Глициновый рибосвитч
| Глицин | |
|---|---|
 Консенсусная вторичная структура и сохранение последовательности рибосвитча глицина | |
| Идентификаторы | |
| Символ | Глицин |
| Рфам | РФ00504 |
| Другие данные | |
| Тип РНК | Цис-рег ; Рибосвитч |
| ИДТИ | GO:0006545 |
| ТАК | SO:0000035 |
| Структуры PDB | ПДБе |
Бактериальный глициновый рибосвитч — это элемент РНК , который может связывать аминокислоту глицин . Глициновые рибосвитчи обычно состоят из двух доменов аптамеров, связывающих метаболиты, с похожими структурами в тандеме. Первоначально считалось, что аптамеры кооперативно связывают глицин для регулирования экспрессии нижестоящих генов. У Bacillus subtilis этот рибосвитч находится выше оперона gcvT , который контролирует деградацию глицина . Считается, что при избытке глицина он связывается с обоими аптамерами, активируя эти гены и способствуя деградации глицина. [1]
Первоначально обнаруженная усеченная версия глицинового рибосвитча демонстрирует сигмоидальные кривые связывания с коэффициентами Хилла больше единицы, что привело к идее положительной кооперативности между двумя доменами аптамера. [1] [2] Данные 2012 года показывают, что кооперативное связывание не происходит в переключателе с его удлиненным 5'-лидером, хотя цель двойных аптамеров переключателя все еще не определена. [3]
Структуры атомного разрешения частей глициновых рибопереключателей были получены с помощью рентгеновской кристаллографии . [4] [5]
Эксперименты in vivo показали, что глицину не нужно связывать оба аптамера для регуляции. Мутация первого аптамера вызвала наибольшее снижение экспрессии генов ниже по течению, тогда как мутация второго имела различные эффекты. Индуцированная глицином экспрессия оперона gcvT необходима для роста B. subtilise , роевой подвижности и образования биопленки (в среде с высоким содержанием глицина). [6]
Смотрите также
Ссылки
- ^ ab Mandal M, Lee M, Barrick JE, Weinberg Z, Emilsson GM, Ruzzo WL, Breaker RR (октябрь 2004 г.). «Глицинзависимый рибопереключатель, который использует кооперативное связывание для управления экспрессией генов». Science . 306 (5694): 275– 279. Bibcode :2004Sci...306..275M. doi :10.1126/science.1100829. PMID 15472076. S2CID 14311773.
- ^ Kwon M, Strobel SA (январь 2008 г.). «Химическая основа кооперативности рибопереключателя глицина». РНК . 14 (1): 25–34 . doi :10.1261/rna.771608. PMC 2151043. PMID 18042658 .
- ^ Sherman EM, Esquiaqui J, Elsayed G, Ye JD (март 2012 г.). «Энергетически выгодное взаимодействие лидера и линкера устраняет кооперативность связывания лиганда в глициновых рибопереключателях». РНК . 18 (3): 496–507 . doi :10.1261/rna.031286.111. PMC 3285937. PMID 22279151 .
- ^ Butler EB, Xiong Y, Wang J, Strobel SA (март 2011 г.). «Структурная основа кооперативного связывания лиганда рибопереключателем глицина». Химия и биология . 18 (3): 293– 298. doi :10.1016/j.chembiol.2011.01.013. PMC 3076126. PMID 21439473 .
- ^ Хуан Л., Серганов А., Патель Д.Дж. (декабрь 2010 г.). «Структурное понимание распознавания лиганда чувствительным доменом кооперативного глицинового рибопереключателя». Molecular Cell . 40 (5): 774– 786. doi :10.1016/j.molcel.2010.11.026. PMC 3726718. PMID 21145485 .
- ^ Бабина А.М., Леа Н.Е., Мейер М.М. (октябрь 2017 г.). «Бацилла Субтилис». мБио . 8 (5). doi : 10.1128/mBio.01602-17. ПМК 5666159 . ПМИД 29089431.
Внешние ссылки
- Страница для рибосвитча глицина на сайте Rfam
 | Эта статья по молекулярной или клеточной биологии — заглушка . Вы можете помочь Википедии, расширив ее. |
