Гаммапротеобактерии
Класс бактерий

Гаммапротеобактерии
Холерный вибрион
Научная классификация Редактировать эту классификацию
Домен:Бактерии
Тип:Псевдомонадоты
Сорт:Гаммапротеобактерии
Гаррити и др . 2005
Заказы
Синонимы
  • " Хроматия " Кавалер-Смит 2020

Gammaproteobacteria — класс бактерий в типе Pseudomonadota (синоним Proteobacteria ). Он содержит около 250 родов, что делает его наиболее богатым родами таксоном Prokaryotes . [ 1] Несколько медицинских, экологических и научных важных групп бактерий принадлежат к этому классу. Все члены этого класса являются грамотрицательными . Это наиболее филогенетически и физиологически разнообразный класс Pseudomonadota . [2]

Члены Gammaproteobacteria обитают в нескольких наземных и морских средах, в которых они играют различные важные роли, в том числе в экстремальных средах, таких как гидротермальные источники . Они могут иметь различную форму, палочки, изогнутые палочки, кокки, спириллы и нити, [3] и включают свободноживущие бактерии, биопленкообразователи , комменсалы и симбионты; [4] некоторые также имеют отличительную черту биолюминесценции. [5] У Gammaproteobacteria обнаружены разнообразные метаболизмы ; есть как аэробные, так и анаэробные (облигатные или факультативные) виды, хемолитоавтотрофы , хемоорганотрофы , фотоавтотрофы и гетеротрофы . [6]

Этимология

Элемент « гамма » (третья буква греческого алфавита) указывает на то, что это класс III в «Руководстве по систематической бактериологии» Берджи (т. II, стр. 1). Протей относится к греческому морскому богу, который мог менять свою форму. Бактерии (греч. βακτήριον; «палочка» «маленькая палочка»), с точки зрения этимологической истории, относятся к Bacillus (палочковидные бактерии), но в этом случае «полезны в промежутке, пока филогенетические данные интегрируются в формальную бактериальную таксономию». [7]

Филогения

В настоящее время множество различных классификаций основаны на разных подходах, таких как Национальный центр биотехнологической информации , основанный на геномике, Список прокариотических названий со стоянием в номенклатуре , База данных ARB-Silva [8] на основе рибосомальной РНК или мультипротеиновый подход. Все еще очень сложно определить филогению этого класса бактерий. [4]

Следующая молекулярная филогения гаммапротеобактерий основана на наборе из 356 семейств белков .

Филогения гаммапротеобактерий

Бетапротеобактерии

Гаммапротеобактерии
Филогения Gammaproteobacteria по [4] Не все порядки монофилетичны, поэтому для Pseudomonadales, Oceanospirillales и Alteromonadales показаны семейства или роды. В случае одиночных порядков показан род. (В бактериальной таксономии порядки имеют суффикс -ales, а семейства - -aceae.)

Ряд родов гаммапротеобактерий еще не отнесены к отряду или семейству. К ним относятся Alkalimonas , Gallaecimonas , Ignatzschineria , Litorivivens , Marinicella , Plasticicumulans , Pseudohongiella , Sedimenticola , Thiohalobacter , Thiohalorhabdus , Thiolapillus и Wohlfahrtiimonas . [9]

Значение и применение

Гаммапротеобактерии , особенно отряды Alteromonadales и Vibrionales , играют основополагающую роль в морских и прибрежных экосистемах, поскольку они являются основными группами, участвующими в круговороте питательных веществ. [10] Несмотря на свою известность как патогены, они находят применение во многих областях, таких как биоремедиация и биосинтез.

