GenePattern
GenePattern
Разработчик(и)Институт Брода , Калифорнийский университет, Сан-Диего
Стабильный релиз
3.9.11 rc4 b216 / май 2019 г.
Операционная система
Типгеномный анализ
ЛицензияБСД [1]
Веб-сайтwww.genepattern.org

GenePattern — это свободно распространяемый программный пакет с открытым исходным кодом для вычислительной биологии, изначально созданный и разработанный в Институте Брода для анализа геномных данных. GenePattern был разработан для того, чтобы позволить исследователям разрабатывать, захватывать и воспроизводить методологии геномного анализа, и был впервые выпущен в 2004 году. В настоящее время GenePattern разрабатывается в Калифорнийском университете в Сан-Диего .

Функциональность

GenePattern — это мощная система научного рабочего процесса , которая обеспечивает доступ к сотням инструментов геномного анализа. Используйте эти инструменты анализа в качестве строительных блоков для разработки сложных аналитических конвейеров, которые фиксируют методы, параметры и данные, используемые для получения результатов анализа. Конвейеры можно использовать для создания, редактирования и распространения воспроизводимых in silico результатов.

Цели проекта

  1. Доступность: используйте более 200 регулярно обновляемых инструментов анализа и визуализации (поддерживающих предварительную обработку данных , анализ экспрессии генов , протеомику , анализ полиморфизма одиночных нуклеотидов (SNP), проточную цитометрию и секвенирование следующего поколения ) и создавайте аналитические рабочие процессы без программирования с помощью простого пользовательского интерфейса.
  2. Воспроизводимость: автоматизированное отслеживание истории и происхождения с управлением версиями, благодаря чему любой пользователь может делиться, повторять и понимать полный вычислительный анализ.
  3. Расширяемость: пользователи вычислительных систем могут импортировать свои методы и код для совместного использования с помощью инструментов, которые поддерживают простое создание и интеграцию.
  4. Множество интерфейсов: веб-браузер, приложения и программные интерфейсы делают аналитические модули и конвейеры доступными для широкого круга пользователей; общедоступный сервер

Функции

  • Регулярно обновляемый репозиторий сотен модулей вычислительного анализа, которые поддерживают предварительную обработку данных, анализ экспрессии генов , протеомику , анализ полиморфизма одиночных нуклеотидов (SNP), проточную цитометрию и секвенирование с коротким считыванием. [2]
  • Программный интерфейс, который делает аналитические модули доступными для специалистов по вычислительной биологии и разработчиков из Python, Java, MATLAB и R.
  • Среда GenePattern Notebook : созданная на основе среды Jupyter Notebook , среда GenePattern Notebook позволяет исследователям выполнять анализ GenePattern в блокнотах, которые чередуют текст, графику и исполняемый код, создавая единое «исследовательское повествование».
  • GParc: Репозиторий и сообщество для пользователей GenePattern, где они могут делиться и обсуждать свои собственные модули GenePattern.

Доступность

GenePattern доступен:

  1. Как бесплатное публичное веб-приложение, [3] размещенное на Amazon Web Services. Пользователи могут создавать учетные записи, выполнять анализы и создавать конвейеры на сервере.
  2. Как программное обеспечение с открытым исходным кодом , которое можно загрузить и установить локально. [4]
  3. Публичные веб-серверы, размещенные другими организациями. [5]

Примечания

  1. ^ "GenePattern: Платформа для воспроизводимой биоинформатики". GitHub . 5 ноября 2021 г.
  2. ^ Кюн, Хайди; Либерзон, Артур; Райх, Майкл; Месиров, Джилл П. (июнь 2008 г.). «Использование GenePattern для анализа экспрессии генов». Current Protocols in Bioinformatics . 22 (1): 7.12.1–7.12.39. doi :10.1002/0471250953.bi0712s22. ISSN  1934-3396. PMC 3893799. PMID 18551415  . 
  3. ^ "GenePattern". cloud.genepattern.org . Получено 2012-05-07 .
  4. ^ "GenePattern: Загрузить GenePattern". Broadinstitute.org. Архивировано из оригинала 2012-05-09 . Получено 2012-05-07 .
  5. ^ "Используйте GenePattern". genepattern.org. 2006-10-07. Архивировано из оригинала 2012-06-07 . Получено 2012-05-07 .

Ссылки

  • Среда блокнота GenePattern] Reich M, Tabor T, Liefeld T, Thorvaldsdóttir H, Hill B, Tamayo P, Mesirov JP. Cell Syst . 2017 23 августа;5(2):149-151.e1. doi :10.1016/j.cels.2017.07.003. Epub 2017 16 августа. PMID  28822753; PMC  5572818.
  • Интегративный геномный анализ путем взаимодействия инструментов биоинформатики в GenomeSpace Qu K, Garamszegi S, Wu F, Thorvaldsdottir H, Liefeld T, Ocana M, Borges-Rivera D, Pochet N, Robinson JT, Demchak B, Hull T, Ben-Artzi G, Бланкенберг Д., Барбер Г.П., Ли Б.Т., Кун Р.М., Некрутенко А., Сигал Э., Идекер Т., Райх М., Регев А., Чанг Х.Ю. , Месиров Дж.П. Нат-методы . Март 2016 г.;13(3):245–247. дои : 10.1038/nmeth.3732. Epub, 18 января 2016 г. PMID  26780094; ПМЦ  4767623.
  • Использование GenePattern для анализа экспрессии генов] Кюн, Х., Либерзон, А., Райх, М. и Месиров, Дж. П. Современные протоколы в биоинформатике . 2008. 22:7.12:7.12.1–7.12.39. doi :10.1002/0471250953.bi0712s22
  • GenePattern 2.0 Майкл Райх, Тед Лифельд, Джошуа Гулд, Джим Лернер, Пабло Тамайо и Джилл П. Месиров . Nature Genetics - 38 , 500 - 501 (2006) doi :10.1038/ng0506-500
  • Официальный сайт GenePattern
  • Официальный сайт блокнота GenePattern
  • GParc
  • GenePattern на GitHub

Сопутствующее программное обеспечение:

  • ГеномКосмос
  • Интегративный просмотрщик геномики
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=GenePattern&oldid=1217184963"