Гэри Стормо
Гэри Стормо | |
|---|---|
 Гэри Стормо выступает на ISMB/ECCB 2013. | |
| Рожденный | Гэри Дин Стормо 1950 (73–74 года) Южная Дакота, США [1] |
| Альма-матер | Калифорнийский технологический институт, Университет Колорадо, Боулдер |
| Научная карьера | |
| Поля | Биоинформатика Генетика Молекулярная биология |
| Учреждения | Университет Колорадо, Университет Боулдера, Вашингтон, Сент-Луис |
| Тезис | Компьютерная характеристика сайтов инициации трансляции в E. coli (1981) |
Гэри Стормо (родился в 1950 году) — американский генетик и в настоящее время профессор Джозефа Эрлангера на кафедре генетики и в Центре геномных наук и системной биологии в Медицинской школе Вашингтонского университета в Сент-Луисе . [2] Он считается одним из пионеров биоинформатики и геномики . [3] [4] [5] Его исследования сочетают экспериментальные и вычислительные подходы с целью выявления и прогнозирования регуляторных последовательностей в ДНК и РНК , а также их вклада в регуляторные сети, которые контролируют экспрессию генов . [2]
Образование
Первоначально Стормо специализировался на физике, будучи студентом Калифорнийского технологического института , но переключился на биологию на третьем курсе. [1] Он получил докторскую степень по молекулярной биологии в 1981 году в Университете Колорадо в Боулдере . [2]
Исследовать
После получения докторской степени Стормо остался в Университете Колорадо в качестве преподавателя на кафедре молекулярной, клеточной и биологии развития, став профессором, прежде чем перейти в Университет Вашингтона в Сент-Луисе в 1999 году. [2] [3]
Исследования Стормо сочетают экспериментальные и вычислительные подходы для понимания регуляции экспрессии генов. Его экспериментальная работа сосредоточена на взаимодействиях белок-ДНК и их роли в регуляции генов. Его вычислительная работа включает анализ этих взаимодействий и разработку алгоритмов распознавания образов для обнаружения регуляторных участков в ДНК и РНК.
В 1982 году Стормо и его коллеги представили матрицу веса положения (PWM), которая в настоящее время широко используется для представления мотивов (шаблонов) в биологических последовательностях. [6] Консенсусные последовательности ранее использовались для представления шаблонов в биологических последовательностях, но имели трудности в предсказании новых случаев появления этих шаблонов. [7] Первое использование PWM было при открытии участков РНК , которые функционируют как сайты инициации трансляции . Преимущества PWM над консенсусными последовательностями сделали PWM популярным методом представления шаблонов в биологических последовательностях и важным компонентом в современных алгоритмах обнаружения мотивов . [8] [9]
Он опубликовал более 150 научных работ. [3]
Роли и почести
Стормо входил в совет директоров Международного общества вычислительной биологии (ISCB) с 2000 по 2004 год и был удостоен звания члена ISCB в 2010 году. [10] [11] В 2001 году он был избран членом Американской ассоциации медицинской информатики. [12]
Стормо был исполнительным редактором журнала Bioinformatics с 1994 по 1999 год. [12] В 2014 году он был назначен одним из первых почетных редакторов журнала Bioinformatics . [13] Стормо также занимал должность заместителя главного редактора журнала PLOS Computational Biology . [14] В настоящее время он является соредактором журнала Current Protocols in Bioinformatics . [15]
Ссылки
- ^ ab Jones, Neil C.; Pevzner, Pavel A. (2004). Введение в алгоритмы биоинформатики . Кембридж, Массачусетс: MIT Press. стр. 116. ISBN 978-0-262-10106-6.
- ^ abcd "Гэри Стормо". ISMB/ECCB 2013 . ИСКБ . Проверено 16 января 2014 г.
- ^ abc "Computational and Experimental Approaches to Modeling Gene Regulation @ uncCharlotte". UNC Charlotte Department of Bioinformatics and Genomics . Получено 16 января 2014 г.
- ^ "Гари Стормо, член Научного консультативного совета - Системная биология, Gene Network Sciences Inc" . Получено 16 января 2014 г.
- ^ "LGRC - Lung Genomics Research Consortium - Mick Correll". www.lung-genomics.org . Архивировано из оригинала 5 апреля 2015 г. Получено 16 января 2014 г.
- ^ Стормо, Гэри Д.; Шнайдер, Томас Д.; Голд, Ларри; Эренфойхт, Анджей (1982). «Использование алгоритма „Персептрон“ для различения сайтов инициации трансляции в E. coli». Nucleic Acids Research . 10 (9): 2997–3011. doi :10.1093/nar/10.9.2997. PMC 320670. PMID 7048259 .
- ^ Стормо, ГД (1 января 2000 г.). «Сайты связывания ДНК: представление и открытие». Биоинформатика . 16 (1): 16–23. doi :10.1093/bioinformatics/16.1.16. PMID 10812473.
- ^ Синха, С. (27 июля 2006 г.). «О подсчете совпадений матрицы весов позиций в последовательности с применением к поиску дискриминантных мотивов». Биоинформатика . 22 (14): e454–e463. doi : 10.1093/bioinformatics/btl227 . PMID 16873507.
- ^ Ся, Сюхуа (2012). «Матрица веса положения, сэмплер Гиббса и связанные с ним тесты значимости в характеристике и прогнозировании мотивов». Scientifica . 2012 : 1–15. doi : 10.6064/2012/917540 . PMC 3820676. PMID 24278755 .
- ^ "Бывшие должностные лица и совет директоров". www.iscb.org . ISCB . Получено 17 января 2014 г. .
- ^ "ISCB Fellows". www.iscb.org . ISCB. Архивировано из оригинала 28 марта 2015 года . Получено 16 января 2014 года .
- ^ ab "Гари Д. Стормо, доктор философии, FACMI - AMIA". www.amia.org . AMIA . Получено 17 января 2014 г. .
- ^ "15 лет "Биоинформатике"". Биоинформатика . 30 (6): 747. 2014. doi :10.1093/bioinformatics/btu076. PMID 24642573.
- ^ Сэнсом, Клэр; Моррисон Маккей, Б. Дж.; Борн, Филип Э. (18 июля 2008 г.). «ISCB чествует Дэвида Хаусслера и Авива Регева». PLOS Computational Biology . 4 (7): e1000101. Bibcode : 2008PLSCB...4E0101S. doi : 10.1371 /journal.pcbi.1000101 . PMC 2536508. PMID 18795145.
- ^ Бейтман, Алекс; Пирсон, Уильям Р.; Стайн, Линкольн Д.; Стормо, Гэри Д.; Йейтс, Джон Р., ред. (2002). Текущие протоколы в биоинформатике - Wiley Online Library . Wiley. CiteSeerX 10.1.1.419.8061 . doi :10.1002/0471250953. ISBN 9780471250951.