Гаммапротеобактерии могут использоваться в качестве элемента микробного топливного элемента (МТЭ) [11] , который применяет их способность диссимиляции различных металлов. [12] Полученная энергия может быть собрана в качестве одной из самых экологически чистых и устойчивых систем производства энергии. [13] Они также используются в качестве биологических фильтров метана. [14]

Фототрофные пурпурные серные бактерии используются в процессах очистки сточных вод . [15] Способность некоторых Gammaproteobacteria (например, рода Alcanivorax [16] ) к биоремедиации нефти становится все более важной для разложения сырой нефти после разливов нефти. [17] Некоторые виды из семейства Chromatiaceae примечательны тем, что они могут участвовать в производстве витамина B12 . [18] Некоторые Gammaproteobacteria используются для синтеза поли-b-гидроксиалканоата (PHA), [19] который представляет собой полимер, используемый в производстве биоразлагаемых пластиков . Многие виды Gammaproteobacteria способны генерировать вторичные метаболиты с антибактериальными свойствами. [20]

Экология

Гаммапротеобактерии широко распространены и многочисленны в различных экосистемах, таких как почва, пресноводные озера и реки, океаны и соленые озера. Например, они составляют около 6–20% (в среднем 14%) бактериопланктона в различных океанах [21] и распространены по всему миру как в глубоководных, так и в прибрежных отложениях. [22] В морской воде состав бактериального сообщества может формироваться такими параметрами окружающей среды, как доступность фосфора, общий органический углерод, соленость и pH. [23] В почве более высокий pH коррелирует с более высокой относительной численностью Alphaproteobacteria , Betaproteobacteria и Gammaproteobacteria . [24] Относительная численность Betaproteobacteria и Gammaproteobacteria также положительно коррелирует с концентрацией растворенного органического углерода (DOC), которая является ключевым параметром окружающей среды, формирующим состав бактериального сообщества. [25] Гаммапротеобактерии также играют ключевую роль в темной фиксации углерода в прибрежных отложениях, которые являются крупнейшим поглотителем углерода на Земле, и большинство этих бактерий еще не были культивированы. [26] Глубоководная гидротермальная система является одной из самых экстремальных сред на Земле. Почти все эндемичные по жерлам животные тесно связаны с первичным производством эндо- и/или эписимбиотических хемоавтотрофных микроорганизмов. [27] Анализы как симбиотических, так и свободноживущих микробных сообществ в различных глубоководных гидротермальных средах выявили преобладание в биомассе членов гаммапротеобактерий . [ 28]

Гаммапротеобактерии обладают широким разнообразием, метаболической универсальностью и функциональной избыточностью в гидротермальных отложениях, и они отвечают за важный оборот органического углерода и процессы круговорота азота и серы. [29] Аноксические гидротермальные жидкости содержат несколько восстановленных соединений, таких как H2 , CH4 , и восстановленные ионы металлов в дополнение к H2S . Хемоавтотрофы, которые окисляют сероводород и восстанавливают кислород, потенциально поддерживают первичное производство в этих уникальных экосистемах. [30] В последние десятилетия было обнаружено, что отряды, принадлежащие к гаммапротеобактериям , такие как Pseudomonas ,  Moraxella , способны разлагать различные типы пластика, и эти микробы могут играть ключевую роль в биодеградации пластика. [31]

Метаболизм

Гаммапротеобактерии метаболически разнообразны и используют различные доноры электронов для дыхания и биосинтеза.

Некоторые группы являются окислителями нитрита [32] и окислителями аммиака, как представители Nitrosococcus (за исключением Nitrosococcus mobilis ), а также они являются облигатными галофильными бактериями [33] .

Другие являются хемоавтотрофными окислителями серы, такими как  Thiotrichales , которые встречаются в таких сообществах, как нитевидные микробные биопленки в мелководном газовом источнике Тор Кальдара в Тирренском море . [34] Более того, благодаря анализу гена 16S рРНК были обнаружены различные окислители сульфида в классе Gammaporteobacteria , и наиболее важными среди них являются Beggiatoa , Thioploca и Thiomargarita ; кроме того, большое количество сероводорода вырабатывается сульфатредуцирующими бактериями в богатых органикой прибрежных отложениях. [35]

Морские гаммапротеобактерии включают аэробные аноксигенные фототрофные бактерии (AAP), которые используют бактериохлорофилл для поддержки цепи переноса электронов . Считается, что они являются широко распространенным и важным сообществом в океанах. [36]

Метанотрофы , такие как отряд  Methylococcales , метаболизируют метан как единственный источник энергии и играют очень важную роль в глобальном цикле углерода . Они встречаются в любом месте с источниками метана, такими как газовые месторождения , почвы и сточные воды . [37]

