус В.; Кавалли-Сфорца, Л. Лука; Офнер, Питер. J. (2000), «Изменение последовательности хромосомы Y и история человеческих популяций», Nature Genetics , 26 (3): 358–61 , doi :10.1038/81685, PMID  11062480, S2CID  12893406
  • Wood, Elizabeth T; Stover, Daryn A; Ehret, Christopher; Destro-Bisol, Giovanni; Spedini, Gabriella; McLeod, Howard; Louie, Leslie; Bamshad, Mike; Strassmann, Beverly I; Soodyall, Himla; Hammer, Michael F (2005), "Контрастные паттерны вариаций Y-хромосомы и мтДНК в Африке: доказательства демографических процессов, обусловленных полом", European Journal of Human Genetics , 13 (7): 867–76 , doi : 10.1038/sj.ejhg.5201408 , PMID  15856073

Источники таблиц преобразования

  • Capelli, Cristian; Wilson, James F.; Richards, Martin; Stumpf, Michael PH; et al. (февраль 2001 г.). «Преимущественно коренное отцовское наследие для австронезийско-говорящих народов островной Юго-Восточной Азии и Океании». The American Journal of Human Genetics . 68 (2): 432– 443. doi : 10.1086/318205 . PMC  1235276. PMID  11170891.
  • Хаммер, Майкл Ф.; Карафет, Татьяна М.; Редд, Алан Дж.; Джарджанази, Хамди; и др. (1 июля 2001 г.). «Иерархические закономерности глобального разнообразия Y-хромосомы человека». Молекулярная биология и эволюция . 18 (7): 1189–1203 . doi : 10.1093/oxfordjournals.molbev.a003906 . PMID  11420360.
  • Джоблинг, Марк А.; Тайлер-Смит, Крис (2000), «Новые применения новых гаплотипов», Trends in Genetics , 16 (8): 356–62 , doi :10.1016/S0168-9525(00)02057-6, PMID  10904265
  • Каладжиева, Люба; Калафель, Франческ; Джоблинг, Марк А; Ангеличева, Дора; и др. (февраль 2001 г.). «Закономерности меж- и внутригруппового генетического разнообразия у Vlax Roma, выявленные с помощью Y-хромосомы и линий митохондриальной ДНК». Европейский журнал генетики человека . 9 (2): 97–104 . doi : 10.1038/sj.ejhg.5200597 . ПМИД  11313742.
  • Карафет, Татьяна; Сюй, Липин; Ду, Руофу; Ван, Уильям; и др. (сентябрь 2001 г.). «История отцовского населения Восточной Азии: источники, закономерности и микроэволюционные процессы». Американский журнал генетики человека . 69 (3): 615– 628. doi : 10.1086/323299 . PMC  1235490. PMID  11481588 .
  • Semino, O.; Passarino, G; Oefner, PJ; Lin, AA; et al. (2000), «Генетическое наследие палеолитического Homo sapiens sapiens у современных европейцев: перспектива хромосомы AY», Science , 290 (5494): 1155– 9, Bibcode : 2000Sci...290.1155S, doi : 10.1126/science.290.5494.1155, PMID  11073453
  • Су, Бин; Сяо, Цзюньхуа; Андерхилл, Питер; Дека, Ранджан; и др. (декабрь 1999 г.). «Доказательства миграции современных людей на север в Восточную Азию во время последнего ледникового периода на основе Y-хромосомы». Американский журнал генетики человека . 65 (6): 1718– 1724. doi : 10.1086/302680 . PMC  1288383. PMID  10577926 .
  • Андерхилл, Питер А.; Шен, Пейдун; Линь, Элис А.; Джин, Ли; и др. (ноябрь 2000 г.). «Изменение последовательности Y-хромосомы и история человеческих популяций». Nature Genetics . 26 (3): 358– 361. doi :10.1038/81685. PMID  11062480. S2CID  12893406.
  • Y-ДНК гаплогруппа E и субклады из ISOGG
  • Проект ДНК Британских островов
  • E1b1.org – Международный проект Y-ДНК гаплогруппы E1b1 и ее субкладов. Архивировано 17 декабря 2014 г. на Wayback Machine.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Haplogroup_E-P2&oldid=1262964206"