Гаммапротеобактерии rimP лидер

Гаммапротеобактерии rimP лидер
Гаммапротеобактерии rimP лидер
	Сохраненная вторичная структура лидера rimP, показывающая долю канонических пар оснований
Идентификаторы
Символ	обод
Рфам	РФ01770
Другие данные
Тип РНК	Цис-рег; лидер
Домены	Гаммапротеобактерии
Структуры PDB	ПДБе

РНК-семейство

Лидер rimP γ-протеобактерий является предполагаемым элементом-аттенюатором, идентифицированным биоинформатикой в бактериях филума γ-протеобактерий. ^[1] Он расположен выше оперона rimP-nusA-infB, кодирующего RimP, белок, который, как показано, участвует в созревании рибосомной субъединицы 30S, ^[2] NusA, транскрипционный фактор, контролирующий терминацию, и фактор инициации трансляции IF-2 соответственно. Лидер rimP представляет собой Rho-независимый терминатор на 3'-конце, соответствующий высококонсервативному мотиву GGGc(...)gCCC . Предполагается, что этот мотив действует как некодирующий лидер. Его механизм остается неизвестным, но возникает соблазн предположить регуляторное участие белка NusA, экспрессия которого, как было показано, снижает экспрессию оперона ^[3]^[4] и который уже участвует в ослаблении оперонов Trp, His и S10. ^[5]

Ссылки

^ Naville, M; Gautheret, D (2010). «Анализ преждевременного терминатора проливает свет на скрытый мир бактериальной транскрипционной аттенуации». Genome Biology . 11 (9): R97. doi : 10.1186/gb-2010-11-9-r97 . PMC 2965389. PMID 20920266 .
^ Nord S, Bylund GO, Lövgren JM, Wikström PM (2009). «Белок RimP важен для созревания 30S рибосомальной субъединицы». J Mol Biol . 386 (3): 742– 753. doi :10.1016/j.jmb.2008.12.076. PMID 19150615.
^ Plumbridge JA, Dondon J, Nakamura Y, Grunberg-Manago M (1985). "Влияние белка NusA на экспрессию оперона nusA,infB в E. coli". Nucleic Acids Res . 13 (9): 3371– 3388. doi :10.1093/nar/13.9.3371. PMC 341241. PMID 2987884 .
^ Накамура Ю., Пламбридж Дж., Дондон Дж., Грюнберг-Манаго М. (1985). «Доказательства ауторегуляции оперона nusA-infB Escherichia coli». Джин . 36 ( 1–2 ): 189–193 . doi :10.1016/0378-1119(85)90085-X. ПМИД 2998933.
^ Worbs M, Bourenkov GP, Bartunik HD, Huber R, Wahl MC (2001). «Расширенная поверхность связывания РНК через выстроенные домены S1 и KH в факторе транскрипции NusA». Mol Cell . 7 (6): 1177– 1189. doi : 10.1016/S1097-2765(01)00262-3 . PMID 11430821.

Внешние ссылки

Страница лидера Gammaproteobacteria rimP в Rfam

[Nav10-1] Naville, M; Gautheret, D (2010). «Анализ преждевременного терминатора проливает свет на скрытый мир бактериальной транскрипционной аттенуации». Genome Biology . 11 (9): R97. doi : 10.1186/gb-2010-11-9-r97 . PMC 2965389. PMID 20920266 .

[2] Nord S, Bylund GO, Lövgren JM, Wikström PM (2009). «Белок RimP важен для созревания 30S рибосомальной субъединицы». J Mol Biol . 386 (3): 742– 753. doi :10.1016/j.jmb.2008.12.076. PMID 19150615.

[3] Plumbridge JA, Dondon J, Nakamura Y, Grunberg-Manago M (1985). "Влияние белка NusA на экспрессию оперона nusA,infB в E. coli". Nucleic Acids Res . 13 (9): 3371– 3388. doi :10.1093/nar/13.9.3371. PMC 341241. PMID 2987884 .

[4] Накамура Ю., Пламбридж Дж., Дондон Дж., Грюнберг-Манаго М. (1985). «Доказательства ауторегуляции оперона nusA-infB Escherichia coli». Джин . 36 ( 1–2 ): 189–193 . doi :10.1016/0378-1119(85)90085-X. ПМИД 2998933.

[5] Worbs M, Bourenkov GP, Bartunik HD, Huber R, Wahl MC (2001). «Расширенная поверхность связывания РНК через выстроенные домены S1 и KH в факторе транскрипции NusA». Mol Cell . 7 (6): 1177– 1189. doi : 10.1016/S1097-2765(01)00262-3 . PMID 11430821.