Пурпурные серные бактерии являются аноксигенными фототрофами, которые окисляют серу, [38] но потенциально также и другие субстраты, такие как железо. [39] Они представлены членами двух семейств, Chromatiaceae (например, Allochromatium , Chromatium , Thiodicyton ) и Ectothiorhodospiraceae (например, Ectothiorhodospira ). [38] Несколько видов в пределах рода Thermomonas (отряд Lysobacter ) осуществляют тот же метаболизм. [40]

Многочисленные роды являются облигатными или общими углеводородокластами . Облигатные углеводородокластные бактерии (OHCB) используют углеводороды почти исключительно в качестве источника углерода; до сих пор [ когда? ] они были обнаружены только в морской среде. Примерами являются Alcanivorax , Oleiphilus , Oleispira , Thalassolitus , Cycloclasticus и Neptunomonas , а также некоторые виды Polycyclovorans , Algiphilus (отряд Xanthomonadales ) и Porticoccus carbonoclasticus (отряд Cellvibrionales ), которые были выделены из фитопланктона. Напротив, аэробные «общие» углеводородные деградаторы могут использовать как углеводороды, так и неуглеводородные субстраты в качестве источников углерода и энергии; Примеры можно найти в родах Acinetobacter , Colwellia , Glaciecola , Halomonas , Marinobacter , Marinomonas , Methylomonas , Pseudoalteromonas , Pseudomonas , Rhodanobacter , Shewanella , Stenotrophomonas и Vibrio . [41]

Наиболее распространенным путем фиксации углерода среди гаммапротеобактерий является цикл Кальвина-Бенсона-Бассама (CBB) , хотя меньшинство может использовать цикл rTCA . [42] Thioflavicoccus mobilis (свободноживущий вид) и « Candidatus Endoriftia persephone» (симбионт гигантского трубчатого червя Riftia pachyptila ) могут использовать цикл rTCA в дополнение к циклу CBB и могут одновременно выражать эти два разных пути. [43]

Симбиоз

Симбиоз — это тесное и долгосрочное биологическое взаимодействие между двумя различными биологическими организмами. Большое количество гаммапротеобактерий способно вступать в тесный эндосимбиоз с различными видами. Доказательства этого можно найти в самых разных экологических нишах: на земле, [44] [45] внутри растений, [46] или глубоко на дне океана. [47] На суше сообщалось, что виды гаммапротеобактерий были выделены из Robinia pseudoacacia [48] и других растений, [49] [50] в то время как в глубоком море сероокисляющая гаммапротеобактерия была обнаружена в гидротермальном жерле; [51] вступая в симбиотические отношения в глубоководных районах, сероокисляющие хемолитотрофные микробы получают дополнительные органические углеводороды в гидротермальных экосистемах. Некоторые гаммапротеобактерии вступают в симбиоз с животными, обитающими в геотермальных источниках океана [52], и, кроме того, гаммапротеобактерии могут иметь сложные взаимоотношения с другими видами, обитающими вокруг термальных источников [53], например, с креветкой Rimicaris exoculata, обитающей в гидротермальных источниках на Срединно-Атлантическом хребте .

Что касается эндосимбионтов, то у большинства из них отсутствуют многие из их семейных характеристик из-за значительной редукции генома. [54] [55]

Возбудители болезней

Gammaproteobacteria включают несколько важных с медицинской и научной точки зрения групп бактерий, таких как семейства Enterobacteriaceae , Vibrionaceae и Pseudomonadaceae . К этому классу относится ряд патогенов человека, включая Yersinia pestis , Vibrio cholerae , Pseudomonas aeruginosa , Escherichia coli и некоторые виды Salmonella . Класс также содержит патогены растений, такие как Xanthomonas axonopodis pv. citri ( цитрусовый рак ), Pseudomonas syringae pv. actinidiae ( вспышка PSA киви ) и Xylella fastidiosa . В морской среде несколько видов из этого класса могут инфицировать различные морские организмы, такие как виды рода Vibrio , которые поражают рыб, креветок, кораллы или устриц, [56] и виды Salmonella , которые поражают серых тюленей ( Halichoerus grypus ). [57] [58]

Смотрите также

Ссылки

  1. ^ Garrity GM, Bell JA, Lilburn TG. (2005). Класс III. Класс Gammaproteobacteria. nov. В: Brenner DJ, Krieg NR, Staley JT, Garrity GM (ред.) Bergey's Manual of Systematic Bacteriology 2nd edn, vol. 2 Springer: New York, p 1
  2. ^ Т. Гутьеррес – 2019 - Институт механики, технологических процессов и энергетики, Школа инженерных и физических наук, Университет Хериот-Уотт, Эдинбург, Великобритания
  3. ^ Schulz HN, Brinkhoff T, Ferdelman TG, Marine MH, Teske A, Jorgensen BB (апрель 1999). «Плотные популяции гигантской серной бактерии в осадках шельфа Намибии». Science . 284 (5413): 493–5. Bibcode :1999Sci...284..493S. doi :10.1126/science.284.5413.493. PMID  10205058.
  4. ^ abc Williams KP, Gillespie JJ, Sobral BW, Nordberg EK, Snyder EE, Shallom JM, Dickerman AW (май 2010 г.). «Филогения гаммапротеобактерий». Журнал бактериологии . 192 (9): 2305–14. doi : 10.1128/JB.01480-09. PMC 2863478. PMID  20207755. 
  5. ^ Munn CB (2019-11-26). Морская микробиология: экология и применение. CRC Press. ISBN 978-0-429-59236-2.
  6. ^ «Протеобактерии | Микробиология». Nursing Hero (учебное пособие). 2016.
  7. ^ Штакебрандт, Э.; Мюррей, Р. Г. Э.; Трупер, Х. Г. (1988). «Proteobacteria classis nov., название филогенетического таксона, включающего «фиолетовые бактерии и их родственников»». Международный журнал систематической бактериологии . 38 (3): 321–325. doi : 10.1099/00207713-38-3-321 . ISSN  0020-7713.
  8. ^ "Silva". www.arb-silva.de . Получено 2020-11-22 .
  9. ^ "Классификация доменов и типов - Иерархическая классификация прокариот (бактерий) - Гаммапротеобактерии". Список названий прокариот, имеющих место в номенклатуре . Получено 13 января 2017 г.
  10. ^ Эванс ФФ, Эган С, Кьеллеберг С (май 2008). «Экология секреции типа II у морских гаммапротеобактерий». Environmental Microbiology . 10 (5): 1101–7. Bibcode : 2008EnvMi..10.1101E. doi : 10.1111/j.1462-2920.2007.01545.x . PMID  18218035.
  11. ^ Qian F, Morse DE (февраль 2011 г.). «Миниатюризация микробных топливных элементов». Тенденции в биотехнологии . 29 (2): 62–9. doi :10.1016/j.tibtech.2010.10.003. PMID  21075467.
  12. ^ Gorby YA, Yanina S, McLean JS, Rosso KM, Moyles D, Dohnalkova A и др. (Июль 2006 г.). «Электропроводящие бактериальные нанопровода, производимые штаммом Shewanella oneidensis MR-1 и другими микроорганизмами». Труды Национальной академии наук Соединенных Штатов Америки . 103 (30): 11358–63. Bibcode : 2006PNAS..10311358G. doi : 10.1073/pnas.0604517103 . PMC 1544091. PMID  16849424 . 
  13. ^ Hau HH, Gralnick JA (сентябрь 2007 г.). «Экология и биотехнология рода Shewanella». Annual Review of Microbiology . 61 (1): 237–58. doi :10.1146/annurev.micro.61.080706.093257. PMID  18035608.
  14. ^ Rosenberg E, DeLong EF, Lory EF, Stackebrandt E, Erko T, Thompson F, ред. (2014). Прокариоты: Gammaproteobacteria (4-е изд.). Berlin Heidelberg: Springer-Verlag. стр. 434. ISBN 978-3-642-38921-4.
  15. ^ Kobayashi M, Michiharu T, Tchan YT (1973-08-01). «Очистка промышленных сточных растворов и производство полезных побочных продуктов с использованием метода фотосинтеза бактерий». Water Research . 7 (8): 1219–1224. Bibcode : 1973WatRe...7.1219K. doi : 10.1016/0043-1354(73)90075-4. ISSN  0043-1354.
  16. ^ Хараяма С., Кишира Х., Касаи И., Шуцубо К. (август 1999 г.). «Биодеградация нефти в морской среде». Журнал молекулярной микробиологии и биотехнологии . 1 (1): 63–70. PMID  10941786.
  17. ^ Kasai Y, Kishira H, Syutsubo K, Harayama S (апрель 2001 г.). «Молекулярное обнаружение популяций морских бактерий на пляжах, загрязненных в результате аварии танкера «Находка»». Environmental Microbiology . 3 (4): 246–55. Bibcode : 2001EnvMi...3..246K. doi : 10.1046/j.1462-2920.2001.00185.x. PMID  11359510.
  18. ^ Коппенхаген В.Б., Шлингманн Г., Шаер В., Дрезов. Му-Янг М., Везина С., Сингх К. (ред.). «Внеклеточные метаболиты фототрофных бактерий как возможные промежуточные продукты в биосинтезе витамина В12». Продукты ферментации . Пергамон: 247–252. ISBN 978-0-08-025385-5.
  19. ^ de la Haba RR, Sánchez-Porro C, Márquez MC, Ventosa A (апрель 2010 г.). «Таксономическое исследование рода Salinicola: перенос Halomonas salaria и Chromohalobacter salarius в род Salinicola как Salinicola salarius comb. nov. и Salinicola halophilus nom. nov., соответственно». Международный журнал систематической и эволюционной микробиологии . 60 (ч. 4): 963–971. doi :10.1099/ijs.0.014480-0. PMID  19661506.
  20. ^ "Морские бактерии, связанные с морскими макроорганизмами: потенциальные антимикробные ресурсы - AMiner". www.aminer.org . Получено 20.11.2020 .
  21. ^ Broszat M, Nacke H, Blasi R, Siebe C, Huebner J, Daniel R, Grohmann E. 2014. Орошение сточными водами увеличивает численность потенциально опасных гаммапротеобактерий в почвах в долине Мескиталь, Мексика. Appl Environ Microbiol.
  22. ^ Bienhold C, Zinger L, Boetius A, Ramette A (2016-01-27). «Разнообразие и биогеография батиальных и абиссальных бактерий морского дна». PLOS ONE . 11 (1): e0148016. Bibcode : 2016PLoSO..1148016B. doi : 10.1371/journal.pone.0148016 . PMC 4731391. PMID  26814838 . 
  23. ^ Jiang H, Dong H, Ji S, Ye Y, Wu N (2007-09-26). «Микробное разнообразие в глубоких морских отложениях бассейна Цюндуннань в Южно-Китайском море». Geomicrobiology Journal . 24 (6): 505–517. Bibcode : 2007GmbJ...24..505J. doi : 10.1080/01490450701572473. S2CID  130552094.
  24. ^ Руск Дж., Боат Э., Брукс ПК, Лаубер К.Л., Лозупоне С., Капорасо Дж.Г., Найт Р., Фиерер Н. (октябрь 2010 г.). «Почвенные бактериальные и грибковые сообщества в зависимости от градиента pH в пахотной почве». Журнал ISME . 4 (10): 1340–51. Бибкод : 2010ISMEJ...4.1340R. дои : 10.1038/ismej.2010.58 . PMID  20445636. S2CID  205156612.
  25. ^ Li D, Sharp JO, Saikaly PE, Ali S, Alidina M, Alarawi MS, Keller S, Hoppe-Jones C, Drewes JE (октябрь 2012 г.). «Растворенный органический углерод влияет на состав и разнообразие микробного сообщества в управляемых системах пополнения водоносных горизонтов». Прикладная и экологическая микробиология . 78 (19): 6819–28. Bibcode : 2012ApEnM..78.6819L. doi : 10.1128/AEM.01223-12. PMC 3457517. PMID  22798375 . 
  26. ^ Хеджес ДЖИ, Кейл РГ (апрель 1995 г.). «Сохранение осадочного органического вещества: оценка и спекулятивный синтез». Морская химия . 49 (2–3): 81–115. Bibcode : 1995MarCh..49...81H. doi : 10.1016/0304-4203(95)00008-F.
  27. ^ Jeanthon C (февраль 2000 г.). «Молекулярная экология микробных сообществ гидротермальных источников». Антони ван Левенгук . 77 (2): 117–33. doi :10.1023/a:1002463825025. PMID  10768471. S2CID  24324674.
  28. ^ Stewart FJ, Newton IL, Cavanaugh CM (сентябрь 2005 г.). «Хемосинтетические эндосимбиозы: адаптации к оксично-аноксичным интерфейсам». Trends in Microbiology . 13 (9): 439–48. doi :10.1016/j.tim.2005.07.007. PMID  16054816.
  29. ^ Бейкер Б. Дж., Лазар К. С., Теске А. П., Дик Г. Дж. (2015). «Геномное разрешение связей в круговороте углерода, азота и серы среди широко распространенных бактерий эстуарных отложений». Микробиом . 3 : 14. doi : 10.1186/s40168-015-0077-6 . PMC 4411801. PMID  25922666 . 
  30. ^ Jannasch, HW, и Mottl, MJ (1985). Геомикробиология глубоководных гидротермальных источников. Science 229, 717–725
  31. ^ soixanteseize (2015-01-06). «Исследуйте, чтобы понять, поделитесь, чтобы добиться перемен». Fondation Tara Océan . Получено 2020-11-22 .
  32. ^ Han S, Li X, Luo X, Wen S, Chen W, Huang Q (2018). «Состав и разнообразие сообщества бактерий, окисляющих нитрит, зависят от режимов внесения удобрений, но не зависят от почвенного агрегата в кислой субтропической красной почве». Frontiers in Microbiology . 9 : 885. doi : 10.3389/fmicb.2018.00885 . PMC 5951965. PMID  29867799 . 
  33. ^ Сезар Мота, Дженнифер Риденоур, Цзяян Ченг, Фрэнсис Л. де лос Рейес, Высокий уровень нитрифицирующих бактерий в реакторах с прерывистой аэрацией, обрабатывающих сточные воды с высоким содержанием аммиака. FEMS Microbiology Ecology, том 54, выпуск 3, ноябрь 2005 г., стр. 391–400
  34. ^ Patwardhan S, Foustoukos DI, Giovannelli D, Yücel M, Vetriani C (2018). «Гаммапротеобактерии во время колонизации мелководного газового источника». Frontiers in Microbiology . 9 : 2970. doi : 10.3389/fmicb.2018.02970 . PMC 6291522. PMID  30574130 . 
  35. ^ Сабина Ленк, Джулия Арндс, Катрис Зержатке, Никулина Мусат, Рудольф Аманн и Марк Муссманн* Институт морской микробиологии Общества Макса Планка, Цельсиусштрассе 1, 28359 Бремен, Германия. Новые группы гаммапротеобактерий катализируют окисление серы и фиксацию углерода в прибрежных, приливно-отливных отложениях. (2011)
  36. ^ Cho JC, Stapels MD, Morris RM, Vergin KL, Schwalbach MS, Givan SA и др. (июнь 2007 г.). «Полифилетические гены фотосинтетического реакционного центра у олиготрофных морских гаммапротеобактерий». Environmental Microbiology . 9 (6): 1456–63. Bibcode : 2007EnvMi...9.1456C. doi : 10.1111/j.1462-2920.2007.01264.x. PMID  17504483.
  37. ^ Ората Ф. Д., Мейер-Кольтхофф Дж. П., Соважо Д., Стайн Л. Ю. (2018). «Methylococcales) призывает к переклассификации членов на уровне рода и вида». Frontiers in Microbiology . 9 : 3162. doi : 10.3389/fmicb.2018.03162 . PMC 6315193. PMID  30631317 . 
  38. ^ ab Madigan, Michael T.; Jung, Deborah O. (2009). "Обзор пурпурных бактерий: систематика, физиология и места обитания". В C. Neil Hunter; Fevzi Daldal; Marion C. Thurnauer; J. Thomas Beatty (ред.). Пурпурные фототропные бактерии . Достижения в области фотосинтеза и дыхания, т. 28. Springer. стр. 1–15. doi :10.1007/978-1-4020-8815-5_1. ISBN 978-1-4020-8814-8. ОЛ  25552439М.
  39. ^ Bryce C, Blackwell N, Schmidt C, Otte J, Huang YM, Kleindienst S и др. (октябрь 2018 г.). «Микробное анаэробное окисление Fe(II) — экология, механизмы и экологические последствия». Environmental Microbiology . 20 (10): 3462–3483. Bibcode :2018EnvMi..20.3462B. doi : 10.1111/1462-2920.14328 . PMID  30058270. S2CID  51865641.
  40. ^ Сабрина Хедрич, Михаэль Шломанн и Д. Барри Джонсон. Железоокисляющие протеобактерии. Школа биологических наук, Колледж естественных наук, Бангорский университет, Deiniol Road, Bangor LL57 2UW, Великобритания 2 Междисциплинарный экологический центр, TU Bergakademie Freiberg, Leipziger Strasse 29, 09599 Freiberg, Германия. (2011)
  41. ^ Терри Дж. МакДженити, Таксономия, геномика и экофизиология микробов, разлагающих углеводороды, 2019 143-152; 181-189; 191-205.
  42. ^ Markert S, Arndt C, Felbeck H, Becher D, Sievert SM, Hügler M и др. (январь 2007 г.). «Физиологическая протеомика некультивируемого эндосимбионта Riftia pachyptila». Science . 315 (5809): 247–50. Bibcode :2007Sci...315..247M. doi :10.1126/science.1132913. hdl : 1912/1514 . PMID  17218528. S2CID  45745396.
  43. ^ Рубин-Блюм М., Дубилье Н., Кляйнер М. (январь 2019 г.). «Генетические доказательства двух путей фиксации углерода (цикл Кальвина-Бенсона-Бассама и обратный цикл трикарбоновых кислот) у симбиотических и свободноживущих бактерий». mSphere . 4 (1). doi :10.1128/mSphere.00394-18. PMC 6315080 . PMID  30602523. 
  44. ^ Karamipour N, Fathipour Y, Mehrabadi M (сентябрь 2016 г.). "Гаммапротеобактерии как основные первичные симбионты полосатого щитника, Graphosoma Lineatum (Hemiptera: Pentatomidae)". Scientific Reports . 6 (1): 33168. Bibcode :2016NatSR...633168K. doi :10.1038/srep33168. PMC 5016839 . PMID  27609055. 
  45. ^ Kikuchi Y, Hosokawa T, Nikoh N, Fukatsu T (февраль 2012 г.). «Симбиотические бактерии кишечника капустных клопов Eurydema rugosa и Eurydema dominulus (Heteroptera: Pentatomidae)». Прикладная энтомология и зоология . 47 (1): 1–8. Bibcode :2012AppEZ..47....1K. doi :10.1007/s13355-011-0081-7. S2CID  14943700.
  46. ^ Танненбаум И, Каур Дж, Манн Р, Собридж Т, Родони Б, Спангенберг Г (август 2020 г.). «Профилирование микробиома Lolium perenne: от семени к семени». Журнал Phytobiomes . 4 (3): 281–9. doi : 10.1094/PBIOMES-03-20-0026-R .
  47. ^ Breusing C, Schultz DT, Sudek S, Worden AZ, Young CR (сентябрь 2020 г.). «Сборка генома с высокой степенью смежности хемосинтетического гаммапротеобактериального эндосимбионта холодного трубчатого червя Lamellibrachia barhami». Molecular Ecology Resources . 20 (5): 1432–44. doi :10.1111/1755-0998.13220. PMC 7540712 . 
  48. ^ Shiraishi A, Matsushita N, Hougetsu T (август 2010 г.). «Образование клубеньков у белой акации под воздействием Gammaproteobacteria Pseudomonas sp. и Betaproteobacteria Burkholderia sp». Systematic and Applied Microbiology . 33 (5): 269–74. Bibcode : 2010SyApM..33..269S. doi : 10.1016/j.syapm.2010.04.005. PMID  20542651.
  49. ^ Ghosh PK, De TK, Maiti TK (2015-04-01). «Производство аскорбиновой кислоты в корне, клубеньке и Enterobacter spp. (Gammaproteobacteria), выделенных из корневого клубенька бобового Abrus precatorius L.». Биокатализ и сельскохозяйственная биотехнология . 4 (2): 127–134. doi :10.1016/j.bcab.2014.11.006.
  50. ^ Бениция Ю, Бениция Х, Бенгедуар А, Муресу Р, Джакомини А, Скуартини А (август 2004 г.). «Гамма-протеобактерии могут образовывать клубеньки на бобовых растениях рода Hedysarum». Систематическая и прикладная микробиология . 27 (4): 462–8. Бибкод : 2004СиАпМ..27..462Б. дои : 10.1078/0723202041438527. ПМИД  15368852.
  51. ^ Nunoura T, Takaki Y, Kazama H, Kakuta J, Shimamura S, Makita H и др. (2014-08-18). "Физиологические и геномные особенности новой сероокисляющей гаммапротеобактерии, принадлежащей к ранее некультивируемой симбиотической линии, выделенной из гидротермального источника". PLOS ONE . 9 (8): e104959. Bibcode : 2014PLoSO...9j4959N. doi : 10.1371/journal.pone.0104959 . PMC 4136832. PMID  25133584 . 
  52. ^ Holt JR (6 февраля 2013 г.). «Описание типа Gammaproteobacteria». Университет Саскуэханна — веб-сайт курса систематической биологии . Получено 17 апреля 2018 г.
  53. ^ Petersen JM, Ramette A, Lott C, Cambon-Bonavita MA, Zbinden M, Dubilier N (август 2010 г.). «Двойной симбиоз креветки Rimicaris exoculata с нитчатыми гамма- и эпсилонпротеобактериями в четырех гидротермальных источниках Срединно-Атлантического хребта». Environmental Microbiology . 12 (8): 2204–18. Bibcode :2010EnvMi..12.2204P. doi : 10.1111/j.1462-2920.2009.02129.x . hdl : 21.11116/0000-0001-CADC-4 . PMID  21966914.
  54. ^ Сигенобу С., Ватанабэ Х., Хаттори М., Сакаки Ю., Исикава Х. (сентябрь 2000 г.). «Последовательность генома внутриклеточного бактериального симбионта тли Buchnera sp. APS». Природа . 407 (6800): 81–6. Бибкод : 2000Natur.407...81S. дои : 10.1038/35024074 . PMID  10993077. S2CID  4405072.
  55. ^ Burke GR, Moran NA (2011). «Массовый геномный распад у Serratia symbiotica , недавно эволюционировавшего симбионта тлей». Genome Biology and Evolution . 3 : 195–208. doi :10.1093/gbe/evr002. PMC 3056288. PMID  21266540. 
  56. ^ Эванс ФФ, Эган С, Кьеллеберг С (май 2008). «Экология секреции типа II у морских гаммапротеобактерий». Environmental Microbiology . 10 (5): 1101–7. Bibcode : 2008EnvMi..10.1101E. doi : 10.1111/j.1462-2920.2007.01545.x . PMID  18218035.
  57. ^ Бейли Дж. Л., Фостер Г., Браун Д., Дэвисон Н. Дж., Койя Дж. Э., Уотсон Э. и др. (март 2016 г.). «Инфекция сальмонеллы у серых тюленей (Halichoerus grypus), морского млекопитающего-сентинела: патогенность и молекулярное типирование штаммов сальмонеллы по сравнению с изолятами человека и домашнего скота». Экологическая микробиология . 18 (3): 1078–87. Bibcode : 2016EnvMi..18.1078B. doi : 10.1111/1462-2920.13219. PMID  26768299.
  58. ^ Daniels NA, MacKinnon L, Bishop R, Altekruse S, Ray B, Hammond RM, Thompson S, Wilson S, Bean NH, Griffin PM, Slutsker L (май 2000 г.). «Инфекции Vibrio parahaemolyticus в Соединенных Штатах, 1973–1998 гг.». Журнал инфекционных заболеваний . 181 (5): 1661–6. doi : 10.1086/315459 . PMID  10823766.
Взято с "https://en.wikipedia.org/w/index.php?title=Гаммапротеобактерии&oldid=1248717522"